植物や動物の死体や生物活動の痕跡が地面の下に埋まり、気の遠くなるような長い時間をかけて土中に染み込んできた水に溶けていたミネラルが生体組織と置き換わり、「化石化」する。堆積環境によっては、数千万年前のものにもかかわらず「化石化」しきっていないものもある。
主に骨や貝殻など硬い組織の化石が多いが、内臓の痕跡が残っているもの、毛や糞の化石も存在する。また、足跡や巣穴の痕跡など、生命活動に関連する痕跡も化石(生痕化石と呼ばれる)として扱われる。ただし、砂紋が化石化した「漣痕」(リップルマーク)などのように生物に関連しないものは化石とは言わない。
生物もしくはその痕跡が捕食や腐敗、雨風などによって消滅することなく土中に埋没する必要があるため、化石化する確率は非常に低く、一本の骨では数千万分の一以下、あるいは数億分の一以下と考えられている。
アンモナイトが化石化する過程で真珠やオパール化した「アンモライト」や、貝殻の成分が瑪瑙に置き換わってできた化石のシェルアゲートのように、化石宝石も存在する。
埋まっている地層の年代決定に寄与する化石のこと。主に特定の時代に広範に生息していたもので、かつ進化のスピードが速く年代ごとに特徴的な形態をしているものが挙げられる。一般的にイメージされる化石は基本的にこれである。
珪藻などのプランクトンや植物の花粉などの微化石は大量に出土し種ごとに特徴的な形態をしているため、示準化石として用いられることが多い。ウミユリは現生種があるものの、広い範囲に分布し多様な種があったのが古生代であるため古生代の示準化石として扱われる。メタセコイアはかつて広範囲に分布したため新生代の示準化石と呼ばれることがあるものの、白亜紀から現生種まで形態がほとんど変わらないので示準化石としての役にはあまり立たない。
発掘地点が昔どのような地理的条件だったのかを知る術となる化石。長い時間生息し、生息地域に分かりやすい特徴のある事が多い。
例えば山でアサリの化石を発掘したら、それはすなわち「太古、魚や貝は陸の生き物だった!」ということではなく、その山がその地層の年代ではアサリが生息しやすい浅瀬だったという事である。
時間がたってすっかり忘れ去られてしまった物事や、時代遅れで古臭い考え方を曲げない頑固な人に対する比喩。→時代錯誤
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