参加チームが16チームから18チームへと増加。これに伴いJFL・地域リーグ間での入れ替え制度が導入された。また、NTT西日本熊本FCがクラブチーム化でアルエット熊本に名称変更。佐川急便SCが佐川急便大阪SCとの区別化の為に佐川急便東京SCに名称変更。FC KYOKEN京都がFC京都BAMB1993に名称変更。リーグ戦が2回戦総当りから1回戦総当りへ変更されたが、これは2002FIFAワールドカップ開催による臨時措置であった。なお、この年からJFLではリーグ全体のキャッチフレーズを設定している。

2003年「明るい日本はJFLがつくる。」

優勝：大塚FC

入会：佐川印刷SC(入れ替え戦勝利によるJFL昇格)

退会：ジヤトコFC(解散)、FC京都BAMB1993(入れ替え戦敗退による地域リーグ降格)

参加チーム数が18→16と減少し、リーグ戦が1回戦総当りから2回戦総当りへ変更となった。このシーズンから横河FCがクラブチーム化で横河武蔵野FCに名称変更。また、JFL初年度から参加していたジヤトコFCが10月に解散を表明。静岡県東部を本拠地とするチームの再入会は11年後に入会するアスルクラロ沼津まで待たねばならなかった。

2004年「蹴りを入れろ。」

優勝：大塚FC

入会：ザスパ草津(JFL自動昇格)、群馬FCホリコシ(入れ替え戦勝利によるJFL昇格)

退会：大塚FC、ザスパ草津(以上:J2自動昇格)、国士舘大学サッカー部(チームの不祥事による退会)

YKK FCがYKK AP FCに名称変更。

2005年「呑んでかかれ。」

優勝：愛媛FC

入会：三菱自動車水島FC、流通経済大学サッカー部、ホンダロックSC(以上:JFL自動昇格)

退会：愛媛FC(J2自動昇格)

群馬FCホリコシがFCホリコシに名称変更。

2006年「あなたの一番を見せてくれ。」

優勝：ホンダFC

入会：FC琉球、ジェフ・クラブ、ロッソ熊本(以上:JFL自動昇格)

退会：ホンダロックSC(入れ替え戦敗退による地域リーグ降格)

参加チーム数が16→18に戻る。このシーズンからデンソーサッカー部が廃部によるクラブチーム化でFC刈谷に名称変更。ロッソ熊本がアルエット熊本時代以来4シーズンぶりにJFL再入会。

2007年「競り合って、強くなる。」

優勝：佐川急便SC

加入：佐川急便SC(在籍チーム同士の合併による特例入会)TDK SC(JFL自動昇格)、FC岐阜(入れ替え戦勝利によるJFL昇格)

退会：ロッソ熊本、FC岐阜(以上:J2自動昇格)

このシーズン、佐川急便東京SCと佐川急便大阪SCの対等合併により佐川急便SCが創設。また、SC鳥取がガイナーレ鳥取に名称変更。

2008年「18の個性を無限の感動に。」

優勝：ホンダFC

入会：カターレ富山(在籍チーム同士の合併による特例入会)、ファジアーノ岡山、ニューウェーブ北九州、MIOびわこ草津(以上:JFL自動昇格)

退会：栃木SC、カターレ富山、ファジアーノ岡山(以上:J2自動昇格)

このシーズン、アローズ北陸とYKK AP FCの対等合併によりカターレ富山が創設。また、佐川急便SCから名称変更した佐川急便滋賀FCがシーズン途中で正式名称をSAGAWA SHIGA FCに変更。

2009年「Jump!Fight!Love!(もっと高く、もっと強く、もっと熱く)」

優勝：SAGAWA SHIGA FC

入会：FC町田ゼルビア、V・ファーレン長崎、ホンダロックSC(以上:JFL自動昇格)

退会：ニューウェーブ北九州(J2自動昇格)、三菱自動車水島FC(クラブ経営危機による退会)、FC刈谷(入れ替え戦敗退による地域リーグ降格)

ホンダロックSCが3シーズンぶりにJFL再入会。また、このシーズン最下位だった三菱自動車水島FCが運営費削減を理由に退会を表明。"競技成績以外でのJFL退会は受け入れ拒否"という地域リーグの規約に従い、岡山県リーグ1部から再出発となった。

2010年「驚かすのは、オレたちだ。」

優勝：ガイナーレ鳥取

入会：松本山雅FC、栃木ウーヴァ(以上:JFL自動昇格)、ツエーゲン金沢(入れ替え戦勝利によるJFL昇格)

退会：ガイナーレ鳥取(J2自動昇格)、流通経済大学FC(地域リーグ自動降格)

この年、現行JFLとなってから初めてJリーグ参入を目指す「物好き」クラブと門番クラブが同数となった。一方、TDK SCが廃部によるクラブチーム化でブラウブリッツ秋田に名称変更。また、流通経済大学サッカー部が事実上のセカンドチームであるJFL参加チームのみを名称変更する形で流通経済大学FCとして再編させるも本シーズンで地域リーグへ降格してしまう。大学チームの再入会は5年後の流通経済大学ドラゴンズ龍ケ崎(※2010年当時は事実上のサードチーム)まで待たねばならなかった。

2011年「ニュースなヤツ　出てこい！！」

優勝：SAGAWA SHIGA FC

入会：カマタマーレ讃岐、AC長野パルセイロ(以上:JFL自動昇格)

退会：FC町田ゼルビア、松本山雅FC(以上:J2自動昇格)、ジェフリザーブス(解散)、アルテ高崎(クラブ経営危機による退会)

東日本大震災の影響により、日程及びレギュレーションに大幅な変更が発生。更にホームタウンに甚大な被害が出たソニー仙台FCはシーズン後半からの参加となった。一方、入会チームが決定した2012年1月、アルテ高崎がJFLを退会、のちに解散となった。

2012年「たっぷりゴール決めてやれ！」

優勝：V・ファーレン長崎

入会：Y.S.C.C.、藤枝MYFC、HOYO AC ELAN大分(以上:JFL自動昇格)

退会：V・ファーレン長崎(J2自動昇格)、SAGAWA SHIGA FC(解散)

シーズン開幕前の影響で17チームでのリーグ戦開催となる。このシーズンからMIOびわこ草津がMIOびわこ滋賀に名称変更。また、このシーズンを最後に前シーズン王者のSAGAWA SHIGA FCが解散。一方、本シーズンにて国内リーグ初のプロリーグ最下部・アマチュアリーグ最上部入れ替え制度が導入され、さっそく導入1年目でV・ファーレン長崎が優勝に伴うJ2昇格、FC町田ゼルビアがJ2最下位に伴うJFLへ降格という結果が出ることとなった。

2013年「フェアでホットな風に乗れ！」

優勝：AC長野パルセイロ

入会：FC町田ゼルビア(JFL自動降格)、SC相模原、福島ユナイテッドFC(以上:JFL自動昇格)

退会：カマタマーレ讃岐(J2自動昇格)、AC長野パルセイロ、SC相模原、FC町田ゼルビア、ツエーゲン金沢、ブラウブリッツ秋田、FC琉球、Y.S.C.C.、藤枝MYFC、福島ユナイテッドFC(以上:J3自動昇格)

カマタマーレ讃岐がガイナーレ鳥取との入れ替え戦に勝利しJ2昇格が決定。また、J3の発足に伴い、JFL所属の18チーム中9チームが離脱するため、2014年シーズンは14チームでの開催が決定。これにより地決での昇格枠は例年の「2」から「3」に拡大されたが、優勝したグルージャ盛岡がJ3へ飛び級昇格。また、3位のFC鹿児島と4位のヴォルカ鹿児島の次年度からの統合が決定していたため、臨時に設けられた入会希望申請枠が「3」から「4」へと拡大。その結果、地決出場チームからレノファ山口(J3ライセンス保有、1次ラウンド敗退)、マルヤス工業サッカー部(1次ラウンド敗退)が、地決不出場チームからアスルクラロ沼津(J3ライセンス保有、東海社会人サッカーリーグ4位)、ヴァンラーレ八戸(準加盟、東北社会人サッカーリーグ2位)が選ばれた一方、入会を有力視されていたサウルコス福井(北信越フットボールリーグ優勝、地決1次ラウンド敗退)やFC大阪(関西サッカーリーグ優勝、1次ラウンド敗退)が外れるといった波乱が起きた。

2014年「沸かせるゲーム、ここにあり！」

年間優勝：ホンダFC

ステージ優勝：ホンダFC(1st)、佐川印刷京都SC(2nd)

入会：ファジアーノ岡山ネクスト、鹿児島ユナイテッドFC(以上:JFL自動昇格)、レノファ山口、FCマルヤス岡崎、ヴァンラーレ八戸、アスルクラロ沼津(以上:枠増加による選考入会)

退会：レノファ山口(J3自動昇格)

このシーズンより2ステージ制が導入。本シーズンは14チームで開催。1stステージはホンダFCが、2ndステージは佐川印刷京都SCがそれぞれ優勝。チャンピオンシップで本田FCが年間優勝を果たした。また、年間成績で4位となったレノファ山口のJ3昇格が決定。これにより、地決でのJFL昇格枠は「3」に決定。その結果、奈良クラブ(関西サッカーリーグ1部優勝)とFC大阪(関西サッカーリーグ1部2位)、クラブ・ドラゴンズが入会。関西サッカーリーグからの入会はMIOびわこ滋賀以来6年ぶり、大学チームの入会は流通経済大学サッカー部以来9年ぶりの快挙となった。

2015年「抜け出すのはどこだ！」

年間優勝：ソニー仙台FC

ステージ優勝：ヴァンラーレ八戸(1st)、ソニー仙台FC(2nd)

入会：奈良クラブ、FC大阪、流通経済大学ドラゴンズ龍ケ崎(以上:JFL自動昇格)

退会：鹿児島ユナイテッドFC(J3自動昇格)、SP京都FC(解散)

参加チーム数が14→16へと増加。1stステージは大激戦の末得失点差2でヴァンラーレ八戸が、2ndステージは全試合無敗というぶっちぎりの強さでソニー仙台FCがそれぞれ初優勝、チャンピオンシップでは延長戦にもつれても決着がつかずPK戦まで行った結果、ソニー仙台が初優勝を果たし、JFLどころか日本サッカー史上初の「東北のチームによる全国リーグ1･2フィニッシュ」という結果でシーズンの幕を閉じた。また、鹿児島ユナイテッドFCが総合4位でJ3昇格、前年度2ndステージ優勝･総合準優勝のSP京都FCがJFL退会を表明し、降格は無しに。これにより、地決でのJFL昇格枠は「2」に決定。その結果、ラインメール青森(東北社会人サッカーリーグ1部2位)とブリオベッカ浦安(関東サッカーリーグ1部優勝)が入会。青森県勢が地決を経てJFLに入会するのは史上初のことである。

2016年「登り詰めろ！」

年間優勝：ホンダFC

ステージ優勝：流経大ドラゴンズ龍ケ崎(1st)、ホンダFC(2nd)

入会：ラインメール青森、ブリオベッカ浦安(以上:JFL自動昇格)

退会：ファジアーノ岡山ネクスト(解散)、アスルクラロ沼津(J3自動昇格)

横河武蔵野FCが将来のJ3参加を表明し東京武蔵野シティFCに名称変更。また、ファジアーノ岡山が将来的なU-23チーム創設とそのJ3参入を目指して、ネクストの解散を発表。さらにアスルクラロ沼津が総合3位でJ3昇格。この結果、降格は無しに。これにより、地決でのJFL昇格枠は「2」に決定。その結果、FC今治(四国サッカーリーグ優勝)とヴィアティン三重(東海社会人サッカーリーグ3位)が昇格。三重県勢のJFL参入は旧JFL時代のコスモ四日市FC以来約20年ぶりとなる。1stステージは流経大ドラゴンズ龍ケ崎が大学チームとして史上初の優勝、2ndステージはHonda FCが2年ぶりに優勝を果たした。ステージ制ながらも学生チームがJFLでタイトルを獲得するのは史上初である。

2017年「楽しむヤツが勝ち！」

年間優勝：ホンダFC

ステージ優勝：ホンダFC(1st/2nd)

入会：FC今治、ヴィアティン三重(以上:JFL自動昇格)

退会：栃木ウーヴァ、ブリオベッカ浦安(以上:地域リーグ自動降格)

ホンダFCが2ステージ制度になって以来初の完全優勝を成し遂げた一方、J3ライセンス持ちのヴァンラーレ八戸、FC今治の両チームが昇格要件である年間総合4位以上を逃し、改めてその門番ぶりを見せつけた。また、昇格クラブが出なかったことにより約7年ぶりに降格が発生。それがよりによって栃木ウーヴァとブリオベッカ浦安の関東2チームだったため、関東内(※関東都県1部→関東2部/関東2部→関東1部)では自動昇格が発生せず。併せて、関東サッカーリーグ方面からは「来年は地獄になる」と戦々恐々と不満の声が飛んでいた。

2018年「ギュッと締まったゲーム贈ります！」

年間優勝：ホンダFC

ステージ優勝：ホンダFC(1st/2nd)

入会：コバルトーレ女川、テゲバジャーロ宮崎(以上:JFL自動昇格)

退会：ヴァンラーレ八戸(J3自動昇格)、コバルトーレ女川(地域リーグ自動降格)

現行JFLになって20周年の節目。1stステージ開幕戦が3月11日であったため、試合開始前には東日本大震災の被災者への追悼が行われた。特に本年昇格したコバルトーレ女川は震災の影響によって1年間の活動休止を強いられたこともあり特別な感慨を持ってJFL開幕を迎えた。この年をもってJFLの2ステージ制が終了。翌年からは1ステージ制に戻ることになった。1stステージ・2ndステージともホンダFCが1位で完全優勝を成し遂げる。特にホンダFCはスカパー!による有料での全国生中継を通し、アウェイ戦の相手であるFC今治を4-1と無慈悲に叩きのめしたことで、当時会場にも来ていた元日本代表監督の岡田武史・FC今治オーナー、元日本代表選手で解説者の水沼貴史、有名実業家で且つ当時Jリーグ関係者として観戦に招かれていた堀江貴文の豪華な面子をも前にして、改めて自分たちが『門番』と称えられて恐れられる所以を全国のサッカーファンに示した。通算2位は1stで2位、2ndで8位のFC大阪、通算3位は1stで3位、2ndで2位のヴァンラーレ八戸、通算4位は1stで6位、2ndで3位のソニー仙台FCが入った。これに伴いヴァンラーレ八戸が年間通算順位4位以内をクリアしJ3昇格。コバルトーレ女川は通算成績最下位で降格が決定した。これにより地決でのJFL昇格枠は「2」で優勝した松江シティFC(中国サッカーリーグ)と二位の鈴鹿アンリミテッド(東海社会人サッカーリーグ1部)の2チームが入会。

2019年「ひらめきを磨け！」

優勝：ホンダFC

入会：鈴鹿アンリミテッド、松江シティFC(以上:JFL自動昇格)

退会：FC今治(J3自動昇格)、流通経済大学ドラゴンズ龍ケ崎(地域リーグ自動降格)

16チームによる2回戦総当たりリーグ方式(ホーム&アウェイ方式)の1ステージ制

JFL新加入の鈴鹿アンリミテッド監督に女性のミラグロス・マルティネス・ドミンゲスが就任。JFLによると日本の全国リーグで初の女性監督で、しかも「サッカー　女性　監督」でネット検索しあがったのがきっかけになったため話題に。第27節で首位ホンダFCが流経大を破り、2位のソニーが引き分けた為最終節を待たずにホンダFCが優勝し、現在も破られていない記録であるJFL4連覇を達成。3位の今治が勝利、5位ホンダロックと6位の三重が引き分けで5位以下に勝ち点差10で4位以内が確定、同時に来季のJ3昇格を決めた。一方の地決は決勝ラウンド第二日でいわきFC(東北社会人リーグ1部)が2位以内を確定、最終日に高知ユナイテッドSC(四国サッカーリーグ)が勝ってJFL入会が決定。

2020年「湧き出すリズムで攻めろ！」

優勝：ヴェルスパ大分

入会：いわきFC、高知ユナイテッドSC(以上:JFL自動昇格)

退会：テゲバジャーロ宮崎(J3自動昇格)

16チームによる2回戦総当たりリーグ方式(ホーム＆アウェイ方式)の1ステージ制の予定が、新型コロナウイルスの影響によりシーズン前半戦が中止され、16チームが1回総当りのみで戦う形に変更。JFL15位、16位チームはJFLに残留することも決まった。及び、鈴鹿アンリミテッドが鈴鹿ポイントゲッターズに名称変更。リーグ戦の結果は、ヴェルスパ大分は2試合を残した時点で2位に5ポイント差を付け、11月21日の鈴鹿ポイントゲッターズ戦で2-2のドローだったが2位のソニー仙台FCはホームでホンダロックSCと対戦し、1-4の敗戦でヴェルスパ大分が最終戦を残して優勝確定。3位に位置していたテゲバジャーロ宮崎も同日にアウェイでFCマルヤス岡崎に4-0の勝利し2位浮上と共にJ3昇格に王手、22日に行われたいわきFC対ヴィアティン三重戦が1ー1の引き分けにより今シーズンの4位以内が確定。同時に来季のJ3昇格(Jリーグ入会)を決めた。地決はFCティアモ枚方が1位で初入会、FC刈谷が2位で11年ぶり且つ通算3チーム目の再入会を決める。

2021年「大漁得点で波に乗れ！」

優勝：いわきFC

入会：FCティアモ枚方、FC刈谷(以上:JFL自動昇格)

退会：いわきFC(J3自動昇格)、FC刈谷(入れ替え戦敗退による地域リーグ降格)

上記の通り、新型コロナウイルス拡大の影響でJFL15位、16位チームはJFLに残留、1チームがJ3昇格に伴い17チームでリーグ戦が行われた。11月3日に行われた第29節を終えた時点で、来季J3参入の順位要件となるJFLでの4位以内を確定させ、更に27日に行われた第33節の試合で、首位に立ついわきFCが2位のホンダFCを振り切って初優勝。JFL王者として翌年のJリーグに参入するクラブは2013年度王者のAC長野パルセイロ以来8年ぶりとなる。地決はクリアソン新宿(東京)が1位、FC伊勢志摩(三重)が2位となり、クリアソン新宿がJFL17位・FC刈谷と、FC伊勢志摩がJFL16位・ホンダロックSCと入れ替え戦を行い、クリアソン新宿が勝利により昇格・初入会(※FC刈谷は敗退によりJFL在籍チームとして史上初の2度の地域リーグ降格)、ホンダロックSCが残留となった。

2022年「ひと味違うプレーで魅せろ！」

優勝：奈良クラブ

入会：クリアソン新宿(入れ替え戦勝利によるJFL昇格)

退会：奈良クラブ、FC大阪(以上:J3自動昇格)、FC神楽しまね(クラブ経営危機による退会)

松江シティFCがFC神楽しまねに名称変更。リーグ戦の結果は、奈良クラブが1位、FC大阪が2位となり、11月にJ3昇格が承認された。一方、2023年になって、FC神楽しまねが経営不振による立て直しのためJFLを退会(後に解散)、来季は15チームで行われる。

2023年「熱気の嵐で染め上げろ！」

優勝：ホンダFC

入会：ブリオベッカ浦安、沖縄SV(以上:JFL自動昇格)

退会：なし

ホンダロックSCがミネベアミツミFC、MIOびわこ滋賀がレイラック滋賀に、各々名称変更。この年からJ3との入れ替え制度が導入されたが、上位のホンダFC、ブリオベッカ浦安ともにJ3ライセンスを取得していないため、入れ替えは実施されなかった。ホンダFCはJFL優勝回数2桁台1番乗りとなった。地域CLで優勝した栃木シティFCが栃木ウーヴァ時代以来7年ぶりのJFL昇格・再入会。地域CL2位・ボンズ市原とJFL15位・沖縄SVとで入れ替え戦が行われ、沖縄SVが勝利しJFL残留となった。

2024年「熱気の帯から翔(はばた)け！」

優勝：栃木シティFC

入会：栃木シティFC(JFL自動昇格)

退会：栃木シティFC(J3自動昇格)、高知ユナイテッドSC(入れ替え戦勝利によるJ3昇格)、ソニー仙台FC(解散)

JFL復帰1年目の栃木シティFCがJFL初優勝、2位高知ユナイテッドSCとともにJ3昇格を決めた。一方でソニー仙台FCが解散。そのため本来ならば九州リーグに自動降格であった最下位ミネベアミツミFCが地域CL2位・ホンズ市原との入替戦に勝利し、かろうじてJFL残留を決めた。地域CLは関西の飛鳥FCが優勝し、JFL初昇格・初入会。J3最下位のいわてグルージャ盛岡、同19位で入れ替え戦で高知に敗れたY.S.C.C.横浜がJFLに降格した。いわてグルージャ盛岡はJFL初入会、Y.S.C.C.横浜は来季12年ぶりのJFL再入会でもある。なお、今シーズンはJFLが日本国内4部リーグになって10周年である。