Ⅲにおいて前作までのカードは使用不能である。
前作の主人公（ニドorリシア）に替わり、二人×8組、あわせて16名もの主人公が登場し、プレイヤーキャラクターとして選ぶことができる。
世界観
初代とⅡのストーリーが繰り広げられたアケローン大陸とは別の平行世界に位置する、レムギア大陸が本作の舞台である。
大陸中央には内海があり、17年前に謎の巨塔が出現し、『紅蓮皇帝』を名乗る塔の主により、大陸全土への侵略が行われている。
神魔霊獣からなる軍勢により大陸の平和は破壊され、民は皇帝の暴虐に苦しんでいた。
苦しみあえぐ民たちはついに反乱を開始、反抗を率いるリーダーたちの中には、皇帝とその眷属たる『ロード』しか持たない筈の紅蓮の瞳を持つ者たちがいた……
プレイヤーキャラクター
『復讐』ギデオン（CV：梶裕貴） / 『赦罪』アンジェラ（CV：福圓美里）
『罪』ヒルダ（CV：茅野愛衣） / 『罰』バルド（CV：東地宏樹）
『因業』アズーラ（CV：三木眞一郎） / 『業縛』イージア（CV：小林ゆう）
『覇道』ジュリア（CV：堀江由衣） / 『王道』イスカル（CV：石田彰）
『不撓』スキピオ（CV：寺島拓篤） / 『堅忍』ディード（CV：佐藤利奈）
『宿命』黒曜（CV：釘宮理恵） / 『使命』琥珀（CV：日野聡）
『狂愛』アルス（CV：諏訪部順一） / 『友愛』ヴォルフ（CV：森川智之）
『虚無』テレーゼ（CV：悠木碧） / 『渇望』テオ（CV：斎藤千和）
前作からの変更
前述のようにⅡまでのカードは使用できなくなった。また、カードの書式も変わっている。
巴御前の場合「人獣」という種族名の他、〈英雄〉モノノフ、という表記がなされる。
〈 〉内を「タイプ」、それに続く部分を「クラス」という。
他のカードだと、モノノフの部分にサキュバスといった種族名やオリュンポス、ラウンドナイツといった所属名が入る。モノノフの場合はシノビやパラディンの職業タイプの分類と言える。
本作でも外部作品からキャラクターが参戦するが、それらのクラス部分には出典の名称が入る。
アルティメットスペル(以下US)
前作から引き続き使用できる究極呪文であり、前作と同じく1試合につき1回だけ発動可能、時間経過及び自陣営のアルカナストーン残量に応じてゲージが増加し一定量のゲージが溜まるとLV上昇で効果が強化される、デッキ編成選択時にどのUSにするか1つ選べる
効果は5種類
Ver3.4からは降魔召喚も行えるようになった（前作と同じくUSとの選択式)
キュアオール
自ユニット全員のHP回復&一定時間自ユニット全員のDEF上昇、LV上昇につれてHP回復量とDEF上昇量増加
リターンゲート
自ユニット全員ゲートへ帰還し更にHP回復&一定時間自ユニット全員のATK&DEF&移動速度上昇、LV上昇につれてHP回復量増加
リザレクション
死滅した自ユニットの復活時間を0にして召喚に必要なマナを10まで減少させる、LV上昇につれて覚醒、超覚醒の必要なマナもカットする（LV2で覚醒に必要なマナが10に、LV3で更に超
覚醒に必要なマナが10になる）
クイックドライブ
自ユニット全員の移動速度が大幅上昇&自ユニット全員の攻撃間隔短縮、LV上昇につれて効果時間が延長される
パワーライズ
新規のUS、効果は「一定時間、自ユニット全員のATKとDEFが大幅上昇」LV上昇につれて上昇値が増加
新要素
マナ
使い魔の召喚、アーツの使用、後述する覚醒及び超覚性の使用に必要なポイント
マナ補給方法は
1：時間経過（マナタワー制圧数に比例して必要時間短縮）
2：使い魔のマナ吸収（使い魔のコストに比例して吸収速度が速くなる）
3：マナモンと呼ばれる特殊ユニットの撃破（倒せばマナ+10、更にマナモンはHPや防御力がなく1撃で倒せる）
マナタワー
新しい施設であり、制圧するとそのマナタワー周辺でマナ吸収が可能になる、更にマナタワー制圧数が増えると時間経過によるマナ補給の速度が速まる
それ以外にもマナタワーに駐留させてHPを回復させることも可能であり、更にゲートに帰還させた使い魔をマナタワーから出撃させることも可能と回復拠点及び移動拠点も兼ねている
転醒力
Ver3.4にて降魔と共に追加されたシステム
試合時間の経過とその時点での試合中のランキングポイントに応じてチャージされていき、降魔召喚や後述する使い魔転醒を行う際に消費する
使い魔転醒
上記の転醒力を使用するシステム
コスト20以上の使い魔が死滅した際に使用可能（使い魔のコストが高い程多くの転醒力を消費する）であり、使用した場合その使い魔は死滅直前の覚醒段階までの召喚、覚醒に必要なマナを10まで減らすというものであり、50コストの超覚醒使い魔を死滅させた際に使用した場合通常は召喚50マナ、覚醒50マナ、超覚醒50マナの合計150マナを必要とするのを召喚10マナ、覚醒10マナ、超覚醒10マナの合計30マナまで減らす事が出来る
降魔を召喚するのにも転醒力が必要なので使い魔転醒を多用する状況の場合は降魔を諦めてUSに切り替える事も視野に入れておく必要性がある
余談だが使い魔転醒が生まれた経緯として「使い魔を誤って死滅させてしまい、その後何もできずにゲームが終わった」というプレイヤーに対する救済措置の目的
ジョブ
今までの攻撃属性の代わりとして対応されている要素
ジョブは3種類あり各ジョブに2種類の戦闘スタイルがある、戦闘スタイルはカードをオフェンシブゾーンに配置すれば基本となるファイタースタイル、ディフェンシブゾーンに配置すればもう1つの特殊スタイルに移行する
それぞれの共通点として
ファイタースタイル：ジョブに対応したスマッシュ（特殊攻撃）が使用可能、マナ吸収、マナタワー制圧、アルカナストーン破壊が可能
特殊スタイル：マナ吸収不可（ディフェンダーは更にマナタワー制圧及びアルカナストーン破壊不可）
相性は
アタッカーはマジシャンに強くディフェンダーに弱い
ディフェンダーはアタッカーに強くマジシャンに弱い
マジシャンはディフェンダーに強くアタッカーに弱い
となっている（弱点ジョブに攻撃されるとクリティカルヒットとなり通常よりダメージが高くなってしまう）
アタッカー
特徴：3つのジョブの中で最も移動速度が速い、スマッシュはダッシュアタック、特殊スタイルはフリッカースタイル
ダッシュアタック：発動時に一定距離を高速移動をしながら攻撃を放つ、攻撃は通常のダメージに加えて使用した使い魔のコストに応じて防御力無視の固定ダメージを与える（イメージとしてはこれらの騎馬の突撃に近い）
フリッカースタイル：攻撃力大幅低下及び移動速度低下の代わりに攻撃対象を弾く
弾く性能は弾く側のコストの方が高いほど強くなり、弾かれる側のコストの方が高いほど弱くなる（弾く側＜弾かれる側の際に、一定以上の差があると弾くことが出来なくなる）
ディフェンダー
特徴：移動速度は3つのジョブの中で最遅、スマッシュはスロウアタック、特殊スタイルはガーディアンスタイル
スロウアタック：攻撃の際に、攻撃対象に通常ダメージに加えて使用した使い魔のコストに応じて防御力無視の固定ダメージを与え、更に一定時間攻撃対象の移動速度を低下させる
移動速度低下は使用した使い魔のコストに応じて強まる
ガーディアンスタイル：攻撃力低下及び移動速度低下、更にマナタワー制圧及びアルカナストーン破壊が不可能になる代わりに自身の防御力を上昇、更に周囲に自軍のマナタワー及びアルカナストーンがある場合、該当施設にシールドを展開して相手の制圧、破壊行動を防ぐ
シールドの強度はシールドを展開した使い魔のコストに比例して強まる（他の使い魔もシールドを展開すれば更に強まる）
マジシャン
特徴：唯一遠距離攻撃が可能なジョブ、スマッシュはスプレッドショット、特殊スタイルはシュータースタイル
スプレッドショット：範囲内の敵全員にダメージを与える、更に絶えず使用し続けると最大で3段階攻撃範囲が拡大する
しかし範囲内の敵の数が多いほど、1体当たりのダメージが減衰する
シュータースタイル：攻撃力低下及び移動速度低下の代わりに攻撃の射程距離が大幅延長させ、更に攻撃速度が速くなる
覚醒、超覚醒
覚醒、超覚醒が可能な使い魔のみ使用可能
覚醒は、召喚コストと同じマナを消費させるとHP回復の他にHP最大値、攻撃力、防御力、移動速度、攻撃速度を上昇させ、更に使い魔によっては新しいアビリティが発動する
超覚醒は簡単に言えば覚醒した使い魔がもう1度覚醒をするという行為である
覚醒、超覚醒が可能な使い魔の条件は覚醒もしくは超覚醒時に発動するアビリティを所持している事（超覚醒にアビリティがあれば、覚醒にアビリティが無くても覚醒可能）
アーツ
一部の使い魔が使用可能なマナを消費することによって発動する特殊能力
その種類は敵にダメージを与えるものから自身を強化するもの、ゲートへ帰還するものと様々。
但し、一部例外を除いて一度使用するとインターバルを挟まなければ再使用不能であり、アーツの効果の有無に関係なくマナは消費されてしまうので使いどころは考える必要がある。
トランス
一部の使い魔がアーツの代わりに所持する強化システム
トランスを持つ使い魔が最大まで育ったうえで他のトランス持ちの使い魔が近くにいる状態でマナを消費することによってそのトランス持ちに憑依することができる。
憑依時には憑依された側の攻撃力、防御力が強化され、同時に憑依した使い魔が所有していたアビリティを憑依された使い魔が使うことが出来るようになる。
なお、一度に憑依可能なのは一体までで表意された使い魔が死滅すると憑依した使い魔も同時に死滅してしまう。
カルマ
Ver3.3より追加された一部の使い魔が持つシステム
特定の行動を行うことでチャージされていき、アビリティの効果やアーツを発動する際に消費される
カルマを使用する際にチャージしたカルマの量に比例して追加効果や効果時間が変わる使い魔も存在する
Ver3.4で追加された降魔は全てアビリティ発動にカルマが必要であり時間経過と共にカルマがチャージされていき（降魔によってチャージ速度が違う）最終的に3つのアビリティが発動されるようになる
更に降魔は基本的にはカルマをチャージしても消費される事はないが一部の降魔は最初から最大までチャージされている状態から始まり時間経過とともにカルマを消費していく降魔も存在する
CHANGE
Ver3.3より追加された一部の使い魔が持つシステム
発動条件は該当使い魔が超覚醒になることであり、マナを少量消費する事で発動でき、超覚醒スキルを別のスキルに切り替える事ができる
そのため「戦闘力は低いが機動力が高い形態」と「機動力を犠牲にする代わりに高い戦闘力を誇る形態」を持つ使い魔の場合、移動の際は前者を、戦闘時は後者と状況に応じて臨機応変に切り替えながらの運用が可能になる
余談だが、CHANGEが行える使い魔はその使い魔の見た目にも変化が現れる
アームズ
Ver3.4より追加された一部の使い魔が持つシステム
CHANGEと同じく超覚醒になる事が条件であり、性質そのものはアーツに似ているがアーツと違い「マナを消費しない」という相違点がある
STIGMATE
Ver3.5にて追加された一部の使い魔が持つシステム
アーツの代わりに発動でき紋章を生み出す
紋章は戦場に存在する自ユニット全てに様々な恩恵をもたらし、紋章を生み出す際にマナも消費しないが代償として紋章を生み出した使い魔ともう1体別の使い魔を消滅させるという極めて重たいものであり、消滅した使い魔は別の紋章を生み出すまでの間、その試合中は使用不可能となる
コラボ
グルーヴコースターとのコラボが決定し、特別称号が期間限定で入手できる。称号の名は『グルコス勢』、更にはBGM付き特殊称号になるようだ。
（入手方法等は公式ホームページを参照の事）
2015年のエイプリルフールでは鉄拳とコラボ。この１日だけのネタと思ったら…まさかのリアル参戦も実現した。登場するのは風間仁とリリ(鉄拳)の２名。実際に登場するのは新バージョンである「Chain-Gene」。
多彩なコラボ作品
ここで紹介しているのはごく一部だが、スクエニつながり以外にもさまざまな作品が参戦している。ここではユニットがゲスト参戦している作品を紹介する。
