1980年代後半に、「黒人差別をなくす会」による抗議活動が行われた、とされる事があるが、実際は別作品の１エピソードへの抗議の、あおりを受けた自主規制であり、バケルくんや他の数作は連鎖的に販売中止に追い込まれたものの、本作自体が批判や圧力の槍玉にあげられた事実は無い。実際、槍玉問題以後も中央公論社の『藤子不二雄ランド』にジャングル黒べえはラインナップとして存在し、回収もされていなかった。

アフリカ出身の黒人少年呪術師が主人公ゆえ自主規制の対象となった、とも言われるが、企画原案はコロポックルであり、赤べえやガックの容貌を「黒人の行き過ぎたデフォルメ」と捉える事にも無理がある。以下は憶測の域を出ないが、このような曖昧な設定のまま、「ピリミー族」という、「ピグミー」という実在する部族名を連想される名称を用いた事が、内部で疑問視され、抗議前の、出版社側の自主規制になったのかも知れない。

この辺りの真相について藤子.F.不二雄大全集で少し関係者が触れており、アニメ企画ありきで始まったコミカライズ作品だったため、権利は制作元のアニメ会社（東京ムービー）にあった。それで同社が前述のような厄介事を事前に回避していたというより、フィルムを修復して販売したところで採算が取れない（実際、中央公論社はドラえもん以外売れない『藤子不二雄ランド』によって大赤字を抱え倒産危機に陥った）という公算のためリリースを見送っていた可能性が高い（藤子・Ｆ・不二雄大全集の販売好評や思い出コンテンツ隆盛、リマスター技術の向上の流れを受けて、2014年1月にウメ星デンカとともにDVDコレクション販売に乗り出しており、Youtube公式チャンネルでの放送も始まった）。

また作者自身が、作品はそれなりに楽しんでいたが、アニメが独り歩きしてしまい漫画版との乖離が起きたため、黒べえのキャラクターはやっぱり自分のものではないという意識があったという（たかね、ガックなどは漫画ではほとんど出てこない上に、漫画版の黒べえはアニメほど常識外れなことをしていない（作者曰くアニメスタッフの暴走）。また、FがこだわっているSF要素も皆無であった）ことが挙げられ、封印していたのは作者本人でもあったことを仄めかしている。ただし、パオパオだけは気に入ったのかのび太の宇宙開拓史などにカメオ出演させている。