　しかし、続編の『新たなる旅立ち』においてイスカンダルは暗黒星団帝国の攻撃を受けてしまう。スターシャは古代守と娘のサーシャを脱出させた後、敵要塞である自動惑星ゴルバを道連れに星ごと自爆。さらに『ヤマトよ永遠に』でイスカンダル人の血を引いた最後の人間であるサーシャも戦死してしまったため、イスカンダルは完全に滅亡することになった。

PSゲーム版

　『新たなる旅立ち』を原作とする『イスカンダルへの追憶』では、原作と全く異なった結末となっている。

　自動惑星ゴルバはヤマトとデスラー艦隊の健闘によって撃破され、イスカンダル星は存続する。

　しかし、不安定でいつ崩壊してもおかしくない状態であることに変わりがないイスカンダル星でサーシア（ゲーム版でのサーシャの名前）を育てることは難しかったため、スターシア（ゲーム版でのスターシャの名前）は守にサーシアを連れて地球へ行くよう頼み、地球へ向かった2人と女王としてイスカンダルに残ったスターシアは別居状態になる。

　その後、『永遠に』を原作とする『二重銀河の崩壊』のエピローグにて、成長したサーシアと守、そして守の親友である大山歳郎の3人（ルートによってはサーシアが死亡するため守と大山の2人）でイスカンダル星へと帰っていった。

　また、技術者である大山は「俺だったら荒廃したイスカンダルを元の姿に戻せるかもしれない」と語っている。本シリーズはここで終了しているため、この世界線でのイスカンダルの行く末は不明だが、大山がもし本当にイスカンダルを再生することができたのなら、その未来は少なくとも緩やかな死などというような暗いものではないだろう。

リメイク版

　『宇宙戦艦ヤマト2199』で初登場。原作同様、ガミラスの侵攻で滅びに瀕した地球に救いの手を差し伸べる。

　所属する星系の名前が「サレザー恒星系」と微妙に変更されている。

　新キャラとしてスターシャのもう一人の妹ユリーシャが登場した。

　本シリーズではガミラスの信仰の対象になっており、女王であるスターシャは「猊下」と呼ばれている。

　また、かつてはバリバリの覇権主義国家であり、波動砲を用いて他の惑星を侵略していったと『2199』でスターシャは語っている。この過去ゆえに、スターシャは波動砲に使用には強い忌避感を持っている。

　ちなみに星の寿命という問題は本シリーズでは存在しない。だが民族としては衰退したのか、生きているイスカンダル人はスターシャとユリーシャの2人のみで、他の住民は墓地のような場所にいるとスターシャが述べる。しかし、これについて続編の『宇宙戦艦ヤマト2205』で新たな設定が語られることになる（後述）。

イスカンダル主義

「遍く星々、その知的生命体の救済。それがイスカンダルの進む道」

　スターシャは遍く知的生命体を救済することが民族の目的であると掲げており、イスカンダルは昔から他の惑星へ何かしらの救いの手を差し伸べてきたとされる。

　『2199』時代から約400年前には惑星ビーメラ4にも使者を送っていた模様。

　地球に対してはコスモリバースシステムを譲渡して環境を再生させるという内容だったが、地球以外の星に対する救済がどのようなものだったかは不明である。

　「イスカンダル主義」という呼び名はガミラスが提唱したもので、デスラーは宇宙を平和にするにはイスカンダル主義の拡大浸透が必要だ、ガミラスが支配者として君臨することで多くの星にイスカンダル主義を広めるのだ、と主張して拡大政策の大義名分とした。

星のエレメントとコスモリバースシステム

「生命を宿した惑星には、その星の物質と生命の進化の記憶が、時空を超えた波動として存在している。その記憶を解き放つのは、星の想いを宿した物質『星のエレメント』」

　リメイク版では放射能汚染の設定が無くなっているため、コスモクリーナーDも惑星環境を再生する装置「コスモリバースシステム」というものに変わっている（まあ放射能を除去しただけで破壊しつくされた自然環境が回復するのかと言われたら微妙だし）。

　上記の台詞の通り、生命体の存在する惑星には「星のエレメント」というものが存在しており、コスモリバースシステムはそれを素材として用いる。要はバックアップデータを基に対象の惑星の過去の状態を復元するというのがコスモリバースシステムの基本原理。

　地球を再生するには当然地球のエレメントが必要であり、劇中ではヤマトの艦体とある人物の記憶が用いられた（記憶の方は後に違う人物に替わったが）。その故にコスモリバースシステムを完成させるためには、ヤマトがイスカンダル星まで直接行く必要があった。

　ヤマトと一体化したコスモリバースシステムは脳のニューラルネットワークのような複雑な構造を持っており、真田は「一個の生命体のようなもの」と評している。

　また、続編での追加設定となるが、本来惑星規模の環境を再生させるには、その惑星自体のエレメントが必要であり、知的生命体から得たエレメントでは効果は限定的になる。

　そのため、再生された地球の環境はガミラス戦争直前のものではなく、様々な時代の環境が入り混じった過酷なものとなり、さらにイレギュラー要素として時間断層という特殊空間を生み出した。

　なお、原理から推測するに再生できるのは生命の存在していた星に限定されると考えられ、『2205』では芹沢虎鉄がガトランティス戦争で崩壊した土星の再生にコスモリバースシステムを使いたいと漏らしていたが、おそらく土星には使えないと思われる。

　ただし、この技術は他の星に環境を丸ごと移植するという用途にも使用可能であり、生命の無い惑星であっても、生命のある他惑星と同じ環境を再現させるということはできる。ただし、惑星を別物に作り替えるに等しいため、星に非常に負荷がかかる。

　『2205』にて、コスモリバースシステムは「“死にかけの”星を再生させるもの」ではないことが明かされる。それについて後述のネタバレ参照。

リメイク版続き（ネタバレ）

イスカンダル主義の真実

「『遍く知的生命の平穏』。静止した時間の中で、複数の文明が永遠に共存できる」

　『2205』において、イスカンダルが歩んできた歴史の真相が明らかになる。

　太古の時代、イスカンダルはその弛まぬ向上心と探求心により、波動エネルギーを軸とする極めて発達した科学文明を築き上げた。

　向上心の留まることを知らない彼らは、「人間」の祖とも言える古代アケーリアス人と同じ高みに到達したいという夢を抱いていたが、そのためにはこの宇宙の物理法則全てが足枷となった。

　そこでイスカンダル人が選んだ道は、肉体を捨てて記憶だけの存在となることだった。イスカンダル星の王都地下に「サンクテル」と呼ばれる大記憶庫を設立し、肉体を捨ててエレメントと化したイスカンダル人はそこへと収まった。

　記憶庫の中では、その記憶の持ち主が幸せだと感じていた頃の日々を何度でも追体験することができるようになっている。さらにコスモリバースシステムを使えば記憶を基に現実世界にその存在を再構築することも可能で、サンクテルの記憶さえ残っていれば何度でも復活することができるため、記憶化された者は事実上の永遠の命を手に入れたと言える。

　イスカンダル人は普段はサンクテルの中で幸せな思い出の中に浸り、必要に応じて現実へと出てくるという道を選んだのだった。

　そこまでなら良かった……

　しかし、「貪欲で支配的で極めて利己的」とも評されるイスカンダル人は、恐ろしい道へと進んだ。

　古代のイスカンダル人は、人間は不完全な存在であり、互いに争い続けた末に宇宙そのものを破壊してしまうだろうと断言。宇宙の崩壊を防ぐため、全ての文明を記録として保管するという手段を取り始める。

　他文明を惑星ごと滅ぼし、星のエレメントを収奪（エレメントを手に入れるには現実世界での存在を消し去る必要があるため）。それを記憶庫に保管し、イスカンダルと同じ状態とした。記憶庫に保管された者は互いに干渉しあうことが無いため、争いが起きることはなく、全ての文明が幸せな夢を見ながら共存する理想郷を作れるとイスカンダル人は考えたのだった。

　「遍く知的生命体の平穏」、それこそがイスカンダルが本来掲げていた「イスカンダル主義」の真の姿である。

　だが、これはイスカンダルがサンクテルを管理・維持しなければ成り立たず、記憶庫に収められた文明の生殺与奪はイスカンダルに握られることになった。さらに、この行為は相手の望む望まざるに関係なく強引に行われたため、記憶化を望んでいない者からしたら単なる虐殺に過ぎなかった。しかも、イスカンダルは完全に善意で行っていたようで、彼らはこの一連の行為を「儀式」と称していた。

　視聴者からは「他人がコレクションしていた貴重な本を、当人の了解も得ずに勝手に電子化して原本を捨てる。しかもそれをさも良いことしたかのように考える」などの例えをされている。これを本どころか命でやっているのだから堪ったものではない。

　コスモリバースシステムは先述の通り、文明を記憶から再構築するための装置、そして波動砲はエレメント収奪に際して惑星を破壊するための兵器として生み出されたものだった。スターシャの極端な波動砲への忌避感はこの過去あってのものとされる。

ガミラスとの関係

　さらに、この「儀式」に他とは違う形で巻き込まれた民族がいた。それこそがガミラス人である。

　先述の通り、イスカンダル人は自らを記憶化して、普段はサンクテル内におり、現実世界にいるのはごく少数である。そのため、現実世界で「儀式」を代行する存在を必要とした。イスカンダルが管理しやすい「奴隷」として最適な存在を探し求めた結果、目を付けたのが天の川銀河の辺境にあるガルマン星に住むガルマン人だった。ガルマン人は強靭な肉体を持ちながらも、環境適応力が低く、母星以外では長くは生きられないという脆さを持っていた。それはつまりイスカンダルにとっては優秀でありながら下克上されにくい使い勝手のいい駒と言えた。

　イスカンダルはガルマン人の一部を拉致し、さらにその一部から得たエレメントでイスカンダル星の双子星をガルマン星そっくりに強引に改造し、そこへと住まわせた（ちなみにガルマン星自体がイスカンダルの毒牙にかからなかったのは、将来的に天の川銀河で儀式を行う際の拠点とすることを目論んだため）。

　イスカンダルはガルマン人を使役するため、徹底的なマインドコントロールを施した。偽りの創世神話を与え、イスカンダルを神として崇拝するようにさせたり、青い肌への誇りを持たせることで純血主義を芽生えさせ、他種族との混血により環境適応力の低さを克服しないようにさせたりした。

　そうして奴隷化した彼らに「ガミラス」の名を授けるが、それは古代のイスカンダル語で「ガルマンの人猿」を意味する言葉だった。

衰退

　ガミラスを手足として使い、イスカンダルは次々と儀式を行っていった。しかし、やがてイスカンダル人は記憶庫内で幸せな時間に浸るうちに、現実世界への興味を失ってしまう（スターシャ曰く「向上心を無くした」）。その結果、儀式は行われなくなり、記憶庫は閉鎖され、新規に記憶が入ってくることは無くなった。

　それから数千年。主を失ったガミラスは互いに争いあう時代へと突入し、次第にイスカンダルの代理人という立場も忘れ、イスカンダルへの崇拝と青い肌への誇りのみが残ることとなった。

そして現代

　このようにイスカンダルは独善によって多数の文明を歪めてきたわけであり、やってきた所業を考えるとシリーズ歴代の敵対国も真っ青の外道国家である。

　記憶庫が閉じられた後も管理者たる王族として現実世界での活動を強いられたスターシャは、数千年に及ぶ長い年月を過ごすうちに、かつてのイスカンダルの所業を過ちであると判断。

　イスカンダル主義の内容を「遍く知的生命体の平穏」から「遍く知的生命体の救済」へとすり替え、ガミラスと新しい関係を築こうとするが、折悪くガミラス星はかつての強引な惑星改造が祟って寿命を迎えつつあり、デスラーの独裁の下移住先を見つけるために各方面へと侵略の手を伸ばした。

　イスカンダルが狂わせた民族の所業、しかもその姿は奇しくもかつてのイスカンダルに重なり、強い罪悪感を抱いたスターシャは、ガミラスに攻められている星の一つであった地球へと「救済」の手を差し伸べるのだった。

　波動文明の粋を凝らしたこの一連のシステムは使い方次第で恐ろしい武器になり得るため、デザリアムに狙われることとなる（古代は記憶庫内にある多数の文明の知識が狙いと解釈しているが、スターシャは何とも返答していないので実際にどうなのかは不明）。

余談

　イスカンダル人が自らをデータ化しているというネタは、実は『2199』時に科学考証担当の人が執筆した「宇宙戦艦ヤマト2199でわかる天文学」にて、考察のひとつとして語られている。これ自体はあくまで考察（著者曰く「私の妄想」）だが、ひょっとしたら『2205』での設定はこれを拾ったものかもしれない。

　『2205』でこの設定を提案したと云われているのが皆川ゆかであり、同氏は『2202』小説版にて同じく「～天文学」で考察されていた波動防壁の原理を拾っていた過去があるため、可能性は高い。

　むらかわみちおによる『2199』の漫画版では、惑星ビーメラ4を訪れた際、波動コアから女王のホログラムが出現。このホログラムはただの映像ではなく対話可能な存在であり、さらに女王は「既に私達の実体は実位相空間に存在しない」と語っている。

　この波動コアは解析の結果、コンピュータで言うところのCPUとメモリのような機能を有しており、外部の膨大な記憶領域に繋がっていると判明。これによって人格のようなものを構築していると推測されている。ひょっとしたら漫画版のビーメラ4は波動コアを中核とした簡易サンクテルのような状態になっているのかもしれない。