テキストの効果説明はニ種類存在し、「手札に全て揃った時、」の後、PREMIUM PACK 1収録時が「勝利が決定する」、以降再録版では「デュエルに勝利する」となっている。普通にデュエルする上では全く問題の無い違いである……と言いたいところだが初収録版での「勝利」だけではマッチを指しているのかデュエルを指しているのか曖昧なためマッチ制の場合問題が生じてしまう。

原作・アニメ

原作及び東映版ではDEATH-T編・テレ東版では第1話において、武藤双六からエクゾディアの入った魂のデッキを託された遊戯(闇遊戯)が海馬相手に使用。

エクゾディアパーツを5枚揃えたことにより、最強の召喚神「エクゾディア」が降臨し、海馬の青眼の白龍3体を無限大の攻撃力で葬り去り、遊戯を勝利へと導いた。このように、この時点においては「攻撃力無限の合体モンスター」という扱いであった。

このデュエルで遊戯は(上記の通り託されたデッキを使っていた為か)途中までエクゾディアの存在に気づいておらず、四肢パーツを意味不明の不必要なカードとしか捉えていない。

そんな中で海馬の猛攻に耐えうるべく壁モンスターを並べまくっていたため、もし手札に他のモンスターがなかったりした場合、いくら意味不明とはいえモンスターである以上、手足のどれかを壁として召喚するしかなく、そうなれば敗北が確定していた。

エクゾディアパーツを揃えたのも運なら、封印されしエクゾディアが来るまで四肢パーツを出さずに済んだのも運という凄まじい綱渡りの運ゲーデュエルである。

壁が居なくても四肢パーツを場に出さなければいいじゃないかと思うかもしれないが、この時点の原作ルールではダイレクトアタックが存在せず、場にモンスターがいない場合ターン終了時に手札から何かしらのモンスターを壁として召喚する必要があるとされているため、そうなった際手札に四肢パーツしかなければその時点で詰みである。

その後は王国編のペガサス主催の決闘島へ向かう際の船で、インセクター羽蛾により「最強のカードであるエクゾディアを打ち破る唯一の攻略法」としてなんと5枚全てのカードを海に投げ捨てられてしまった。

捨てられたカードのうち左腕と右足は即座に海に飛び込んだ城之内によって回収されたが、残りの本体・右腕・左足は海の藻屑と化してしまった。(余談だが、このエピソードを反映してか『遊☆戯☆王の日』において開催されるコンセプトデュエルでは、海に消えてしまった上記3枚のカードは禁止カードに指定されており、エクゾディアそのものが実質禁止扱いとなっている。)

故に、遊戯が作中でエクゾディアを揃えて勝利を果たしたのは、上記の海馬戦の1回のみである。

あちらの世界では「パーツ含めて普通の方法では絶対に入手できないレアカード」という扱いであった為、失ったパーツを補填することも出来なかったと推測できる(メタ的な理由としては、遊戯王がゲーム全体の話からカードゲーム主体の話に移行する上で、「一回限りの予定だったカードゲーム展開で『逆転のカード』として登場させる」のならまだしも、「主人公のエースモンスターないし切り札が『特殊勝利モンスター』である」という状態のままカードゲームの話を継続させるのは、展開として困難であると判断された故だと思われる)。

後のバトルシティ編にはレアハンターが、複製したエクゾディアを使って遊戯や城之内と戦った。

エクゾディアの存在を見破れなかった城之内に勝利し、真紅眼の黒竜のカードを奪う。

遊戯戦では戦術を見破られて敗北。真紅眼の黒龍を遊戯に取り返され、マリクからは「奴はグールズの中でも最弱の男」と言われた。

決闘終了時に遊戯が「貴様にはエクゾディアを手札に揃えるしか勝つ手段が無い」と言及しており、最弱の理由は勝つ為の方法がワンパターンなため（実際、エクゾディアパーツ以外は天使の施しのような手札交換カードと相手モンスターの攻撃を防ぐ壁モンスターや光の護封剣のような防御カードしか確認できない）それを気付かれてしまえば対策を取られやすい事である。

また、アニメ版遊戯王DMでは複製したエクゾディアのカードは遊戯によって破り捨てられる描写が加わっている。(この追加シーンについては違和感を持つ人もいるが、「偽物のカードには魂が宿っていない」という闇遊戯本人の考えに基づいた故の行動であろう。)

他にもアニメオリジナルエピソードである乃亜編においては、海馬剛三郎が息子である海馬瀬人相手に関連カードであるエクゾディア・ネクロス等を含めて使用している。これは、瀬人が上記の遊戯との戦いでエクゾディアに敗れた事から由来するものである。

これ以降DMにおいてはカードとしてのエクゾディアが登場することはなかったが、記憶編においては双六にそっくりな神官である、シモンの精霊（カー）として「守護神エクゾディア」が登場している。

DMの続編である遊戯王GXでは3年目において、加納マルタンに憑依したユベルがアモン・ガラム相手に使用。その後、このデュエルに影響されたアモンも異世界におけるエクゾディアの封印を解いた事でパーツ一式を手に入れており、デッキ構成もエクゾディアパーツ関連のカードを揃えたものに切り替わっている。

しかし、アモンは上記のレアハンターと違ってエクゾディアによる勝利が狙えなくなっても立て直せるように他の勝ち筋もいくつか組み込んでおり、本人の用意周到さとデュエルタクティクスの高さがうかがえる描写と言えるであろう。この点に関しては、対戦相手であるあのユベルすらからも賞賛されている。