ラディゲが操縦する巨大ロボの前にネオジェットマンとジェットガルーダが敗れたことで竜は雷太とアコと共にジェットイカロスに乗り込み、バイラムロボに挑むもラディゲは竜を屈服させるべく、精神攻撃を仕掛けてきた。だが、トランザの精神がラディゲに抵抗したことで隙が生じ、現実世界に戻ってこれた竜は凱の魂の一喝で完全に正気に戻るとバードニックセイバーでバイラムロボを撃破することに成功。

竜たちは香たちに出迎えられるが竜はラディゲはまだ生きていることを察し、戦いはまだ始まったばかりだと気を引き締めるのだった。

第二部

新生バイラムに対抗すべく、小田切の指揮の下、ジェットマンの強化が始まった。その過程でミュージシャンのジェフリー剣崎はバードニックウェーブを浴び、ブラックコンドルに代わる新たなジェットマン・グリーンイーグルとなった。ジェットマンに憧れていたことに加え、憧れの歌手でもあるアコと一緒にいられることでジェフは凱とは逆にすんなりとジェットマン入りする。

一方、綾はラディゲにさらわれ、かつての藍リエ同様に洗脳されて、ラディゲの娘・ルマに変えられてしまう。

レッドホーク、ホワイトスワン、イエローオウル、ブルースワロー、グリーンイーグルの新生ジェットマン5人はルマに立ち向かうもルマを倒すわけにはいかず、苦戦を強いられる。

戦いは巨大戦に突入し、ジェットイカロスとジェットガルーダが新たなバイラムロボ・ミーナと交戦する中、レッドホークとグリーンイーグルはルマを救出すべく、ミーナの内部に突入。

グリーンイーグルがルマを救出しながらも仕掛けられた罠で2人とも死んでしまうが綾の魂とミーナの力でグリーンイーグルは蘇生。ラディゲを抑え込んでいる間にレッドホークがスマッシュボンバーでラディゲを倒す。

再び魂だけの状態となったラディゲは今度はミーナの力で蘇生したジェフに乗り移ろうとするが精神が完全に回復したトランザの魂に動きを抑えられ、その間にグレートイカロスのバードメーザーでミーナ共々消滅する。

ミーナ消滅の影響でルマは綾の姿に戻るも命は失われたままだったがジェフは自分の中のミーナの力で綾を蘇生させることを提案。

綾の心に入ったジェフは綾を説得するも綾は罪悪感から生き返ることを拒み、ジェフも死にかけるが現実世界の竜たちがバードニックウェーブをジェフに分け与え、ジェフと綾の前に凱とリエが姿を現し、綾を激励し、生きる意志を取り戻した綾と共にジェフは現実世界に帰還。

綾を取り戻し、バイラムの2度に渡る侵略から地球を守り抜いた竜たちを祝福するかのように青い空が広がっていた。