このため、前作にてバブルン・ボブルンとして登場したバビーとボビーが呪いを無事解いて人間に戻った姿で主人公として再び登場している。「虹の魔法」を使えるまでに成長していた2人は、「レインボーアイランド」という島に「ダイヤモンドロッド」と呼ばれる秘宝があることを知り、そこへ向かうところからストーリーが始まっている。

サブタイトルは「THE STORY OF BUBBLE BOBBLE 2」であり、『バブルボブル2』や『バブルシンフォニー』との関係が少しややこしいことになっている。

ストーリーの時系列上は本作の後に『パラソルスター』や『バブルメモリーズ』に繋がることになる。

家庭用ゲーム機にも派生作品があり、2005年には「ニューレインボーアイランド」のタイトルでニンテンドーDS用ソフトとして発売された。

メインBGMには1939年のアメリカ映画『オズの魔法使』（The Wizard of Oz）の劇中歌「虹の彼方に」をモチーフにした曲が使用されていたが、日本では1988年発売のファミリーコンピュータ版と1993年発売のPCエンジン版と2002年発売の「株式会社メディアカイト」の遊遊シリーズ（Windows）版を除いて、以降の移植版はBGMが差し替えられている。

海外では1989年から1990年に掛けて移植されたアムストラッドCPC版、コモドール64版、AtariST版などにはそのまま使用され、1991年以降の移植であるNES版やセガ・マスターシステム版、セガサターン版などでは、曲の前半部分を似た感じのメロディに差し替えられたものが使用されている。

2024年1月リリースのアーケードアーカイブス版はNES版のBGMを、『バトルギア』や『Gダライアス』などのBGMを手掛けた元ZUNTATAの瓜田幸治氏により基板と同音源で編曲されたものが使用されている。

リメイク（派生）作品

レインボーアイランド〜パーティズ☆パーティ〜

2000年6月29日発売のワンダースワン用ソフト

レインボーアイランド2にあたる外伝作品

主役は自称バビーとボビーの弟子パティと救援要請主であり相棒のノーティ（お助けキャラ＆解説担当）の二人

『ワンダーゲート』というインターネットサービスに対応しており、ワンダーゲートでしか手に入らないアイテムや追加データがダウンロード出来るようになっていたが、サービス終了によりメニューを選択しても取得不可能になったとされていたが、2022年4月27日に通信処理を内部で代替処理するパッチが公開された為、当時の体験を維持しながらアイテム及び追加データの取得が可能になっている。

一般市場には出なかったが、カラー版が限定版として存在したもよう。

ただしプレイ動画を見ると、カラー処理による負荷で処理落ちが発生してしまっているように見える。

カラー版　ノーマルエンドプレイ動画

カラー版　ハッピーエンドプレイ動画（上記動画のリベンジ動画）

イベント集

ニューレインボーアイランド

2005年12月29日発売のニンテンドーDS用ソフト。

元の要素は残っているものの、DS要素として、タッチペン操作になった。ゲームでは主人公はシャボンに入っていて地に足をつくことはない。虹はタッチペンで書き、今回は虹で敵を囲み、逆さになった敵をほかの敵をぶつけることでダイヤを得ることができる。アイテムも少々追加され、BGMは面ごとにアレンジが異なる。なお今回は操作キャラが選べるようになっており、バビーとボビーの他にマイク、バイオレットという新キャラが登場。バビー兄弟との接点は不明

NEWレインボーアイランドハーディガーディ大冒険!!

2007年2月8日発売のPSP用ソフト。

3Dグラフィックになり、キャラクターデザインや世界観が刷新されているため元の原型が全く無くなってしまっており、別作品と考えた方がいいと思われる。

ストーリーは、魂のない音楽「フェイクミュージック」をばら撒く企業「ミリオンレコード」のせいで環境が破壊され生き物も暴走し始めたレインボーアイランドを救うため、虹の楽器「ハーディガーディ」を手にしたバビーとボビーが立ち向かう、というもの。これに合わせて衣装もメキシコっぽいソンブレロ帽をかぶったものになったりしている。

レインボーアイランドタワーリングアドベンチャー!

2009年3月3日にWiiウェアが、同年10月28日にXbox Live Arcade版がダウンロード販売開始された。

ストーリーは、どんな望みも叶えてくれる彗星の「ナナれぼし」に会いに行くため、バビーとボビーがレインボーアイランドに建つタワーを登っていくというもの。しかしイタズラ好きのナナれぼしは退屈しのぎのお遊びとして、星のカケラで作ったシモベたちをバビーたちに差し向けて意地悪をしてくる。さらに、「魔法よりワシの科学の力の方が優れておる！」と「ミカヅキ博士」がバビーたちを追いかけて力比べを挑んでくる。果たしてバビーとボビーはタワーを登りきって願いを叶えられるのか…！？といった内容になっている。

一様タイムアタックなどの追加要素が在るが、元々原型を全く留めていないのでバブルボブルシリーズとして見ない方が楽しめる模様。

登場キャラクター

バビーとボビー

バブルボブルシリーズの主人公で、親から「虹の魔法」を習いお宝さがしの冒険に出るが途中で島々の異変に気づき、その原因調査を始まる。

その後、何度も世界の危機を救い出した活躍で”レインボーアイランド〜パーティズ☆パーティ〜”の頃では、勇者と呼ばれるようになる。

パティ　CV:仁後真耶

レインボーアイランド〜パーティズ☆パーティ〜の主人公

バビーとボビーの自称弟子　彼女の得意料理はケーキでそれ以外は作れないようで彼女の担当の食事はケーキのみとなってしまうため二人をやや困らせている模様。

「虹の魔法」に至っては二人より才能が在るようで、二人とも口には出さないが弟子として認めている様子。

ノーティ　CV:榎本温子

（左側のキャラ）

レインボーアイランド〜パーティズ☆パーティ〜のもう一人の主人公

レインボーアイランド島周辺の島の異変に気付いて勇者バビーとボビーに助けを求めてやってきたが、その直前にほかの島からの救援要請が出ており、そちらに出動していた為会えず、留守番していたパティと出会う

パティはバビーとボビーの弟子という事で勝手に解決に向かいそれを引き留める事も出来ず、彼女の事を当初は本当に大丈夫なのか？と疑っていたが、冒険をしていく内にひかれあい、最終的に公私共にパートナーとなったと思われる。

マイクとバイオレット

ニューレインボーアイランドに登場するオリジナルキャラクター

条件をクリアすることでアンロックされて、プレイできるようになるもよう。

プロフィール情報がネットに無いようで詳細は不明。

余談

海外では1996年にプレイステーション&セガサターン&MS-DOS用ソフトとして『Bubble Bobble also featuring Rainbow Islands』というカップリング作品が発売されている。

これには前作『バブルボブル』と本作『レインボーアイランド』の各海外版の他、本作のグラフィックをリファインした『Rainbow Island Enhanced!』が同時収録されている。

…だが、追加された3DCGのオープニングムービーがやたら不気味な内容となっており、醜悪な怪物と化したバブルン、不気味な笑い声で走ってくるバビー等、ツッコミどころの多い内容となってしまっている。

さらに、原作・エンハンスド版ともに、最後の隠し面及びエンディングの前半がゴッソリカットされてしまっている。そのため劣化移植と言ってもいいだろう。

アーケードアーカイブス版恒例の「こだわり設定」では、2プレイ目以降のクレジット追加時に10種ある隠しコマンドのうち1種を自動入力してくれるようにできる。また、自ら隠しコマンドを入力した際の成否の表示、レインボースペシャルの1プレイ目での出現や、メッセージテキストを原作通りに再現が可能になっている。また、ボタン設定でダイヤの落下位置を表示できるようにも設定可能。

『エキストラ』の真のエンディングのネームエントリー後にて、以下のような後日談が語られている。

DENSETSU NO B.B-3 STORY !!

SUPER SKULL-MONSTA WA SHINDA.

SHIKASHI,KARENO KARADA KARA

1 TSU NO TAMASHII GA NUKEDASHITA.

SOREWA 3TSU NI WAKARE,NOCHINI

SKULL-3KYOUDAI TO NATTA!!

BUBBY YA BOBBY NO SHISON WA

100 NEN NO NOCHI,FUTATABI

INNEN NO TATAKAI NI TABIDATSU

KOTONINARUGA HANASHI NO TUZUKI

WA MATA ITSUNO HINIKA ...?