演：平田昭彦
概要
現在までの全てのゴジラシリーズの中で、唯一ゴジラを完全に抹殺することに成功した兵器オキシジェンデストロイヤーの開発者である。
言いかえれば、シリーズで唯一「ゴジラ」という存在に完全に勝利した人物でもある。
人物像
本作のヒロインである山根恵美子の元婚約者。第2次大戦にて徴兵され、顔に大きな傷を負い右目を失明するも生還し、戦後は科学者として復帰していた。恵美子との婚約が破棄されてしまった経緯は不明だが、戦争中に顔に負った傷が原因ではないかとする説もある。ただ、婚約が解消されて尚も恵美子とは友人として付き合いを続けていた（このことから恵美子が芹沢を嫌って婚約を破棄したのではなく、芹沢の方から結婚を断った可能性が示唆される）。
酸素を研究する過程で水中酸素破壊剤『オキシジェンデストロイヤー』を発明したが、その絶大な破壊力に戦慄（曰く「3日は食事も喉を通らなかった」とのこと）。自らの発明が兵器利用されることを恐れて研究成果を公表せず、屋敷に引きこもって隠遁生活を送っていた。しかし、ある日自宅を訪ねてきた恵美子にその秘密を打ち明けてしまい、そして彼女の現婚約者・尾形秀人にもオキシジェンデストロイヤーの存在が伝わってしまう。
尾形からゴジラ撃滅の為にオキシジェンデストロイヤーの使用することを懇願されるが、「その存在が公表されたならば、原水爆以上に人類にとっての脅威になる」と考え、頑なに拒絶する。だが、ゴジラが破壊した東京の惨状と人々の平和への祈りを見せられたことで心が揺らぎ、遂に使用を許可してしまう。
最終的に尾形と共に東京湾へ潜行してオキシジェンデストロイヤーを使用。事前に研究資料を全て焼却した上で自らもゴジラと死を共にすることで、自身が生み出した脅威の秘密を最後まで守り抜くという責任を全うした。
科学が社会にもたらす脅威を誰よりも理解していた敬虔な科学者であり、それでも科学を人々のために役立てようと心がけていた善良な人物であった。戦争経験者でもあるためか人間の弱さや恐ろしさを人一倍強く意識しており、科学を人間のエゴのために使うことを忌避していた。
だが、皮肉にも彼の生み出したものは40年後ゴジラ並みの脅威となって蘇ってしまうことになる。
ゲーム『ゴジラ・ジェネレーションズ』に登場する芹沢博士
詳細はジャイアント芹沢博士の項目を参照。
どうしてこうなった。
モンスターバース版（芹沢猪四郎）
芹沢博士へのオマージュとして、芹沢猪四郎という日本人科学者が登場する。名前の由来は本多猪四郎。
因みに彼の父親は芹沢英二という名前であり、前日章に登場する。こちらは円谷英二が由来。
また、シリーズ3作目の『ゴジラVSコング』ではその息子である芹沢蓮が登場する（演者は小栗旬）。
小説『プロジェクト・メカゴジラ』のセリザワ博士
メカゴジラが放棄されて以降、人々の間で噂されるようになった謎の天才科学者。
噂によれば『ゴジラはセリザワ博士なる天才科学者が発明した超兵器「オキシジェンデストロイヤー」で一度抹殺されており、実は妖星ゴラスを粉砕しメカゴジラを破壊したゴジラは二頭目』とされている。博士は二頭目の存在を知らないまま、自らの研究成果が人型種族同士の争いに利用されることを恐れて命を絶ったが、彼の研究資料、あるいは予備のオキシジェンデストロイヤーはどこかに遺されており、ゴジラを再度抹殺することは不可能ではないというのだ。
しかし、その噂はゴジラの脅威に絶望する人々に少しでも希望を与える為、戦略生物研究所員のケイン・ヒルター博士がねつ造したもの（つまり、オキシジェンデストロイヤーはおろか、セリザワ博士という人物そのものが元より存在していなかったということである）で、証拠と言われる彼の写真も噂に信憑性を与えるためヒルターが自身の若い頃の写真を加工したものに過ぎなかった。
しかしながら、初代芹沢博士（というより彼の役割）に相当する人物がいないこともない。
怪獣人形劇 ゴジばんでの芹沢博士
初代芹沢博士をモデルとした『少年セリザワ』が登場(CVは大谷美紀が担当)。
