ポケモン自体を配布で受取る(例:劇場版の前売り券特典、映画館やポケモンセンター、リアルイベント(ポケモンパルシティなど)での配信、Wi-fiコネクションなど)
- 『ポケモンコロシアム』では予約特典の拡張ディスクを用いる事でセレビィ(国外ではジラーチ)を入手するという事例や『ポケモンレンジャー』シリーズ展開時には配信限定ミッションをクリア後、該当ミッションの主役となるポケモンを本家シリーズに転送という事例も見られた。
作中で遭遇できるようになる特別なアイテムが配布

という2種類に大別される。

第3世代までは通信ケーブルによってこれらの配布が行われていた（モバイル限定セレビィを除く）こともあり、特に抽選などを行わず無差別に配布するとなった場合それはそれは長い大行列が発生していた。

また、ミュウが「コロコロコミック」の読者プレゼントとして最初に配布された際、当選確率が約0.02%％（20名の枠に約8万通の応募）という事態となったこともある。

第4世代以降は「ニンテンドーWi-Fiコネクション」でのポケモン配布ルートが構築され、ポケモン自体が直接期間限定で配信されるようになり、少なくとも大行列は発生しなくなった。

2007年からは、主にそのポケモンが活躍するポケモン映画において、上映する映画館でポケモンそのものを配布するケースが増えている（そのため、映画のエンディングには毎年、配信に協力してくれた映画館名が「プロモーション協力」としてずらりと並ぶこととなる）。

第4世代において、ダークライとシェイミは映画公開時にポケモン自体が、プラチナ発売後に捕獲イベント発生用アイテムと両方の手段が用意されていた。

しかし、アルセウスに関してはポケモン自体を配信する方法のみ取られ、用意されていた捕獲イベントはボツになってしまった。

近年では映画での配信から暫く経ってからネットやポケモンセンターなどで配信されることがある。

ジラーチのように定期的に配布されている例もあれば、マナフィのように長期に渡り配布されていなかった例もあるなど、ポケモンによって配信頻度にやや差がある。

第9世代では何故かこの手のパターンが以前と比べて非常に少なくなっており、現時点ではミュウとダークライの2匹しか配布されたことがない。色違いに至っては全く配布されていない。

その他キャンペーン

配布方法としては本項冒頭に纏めた通りであるが、第6世代では「ポケモンスクラップオメガルビー・アルファサファイア幻のポケモンたちをもらおうキャンペーン」がという企画が存在していた。

これは対象商品について来るキャンペーンコードを特設サイトに打ち込んでポイントを溜め込んで行き、ケルディオ・ビクティニ・シェイミを入手しようという趣旨のもの（幻のポケモンの他にも消費アイテムや換金アイテムも入手可能）。

第7世代でも「ウルトラ!ゼンリョク!幻のポケモンをもらおうキャンペーン」（マナフィ・メロエッタ・フーパ）、第8世代では「幻のポケモンゲットチャレンジ」（マーシャドー・ボルケニオン・ゲノセクト）と同様の企画が展開された。

なお、第9世代でも2024年 11月22日 - 2025年 4月30日にかけて上記と同様と思われるキャンペーン「幻のポケモンゲット大作戦」を開催予定。しかし、過去世代と比べると開催されるのがかなり遅れていた。詳細は続報を待とう。

キャンペーン展開時における「ポケモンカードゲーム」最新弾は高ポイントキャンペーンコードが封入される傾向にあった。特にポケカバブルに突入していた第8世代頃の対象商品である「シャイニースターV」は初回生産分にのみコードが封入されていたため、各地で争奪戦が発生していた。

通常プレイにおける入手

ORASではエピソードデルタにおけるデオキシス登場に伴い、幻ポケモンが通常プレイで捕獲可能という前代未聞の事態が発生した。ただ、その後の作品では幻ポケモンとして扱われているため、あくまでもシナリオの都合での登場であった。

剣盾以降は幻のポケモンが本編で正式に野生出現する様になり、ケルディオ、メロエッタ、LEGENDSを含めればシンオウの幻組が好きなボールでゲット出来るようになった。

ただし、入手には（デオキシスも含めて）相応に複雑な条件を挟んだ上で初めて遭遇出来るようになっている。特にSVのメロエッタに関しては遭遇までの流れがワザップジョルノであるとネタとされる程複雑。

また、QRコード読取やセーブデータ連動といった要素により、必要なコードやソフトさえ所持していれば幻ポケモンがいつでも受取り可能である例も増えており、こういったポケモンは入手難易度が著しく低くなっている。

注意喚起

入手方法が限られる貴重なポケモンであり人気も高いが故に、残念ながら正規手段ではない方法で入手しようとする輩も多い。

ゲーム発売から1週間も経たずに全データが解析されることも多く、改造ツールも気軽に入手出来る他、さらに長期間の解析の結果プログラムの穴が発見されることも少なからずあり、現在は第3世代までにおいてバグを駆使した任意コードを実行する技術が確立され、第4世代でもバグを駆使した意図しないフラグ呼び出しが可能となっている。

このため幻ポケモンを改造やバグで出現させ、それをGTS等で放流するといった行為も容易く出来てしまうのが現状である。

『ポケモンXY』以降、公式で配信された幻ポケモンは全て（プレシャスボールや特別なリボンの有無にかかわらず）GTSやミラクル交換へ出すことは出来なくなっているので、GTSに預けられているフィオネ、デオキシス（ORASの個体）、ケルディオ（剣盾の個体）以外の幻のポケモンは全て改造であると思った方が良い）。

マジカル交換等で万が一流れて来てしまったら即逃がすことをお勧めする。

確かに公式が情報を出し惜しみする傍ら、未発表のポケモンを入手して悦に浸りたくなる気分は分かる。

だが、不正なデータ改造等はゲームのデータそのものを破壊しかねない影響を及ぼす可能性もある。

増してや改造データで通信するなんてことは立派な犯罪でもありマナー違反であり、これでゲーム機が故障した場合は修理などのサポートが受けられなくなる可能性が高くなる。

それを決して忘れないでほしい。

改造ではないがニンテンドーWi-Fiコネクションのサービス終了後、そちらの非公式版サーバーが開発され、データ上正規と変わらない配布個体がこの非公式Wi-Fiで生成できるため、一部で問題となっている。後述するようにポケモンGOを含めればほとんどの種類の幻のポケモンを大量入手できるようになったのは、こうした非公式Wi-Fi産を有難がる輩を減らすための措置なのかもしれない(もっとも、非公式wi-Fi産においては本来の配布個体とはデータ内容の違う非正規値の個体が配布されたケースも報告されているが…)。

対戦における扱い

正規入手機会が限られるためか、基本的に全ポケモン種族値が比較的高水準であるにもかかわらず、ランダムマッチなどの一般対戦ルールでは使用出来ない。

全伝説ポケモンが使用可能となった「GSルール」でも使用出来なかったが、第5世代ではダブルバトルとシングルバトルで1回ずつ、ペラップ以外（専用技仕様で）が使用可能なインターネット大会が開催された。

また第6世代以降、フリー対戦や一部スペシャルルールで使うことが出来るようになった。

剣盾ではシリーズ13で全解禁ルールが開催された。

禁止級もいくらでも使える環境であり、それと比べると種族値で一歩劣る幻ポケモンは平均するとそこまで高順位ではなかったが、最終的にシングルではマーシャドーが、ダブルではマギアナやゼラオラがベスト30入りを果たした。シーズン34も含めるとマーシャドーはダブルでも、ビクティニ、メルメタルはシングル・ダブル双方で使用率30位以上となる。

なお、ザルードは（進化前であるメルタンを除くと）シリーズ通して唯一圏外であったが、使用した技すら集計されていないため、集計ミスによるものと考えられる。

ポケモンGOでは

基本的にスペシャルリサーチを利用して入手するパターン（ミュウ・セレビィ・ジラーチ・シェイミ・ビクティニ、メロエッタ・ディアンシー・フーパ・マーシャドー・ザルード）と、通常伝説ポケモン同様、レイドボスとしてジムへ襲来して来た個体を倒してゲットするパターン（デオキシス・ダークライ・ゲノセクト）の2パターンがある。

前者は、戦闘力が余り高くない、どちらかといえばコレクション要素が強いポケモンが、後者は比較的戦闘力が優れたポケモンが選ばれる傾向にある。

恐らくユーザー間同士で戦力格差が生じないようにという製作側の配慮なのであろう。……といいたいがその中にはディアンシーやマーシャドー等実戦向きポケモンもちらほらいて戦力格差が生じてしまっている。

リサーチで入手するパターンは基本的にゲーム中で1匹のみしか入手することが出来ず、交換も出来ないため厳選が行えない。せめて本家でいうすごいとっくんのように最大まで強化したポケモンへ対する救済措置があれば良いが。

ただし、2022年に新たに幻ポケモンを対象とした「エピックレイド」と呼ばれる特殊なレイドが実装されるようになり、第1弾としてそれまでリサーチでしか入手が出来なかったフーパが選ばれている。

これにより、今後はこれまでリサーチのクリアで1匹しか入手出来なかった幻ポケモンを複数匹入手出来るようになると思われる（ただ、厳選出来る程多く連戦出来ない仕様となっているのが難点であるが）。エピックレイドが今後どの程度の頻度で行われて行くこととなるのかはまだ不透明であるが、取り敢えず幻ポケモンを複数匹所持するという希望はある程度叶ったといえるであろう。後は個体厳選も行えればいうことなしなのであるが。

特殊な例がメルタンであり、最初に「メタモンが変身したポケモン」として登場し（=姿が確認出来るのみで捕獲不可）、その後スペシャルリサーチで実装されたが、ほぼ同時にLPLEとの連動をすれば無限入手可能なポケモンとなった（その後、ポケモンHOMEとの連動も開始される）。

つまり幻扱いもされているが、同時に他ゲームとの連動さえ行ってしまえば入手制限はなくなり、一般ポケモン同様いつでもどこでも大量入手出来るのである。

なお、本作にも通信対戦は存在するが、幻ポケモン使用には特に制限は設けられておらず、指定されたCP値以内であれば、（伝説・幻参戦が禁止されているプレミアカップを除けば）誰でも自由に使用することが可能。

本作では原作と比べて伝説・幻ポケモンと一般ポケモンの性能差が余りないため、そこまで厳しい制限を設ける必要はないということなのであろう。

ちなみに、スペシャルリサーチ経由で入手した幻ポケモンは逃がすことが出来ないが、ポケモンHOMEへ送ることは可能。

伝説のポケモンもそうであるが、メルタン及びメルメタルを除いた自分で捕まえたGO産の幻のポケモンを本編作品へ送るには一度そのセーブデータでGO産以外の個体もしくは通信交換で手に入れた他人のGO産個体を手に入れる必要がある。

歴代幻ポケモン一覧（備考は『GO』を除く）

No	初代	備考
151	ミュウ	専用Zワザが使用可能。『BDSP』（※1）で無配布入手可能。
	第2世代
251	セレビィ	VC版『クリスタル』で無配布遭遇可能。
	第3世代
385	ジラーチ	『BDSP』（※2）で無配布入手可能。
386	デオキシス	第3世代ではソフト間交換で、第4世代以降は特定の場所でフォルムチェンジが可能。『ORAS』で無配布遭遇可能。
	第4世代
489	フィオネ	マナフィまたはフィオネを入手してしまえば、メタモンと育て屋に預けることで無限に入手可能。『LEGENDSアルセウス』で通常遭遇可能。『みんなのポケモン牧場』でも入手可能であった。
490	マナフィ	特殊なタマゴが実装されたポケモン。『LEGENDSアルセウス』でのみ無配布で遭遇可能。
491	ダークライ	『LEGENDSアルセウス』（※3）で無配布遭遇可能。
492	シェイミ	アイテムによるフォルムチェンジが可能。『LEGENDSアルセウス』（※2）で無配布遭遇可能。
493	アルセウス	アイテムと特性によるフォルムチェンジが可能。『BDSP』（※4）と『LEGENDSアルセウス』で無配布遭遇可能。
	第5世代
494	ビクティニ
647	ケルディオ	技習得によるフォルムチェンジが可能。DLC『冠の雪原』で無配布遭遇可能。
648	メロエッタ	技使用によるフォルムチェンジが可能。DLC『藍の円盤』で無配布遭遇可能。
649	ゲノセクト	アイテムによるフォルムチェンジが可能。
	第6世代
719	ディアンシー	メガシンカ可能。
720	フーパ	アイテムによるフォルムチェンジが可能。
721	ボルケニオン
	第7世代
801	マギアナ	外見の違いが存在。『SM』・『USUM』で事実上無配布で遭遇可能※5
802	マーシャドー	専用Zワザが使用可能。
807	ゼラオラ	初登場がUSUMのため、データが存在しないSMへは送れない。
	第8世代
808	メルタン	当初はポケモンGO限定幻ポケモンであった。その後、他ゲームへの転送が可能になると同時に入手制限が撤廃され、一般ポケモンとほぼ同様の扱いとなった。本編ではGOからの転送でのみ入手可能。
809	メルメタル	GOでメルタンを進化させた後に転送（GO外では進化出来ないため）。特別な個体のみキョダイマックスが可能。
893	ザルード	外見違いが存在。
	第9世代
1025	モモワロウ	『ゼロの秘宝番外編』で入手可能。まぼろしモモンが必要。