パイロット版
スタッフ
1998年、ジャンプ・スーパー・アニメツアー'98のイベント内で限定上映された。スタッフは原作者の前作『幽☆遊☆白書』から引き継がれている。同イベントでは『ONE PIECE』と『世紀末リーダー伝たけし!』のアニメも上映されている。ビデオソフトとしては一般販売が無い非売品で、応募者全員サービスとしてVHSのビデオテープが配布された。
ゴンのクジラ島から旅立つシーンとクラピカやレオリオとの出会い、船上での戦闘を描いている。
フジテレビ・日本アニメーション版
スタッフ
1999年10月16日から2001年3月31日までフジテレビほかで放送（全62話）。リアルで肉感的なキャラクター表現が特徴。日本アニメーションがアニメ事業縮小を行っていたため、実際にアニメーション制作に最も関わったのは制作協力のスタジオディーンである。その為、現在はスタジオディーン制作と表記される場合もある。
原作者からの「原作では出来ない部分の動きを描いて欲しい」「オリジナル部分が見たい」の二点の要望から人間描写が掘り下げられ、「軍艦島編」などのオリジナルストーリーが追加されたものの。一か月～半年以上の放映期間を費やす長編エピソードは無く、原作の休載の増加と相まって、アニメ制作が単行本収録分を追い越してしまい。放映終盤はジャンプ本誌連載分から脚本を起こすという危機的スケジュール進行で、掲載版で誤植した台詞のままで放映される様な状況に陥り（向かうなら束が良い等）。ヨークシンシティ編の中盤でTV放送は終了した。
緻密な演出や重厚な画面づくりが特徴であり、特に松島晃など当時の若手アニメーターを起用して少数精鋭で制作されたヨークシン編は現在でも評価が高い。
ただ、これまでHDリマスター化された事がなく、加えて後述の日テレ/マッドハウス版が制作され権利の移動があったためか、現在は再放送、ビデオソフトの新規販売、映像配信などの全てのメディア展開が停止されており。現在も可能な視聴手段は「DVDのレンタル」「中古DVDの購入」「海外版のDVDを購入」に限られている。
主題歌
オープニングテーマ
「おはよう。」- Keno
「太陽は夜も輝く」- WINO
エンディングテーマ
「風のうた」- 本田美奈子
「Eじゃん -Do You Feel Like I Feel?」- 永井真人
「蛍」- 永井真人
OVA版
旧TVアニメ版の続編。発売元はマーベラスエンターテイメント。
ヨークシンシティ完結編を描いた第1期（4巻8話）、グリードアイランド編を描いた第2期（4巻8話）および第3期（7巻14話）までが発売された。
OVAはそれぞれスタッフと制作協力が異なり、監督は嵯峨敏（第1期）、ユキヒロマツシタ（第2期）、所俊克（第3期1話-4話）、佐藤真人（第3期5話-14話）。
なお、第2期から作画がデジタル方式に完全移行した。
主題歌
オープニングテーマ
「PALE ALE」（第1期）黒沢健一
「Pray」（第2期）Wish*
「Believe In Tomorrow」（第3期）Sunflower's Garden
エンディングテーマ
「Carry On」（第1期）黒沢健一
「POPCORN」（第2期）下川みくに
「もしもこの世界で君と僕が出会えなかったら」（第3期） Sunflower's Garden
日本テレビ・マッドハウス版
スタッフ
| 監督 | 神志那弘志 |
|---|---|
| シリーズ構成 | 前川淳（1話-58話）、上代務（39話-148話） |
| キャラクターデザイン | 吉松孝博、いんどり牧場（88話-148話） |
| 音楽 | 平野義久 |
| アニメーション制作 | マッドハウス、スタジオライブ（制作協力） |
2度目のテレビアニメ化。
2011年10月から2014年9月まで日本テレビ系列局（NNN加盟30局）で放送(全148話)。
スタッフ・キャストは一新され、ストーリーも最初からスタート。個性的なキャラクターデザインと、ポップで漫画的な演出が特徴で、会長選挙編までのエピソードがアニメ化された。
主要スタッフが所属するスタジオライブ主導で制作が行われ、同社は制作協力として毎オープニングにクレジットされている。
当初は「新しいファン＝子供向け企画」としてスタートし、『それいけ!アンパンマン』と同様に朝のアニメ枠で放送。放映1～2年目までは、日テレの番組内での積極的な番宣や劇場版公開時の着ぐるみの握手会等々、親子連れや一般大衆を重視した展開を行っていた。
日本テレビでは、バラエティー番組「誰だって波瀾爆笑」の放映時間を削って毎週日曜・午前10時55分からという新たな枠を設けたが、同時ネットはミヤギテレビとくまもと県民テレビだけであり、ほとんどのネット局では深夜アニメとして放送された。結局2013年秋の改編で、日本テレビやくまもと県民テレビ、テレビ宮崎など深夜ではない時間帯に放送していたテレビ局も深夜アニメに移行している。
なお、放送開始時期によって終了時期は前後する。また、本作終了に伴い、深夜アニメが全く放送されない県が出現することになる。さらに言えば、開始当初から深夜アニメとして放送された地域では、3年間深夜アニメとして放送されたことになるが、これは深夜アニメ史上、最長期間となる。
異なる放送局での再アニメ化は過去にも『ドラえもん』、『キャプテン翼』、『遊☆戯☆王』などの作品でもあったが、どちらかといえば極めて異例である。
2021年4月期の『EDENS ZERO』が開始されるまでは、日本テレビ制作・系列全30局放送の深夜アニメに約6年半のブランクを置いた。
主題歌
オープニングテーマ
「departure!」- 小野正利
(ほぼクール毎に歌詞の1番と2番が入れ替わる。)
(劇場版公開時には、宣伝コーナーの時間捻出の為に尺を短くした「departure!・特別版」で放映。通常のTVサイズ版ではカットされる歌詞部分が流れるケースもあった。)
エンディングテーマ
「JUST AWAKE」- Fear, and Loathing in Las Vegas
「HUNTING FOR YOUR DREAM」- GALNERYUS
「REASON」- ゆず
「流れ星キラリ（ゆずバージョン）」- ゆず
「表裏一体」- ゆず
劇場版
初の劇場版として『HUNTER×HUNTER 緋色の幻影(ファントム・ルージュ)』が2013年1月12日公開。第二弾『HUNTER×HUNTER―The LAST MISSION―』が同年12月27日に公開されている。どちらも新TVシリーズと同じくマッドハウスが元請けだが、スタジオライブ主導のTVシリーズと同時進行だった事から、こちらはマッドハウス主導となっている。
