ワールドマップでは、各国の都市やその時点で探索できるダンジョンが表示されており、これをカーソル選択することで街やダンジョンに移行する。選択可能な都市やダンジョンは物語の進行によって増加するが、拠点として入れるのは各国の首都であるプラネテューヌ、ラステイション、ルウィー、リーンボックス＋αだけである。

街内では、ショップ(「Amazoo.nep」と表示されている)の利用、ギルドによるミッションの受領と達成報告、「企画書」アイテムを使用してのアイテム開発を行うことができる。開発に必要な素材はドロップ率が低めなため作りにくいものも存在するが、開発したアイテムは全てショップに売り出されるようになる。また、背景ではマイクロブログ「みんつぶ」の発言状況が表示されている。「みんつぶ」メニューからタイムラインを呼び出し、発言詳細を見ることもでき、この時詳細を見ることでサブイベントが発生することがある。

本作においては、各国や各都市における各女神(や、マジェコンヌ)への信仰率が「シェア」という概念で取り扱われている。「シェア」は全世界における各都市で個別に設定されており、各女神及びマジェコンヌで合計100%となる。拠点として入ることが出来ない都市についても、ワールドマップでカーソルを合わせている間は、その街における各国のシェア情報が円グラフで表示される。また、それとは別に全世界総合での各国シェア情報が常時表示されている(その時点で開放されている都市の平均値であるため、新しく都市が開放されると大きく変動することがある)。

前作との違いは、シェアの変動が数値として分かるようになっており、また上下させやすくなっている。ただし、シェアは変動することが前提となっており、一方のシェアが0％になる場合は超過分はないものとされる。さらに、シェアの上下が各都市ごとになっているうえに、下降する勢力はマジェコンヌとその都市を担当する国家がほとんどで、特定の国家からシェアを奪い返すクエストが一つもないという状態はほぼ全ての都市で存在している。そのため、別の国家に奪われたシェアを取り戻すのは難しく、特定のエンディングを目指す際にはシェアを気にしないとやり直す羽目になる。

シェアの状態は対応する女神・女神候補生らの能力に影響する他、サブイベントの発生条件となっていることがある。

ダンジョンパート

ダンジョンパートでは、3DCGにて描かれるダンジョン内の探索を行う。操作はフィールド探索タイプのロールプレイングゲームである。本作ではダンジョンクリアという概念は撤廃され、イベントを進行させるか、任意にダンジョンから脱出を行うまで探索を続行できるようになった。また、探索時のキャラ固有のアクションは撤廃され、前回アイエフなどが使用していた隠し宝箱をスキャンする能力は全キャラ共通となった。なお、隠し宝箱は貴重品であることはなくなり、ある程度の範囲でランダムにアイテムが出てくるようになっている。セーブは規定のセーブポイントでのみ実行可能。前作に引き続きダンジョン攻略にはさほどウェイトがおかれておらず、戦闘を回避すれば2分程度で最深部に到着できる。

ストーリー進行は前作がクエストを受けることで進んだのとは違い、今回は特定のエリアに侵入することでイベントが発生する形となっている(一部依頼達成やシェア状況などが条件になっている場合あり)。クエストはあくまで報酬とシェアを上下させるための要素であり、全部達成する必要はない。また、ストーリーが進むとコロシアムが開放され、規定モンスターと戦うことでクエスト同様の報酬を得られるようになっている。なお、コロシアムでしか入手できない素材や企画書が存在する。

戦闘システム

ダンジョンパートでは、モンスターシンボルへの接触によって戦闘が発生する。

戦闘では、行動順が訪れたキャラクターから順にフィールドを移動し、事前に設定しておいた技を使用して標的への攻撃を行うことが基本となる。攻撃は、赤い四角で表示される攻撃可能範囲に敵が存在していれば実行できる。ちなみに、四角なので斜めを向いたほうがわずかに遠くに攻撃できたりする。それぞれの技には「消費AP」が設定されており、行動開始時に与えられたAPをそれぞれの技ごとに消費する必要がある。これはアイテムでも同様であり、強力なアイテムほどAPが高い。そのため、レベル・装備によっては1回何もせず待機しなければ使えないようなアイテムも存在する。APはターンが回ってくるたび上限まで回復する。APを使いきらずに行動終了した場合、通常の上限を超えてAPが回復する(回復量は超過分の25％、最終的な上限は通常の倍まで)。行動可能なAPが残っている限り、何回でも行動が可能(アイテムも同様)。ただし、APを消耗すると次にターンが回ってくるまでの待機時間が長くなってしまう。移動ではAPを消費しないが、一回の行動で移動できる距離はMOVというステータスによって決まっている。戦闘終了後、APは次の戦闘へ持ち越すことはできない。

また、今作から攻撃方法「射撃」、「体術」の2種類が廃止され、各技は連続攻撃を基本とする「ラッシュ」、一発が重い攻撃を基本とする「ハード」、ガードゲージへのダメージを重視している「ブレイク」の3カテゴリに分けられており、攻撃の2段階目、3段階目、4段階目のそれぞれにおいて、対応する○、□、△のボタンに割り振ることができる。前作と違い、習得した通常スキルはどの段階に設定することも可能。また、武器は広範囲用(縦長・横長)と狭範囲用の2種類が存在し、広範囲用武器は最初の一撃に必要となるAPが高く設定されている。最初の一撃は後述するEXフィニッシュに必要なAPにはカウントされないので、考えて使わないと攻撃力や効率がかなり落ちてしまうことになる。

基本的には4段1セット(途中でAPが尽きた場合はその時点で終了)での攻撃行動となるが、特定の順番でボタンを押し、2〜4段階目で指定されたAP使用量を満たすことで、4段階目の後で追加攻撃となる「EXフィニッシュ」が発動する。

また、攻撃を行ったり攻撃を受けたりすることで、SPが蓄積する。増加量は一回につきデフォルトで2、攻撃時に限ってサポート効果により4まで増える。前述のAPと同時にこのSPを消費することで、各キャラクターの特殊能力である「スキル」を使用することが可能。ただし、スキルを使用した場合はその時点で行動順が終了する。スキルが攻撃タイプの場合、その攻撃によってもSPが蓄積する。一部の必殺技クラスのスキルの場合、ボスに対して発動すると演出及びヒット数などが強化された特殊なバージョンとなる。APとは違い、SPは100までは戦闘終了後に持ち越すことが出来る。

女神候補生、および守護女神は、SPが100以上蓄積している状態で「女神化」を使用することで、SP100を消費して「守護女神」に変身することが出来る。守護女神状態に変身すると能力が上昇するが、その内容は「プロセッサユニット」と呼ばれる、守護女神状態専用の装備の内容に依存する。また、守護女神状態では行動終了時に一定のSPを消費し、残量が不足するとその時点で女神化が解除される(任意に解除することも可能)。状態異常「ウィルス」で強制的に解除されることもある。なお、ネプギアのみ体部分を構成するプロセッサ｢C(コア)｣にテクスチャを貼り付けて任意の模様に変更することが可能。ちなみに、テクスチャの構成は特殊且つ複雑なため、HPからテンプレートをダウンロードしないと正確に製作することは難しい。

本作ではダンジョンマップ上で□を押すことで武器を振るうことができる。この振るった武器がモンスターシンボルに接触した場合、初期AP・SPが増加した状態で戦闘に突入することができる他、レベル差の大きいモンスターのシンボルは戦闘に入ることなく消滅させることもできる。ただし、この場合ドロップアイテムは一切取得できずモンスター撃破数も増えないため、クエスト達成には向かない。なお、モンスターには視界が存在し、その範囲内だと発見されて向かって来る。ただし、範囲内にいても確実に発見されるわけではない。背後から接触されてしまうと、先制攻撃を取られてしまう。

パーティーメンバーのHPが0になった場合は戦闘不能となる。前作と異なり、戦闘不能は戦闘後も自動回復しない。

パーティーメンバーが全員戦闘不能となるとゲームオーバーとなる。本作ではタイトル画面に戻されるようになり、同じ戦闘をすぐにやり直すことはできなくなった。

戦闘中、一部のモンスターはマジェコンヌの影響を受けて｢汚染｣されることがある。この状態となったモンスターは体の色が黒くなり、能力が大幅に上昇する。汚染されたモンスターが存在する場合、他のモンスターが汚染される確率も上昇する。もとに戻す方法はなく、該当モンスターを撃破するか、逃走するしかない。

登場人物

前作から引き続き登場するキャラクターについては、超次元ゲイムネプテューヌの項も参照。

ネプギア Nepgear

本作の主人公。西方の先進国家プラネテューヌの女神候補生であり、パープルハート(ネプテューヌ)の妹に当たる。奔放で天真爛漫な姉とは対照的な真面目な人物であるが、若干天然ボケの気配もある。使用武器はビームソード。

モデルはゲームギアであるものと思われるが、ゲームギアでは時代が古すぎるため「現世代」を想定した架空のセガハードである可能性も高い。

パープルシスター Purple Sister

ネプギアの守護女神としての姿。彼女のみスーツのテクスチャを描き変えることができる。ちなみにパッケージイラスト等ではビキニスタイルのスーツ姿であるが、これは後期型である。

ネプテューヌ Neptune

前作の主人公。パープルハートの人間としての姿。一応ネプギアの姉であるが、子どもっぽい性格の上に小柄である(資料によれば身長146cm。ネプギアよりも背が低い)ことから、むしろこちらの方が妹に見えるとよく言われる。使用武器は刀剣類。

明言はされていないが、モデルはセガハードであるものと思われる。ちなみに英語版の名前を見ても分かる通り、名前は英語のNeptune(海王星)のフランス語読み。

本作から現在のネプテューヌのキャラクターが確立され、本作では主人公じゃないためか以降のシリーズでは何かと主人公を強調するようになった。

パープルハート Purple Heart

プラネテューヌの守護女神。ネプテューヌの守護女神としての姿。一転して落ち着いた大人の女性になる。

イストワール Histoire, Histy

プラネテューヌの「教祖」。はるか過去の時代、犯罪神と戦った守護女神によって生み出された人工生命体であり、プラネテューヌの生き字引である。ネプテューヌには「いーすん」と通称されており、それに釣られてかネプギアにも「いーすんさん」と呼ばれている模様。前作とは服装が異なる(具体的には服の丈が短くなっている)。

ユニ Uni

東方の工業国ラステイションの女神候補生であり、ブラックハート(ノワール)の妹に当たる。負けん気が強く、素直になれない性格の持ち主。何でもこなす姉の存在が誇りであり、同時にコンプレックスでもある。使用武器は大型ライフル類。

モデルはPSP、名前の由来はUMDであるものと思われる。

ブラックシスター Black Sister

ユニの守護女神としての姿。何故か胸が縮む。守護女神・女神候補生を問わず、変身すると体格が縮むのは彼女だけ。パープルシスター同様、公開イメージイラストで使用されているのは後期型のスーツである。

ノワール Noire

ブラックハートの人間としての姿。ユニの姉に当たる。ロリータ調のミニドレスにツンデレの性格という出で立ち。ラステイションの発展に心血を注ぐ真面目な性格の持ち主である一方、実は隠れオタ。使用武器は西洋剣。名前はフランス語で「黒」の意味。

モデルはPS3であるものと思われる。

ちなみに、何も考えずにクエストを受領してプレイを進めると、仲間にできるようになる段階で彼女のみ仲間にする条件が成立できなくなるというトラップが用意されている(時期が若干遅れるだけでハマリではない)。

ブラックハート Black Heart

ラステイションの守護女神。ノワールの守護女神としての姿。

神宮寺ケイ Jinguji Kei

ラステイションの教祖。少年のような中性的な容姿をした少女(理由は明言されていないが、意図的に性別を感じさせない格好をしているものと思われる)。万事をビジネスライクに捉える性格の持ち主。

名前の由来は、おそらくネットスラングの「GK」。彼女に限らず教祖陣は何故か揃って日本人風の苗字が付いているが、なぜか彼女だけ英語版でも苗字-名前の順番で呼ぶ。

ロム Rom

(左がロム、右がラム)

北方の産業国ルウィーの女神候補生の一人。ホワイトハート(ブラン)の妹に当たる。双子姉妹の姉であり、控えめで大人しくやや人見知りをする性格。使用武器は杖(ラムのものとは別カテゴリ扱い)。右利きの模様。

モデルはDS、特に初期プロセッサユニットの名前からDSLであるものと思われる。名前の由来はコンピュータ用語のROM(Read Only Memory)か。

ラム Ram

北方の産業国ルウィーの女神候補生の一人。ホワイトハート(ブラン)の妹に当たる。双子姉妹の妹であり、勝ち気でやんちゃな性格をしている。使用武器は杖(ロムのものとは別カテゴリ扱い)。左利きの模様。

モデルはDS、特に初期プロセッサユニットの名前からDSLであるものと思われる。名前の由来はコンピュータ用語のRAM(Random Access Memory)か。

ホワイトシスター White Sister

(左がロム、右がラム)

ロム・ラム姉妹の守護女神としての姿。

ブラン Blanc

ホワイトハートの人間としての姿。ロム・ラムの姉。寡黙で知的な印象を受ける少女であるが、その一方でかなりの激情家でもあり、興奮すると極端な悪口を吐く悪癖がある。本の虫であり、自ら同人小説を刊行しているが、評判はあまり良くない。使用武器はハンマー。名前はフランス語で「白」の意味。

モデルはWiiであるものと思われる。

ホワイトハート White Heart

ルウィーの守護女神。ブランの守護女神としての姿。心なしかさらに好戦的になる。

西沢ミナ Mina Nishizawa

ルウィーの教祖。平均年齢が特に低いルウィー陣にとっては、半ば母親代わりの存在である。真面目で穏やかな性格をしているが、それだけに怒ると怖い。またロングコートを着用した姿のため分かりにくいが、何気に格好自体はかなり露出度が高い。

名前の由来は、おそらくネットスラングの「ニシ」。

ベール Vert

グリーンハートの人間としての姿。金髪碧眼にドレス姿の、おっとりとした、グラマラスで母性的な女性。その麗しい容姿に似合わぬヘビーゲーマーでもある。守護女神達の中では最も設定年齢が高いためか、姉代わりの扱いを受けている。使用武器は槍。名前はフランス語で「緑」の意味。

モデルはXbox360と思われる。なお、2011年現在マイクロソフト製の携帯ゲーム機が存在しないためか、彼女には妹がおらず、リーンボックスの女神候補生に該当する人物も存在しない。

グリーンハート Green Heart

南方の軍事国家リーンボックスの守護女神。ベールの守護女神としての姿。

箱崎チカ Chika Hakozaki

リーンボックスの教祖。妹のいないベールにとっては妹のような存在であり、彼女自身もベールを「お姉さま」と呼んでいる。高飛車な自信家であるが、その一方であまり身体は強くない模様。

名前の由来は、おそらくネットスラングの「チカ」。

コンパちゃん Compa

プラネテューヌの新人ナース。ネプテューヌ・ネプギア姉妹の友人。囚われの身となった守護女神達とネプギアを救出するため、イストワールの依頼でギョウカイ墓場に赴いた。前作に比べると天然ボケはなりを潜めた感がある。使用武器は巨大な注射器。

モデルはコンパイルハート自身。どうもギョウカイ墓場にいる「元祖コンパちゃん」は知人であるらしい。

余談であるが、PS Storeの「メーカー別」からアイディアファクトリーを選択すると、小カテゴリ選択のビジュアルとして、コンパイルハートの欄に彼女が、アイディアファクトリーの欄にアイエフちゃんがそれぞれ登場している。

アイエフちゃん IF, Iffy

プラネテューヌ諜報部に所属するエージェント。コンパの友人。若干中二病をこじらせていることを除けば真面目な常識人で、前作ではパーティーの貴重なツッコミ役であった。彼女のネプギアとのキスシーンは、本作のビジュアルとしては比較的早い段階から公開されており、リリィシステムのイメージとして定着していた(実際にはリリィシステムとは無関係なイベントビジュアル)。常に携帯電話をいじっているが、これを取り上げられると幼児退行してしまう。使用武器はカタール・爪類。

モデルはアイディアファクトリー。

日本一ちゃん Nisa

正義のヒーローを自称する娘。困っている人間のもとにどこからともかく現れる。正義のヒーローを自称するだけあって戦闘能力は(人間にしては)高いが、極端な発育不良が悩みの種。前作ではDLCで戦闘で使用できるようになるキャラクターだったが、本作では標準で使用できるようになった。使用武器はプリニーガンシリーズ。作中では中の人つながりで、どこぞの魔法少女のモノマネをするシーンもある。

モデルは日本一ソフトウェア。

がすとちゃん Gust

ゲイムギョウ界外、遠く離れた錬金術師の国「ざーるぶるぐ」出身の錬金術師。まだ幼いがその能力は天才的である。もっとも当人曰く、これで「錬金術師学校はやっと卒業した」レベルであるらしい。前作ではDLCで戦闘で使用できるようになるキャラクターだったが、本作では標準で使用できるようになった。使用武器は杖(ロム・ラム姉妹のものとは別カテゴリ扱い)。

モデルはガスト。ガストショップのサイトには彼女によく似たキャラクターが登場しているが、これがデザイン上のモチーフとなっている。一説によると本体は帽子の方であるとか。

5pb.ちゃん 5pb.

リーンボックスの人気アイドル。その歌声はただの歌声ではなく、正しき者に力を与え、悪しき力を祓う不思議な力を持っている。その一方、ステージ外では極端な人見知りであり、まともに会話もできない程。前作ではDLCで追加されるシナリオで仲間になるキャラクターだったが、本作では標準で使用できるようになった。使用武器はギター。

モデルは名前そのままに5pb.。なお、5pb.は改組によりMAGES.のゲーム部門ブランド名となったため、厳密にはメーカーキャラではない。

ケイブちゃん Cave

本作の新キャラクターの一人。リーンボックスの警察組織である「リーンボックス特命課」の構成員の一人。女神不在となり、治安が悪化しつつあるリーンボックスを陰ながら支えている。"当たり判定"が小さいようで、人ごみなどをすり抜けるのが非常に上手い。通常では仲間にならないが、DLCの適用により仲間になるようになる。その際の使用武器は巨大なハサミ、あるいは羽根のような形状をした専用の刀剣(「デススマイルズ」シリーズのオマージュ)。弾幕を展開する攻撃スキルはヒット数が極端に多く、使用したSPの大部分を再回収できるのが強味。

モデルはCAVE。なお、「リーンボックス特命課」のモデルは言うまでもなくXbox360特命課。

ファルコムちゃん Falcom

本作の新キャラクターの一人。ゲイムギョウ界を旅する、ベテラン女冒険者。プラネテューヌ近郊の出身。自身の冒険記録を書籍にまとめており、この冒険譚は世界的な人気を誇る。通常では仲間にならないが、DLCの適用により仲間になるようになる。その際の使用武器は西洋剣(ドラゴンスレイヤー。ノワールのものとは別カテゴリ扱い)。

モデルは日本ファルコム、特に冒険譚をまとめて書籍にしているというエピソードや、旅先で必ず船が難破するというジンクス、助けた女性に無差別に好意を抱かれるというエピソード等からアドル・クリスティンであるものと思われる。また、ビジュアル上のモデルと思われるエステル・ブライトと中の人が一緒。プラネテューヌ近郊の出身という設定は、かつて日本ファルコムがセガと合併する計画があったことからか。