2007年2月15日から5月10日までアニマックスにて放送された。全12話。
『超獣機神ダンクーガ』の正式な続編であるが、200年以上先の話なのであまり話に繋がりはない。
シリーズ構成はアニポケの初代ディレクターで知られる首藤剛志。
大張正巳による手描きのメカや首藤氏による独特のセリフ回しなどの魅力があるが、やはり1クール作品だったがために主役メカのダンクーガが出てくるまでで16話もかかった旧作とは逆にストーリー全体のテンポが早く、伏線回収も曖昧だったために「時代の流れに流され過ぎた作品」「半分打ち切り」と酷評せざるを得ない結果に。
それについてはスタッフ間の連携が上手く取れていなかったかららしく、首藤氏が自身のコラムで色々とぶっちゃけている。

ストーリー

ムゲ・ゾルバドス帝国やディラドとの戦いから200年後の22世紀の地球では、大規模な世界大戦こそ起こらなかったが、巨大な無人機動兵器ウォーロイドや巨大戦艦ジェノサイドロンを用いた内紛や略奪などの局地戦が頻発していた。そんな時、局地戦で弱い側の味方をする巨大なロボット「ダンクーガ」が現れた。絶対的な力を持ち、弱者の救い主として世界中にその名を知られる存在となっていった。一方的にそのパイロットに選抜されてしまった4人の戸惑いを乗せ、出撃してゆく。

世界観

この世界の日本は事実上財政破綻した超オワコン国家となっており、1円は0.1セントと紙屑以下の価格になっている。そのため先進国からは除外されている。
第1話冒頭で渋谷貸し切りの公道レースが行われてるのも、貸し切ったところで経済的影響が無いからという世知辛い理由。また少子化の影響で成人年齢も15歳に引き下げられている。

登場人物

チームD

飛鷹葵（CV：池澤春菜）
館華くらら（CV：桑島法子）
加門朔哉（CV：鈴木達央）
ジョニー・バーネット（CV：泰勇気）

ドラゴンズハイブ関係者

ルゥ・リルリ（CV：後藤沙緒里）
セイミー（CV：大原さやか）
田中（CV：藤原啓治）
F.S.（CV：矢尾一樹））←<矢尾一樹氏はダンクーガの藤原忍役を担当している>
WILL（CV：若本規夫）←<若本規夫氏はダンクーガのシャピロ・キーツ役を担当している>

その他

イザベル・クロンカイト（CV：根谷美智子）
エイーダ・ロッサ（CV：後藤邑子）
ウラジミール（CV：山本百合子）←<山本百合子氏はダンクーガの結城沙羅役を担当している>
クライン・サンドマン
 ムーンWILL（CV：若本規夫）

各話リスト

話数	サブタイトル
MISSION-01	謎のダンクーガ
MISSION-02	超獣合神!
MISSION-03	導きの剣
MISSION-04	紅いダンクーガ
MISSION-05	嘆きの魔壁
MISSION-06	未知の襲撃
MISSION-07	激突!!ダンクーガ対ダンクーガ
MISSION-08	過去からの脱出
MISSION-09	神獣覚醒
MISSION-10	熱情の暴走!
MISSION-11	粉砕?龍牙島!
FINAL MISSION	未来への飛翔

主題歌

オープニングテーマ

「鳥の歌」
作詞 - 千里愛風 / 作曲 - NAOKI(DROP ARMY) / 編曲 - 土肥真生 / 歌 - 千里愛風

エンディングテーマ

「PLACE」
作詞 - 千里愛風 / 作曲 - NAOKI(DROP ARMY) / 編曲 - 土肥真生 / 歌 - 千里愛風

挿入歌

「Rock Yo mind」
作詞 - Sasa、Tony / 作曲・編曲 - Sasa / 歌 - Sasa featuring Tony

外部リンク

TVアニメ公式サイト

ゲーム

（2次Z発売前のファンアート）
『スーパーロボット大戦シリーズ』ではL、2次Z、3次Z、UX、X-Ωに登場。
Zシリーズでは初代ダンクーガとの合体攻撃も採用された。
また設定から、『機動戦士ガンダム00』とのクロスオーバーが盛ん。初登場となったLでは宇宙や異世界から侵略者が続出しているため、国連直属の武装組織という扱いだった。

UXでは原作終了後設定であり、メンバーは記憶を消されて元の生活に戻っている。そのためもっぱらR-ダイガンが活躍する。中盤から自軍入りする。