前半ではオルペウスの腕輪と契約した主人公大門カイトが頭脳集団『POG』たちが作った命懸けの賢者のパズルに仲間と共に挑んでいき、後半ではPOGの真の目的やファイ・ブレインと神のパズルの正体に迫りつつ、カイトを我が物にしようと狙うかつての親友ルーク・盤城・クロスフィールド率いるPOG幹部たちとの戦いが描かれる。

第2シリーズ

カイトと因縁を持つ少年フリーセルをはじめとしたオルペウス・オーダーの少年少女たちとの新たなパズルバトルが描かれる。

第3シリーズ

全てのパズラーと“ ファイ・ブレインの子供たち ”を殲滅するマスターブレインとの新たなパズルバトルが描かれる。

すべての謎が解かれた時、「神のパズル」と「ファイ・ブレイン」にまつわる全ての真実が明らかになる。

用語

私立√学園

主人公たちの通う、幼稚園から大学まで揃った総合学園。

パズルを教育に取り入れており、パズル部なる部活もある。

歴史上の天才の名を冠した称号を持つ学生には様々な特権が与えられる。

現在の学園長は解道バロン。

天才テラス

√学園内の学食で称号持ち達がほぼ独占しているテラススペース。

カイトとギャモンが早食い対決をしていたり、そんなカイトの脳波をキュービックが計ってたり、アナがロールケーキを恵方巻きスタイルで食べていたり、ノノハがギャモンの知恵の輪をぶっ壊していたりという天才たちの至って日常的な光景が見られる。

POG

Puzzle of Godの略。主にギヴァー達からなる頭脳集団。

依頼を請けて依頼者の財を守るための賢者のパズルを製作・管理しているが、真の目的は賢者のパズルを通してソルヴァーに挑む事でファイ・ブレインの素質を持つ者を育成し、神のパズルを開放する事にある。

そのためには仕掛けたパズルの中で死者が出ることも厭わない危険な集団。

ただし一枚岩ではなく、優しいパズルを作るメンバーもいる。

少なくとも軸川ソウジが所属していた頃は、至って普通の賢者のパズルを作っていたらしい。

クロスフィールド学園

イギリスに存在する全寮制の学校で、世界から指折りの天才児が集められている。

カイトは幼少時代「パズル留学」で通っていた。

ルークはこの学園の特殊施設に収容されていた。

オルペウス・オーダーの5人の母校。

賢者のパズル

財を封じるためにギヴァーが作り出したパズル。

一般的に『パズル』という言葉から連想されるような卓上サイズのものとは異なり巨大迷路や公園全体を使った仕掛けなど大掛かりなものが多く、劇中で登場する物のほとんどに命に関わる危険な罠が施されている。

愚者のパズル

第12話にて初登場した賢者のパズルの亜種（？）。

賢者のパズルと同様に攻略には高度な頭脳と命がけのリスクを必要としながら、封じられた財も製作者の思いも無い理不尽な代物。

ただソルヴァーへの試練（殺害）のためだけに存在するパズル。

一期終盤にて、ファイブレイン育成用パズルとしてのパズルだったことが明らかになり、

二期ではカイトがオルペウス・オーダーに対抗するためにルークに頼んで愚者のパズルを解くという展開があった。

神のパズル

森羅万象の謎を全て解き明かした『神の書』を封じたパズル…と言われているが、詳細は不明。

パズルを極めたファイ・ブレインだけが解くことが出来るといわれている。

ギヴァー

パズルを作成・出題してソルヴァーに挑む頭脳集団POGのメンバー。

普段は実社会で普通の職を持ち生活している者も多い。

ソルヴァー

POGのギヴァーと対戦し、賢者のパズルを解く者たちの事。

主人公の大門カイトもその一人。

POGは基本的にギヴァーばかりの集団だが、異例とはいえソルヴァーが入る事もある。

オルペウスの腕輪

契約した者の秘められた潜在能力を覚醒させると言われている伝説の財。

第2話でカイトが賢者のパズルを解いた際に解放されて以来、腕から離れなくなっていた。

オルペウス・オーダー

第2シリーズより登場。

古来より連綿と続いてきた、オルペウスを信奉する集団。POGよりも過激だという。

オルペウス・リングを用い、神々に封じられた人間本来の力を解放するのが目的らしい。

レプリカ・リング

オルペウス・オーダーが作った、オルペウスの腕輪のレプリカ。指輪型やイヤリング型など、種類は様々。

装着者の脳を強制的に活性化させる。契約は必要無いので誰でも使えるが、長く力を借りていると脳に悪影響を及ぼす上、敗北しないと外れない。

オルペウス・リング

カイトが契約したオルペウスの腕輪、オルペウス・オーダーの5人が手首に付けたリング、レプリカ・リング、これら全ての総称。

全て共通したフクロウモチーフの意匠。

一定以上の素質がある者だけを装着者として認める、カイトは外れてからも脳が活性化するなど謎が多い。

裁きのパズル

オルペウス・オーダーの作ったパズル。賢者のパズルや愚者のパズルと異なり、特定の目的は存在しない。あえて言うなら、フリーセル達が半ば私怨でカイト達を断罪するための物。

その目的の都合上、すべてのパズルが対戦式パズルである。

マスターブレイン

第3シリーズより登場。

「真方ジンとの盟約により、すべてのパズラーを殲滅する」ことを目的とする組織。エニグマが率いていて、様々な国の出身者がギヴァーとしてエニグマと契約し籍を置いている。殲滅対象となるパズラーには懸賞金がかけられており、その中でも能力の高い「ファイ・ブレインの子供」には特に高い懸賞金がかけられている。

登場キャラクター

ちなみに話数が進むごとに、次回予告とおまけの「もっと×2 神のパズル」に出演するキャラは変なハジケ方をしている。（ウソの路線変更宣言、年齢詐称疑惑、サンライズ他作品ネタなど）

√学園

大門カイト（CV:浅沼晋太郎）

本作の主人公にして、「このパズルは解かれたがっている…」とかしょっちゅう口走っちゃう程のパズルバカ。特待生として√学園高等部1年に編入した。かなりの直感力と洞察力の持ち主。

井藤ノノハ（CV:清水香里）

カイトの幼馴染で本作のヒロイン。驚異的な記憶力を持ち成績優秀だが、パズルの腕は初心者レベル。その一方、カイトを背負ったまま余裕で階段を上ったり、墓石を素手で真っ二つにしたりできるほどスポーツ万能。

逆之上ギャモン（CV:福山潤）

カイトのライバルポジション（？）。パズルを解くのは金のためと割り切るソルヴァー。

チンピラ風の外見や傍若無人な態度が目立つ一方で意外と常識的な発言をすることも多く、仲間想いで漢気溢れる一面もある。かと思えば骸骨やお化け屋敷が苦手で、噛ませ犬やギャグ要員にされたりと何かと振り幅の広い人物。

キュービック・G（CV:宮田幸季）

√学園中等部の2年生。「天才として人の役に立つ事」を信条としている…と言うと立派な人格者の様だが、実際はその頭脳をエキセントリックにフル活用。最近の趣味はカイトの追跡。

アナ・グラム（CV:雪野五月）

入学以来ずっと美術室に閉じこもっていた生徒。

空間認識能力が高く絵画を細部まで記憶している為、ばらばらになっているジグソーの絵の一片からでも全体像を認識出来る。人並み外れた直感と感受性を持つが、のんびりとしたマイペースな性格であまり人の話を聞かない。ノノハも認めた通り美人で、スタイルも良くて、肌も綺麗…だが。

軸川ソウジ（CV:石田彰）

√学園の生徒会長にして、バロンと共にカイトをPOGとの戦いに引き込んだ人物。

飄々とした態度と石田ボイスで、なにやら怪しい雰囲気をまとっている。大の林檎党。

千枝乃タマキ（CV:佐藤利奈）

√学園高等部で生徒会副会長を務めており、よく会長の軸川に仕事を押し付けられている。

水谷アイリ（CV:後藤麻衣）

√学園中等部でパズル部に所属するカチューシャ眼鏡の少女。

カイトたちのような称号持ちに憧れており、なんとかお近づきになろうと度々パズルでアプローチを仕掛けているが、あまりうまくいっていない。

武田ナオキ（CV:矢部雅史）

脇役だが地味に出番が多い√学園のパズル部員。一方的にカイトをライバル視し、自分こそ称号持ちに相応しいと考えているほどの自信家だが、悲しいほどに実力が伴っていない。『ミス・√ボーイコンテスト』で努力賞に輝いた経歴を持つ。

相沢ユウイチ（CV:岸尾だいすけ）

武田の腰巾着。

解道バロン（CV:藤原啓治）

√学園の学園長を務めるカイトの育ての親。生徒たちに命懸けの賢者のパズルを解かせている真意とは…？

POG

ルーク・盤城・クロスフィールド（CV:櫻井孝宏）

POGジャパンの総責任者。9年ほど前にイギリス留学中だったカイトと親しくなり、現在でもファイ・ブレインの素質を持つカイトにヤンデレ的な強い執着心を抱いている。

ビショップ（CV:宮野真守）

ルークの側近を務めるギヴァー。ルークの事を心から敬愛しているらしい。

ヘルベルト・ミューラー（CV:森川智之）

POGの極東本部長。「賢者のパズルに必要なのは財を狙う輩に美しき恐怖と死を与えること」という理念を持ち、『POGの闇の顔』と呼ばれている。

次々に賢者のパズルを解放していくカイトを抹殺するべく、一時はPOGジャパンのトップに立っていた。

姫川エレナ（CV:中島愛）

抜群の人気を誇る頭脳派アイドルにしてPOG屈指の実力を持つギヴァー。

劇中のNHK番組『パズルキングダム』にレギュラー出演中。

フンガ（CV:三宅健太）

POGジャパン幹部たちのリーダー格で、常に丁寧な口調で話す大柄な男性。

上司の前では殊勝に振舞っているがいざギヴァーとしてソルヴァーと相対する際には言葉巧みに相手を挑発し、自らは余裕を崩さない冷静沈着な性格の持ち主。

メイズ（CV:斎藤千和）

POGジャパンの幹部で、迷路パズルを得意とする女性。

ギヴァーとしての活動の際は尊大な態度が目立つが、根は親切で世話焼きな常識人。そのためアナのように天然マイペースで予想外の行動ばかりするタイプは苦手らしい。

ダイスマン（CV:谷山紀章）

POGジャパンの幹部。奇抜なメイクが特徴的な青年。

普段の軽薄そうな口調や振る舞いとは裏腹に、パズルに関しては恐ろしく繊細かつ緻密。

外見から声色まで完璧に真似る変装が得意。

オルペウス・オーダー

第二シリーズより登場。

フリーセル（CV:神谷浩史）

5人のリーダー格。過去に何かあったらしく、カイトに恨みを持つ。

ピノクル（CV:杉田智和）

犯罪的調査力を持つ、データ型の変質者。

ダウト（CV:小野大輔）

仲間以外を完全に見下している武骨系担当。

メランコリィ（CV:斎藤桃子）

わがままで自信家のロリっ娘ポジション。

ミゼルカ（CV：日笠陽子）

セクシー系と言えなくもない常識人。

ホイスト（CV：小西克幸）

上層部とつながっている執事キャラ。

クロンダイク（CV:堀秀行）

オルペウス・オーダーの指導者。

マスター・ブレイン

第三シリーズより登場。

レイツェル （CV:茅原実里）

過去のジンを知る少女。カイト同様にファイ・ブレインに覚醒した瞳を持つ。

エニグマ （CV:中田譲治）

アムギーネ共和国大統領。ファイ・ブレインの子供達を狩る天才ギヴァーと名乗る「マスターブレイン」を統べる者。ジンとの盟約に従い全てのパズラーの殲滅を宣言する。

その他

真方ジン（CV:子安武人）

幼い頃のカイトとルークの前に『青年X』と名乗って現れ、パズルを通して親しくなった青年。

「パズル見るとそれを作った人の気持ちがわかるんだ」

「カイト、解いてやれ。自由にしてやれ。不幸なパズルたちを」

といった発言から、色んな意味でカイトのバックボーンの一つになっている人物と推察される。

解道バロンのかつての親友。本編における彼の所在が大きな鍵を握っている…

ジーニアス奥寺（CV:麻生智久）

パズルワールドカップアジア予選8位という成績を売りに、パズル王と名乗りタレント活動をしている。

POGからは身の程知らずに賢者のパズルに挑み、計画を狂わせたことから要注意迷惑人物に指定された。

逆之上ミハル（CV:竹達彩奈）

ギャモンと二人暮らしをしている2歳下の妹。

明るい性格で兄の事を心から慕っており、料理が壊滅的に下手。

スタッフ

第一シリーズ

原作	矢立肇
監督	佐藤順一
ディレクター	遠藤広隆
シリーズ構成	関島眞頼
脚本	関島眞頼／樋口達人／野村祐一／根元歳三／小林英造／加藤陽一
キャラクターデザイン	佐々木洋平
パズルデザイン	郷内邦義
美術監督	中村典史
色彩設計	井上あきこ
撮影監督	千葉洋之
音楽	井筒昭雄
音響監督	鶴岡陽太
アニメーションプロデューサー	梅崎淳志／古里尚丈
制作統括	福田貴美子／野島正宏／尾崎雅之
アニメーション制作	サンライズ（ → バンダイナムコピクチャーズ）
制作	NHKエンタープライズ
制作・著作	NHK・サンライズ

オープニングテーマ

　　「Brain Diver」

　　　作詞 - 藤林聖子 / 作曲 - 山田智和 / 編曲 - CHOKKAKU / 歌 - May'n

エンディングテーマ

　　「ホログラム」

　　　作詞・歌 - 清浦夏実 / 作曲・編曲 - 曽我淳一

第二シリーズ

原作	矢立肇
監督	遠藤広隆
シリーズ構成	関島眞頼／佐藤順一
脚本	関島眞頼／樋口達人／野村祐一／根元歳三／小林英造
キャラクターデザイン	佐々木洋平
パズルデザイン	郷内邦義
美術監督	河野次郎
色彩設計	井上あきこ
撮影監督	千葉洋之
音楽	井筒昭雄
音響監督	鶴岡陽太
アニメーションプロデューサー	梅崎淳志／古里尚丈
制作統括	福田貴美子／野島正宏／尾崎雅之
アニメーション制作	サンライズ（ → バンダイナムコピクチャーズ）
制作	NHKエンタープライズ
制作・著作	NHK・サンライズ

オープニングテーマ

　　「Now or Never」

　　　作詞 - ナノ / 作曲 - nanovish / 編曲 - 西辺誠 / 歌 - ナノ

エンディングテーマ

　　「スーパーステップ」

　　　作詞 - 津久井恒仁・シライシ紗トリ / 作曲- 津久井恒仁 / 編曲 - ammoflight・シライシ紗トリ

　　　/歌 - ammoflight

第三シリーズ

原作	矢立肇
監督	遠藤広隆
シリーズ構成	関島眞頼／佐藤順一
脚本	関島眞頼／樋口達人／根元歳三／小林英造／松井亜弥／中瀬理香／立原正輝
キャラクターデザイン	佐々木洋平
パズルデザイン	郷内邦義
美術監督	河野次郎
色彩設計	井上あきこ
撮影監督	千葉洋之
音楽	井筒昭雄
音響監督	鶴岡陽太
アニメーションプロデューサー	梅崎淳志／古里尚丈
制作統括	柏木敦子／野島正宏／尾崎雅之
アニメーション制作	サンライズ（→バンダイナムコピクチャーズ）
制作	NHKエンタープライズ
制作・著作	NHK・サンライズ

オープニングテーマ

　　「Destiny」

　　　作詞・作曲・編曲・歌 - neko

エンディングテーマ

　　「Say Yeah！」

　　　作詞 - 相田毅 / 作曲・編曲 - 長岡成貢

　　　/ 歌 - 天才テラス組（浅沼晋太郎・清水香里・福山潤・宮田幸季・雪野五月）

　　「diamond secret」（第9話のみ）

　　　作詞 - 中島あけ美 / 作曲・編曲 - 井筒昭雄 / 歌 - レイツェル（茅原実里）

ファイ・ブレイン〜最期のパズル〜

アニメ放送に先行し『週刊少年マガジンにて』、2011年22・23合併号から同年46号まで連載されていた漫画版。

主要キャラクターの容姿や名前は一致しているが、アニメの内容とは連動していないオリジナルものとなっており、暗号解読をテーマとしたミステリー漫画となっている。

アニメとは別のベクトルでツッコミどころの多い内容と何とも言えない読み応えから、ごく一部の敏腕読者の間ではネタとして愛されている。

変だ…！これって……なんなの――！？

漫画版のストーリー

私立√学園に通う高校1年生の大門カイトは両親が海外出張中のため、幼馴染の井藤ノノハのマンションに居候していた。ノノハの設立したパズル部で日々特訓し、全国高校生パズル選手権出場を目指していた。そんな2人をよく思わない他の男子部員、逆之上ギャモン、キュービック・G、軸川ソウジに、ノノハはクラシック同好会の女子部員3人との合コンを持ちかける。3人とも無事カップルとなり、デートの約束をする。

しかし、デートを3日後に控えたキュービックは、美術室の窓が開いているのを目撃する。中に入ると、合コン相手であった3人の女子部員が死亡していた。

そして、悪徳刑事、ルーク警視は3人の死因は他殺だと断定し、キュービックとカップルになった鈴木真奈が血で書いたパズルのようなものが、犯人を特定する鍵ではないかと疑う。

父親が開業医で、第1発見者のキュービックは、ルークの偽装工作によって警察署に勾留されてしまう。

カイトのパズルによりキュービックを救い出せたものの、クラシック同好会で新たな死者が出てしまう。カイト達は、この事件の鍵がバイオリンの名器であるストラディバリウスだと突き止める。

カイトとルークの、壮絶なパズルバトルが幕を開けた。