概要
「ケロロ軍曹」の地球人側の登場人物である日向夏美や日向冬樹が普段通っている中学校。
当然ではあるが、物語の舞台である奥東京市（原作では武蔵市）にある。
エピソードについては、原作では序盤は結構な確率で登場していたものの、後半になるにつれて登場回数は減っていき、今では全く登場していない。
一方、アニメ版ではオリジナルキャラやオリジナルエピソードが多い影響でこの学校がよく登場しており、吉祥学園にまつわるエピソードも多数存在する。
アニメ6thシーズンの最終エピソードである第307話に於いて、未来では既に廃校となっている事が示唆されており、大人になったケロロたちが学校へ向かっているという回想(?)が描かれている。
そしてドラマCDである『宇宙でもっともギリギリなCD』その5において、ケロロ小隊が吉祥学園を魔改造したことにより100億年先の未来まで残っていたことが判明。この頃はさすがに地底の中に沈んでしまっているが、吉祥学園の建物自体はほとんど壊れないまま残っていたらしく、調査員（CV：クルル&ドロロ）が調査しに来た時に桃華が書いたと思われる冬樹への愛の言葉（未来では言語が違うのか、乗員が「暗号」と言って解読していた）が未だに存在していた。
スピンオフ『ケロロ7』では、冬樹が製造した(とされる)ケロロのクローン達が校内に潜伏している設定となっている。
在籍生徒
クラス
ここでは学校にまつわるエピソードについて説明する。一時的な転校生は◎印。
1年B組生徒
学校ではあまり目立たないが、「夏美の弟」として認識されている。
オカルト部の部長も務めており、よく新聞部と対立している。
冬樹の右斜め後ろの席に座っている。アニメ第261話ではクラスの席替えのために色々している。
月神散世
詳しくは「新聞部」の項目で説明。
九条冥◎
アニメ第146話に吉祥学園へ転校してきた。
地球人の冥王星に対する思いが生み出した人物であり、冥王星が忘れられると共に姿が消えていく幻のような存在である。そのため（冬樹以外の）クラスメイトにも忘れられていた。
ちなみにこの名前は地球の名前であるため、本名は不明である。
木下黎◎
アニメ第61話Aパートに転校生として登場。正体はアタール星人。
学校内でも不運にとてもあっており、蛍光灯が頭に刺さっていた。
趣味はオカルトで、一時期オカルト部に入部していた。
2年A組生徒
クラスで一番運動神経が高く、部活動によく助っ人を頼まれる。
運動会では「夏美がいれば優勝間違いなし」と期待されているほど。
アニメ13話・原作55話からこのクラスに転校してきて、その後は夏美の隣の席にいる。出席番号は3番。
学校内でも普通じゃないことを毎日のようにしており、クラスメイトには「もうこれが普通だ」と思われている。
夏美の友達。
同上。
アニメ第144話で登場。うさみみを付けている。他の二人とは違って普通にしゃべれる。
デカ耳星人のペットとして飼われていたが、まともに世話してもらえないためこの学校にやってきた。
同上。「にょ」としか話さない。
吉祥学園の給食を食べ過ぎて巨大化した。
同上。「にゅ」としか話さない。
同じく給食を食べ過ぎて巨大化する。
2年B組生徒
「夏美の宿命のライバル」としてアニメ81話に登場した。
小雪からは「イモ・ゴリエ」と呼ばれている（理由は某アニメのガキ大将キャラと名前が似ているため）。
運動能力は夏美に匹敵する強さを持っており、野球、羽根突き、水泳とさまざまな対決をしているが、すべて惜しいところで負けている。
もぐ子
芋碁理恵の友達であり、子分。
3年生
夏美の先輩（つまり中学3年生）にあたる。
普段から学校をさぼっており、クラスメイトや後輩からは「ミステリアスな不良生徒」として認識されている。
原作（北城睦実）では、この学校に在席しておらず別の学校に通っている。
担任
山田先生
1年B組の担任。宿直の日は、視聴覚室で「ゲロロ艦長」を見ている。
2年A組の担任
よくプールの授業などに顔が見える。
五月先生
吉祥学園の音楽の先生。顔や詳細はすべて不明。
部活動
オカルト部（オカルトクラブ）
日向冬樹
西澤桃華
漫画研究部
原作のみの登場なので、アニメに存在するのか不明。
部長。秋が夢成長促進銃で逆成長し学校に潜入したときに胸を触ってしまい（このポジションはアニメでは桃華になっている）、冬樹を女（夏美の妹）だと思っている。
新聞部（NW部）
通称「KGS」。様々な衝撃スクープを追っているが、なんでもスクープにすればいい」というわけではない。ケロロ小隊の存在を知っている数少ない地球人。
部活動のカメラマン兼メモ担当で紅一点。アニメでは冬樹と同じ2年B組（第97話Aパートより）。
新聞部の中で一番の身軽さと執念深さを持ち、潜入捜査時には某アニメのパロったようなレオタードに腰紐を巻いた格好になる。
本名は不明。名前の通り新聞部の部長兼デスク担当。
他人の秘密に関してや、学校内のスキャンダルにとても敏感で、冬樹がケロロたちを飼って（居候させて）隠していることを怪しんでいた。
部活動のカメラマン担当。「〜なんだな」を語尾につけて話す。
学校の衝撃的なスキャンダルよりもあっちの方面でのスキャンダルが好きなようで、夏美の入浴を盗撮しようとしていた。
夏美FC
その名の通り、日向夏美のファンクラブのこと。活動内容やメンバーなどは（女性であること以外）すべて不明。
七不思議
アニメ第170話では、吉祥学園の七不思議があることが判明した。
しかしこれは、ほとんどが心霊現象と関係ない論理的に説明がついてしまうものだった。
ナゾの一 開かずのトイレ
誰も入っていないはずなのに、ドアが開かないというもの。
実はドアの立て付けの悪さが原因だった。
ナゾの二 涙を流す人体模型
雨の日に人体模型が涙を流すというもの。
こちらは天井の雨漏りが原因。
ナゾの三 北校舎三階の鏡
北校舎三階の鏡に謎の白い顔が映るというもの。
ナゾの四 夜中の２時、視聴覚室から聞こえるすすり泣きの声
その名の通り。
その時間、テレビ奥東京では「ゲロロ艦長」の再放送をしており、その日宿直の先生が涙を流して泣いていたことが原因。
ナゾの五 昇った時と降りた時で段数のちがう階段
その名の通り。
「時そば」の要領で、数え間違いが起こっただけだった。
ナゾの六 走る！二宮金次郎像
校庭にある二宮金次郎の像が勝手に動き出し、校舎内を歩くというもの。
ナゾの七 ？？？
誰も知らない謎。
その理由は・・・学校の七不思議を参照。
ちなみにクルルは知っている模様（本当かどうかは不明）。
