錬金術は、物質を理解、分解、再構築する科学なり。
されど、万能の業（わざ）にはあらず。 無から有を生ずること、あたわず。
何かを得ようと欲すれば、必ず同等の代価を支払う物なり。
これ即ち、錬金術の基本、『等価交換』なり。
錬金術師に禁忌あり。 其（そ）は『人体錬成』なり。これ、何人も犯すことなかれ。
概要
本作における錬金術は現実世界におけるそれと意を異にし、原子配列そのものを組み替える行為よりも既存の物体の形を変えたり、化学反応を起こしたりすることを主としている。本作における錬金術はれっきとした「科学」であり、等価交換の法則（質量保存の法則）を破ることはできない。そのため水属性のものからは水属性のものしか作れない、などと言った原則のルールが存在する。
2003年版アニメでは錬金パワーは術者本人の精神力とされていた。だが錬成に使われるエネルギーは、作中世界の人間が内側に持つ扉を通して、我々の世界によく似た世界から生命エネルギーを搾取し、それを錬成時のエネルギーにしていたことが最終盤で判明する。
後に原作ではエネルギー説明の際、地下のマグマの地殻エネルギーを使用していることが判明した。
鋼の錬金術師における錬丹術
原作でのみ登場する錬金術と同系統の術。主に医療方面で活用されているらしい。
地殻より浅い位置にある龍脈と呼ばれる大地のエネルギー流から力を取り出して術を行使する。流れに沿ってしか使えないという制約があるが、流れに沿ったところに対の錬成陣を張る（五芒星の錬成陣なら専用の刃物を五角形になるように突き刺しておくなど）事で遠隔錬成が行える。
使っているエネルギーが異なる事から地殻エネルギーを遮断するホムンクルスの錬金術封じが効かない。
