戦後初の防衛出動とだけあり、相当に悩む（官僚からも総理は渋ると見透かされている）が、ようやく許可する。都内での実弾射撃に難色を示していたものの、被害を抑えるためにも致し方なく武器使用許可を下す……が、逃げ遅れた老夫婦が射程内に居る事が発覚し、大河内首相は「自衛隊の弾を、国民に向けることは出来ない！」と作戦中止を言い渡した。この辺りから彼の印象が変わり始める。

……ただ、万が一にも自衛隊の攻撃で自国民に被害が出れば、内閣どころか自衛隊の存続にする関わる重大な問題に発展しかねない為、保身・政治的判断と言えなくもない。

ゴジラ東京来襲

2回目の上陸にも自衛隊に対して迎撃することを命じる。前回の経験から、避難完了の報告時にも「今度は本当だろうな？」とついつい念を押してしまうが、およそ倍の体格に巨大化したゴジラを前に理想を飲み込み、攻撃を許可する。

ところが作戦実行を決断し、ついには武器の無制限使用まで許可したものの、進化して強化されたゴジラの圧倒的な生命力により、結局は迎撃失敗に終わる。その後も東京へと進撃を続けるゴジラに対して米軍による爆撃が提案される。大使館防衛のために既に出撃していた3機のステルス機 B-2の爆撃範囲は極めて広くそれに驚愕してしまうが、止む無く都民の緊急避難を指示。

ゴジラが迫り、米軍機の爆撃時間も迫る中、日本政府首脳陣も避難して別の場所で指揮することとなる。なおこの時、大河内首相は「都民を見捨てて避難など出来るか！」と反発したり、「私には、この作戦の成否を見守る義務がある！」と指導者としての責務を果たさんとしていた。結局は「今後も日本を守らねばならない」と他の閣僚からの強い説得を受けて止む無くヘリで避難することを決意する。

地獄絵図

米軍による爆撃が敢行される所を首相官邸からちょうど見守る形となった大河内首相は、バンカーバスターの投下でゴジラにダメージを与える事に成功したのを見るや、勝利の可能性を見出した。が、ゴジラにここぞとばかりに本作初の放射線流を放たれる事となる。

最初は紫色に発光する様に「何をする気だ！？」と戸惑いを見せつつも、早急にヘリへ搭乗した。直後、先ずゴジラの口から黒煙が吐き出され辺り一帯を蒸し焼きにし、その後に紅蓮の火炎放射を放って焼き払った。

さらには、超高熱からか紫色のビーム状に変化したそれは、遥か上空のB-2を撃墜してしまうだけでなく、背後から襲い掛かろうとした残り2機も爆弾ごと背鰭からの放射で全弾・全機撃墜してしまったのである。そして、悲劇はこれに止まらない。

首相らも危険を感じ急ぎヘリによって避難を開始したが、ここで唐突に放射線流がヘリコプターを直撃、首脳陣も纏めて葬り去ってしまった。それはあまりにも唐突過ぎる死であり、多くの観客が「息を呑んだ」と呟くほどの名場面となっている。文字通り、誰もが死ぬ瞬間の阿鼻叫喚を上げる間もなく即死したのである。

余談

倒せた可能性

札幌で行われた発声可能上映での島本和彦氏の話によると、ゴジラ第3形態の時（ヘリからの攻撃を中止した時）に攻撃していれば、まだ皮膚が柔らかかったので通常兵器で倒せたと庵野秀明監督が食事で言っていたとのこと。

未使用シーン

ちなみに劇中では、徐々にだが指導者としての自覚と責務を新たにし始めていた大河内首相だったが、実は特典映像中には本編の彼からは想像もつかない場面も収録されていた。それはタバ作戦が失敗に終わった時の事である。劇中では、失敗したことを防衛大臣から告げられ、「作戦を終了する」と閣僚一同に呟いたところで場面が巨災対に移るのだが、未使用シーンではこのような流れがあった。

「おい、考えろよ！考えるんだよ！」

「総理、総理って、何でも俺に聞くのか！」

「生きたいんだ‥‥‥生きたいんだよぉ！」

「お前たちは、国民から選ばれたんだろ！お前も、お前も！どうするか考えろよ！」

と、本編の彼の印象から真逆のギャップを放つ取り乱し振りを見せていたのである。

もっとも彼の反応も当然とは言えば当然のことで、頼りにしていた自衛隊でさえどうにもならず、もはやゴジラに蹂躙されるだけの恐怖の結末を突き付けられれば、誰しも取り乱してしまっても無理はないわけだが。

結局、放映時間も相まって未使用とされたが、その後の政府機能を移行する際の残留の決意を矛盾させてしまいかねない恐れがあったため、この場面をカットしたのはある意味で正解だったとも言える。