艦娘に対して、艦隊の総入れ替えが長門を通じて命じられた。艦娘一人一人を面接形式で執務室に招き、新たな艦隊編成を命じた。それによって吹雪は「第五遊撃部隊」に配属された。が、配属メンバーは性格が合わない者ばかりで、作戦遂行どころか旗艦も決まらず、一時は瑞鶴が再編成を申請しようとしたほど。それでも最後には、吹雪が指揮官としての隠れた才能を発揮し、彼女が旗艦に決まった。

第7話

第五遊撃部隊旗艦として経験を積む吹雪を呼び寄せて、「深海棲艦に暗号を察知されている事」を伝える。

なお、この回以後は時々「別の鎮守府」の存在も示唆されているが、こちらに提督が居るかは不明である。

第9話

FS作戦の準備が進む中、吹雪は第五遊撃隊の旗艦の任を解いて鎮守府に戻るよう命令が下され、吹雪は提督が自分に失望したのではないかと大きなショックを受けた。

吹雪は睦月と最上ともに鎮守府へ戻るが、その直後に作戦中止が長門たちに伝えられ、さらに手薄になった鎮守府が深海棲艦の機動部隊の攻撃を受け壊滅。長門はこの攻撃を考えて作戦中止を判断したと推察した。鎮守府の艦娘たちは提督の指示で脱出して彼女らに被害はなかったが、提督は執務室に最後まで残り、行方不明となってしまう。この際、提督の身は艦娘達から一切心配されていない。

長門は鎮守府再建に勤しむ艦娘たちに、提督が残した指令書を元に新たなMI作戦を準備すると宣言。そして吹雪は指令書の指示により、改になるよう告げられた。

第10話

吹雪は提督の意志を胸に訓練に励んでいたが、吹雪を鎮守府に呼び戻したのはそのためであったことが明らかになった。

吹雪は睦月に第1話で言葉をかけてくれた提督が、なぜ吹雪を選んだかについて話をしてくれたことを打ち明けた。それは、夢で晴れ着姿の吹雪が提督に微笑んで話しかけたからだという。これについて睦月は半ば呆れ気味であった。また赤城も提督から自分の護衛艦は自分が選ぶよう言われていたことを加賀に打ち明けている。

そして、指令書には吹雪が作戦によって重要な存在になると記されていた。

第12話

MI作戦が続く中、指令書では「全ては見せかけ」というキーワードを出し、各艦隊が敵を欺くような動きをさせた。さらに大淀からの無線で提督の生存が明らかになり、再着任したことが前線に伝えられ、これによって奮起した吹雪たちは作戦を成功させる。そして、鎮守府に戻った吹雪が「おかえりなさい、司令官」と笑顔で出迎えている。