概要
シンオウ地方の過去である「ヒスイ地方」が舞台の本作では、冒険の拠点となる「コトブキムラ」があり、恐らくは後のコトブキシティ。
他の地方から渡って来た人々が築き上げた村であり（作中でも、渡来してきた人々を乗せた船が到着する様子を見るイベントがある）、作中で"町"と呼べる規模のコミュニティはここしか存在しない。
元ネタは明治期の北海道開拓地（現地の人間から見れば植民地）への入植者が作り上げた市街地と思われるが、作中を見るに和人風の民族だけでなく、欧州風（ポケモン風で言うところのガラル人やイッシュ人）や黒人風など様々な民族が確認できる。だが、基本的には皆和装であり、和風の名前が圧倒的に多い。
- 作中では明確に出身者がいると言及されているのは、ジョウト(設立者のデンボク等)、アローラ、ガラル(両方ともサブクエストで判明)。推測されるのが、カントー、イッシュ(コトブキムラではなく、こちらにはこの方が)等、前作までの地方を網羅している。おそらく遠方とは言われているが、実際には現実世界より距離が近いor頻繁に行き来していたのかもしれない。
村の中にはソノオ通りとミオ通りという、後世の街の方角に対応した通りの名前が設定されている。地図を見る限りコトブキムラ自体は後のコトブキシティ・ミオシティ・ソノオタウンの丁度真ん中あたりに存在するため、ここから人々の広がっていった先がそれらの街だったのだろう。
村の発展度合いによって次第にBGMが変わっていくという仕様がある。
メインストーリーをクリアすると…？
各エリア
コトブキムラ内
- 宿舎
この世界での主人公の住居。
寝ることで時間を変更したり、姿見で衣装を変えたり、アイテムボックスが置いてある。
そして、イチョウ商会から購入した不思議なアイテムもここに置かれる。
- 写真屋
シリーズ恒例の撮影施設である。
『HGSS』のゲンゾー(しゃしんオヤジ)の先祖あるいは親類と思しきゲンゾウが営む古風な写真館。
なお、この写真館で写真を撮ったポケモンを『ポケモンホーム』を介して『SV』に送ると、「ヒスイリボン」という証を入手でき、ポケモンの前に「とおいむかしの」という二つ名を付けられる。なお、写真館で写真を撮れば、本作で捕まえた個体でなくともこの証を付けることが可能。
- 呉服屋
過去作でいうブティックに相当する施設で、フロンティアブレーン・コクランの祖先と思しき女性・シャロンが経営する呉服屋。
サブ任務の進行度具合に応じて品揃えが増える。
- 放牧場
本作におけるポケモンボックスに相当する施設で経営者はオハギという女性(名前の由来は恐らく萩)。
同様の機能は野外キャンプでも使用可能で、預けたポケモンに応じて放牧されるポケモンのグラフィックが切り替わる。
- イモヅル亭
ギンガ団直営の食堂。ムベという老人が切り盛りする。
イモモチという北海道でも実際に食されている料理が名物で、任務後に調査隊が美味しそうに食べるシーンが見られる。ケムリイモが原料の料理らしく、売却が可能。
これとは別に「ナナシマ飯店」という店もある。
- クラフト屋
クラフトに必要な材料やレシピを販売しており、ここにあるクラフト台は無料で利用できる。
ただし、材料に関してはフィールドで拾った方が安上がりではある。
クラフト台はキャンプでも使用可能な他、クラフトキットの存在により、素材が揃っていればどこでもクラフトが可能。
- 雑貨屋
本作におけるフレンドリィショップで、プルートにそっくりな男性・タイサイが店長を務める。
『欲しいものがあれば買いなされ なければ 自分で作りなされ』が理念であり、最初は品揃えに乏しいが、メイン任務とサブ任務をこなして行くことで品揃えが増えて行く。
ギンガ団本部の地下にいる製造隊隊長のタオファが卸を担当しているようだが、過去にタイサイとトラブルがあったせいで品揃えが増えていない（品揃えはタイサイから指定されたアイテムをタオファに納品することで増やしていくことができる）。
旅の商団イチョウ商会が馬車を停めており、ここでは雑貨屋では買えないアイテムや、アイテムのセット売りが購入できる。
目玉商品はリーダーのギンナン、恒常品はツイリの担当。
- 散髪屋
サブ依頼をこなす事でバリエーションが増える。
- アメ屋
マツモが経営する飴屋台で、けいけんアメを売っている。
- 交換屋
通信交換や、落し物通信で集めたフレンドリィポイント（FP）をレアアイテムと交換してくれる屋台で、店長はサモンという女性。
- 訓練場
ギンガ団警備隊隊長のペリーラという、オーバのような髪色の師範代の女性が経営する道場。
本作におけるわざマシンや技教えに相当し、レベルアップを介さない早業/力業の皆伝もここで行われる。
後にノボリがいっぴき道やかちぬき道などのポケモンバトルの相手を斡旋してくれるようになる。
- おまもり
訓練場の北にある祠。その前にいる人物に話しかけると、様々な効果を持つお守りを売ってくれる。
- 農場
ナバナという、ナタネのような髪型の中年男性が管理している畑で、サブ任務を一定数こなすとミントやぼんぐりといった作物を植えることが可能である。
栽培には料金がかかるものの、時々豊作となり、入手する作物の量が増える時もある。
- ギンガ団本部
活動拠点。一種の村役場のような施設であり、団長のデンボクや隊長のシマボシ、ラベン博士が常駐しており、メイン任務の受諾や団員ランクの昇進手続きもここで行われる。
ガラルマタドガスやコイキングの装飾がなされた洋風の立派な建物だが、現在のコトブキシティには現存していない。北海道庁旧本庁舎が外観のモデルとなっている。
コトブキムラ周辺
- 野外訓練場
コトブキムラの南側にある施設。
モンスターボールをフワンテ風の風船に当てる射的が行うことが出来、スコアに応じた報酬を貰える。
- 始まりの浜
野外訓練場の反対側にあるエリア。
ともしびが落ちている。
