しかも、失格になった参加者の1人は、「ポケモンのトッププレイヤーの8～9割は違法なデータ改造に手を染めている。この界隈ならば誰でも知っていることだ」と述べていた他、同大会の予選の解析を行ったあるプレイヤーも、欧米圏や中国・韓国等を中心に多くの参加者が改造ポケモンを使用していたと主張している。

これが事実だとすれば、

上記の摘発者は氷山の一角にすぎず、主催者側の監視の目を搔い潜って試合を勝ち上がったプレイヤーが相当数存在していた可能性があるということになる。
歴代の優勝者の中にも改造ポケモンを使用していた者がいたのではないかという疑惑が持ち上がっている。
大会に併せて公式が配布する優勝者の使用していたポケモンの再現も、データ改造により不正に産み出された個体の再現である可能性がある。実際、2022年に配布されたウオノラゴンの元になった個体の所持者は、予選でパーティー内に多数の改造個体を入れていた疑惑が持ち上がっている（ただ、肝心のウオノラゴンが改造により生成された個体かどうかは裏付けが取れていないという）。
- 一応、公式が配布した個体は正規の手段と手続きを経て配布されたものなので、当然受け取っても何も問題はないが、そのデータの大元が改造によるものであったとすれば、受け取る側としても手放しでは喜べないのではなかろうか。

…等々、といった様々な問題が浮上することになる。

これを受けて、2024年大会ではより監視の目が強化されることになったが、今度は過去に公式から配布されたポケモン（色違いザシアン）が改造産扱いされて使用者が失格になるという事態になった。

運営側の不手際なのか、はたまた公平性を担保するためのやむを得ない措置なのかは現状不明だが、これでは改造ポケモンを規制するどころか寧ろ蔓延を助長させることになりかねないだろう（改造配信者に対して「公式が率先してデータを改造して生み出したポケモンを配布していた」というある種の“お墨付き”を与えてしまいかねないため）。

加えて、大会のルールの中でも「配布個体は正規の個体とは見做さないといったルールは特に設けられていなかった。もしも配布個体の使用を禁ずるのであれば、それを予めルールに明記しておくべきであり、どの道主催者側にも重大な落ち度があったと言わざるを得ないだろう。

いずれにせよ、このまま改造行為に対して手をこまねいているようでは、大会そのものの公平性や信用性が疑われることになりかねない。

大会のみならず、ポケモンというコンテンツの存続のためにも、今後、ポケモン開発陣および主催者側には今よりももっと具体的かつ踏み込んだ対応が求められると言える。