物語としては、原作の物語の数年後を舞台に、ある武装蜂起事件に原作のメンバーが挑む姿を描く。原作からの最大の変更点として、主人公がホシノ・ルリに変更になっている点が挙げられる。原作の登場人物も概ね登場し、16歳になって可憐に成長したルリを始め、数年を経ての彼らの変化についても注目すべき点…である、とも言えるかも知れない。

純粋にそう言い切れないのは、ラブ・コメディを中心に据え、シリアスなシーンやホロリとくるシーンも少なからずあったものの、全体的にはコメディタッチで描かれていた原作の作風に比べ、本作はむしろ物語は若干のコメディシーンもあるものの、全体的にシリアスタッチで描かれているという点にある。前作の主人公であるテンカワ・アキトとヒロインであるミスマル・ユリカが眠る、ミスマル家の墓の前から物語が始まる、というオープニングシーンが、それを如実に物語っている。

詳細は伏せるが結末としてもハッピーエンドとは言い難い内容であり、この「祭りの後」あるいは「同窓会」や「法事」などを思わせる作風と、全体に漂う寂寥感は、本作の大きな特徴と言える。

コミカルなノリの原作とガラッと変わった原因は、原作のノリだと同時上映のスレイヤーズと被ってしまうから、という説があるが、定かではない。

ストーリー

木星蜥蜴こと「木連」との戦争が終結し、彼らの協力によってボソンジャンプの研究が進むようになった。やがてボソンジャンプを利用したワープ航路システムである「ヒサゴプラン」が立案され、実験用コロニーが建造されて研究が進むようになる。

そんなある日、ヒサゴプラン所属のコロニーが謎の人型兵器によって立て続けに襲撃、撃破されるという事件が発生する。コロニー側に襲撃されうる要素が何かあるのではないかと睨んだ連合宇宙軍は、弱冠16歳の天才艦長・ホシノ・ルリ率いる機動戦艦「ナデシコB」をプラン所属コロニーの一つ、アマテラスに派遣する。

そして事件は起きる。臨検(とは名ばかりの観光ルートゲスト扱い)に臨むルリ達の眼前で、アマテラスのメインシステムは「OTIKA」という謎のメッセージを発してダウンしてしまった。「まるでシステムが勝手に騒いでいるようだ」というマキビ・ハリの報告に、ある直感に至ったルリ。直後にアマテラスは、ルリの予言通り、件の人型兵器の襲撃を受ける。

同時に発生する、「火星の後継者」を名乗る一団による武装蜂起。

謎の人型兵器は何者なのか。

アマテラスの、ヒサゴプランの秘密とは。

　　　　　　　 ──キミノオモイデニ、サヨナラ──

登場人物

『機動戦艦ナデシコ』の項も参照されたし。本項では本作における変化点に特化して述べる。

ナデシコB/ナデシコCクルー

ホシノ・ルリ

主人公。連合宇宙軍所属の少佐であり、ナデシコBの艦長を務める才媛。弱冠16歳の少女にして連合宇宙軍のエースというセンセーショナルな存在であることからか、知名度は相当に高い模様(一種の「看板娘」として軍が宣伝にも使用されているものと推察される)。その可憐な容姿も相まって「電子の妖精」の異名をとる。

澄まし顔が基本なのは相変わらずであるが、原作に比べるとだいぶ表情豊かになり、子供たちに微笑んでみせたり、別艦のクルーにべた褒めされて赤面するなど、年頃の娘らしい姿も見せるようになった。

マキビ・ハリ

副主人公。本作での新規登場となる少年副艦長。ルリ同様遺伝子操作によって特異な能力を植え付けられた存在であるが、ルリでの反省点を踏まえて一般家庭に預けられて育てられた。このため年齢相応に大変表情豊かで素直な性格である。ルリとサブロウタの弟分的存在であり、特にサブロウタには頻繁にイジられている。階級は少尉。愛称「ハーリー」。

タカスギ・サブロウタ

ナデシコB直属のエステバリスパイロットである木連出身の青年(漢字表記で高杉三郎太)。しかしながら髪を派手に染め、軽いノリでハリをイジるその姿は、質実剛健な熱血漢が多いことで知られる木連軍人の一般的な姿とは程遠い(スパイ活動のためにサーファーの流儀を学び、それがそのまま地になってしまったとのこと)。階級は大尉。本作での新規登場と思われがちであるが、実は原作にもちゃんと登場している。

連合宇宙軍関係者

アオイ・ジュン

連合宇宙軍軍人。彼自身も戦艦アマリリスを任されるようになった。彼が出撃した先で「謎の幽霊ロボット」を目撃する所から物語は幕を開ける。

齢20代にして中佐、戦艦の艦長というスーパーエリートであるが、凄みを感じさせないのはさらに若いルリの存在があるためか、はたまた彼の人柄故か。

ミスマル・コウイチロウ

ユリカの父。連合宇宙軍総司令であるが娘を亡くした関係か、はたまた連合宇宙軍が斜陽化している影響か、かなり歳を重ねてしまった雰囲気があるが筋骨隆々のボディは未だ衰えていない。

統合軍関係者

スバル・リョーコ

初代ナデシコにおける専属エステバリスパイロットの一人。かつて髪を緑色に染めていたが、現在は地の色である勝色に戻している。統合軍に教官として所属、鬼教官として恐れられているとのこと。

ネルガル関係者

アカツキ・ナガレ

ネルガル重工の会長でありながら初代ナデシコの専属エステバリスパイロットの一人。既に軍籍は返上しているが、作中ある作戦のために尽力することになる。

プロスペクター

初代ナデシコにおいて会計監査を担当していた男性。作中ある作戦のために尽力することになる。

エリナ・キンジョウ・ウォン

初代ナデシコクルーの一人であり、アカツキの秘書である女性。現在は軍籍は返上し、ネルガル重工で活動している。

その他の初代「ナデシコ」関係者

アマノ・ヒカル

初代ナデシコにおける専属エステバリスパイロットの一人。原作における蜥蜴戦争終了後に軍を辞し、漫画家として活動している。複数の連載作品を抱える売れっ子。

マキ・イズミ

初代ナデシコにおける専属エステバリスパイロットの一人。原作における戦争終了後に軍を辞し、幾年かの放浪の後バーの雇われママとして働くことになった。ギャグセンスは相変わらず。

メグミ・レイナード

初代ナデシコのクルーの一人。軍を辞し、元の職業である声優に復帰している。ホウメイガールズのデビューには彼女のサポートもあったとのこと。

ハルカ・ミナト

初代ナデシコのクルーの一人。教員として活動する一方、木連の軍人白鳥九十九の妹、ユキナを引き取って共同生活を送っている。

白鳥ユキナ

初代ナデシコクルーと共に行動していた少女。戦後はミナトの元に身を寄せ、地球の高等学校にて学園生活を送っている。

いつの間にかジュンと仲良くなっているようであるが、彼女の側としては特に異性としては意識していないとのこと。

ホウメイ

初代ナデシコの乗員の一人(ブリッジクルーではなくナデシコ食堂の調理師)。地球にて食堂【日々平穏】の料理人として活動している。食堂の従業員達がホウメイガールズとして芸能界デビューしたため、店は一人で切り盛りしている模様。

テンカワ・アキト

原作の主人公。原作における戦争終了後に軍を辞し、料理人としてラーメンの屋台を引く生活を送っていた。自慢のラーメンでコウイチロウを説得することに成功し、ユリカと結婚し夫婦になった。さらに身寄りのないルリを引き取ろうとしていたが、新婚旅行のため搭乗した火星行きシャトルの事故に巻き込まれ、帰らぬ人となった。