第1話　カロス地方にやってきた!夢と冒険のはじまり!!
TX系では2話連続放送。サトシはカロス地方・ミアレシティに上陸。
第2話　メガシンカとプリズムタワー!!
ケロマツの過去が判明する。
第3話　ケロマツVSヤヤコマ!!空中機動バトル!!
デデンネ初登場。
第4話　ピカチュウとデデンネ!ほっぺすりすり!!
デデンネ再登場、ユリーカのキープポケモンとしてゲットされる。
第5話　ハクダンジム戦!華麗なるビビヨンの舞バトル!!
サトシVSビオラ。
第6話　氷上決戦！ピカチュウVSビビヨン!!
サトシVSビオラ再戦。勝利し、バグバッジを入手する。
第7話　セレナにおまかせ!?激走サイホーンレース!!
セレナがサイホーンレースに参加する。
第8話　ポケモントリマーとトリミアン!!
メイスイタウンで二人のポケモントリマーと出会う。
第9話　ミアレジム攻略! シトロンの秘密!!
シトロンの素性が判明する。
第10話　ハリマロン対メガメガニャース!!
ハリマロン登場｡
第11話　竹林の追跡!ヤンチャムとゴロンダ
ヤンチャム・ゴロンダ・バケッチャ登場。

2014年

第12話　ポケモンバイヤーを捕まえろ!コフーライ偽装作戦!!
サトシ達はポケモンポケモンバイヤー・ダスの手から、コフキムシを守る為に奮闘する。久々に1話内で初期形態→最終形態への進化が行われる。
第13話　ニンフィアvsケロマツ!幼稚園は大さわぎ!!
ニンフィア登場。
第14話　ぶきみな雨宿り!ニャスパーは見ていた!!
サトシ達は雨宿りで入った古びた洋館で様々な怪奇現象に遭遇し…。
第15話　ハリマロンvsマフォクシー!ダイエットバトル!?
シトロンのハリマロンがダイエットをするが…。
第16話　デデンネがピチューでピチューがデデンネで…!?
ユリーカのデデンネとリムのピチューが入ったポシェットが入れ替わってしまう。
第17話　ケロマツ対ゲコガシラ!忍者バトル!!
サンペイとゲコガシラ初登場。
第18話　カビゴンを起こせ!パルファム宮殿でバトルです!
コボクタウンでショボンヌ王からアリー姫からのポケモンの笛奪還を任される。
第19話　マダムXの陰謀!恐怖のカラマネロ!!
カラマネロ登場。
第20話　挑戦バトルシャトー!ビオラ対ザクロ!!
ビオラVSザクロ。
第21話　デビューです!セレナとフォッコでポケビジョン!!
セレナがポケビジョンデビュー。TX系ではBW特別編との1時間SP放送
第22話　黄金のコイキングを釣り上げろ!!
サトシ達はコウジンタウンで釣りをする。
第23話　オーロラの絆!アマルスとアマルルガ!!
ビオラの姉であるパンジー再登場。
第24話　ショウヨウジム戦!ピカチュウ対チゴラス!!
サトシVSザクロ。「がんせきふうじ封じ」で勝利しウォールバッジをゲットする。
第25話　ペロッパフとペロリーム!!甘い戦いはあまくない!?
サトシ達はとある町でミルフィ＆ペロリームと出会い、ポフレコンテストに出場する。
第26話　フラベベと妖精の花!
サトシ達は花を持たないフラベベに遭遇する。
第27話　チャンピオン・カルネ登場!霧の中のメガサーナイト!!
チャンピオン・カルネ初登場。
第28話　ジャジャーン!ニセサトシ現る!!
ロケット団による偽サトシ騒動。
第29話　コルニとルカリオ!メガシンカの秘密!!
コルニが仲間になる。
第30話　ルカリオVSバシャーモ!試練の洞窟!!
セキタイタウンでメガシンカおやじ・コンコンブル登場。
第31話　メガルカリオ対メガルカリオ!波導の嵐!!
メガルカリオが波導を制御できず暴走する。
第32話　呼び合う心！波導のむこうへ!!
メガルカリオが再び暴走する。
第33話　メガルカリオ対メガクチート!メガシンカの絆!!
コルニVSメープル。メープルとの生け花修行でコルニのルカリオがメガシンカ時に制御可能になる。
第34話　森のチャンピオン!ルチャブル登場!!
ルチャブル初登場。
第35話　スカイバトル!?ルチャブル対ファイアロー!!
スカイトレーナー・ナミ＆ファイアローとのスカイバトル。
第36話　うつしみの洞窟!鏡の国のサトシとサトシ!?
サトシ達が映し身の洞窟で迷い込んだ鏡の世界で泣き虫サトシ達と出会う。
第37話　蠢く森のオーロット!
オーロット初登場。
第38話　ポケモン・サマーキャンプ!ライバル三人組登場!!
カロスサマーキャンプ編開始。XY原作ライバルキャラであるティエルノ・サナ・トロバで構成されたチームゼニガメ登場。
第39話　セレナVSサナ!ポケビジョン対決!!
釣り大会やポケビジョン制作大会が開かれる。
第40話　ポケエンテーリング!霧の中のX!
タイムアタックレース中にユリーカが行方不明になる。
第41話　チームバトル!殿堂入り決戦!!
カロスサマーキャンプ編終了。サトシ達が殿堂入りトーナメントで優勝。サマーキャンプ殿堂入りを果たす。
第42話　マスタータワー!メガシンカの歴史!!
シャラシティでコルニと再会。
第43話　シャラジム戦!ピカチュウVSメガルカリオ!!
「サトシはルカリオに勝てない」と言うジンクスを破り勝利、ファイトバッジをゲット。
第44話　シトロン対ユリーカ!?ニャオニクスできょうだいバトル!!
ニャオニクスを巻き込むシトロンとユリーカの兄妹喧嘩。
第45話　どじっこプクリンVS暴走ボーマンダ!!
何故カロス地方のポケモンセンターのサポーターがプクリンなのかが判明。原作NPCであるポケモンブリーダー(デザインはXY仕様だか体系が原作より太っている)登場。
第46話　セレナ、初ゲット!?ヤンチャムvsフォッコ!!
トライポカロンにヤンチャムが乱入。後にセレナがゲット。
第47話　シトロン、想い出のキャンバス!電撃の再会!!
シトロンの過去が判明する。
第48話　出動ラプラス防衛隊!ユリーカ頑張る!!
ユリーカがラプラス防衛隊と共に大活躍。
第49話　踊れヤンチャム、魅せろフォッコ!明日へのステップ!!
新人ポケモンパフォーマーのネネと手持ちのムチュール・カモネギ登場。
第50話　海底の城!クズモーとドラミドロ!!
※当初は4/24に放送予定だった。時系列は23話の後、放送内容はポケモンショックに掲載。
第51話　ルチャブルとダークルチャブル!
ルチャブルが足を捻挫したエルレイドに代わって舞台に参加する。
第52話　忍法対決!ゲコガシラ対ガメノデス!!
サンペイ再登場。
第53話　セレナの本気!激走メェークルレース!!
セレナは母・サキに夢を認めてもらう為メェークルレースで対決。
第54話　カラマネロ対マーイーカ!絆は世界を救う!!
悪のカラマネロ再登場。

2015年

第55話　最弱のドラゴン!?ヌメラ登場!!
ヌメラ初登場。
第56話　デデンネがんばる!ヌメラのために!!
ユリーカのニャースに対する素朴な疑問に注目。
第57話　バニプッチ・パニック!ホワイトアウトはこおりごおり!!
ヒヨクシティでバニプッチ誘拐に加えバニリッチ・バイバニラによる吹雪騒動。
第58話　ヒヨクジム戦!ゲコガシラVSゴーゴート!!
サトシVSフクジ。勝利しプラントバッジをゲット。
第59話　サトシとセレナ初デート!?誓いの樹とプレゼント!!
サトシとセレナのデート。
第60話　目指せカロスクイーン!セレナ、デビューです!!
セレナの初トライポカロン。結果は一次審査で惨敗。セレナは気持ちを新たに大幅なイメチェンをする。
第61話　荒野の決闘!戦えヌメラ!!
ロケット団とブーピッグによるバネブー達のオアシス乗っ取り騒動。
第62話　サイエンスの未来を守れ!電気の迷宮!!
「カロス発電所」におけるでんきポケモン騒動。シトロンが一時離脱する。
第63話　迷い道は分かれ道!?ムサシとソーナンス!!
ムサシがポケモン専門の医師・ホワイトに、ソーナンスがホワイトの手持ちのメスのソーナンスに惚れるが…。
第64話　フォッコVSマフォクシー!華麗なるパフォーマーバトル!!
ポケモン達に辛く当たってスランプ状態だったセレナはカロスクイーン・エルからアドバイスをもらう。ショータが本編初登場。
第65話　カメール、ライチュウ登場!ヌメイルがんばる!!
サトシとティエルノのダブルバトル。
第66話　ミアレシティ捜査線!シトロイド対ブラック・シトロイド!!
ミアレシティでベルモンド(CV:社長)によるブラックシトロイド騒動。
第67話　ミアレジム戦!サトシVSシトロン!!
サトシVSシトロン。激闘の末サトシが勝利し、ボルテージバッジをゲット。シトロンがパーティに復帰する。この回の原画は24人。
第68話　狙われたメガシンカ!ガブリアスの絆!!
ロケット団によるガブリアス誘拐事件再び。
第69話　湿地帯の戦い!ヌメルゴンvsフラージェス!!
ヌメルゴンの故郷である湿地帯に到着。
第70話　決着!ヌメルゴン虹の彼方へ!!
侵略の理由を知ったサトシ一行・湿地帯のポケモンとフラージェスが和解し、泉の水を奪い去ったロケット団を撃退する為に共闘する。
第71話　運勢最悪?ユリーカ対ニャース!
共に行動する事になってしまったユリーカとニャースがサトシ一行と合流する為に奮闘する。
第72話　こわいイエのおもてなし!
原作における「こわいいえ」を舞台とした怪奇譚。
第73話　ファッションショーでバトルです!タツベイVSシュシュプ!!
サトシVSマーシュ前編。ゲーム版のふりそで総登場。
第74話　クノエジム戦!美しきフェアリーの罠!!
サトシVSマーシュ後編。激闘の末サトシが勝利し、フェアリーバッジをゲットする。
第75話　ライバルバトル3本勝負!明日に向かって!!
サトシとショータの3本勝負。
第76話　風とタマゴとオンバット!
ルチャブルが拾ったタマゴからオンバットが生まれ、サトシの手持ちに加わる。
第77話　挑戦ポケモンスカイリレー!飛べ、オンバット!!
サトシはポケモンスカイリレーに参加する。
第78話-1　ピカチュウはスター!?映画デビュー!
第78話-2 How to ピカチュウ・ザ・ムービー!よーい！アクション!!
第78話-3 迅雷のヒーロー!スーパーピカチュウ!!
第78話-4 ピカチュウのドキドキNG大賞
驚異のサブタイトル4つの回。おきがえピカチュウとピカチュウだらけの映画の撮影に協力する。
第79話　激闘モンスターボール工場!ピカチュウvsニャース!!
原作における「ボール工場」を舞台とした騒動。
第80話　テールナーとヤンチャム!!魅せろ炎のパフォーマンス!!
セレナはトライポカロン・フウジョ大会に参加する。
第81話　時をかけるサトシ!ロトムの願い!
原作における「荒れ果てホテル」を舞台にサトシ達は時間遡行を体験する。
第82話　パンプジンフェスティバル!さよならバケッチャ!?
パンプジンフェスティバルに参加。
第83話　雪山をこえて!マンムーとユキノオー!!
原作における「フロストケイブ」を舞台とした冒険譚。
第84話　ハリマロン!初めてのお使い!!
とある町のポケセンが漏電で停電になり、ハリマロンとホルビーがお使いに行く。
第85話　折れた小枝・折れた心!テールナーの強き思い!!
テールナーの持つ小枝が折れてしまい…。
第86話　シャッターチャンスはファイヤー!伝説を撮れ!!
伝説のポケモン・ファイヤーと邂逅する。
第87話　ユリーカお世話です!甘えん坊のチゴラス!!
ユリーカは保護したチゴラスを育てる事になる。この回からユリーカの声優はかないみか(代役)。
第88話　追憶のトレイン!シトロンとホルビー!!
シトロンの口から語られるホルビーとの出会い。
第89話　イーブイはひとみしり!?お花畑でつかまえて!!
セレナはダンスが得意だが人見知りの激しいイーブイをゲット、68話エンディングの伏線がようやく回収される。
第90話　タッグバトルは友情バトル!イーブイ初参戦!!
ヒャッコクシティでサトシ・ティエルノVSセレナ・サナのダブルバトル。
第91話　ハッピーダンスはクイズのあとで！？トライポカロン・ヒャッコク大会！！
セレナ・サナ・ネネ・ムサシがトライポカロン・ヒャッコク大会に出場。
第92話　カロスの危機!巨大日時計の戦い!!
サトシのゲコガシラの過去が語られる。
第93話　ヒャッコクジムのダブルバトル！ゴジカの未来予知！！
サトシVSゴジカ。勝利し、サイキックバッジをゲット。

ポケットモンスター XY&Z

2015年

XY&Z第1話　Z爆誕！カロスに潜む者！！
フレア団と名無しのポケモンを巡る物語。TX系では最強メガシンカ～ActⅣ（アクトフォー）～との1時間SP放送
XY&Z第2話　熱血ハリボーグ！狙われたプニちゃん！！
ハリボーグはブイズに惚れるが…。
XY&Z第3話　メガタブンネVSギガギガニャース！！
メガタブンネ登場。
XY&Z第4話　シシコとカエンジシ！炎の旅経ち！！
サトシ達はシシコの一人立ちを見守る。
XY&Z第5話　ピカチュウ、プニちゃんの夢を見る！！
ダークライによってピカチュウとニャースはプニちゃんの夢に入り込む。
XY&Z第6話　ようこそ忍者村へ！英雄ゲッコウガの伝説！！
忍者村でお祭りが行われる。
XY&Z第7話　忍者村決戦！ゲコガシラ対キリキザン！！
サトシのゲコガシラがゲッコウガに進化。
XY&Z第8話　踊れイーブイ！トライポカロン・デビュー！！
レンリタウンでトライポカロンが開催。この回からユリーカの声優(伊瀬茉莉也)が復帰。
XY&Z第9話　ついの洞窟！動き出したZの謎！！
サトシゲッコウガはサトシと痛覚共有すると判明。

2016年

XY&Z第10話　ユリーカとプニちゃん！
ホルビーの大けがに責任を感じたユリーカが奮闘する。
XY&Z第11話　オンバットとフラエッテ！風の中のめぐりあい！！
オンバットがキノガッサから猛アプローチを受けるフラエッテを庇おうと奮闘する。
XY&Z第12話　サトシとセレナ！ダンスパーティでゲットだぜ！！
ピエール主催のダンスパーティに参加。
XY&Z第13話　最強メガバトル！ゲッコウガvsメガリザードン！！
サトシのサトシゲッコウガとアランのメガリザードンXが壮絶な死闘を繰り広げる。
XY&Z第14話　爆裂グランドフォース！ジガルデ捕獲作戦！！
ロケット団はジカルデ・コアz2をフレア団から守ろうとするが…。
XY&Z第15話　荒野のブリガロン！木を植えるロボン！！
サトシ達は「美しの森」の復活を望んでいたイチガヤ博士の意思を継ぎ、荒野の緑化活動に励むブリガロンとロボットのロボン、孫のヒロと出会う。
XY&Z第16話　マスタークラスへの試練！どうするセレナ！？
セレナはトライポカロン・フレイ大会に出場。
XY&Z第17話　サンダーとオンバーン！怒りの雷撃！！
イカヅチタウンに向かう途中、サトシ達は野生のサンダーによる落雷に巻き込まれる。
XY&Z第18話　レフトとライト！揺れる心のカメテテ！！
サトシ達はある町の宝石店で鍵を開けるだけで盗みはしない「怪盗ナックル」と遭遇する。
XY&Z第19話　マスタークラス開幕！火花散る乙女の激闘！！
セレナはトライポカロン・マスタークラス出場する。
XY&Z第20話　エルVSセレナ！開け未来への扉！！
準決勝中に手首を負傷してしまったセレナは死に物狂いで決勝に挑む。
XY&Z第21話　シトロンの花嫁！？ユリーカのシルブプレパニック！！
ある日、ユリーカは将来のパートナー探しの旅をしていたロボット会社の令嬢・リリアへの嫉妬からシトロンと彼女の仲を妨害しようとするが…。
XY&Z第22話　セレナ、サトシになる！最強ピカチュウ対決！！
風邪で寝込んでしまったサトシに代わってセレナは服と帽子を借りてサトシに変身し、ジミーのバトルを受けることになるが…。
XY&Z第23話　サトシとアラン！ゲッコウガvsメガリザードンふたたび！！
サトシゲッコウガVSメガリザードンXの死闘再び。
XY&Z第24話　森の呪いと白いボクレー！
サトシ達はボクレーを仲間のもとへ届けようと奮闘する。
XY&Z第25話　サトシ対チャンピオン・カルネ！VSメガサーナイト！！
エイセツシティにてカルネ再登場。
XY&Z第26話　ライバル対決！サトシvsショータ！！
サトシVSショータの3VS3バトル。
XY&Z第27話　エイセツジム戦！氷のバトルフィールド！！
サトシVSウルップ。
XY&Z第28話　迷いの森…進化の夜明け！
サトシがゲッコウガとの絆を再確認する。
XY&Z第29話　サトシゲッコウガVSメガユキノオー！発動巨大水手裏剣！！
サトシVSウルップ再戦。勝利しアイスバーグバッジをゲット。
XY&Z第30話　メレシーを探せ！ヌメルゴンとデデンネ！！
ヌメルゴンと共にメレシーを巡る騒動に巻き込まれる。
XY&Z第31話　爆熱の機巧フェスティバル！
サトシ達は機巧フェスティバルに立ち寄る。
XY&Z第32話　カロスリーグ開幕！メガリザードン対決・X対Y！！
カロスリーグ開幕。
XY&Z第33話　メガジュカイン対ライチュウ！経験値いただきます！！
ショータVSティエルノ。
XY&Z第34話　準決勝フルバトル！サトシ対ショータ！！
サトシVSショータ。
XY&Z第35話　ライバル決戦！サトシゲッコウガVSメガジュカイン！！
サトシゲッコウガとメガジュカインが激闘を繰り広げる。
XY&Z第36話　激闘カロスリーグ！集え、すべての熱き想いよ！！
迷子のハリマロンはマノンと出会い…。
XY&Z第37話　決勝戦！サトシ対アラン！！
サトシVSアラン前編。
XY&Z第38話　カロスリーグ優勝！サトシ頂上決戦！！
サトシVSアラン後編。裏ではフレア団が何やら工作していて…。
XY&Z第39話　襲撃フレア団！プリズムタワーのジガルデ！！
フラダリが動き、ミアレシティは壊滅の危機にさらされる…。
XY&Z第40話　衝撃ジガルデ対ジガルデ！壊れゆく世界！！
サトシ達はフレア団の計画を阻止するために別行動を取る。
XY&Z第41話　突撃ミアレジム！シトロイドよ永遠に！！
シトロンはミアレジム奪還のためにクセロシキに挑む。
XY&Z第42話　進撃する巨石！カロス防衛線！！
TX系では2話連続放送。巨石を食い止めるためにカロスジムリーダー全員集合。アラン、ホウエンチャンピオン・ダイゴも協力する。
XY&Z第43話　反撃のジガルデ！カロス最終決戦！！
TX系では2話連続放送。サトシ達はこの星を救う為、激闘を繰り広げる。
XY&Z第44話　はじまりはゼロ！シトロンの決断！
シトロンとシトロイドの友情物語。
XY&Z第45話　サトシとラストバトル！セレナの選択！！
セレナは民草のためにトライポカロンのスペシャルステージを披露する。
XY&Z第46話　さらばサトシゲッコウガ！クセロシキの逆襲！！
サトシゲッコウガとの別れ。
XY&Z第47話　終わりなきゼロ！また逢う日まで！！
最終回。ラストの言葉が『NEXT TIME...A NEW BEGINNING!(次回・新章スタート！)』ではなく『and to our own way(そしてそれぞれの道へ)』となっており、サトシがマサラタウンの実家に帰るシーンで終わっており、サトシが旅に一旦区切りを付けるとも受け取れる。(アニポケとしてはサンムーン編へと続くが、次回作では物語のフォーマットを一新している)
XY&Z第48話　XYZの伝説！
カロスの神話に語られし時代、伝説のポケモンの謎に迫る。
XY&Z第49話　最強の二人！シトロンとデント！！
シトロンがデントと共に地下鉄で騒動を繰り広げる。

ポケモンサイドストーリー系

鉱国のプリンセスディアンシー
2014年7月17日に放送された5分弱の短編アニメで、2013年長編映画「神速のゲノセクト」・短編と共に放送。

番外編

「ポケットモンスターXY」放送直前SP ～ロード to カロス～
第1話の1週間前に放送。「ポケットモンスターXY」の大まかなあらすじ。
完全マスター!ポケモンXYスペシャル!!
2013年大晦日の7時30分～8時25分で放送1話から11話までの総集編。
第1部「ポケットモンスター　伝説のポケモン一挙見せますスペシャル！」
2014年大晦日に放送。これまでのアニポケシリーズから「ルギアとのやくそく！」「グラードンＶＳカイオーガ(後編)」「ディアルガとパルキア！最後の戦い!!」「レシラム対N！理想と真実の彼方へ!!」などをリバイバル。
第2部「ポケットモンスター XY　大迫力バトル全部見せますスペシャル！」
2014年大晦日に放送。サトシとセレナがナレーションを務めるアニポケXY総集編(17・20・24・29～35・38・43・46～47・52～53)とこれからの予告(55・57～58・60)が放送される。
第3部「すべてのナゾを解き明かせ!ポケットモンスターXY&Z 完全マスタースペシャル‼」
2015年大晦日に放送。最強メガシンカ~Act Ⅳ~とXY&Z第1話の再放送。