概要
闇ギルドとは魔法評議院に認可されておらず、ギルド連盟にも参加していないギルドの呼称。分かりやすく言うならば無許可営業である。
作中では正規ギルドから闇ギルドになってしまったギルドなども登場しており、理由としては暗殺等のクエストを禁ずると言う評議院が定めている法を破った為とされている事から、評議院に反するギルドは正規ギルドとして認められないのかも知れない（妖精の尻尾は評議院内でも悩みの種として常に議題に上がっていたが、バラム同盟三大闇ギルドの討伐など確かな実績を残していたり、評議員の中に妖精の尻尾に味方する評議員が居たりするお陰で闇ギルドにならずに済んでいる物と思われる）
闇ギルドには勢力図な様な物が存在しており、その中核を担う3つのギルドをバラム同盟と言う。また大鷲の尻尾の様にバラム同盟の傘下に加わらず独立している闇ギルドも存在している。（大鷲の尻尾は後に正式なギルドとして評議院に認可されている為、現在は闇ギルドでは無い。）
バラム同盟の三大闇ギルド
六魔将軍（オラシオンセイス）
バラム同盟の一角を担う闇ギルド、メンバーは6人と少数だが1人1人がギルド1つ分の戦力に匹敵すると言う程の猛者揃い、超反転魔法ニルヴァーナを狙っていたが、それを知ったギルド連盟により派遣された4つのギルドからなる精鋭部隊によって討伐され崩壊した。
悪魔の心臓（グリモアハート）
バラム同盟の一角を担う闇ギルド、メンバーは判明している限りでは11名だが他にも兵隊が居たりと正式な数は不明。組織構造はギルドマスターであるプレヒトを筆頭に副官・煉獄の七眷属とその配下で構成されている。黒魔導士ゼレフの復活を掲げ活動していたが、天狼島にて妖精の尻尾の主力メンバーと戦闘になり、敗走する羽目になる。更にその戦闘によってアクノロギアを呼んでしまった罰としてゼレフによってプレヒトを殺されギルドは崩壊した。
冥府の門（タルタロス）
バラム同盟の一角を担う闇ギルド、「ゼレフ書架」とも呼ばれるそのギルドは1人を除く主力メンバー全員がゼレフ書の悪魔である。組織構造は実質的なギルドマスターであるマルド・ギールを筆頭に九鬼門と呼ばれる幹部とその配下で構成されている。フェイスを起動させ、全員がマスターと崇めるE・N・D復活を目論んでいたが、妖精の尻尾の活躍や5頭のドラゴンの妨害によって阻止され、マルド・ギールもゼレフによって殺されてしまった事により崩壊した。
闇ギルド
鉄の森（アイゼンヴァルト）
初期に出てきた闇ギルドであり六魔将軍の配下ギルド。
聴くと死ぬと言われている呪歌（ララバイ）の音色を正規ギルドのギルドマスターが集まる定例会場にて奏でる計画を立てていたが、妖精の尻尾のメンバーの活躍によって阻止された。（後にニルヴァーナ編でも登場するがその後ギルドがどうなったのかは判明していない。）
髑髏会（ドクロカイ）
楽園の塔編にてジェラールが雇った暗殺に特化した闇ギルド、メンバーは判明している描写では3名だがその3名は三羽鴉（トリニティレイヴン）と言う異名を持ち、戦争にて将校を全員殺害する程の実力を有する伝説の遊撃隊とされている。
尾白鷲（ハルピュイア）
（ニルヴァーナ編）にて登場した六魔将軍の配下ギルド。レーサーが指揮を執っているらしいが、レーサーがギルドマスターなのか別にギルドマスターが居るのかは不明。
屍人の魂（グールスピリット）
（ニルヴァーナ編）にて登場した六魔将軍の配下ギルド。
裸の包帯男（ネイキッドマミー）
（ニルヴァーナ編）にて登場した六魔将軍の配下ギルド。ガトー・ザトーと言う2人が指揮を執っている。
黒い一角獣（ブラックユニコーン）
（ニルヴァーナ編）にて登場した六魔将軍の配下ギルド。
レッドフード
（ニルヴァーナ編）にて登場した六魔将軍の配下ギルド。
悪魔の眼（サキュバスアイ）
（巨人の村編）にて登場した冥府の門の配下ギルド。巨人の村編ではミネルバも在籍していた。
青い髑髏（ブルースカル）
作中より約100年ほど前のX686年にマグノリアを拠点に活動していた闇ギルドであり、後の幽鬼の支配者の前身のギルドでもある。ジョフリーと言う魔導士がマスターをしており、そのジョフリーは後の妖精の尻尾の初代マスターであり妖精軍師としても名高いメイビスの策略をもってしても勝てないと言わしめる程の魔導士だった。当時天狼島に眠る秘宝天狼玉を狙い、天狼島にて活動していたギルド赤い蜥蜴を壊滅させたが、それをキッカケにゼレフに魔法を教わったメイビス率いる妖精の尻尾の創設メンバーに敗れ崩壊した。
