萌え絵とは萌える絵、もしくは萌える絵柄のことである。細かな定義は後述する。
萌え絵は萌えブームにより急拡大したが、この萌えブームは1990年代後半の平和な学園物により始まるブームであり、1950年代のパンチラにより始まるチラリズムブーム、1960年代のミニスカート流行により始まるハレンチお色気ブーム、1970年代の耽美映画により始まる耽美背徳ブーム、1980年代の米パロディコミック誌により始まるパロディエロパロブームなどに続く一大ブームとなっている。
なお萌えブームと同じ時期にはカオスブームや厨二病ブームも起きており、萌えとカオスの融合や萌えと厨二感の融合したものも登場したが、この記事ではそれについても解説する。
萌え絵の定義
基本的にはマスコット的要素や元気的要素を中心に萌え要素を含む絵が萌え絵と呼ばれている。例えば萌え絵流行期の画像掲示板である萌え.jpの萌え絵板では、萌え要素として定番な猫耳・メイド・巫女服・アリス風・縞パン・ふんどし・スパッツ・オーバーオールなどのスレや、ギャルゲーのスレだけでなく、日常系のあずまんがのスレ、一般ゲームのぷよぷよやマール王国の人形姫やデュープリズムのスレ、一般アニメのちっちゃな雪使いシュガーのスレ、元気ショタのスレ、少女小説のマリア様がみてる（マリみて）のスレ、女の子同士のキスのスレなどが立っていた。
萌え絵にはしばしばパンチラやおしっこなどの性的なニュアンス（微エロ絵）を含むことがあるものの、性的なニュアンスや明確な萌え要素が無くてもキャラに惹かれる絵であれば「萌え絵」と呼ばれている。例えば萌え.jpの「普通の萌え絵」スレでは明確にエログロ禁止、下着姿禁止となっていた。
萌え絵には「作者が読者に萌えさせることを意図しつつ描いている絵」「読者がキャラを“萌える”と思う絵」など、様々な定義がありうるが、実際のところ萌え絵と他のジャンルの絵の線引きは困難である。
萌え絵の萌える対象のキャラは男女や種族を問わない。例えばショタキャラでは少女漫画由来のしいねちゃんが昔から萌え人気を得ており、ケモノキャラでは任天堂由来のしずえさんが萌え人気を得ている。また華やかさも問わず、地味属性やモブ顔属性も萌えの対象となりうる。
また萌える対象のキャラは、萌えブーム初期には基本的に健気で一生懸命な子が多くなっていた（しいねちゃん、ククリちゃん、HMX-12“マルチ”、さくらちゃんなど）が、後発の萌えをパロディした作品ではそれに限らないものとなっていた（でじこ、ワタナベぽえみなど）。また小動物的な萌えキャラも人気となった（月宮あゆ、大和鈴蘭、苺ましまろなど）ほか、逆に甘えたくなるようなバブみを持ったキャラも人気となっていった（古手梨花、櫻井桃華、赤城みりあ、コッコロなど）。
萌え絵には少女漫画作品も含まれているものの、基本的には男性ウケの良いものが萌え絵と呼ばれ、女性向け・女児向け作品のうち男性ウケの悪いものは萌え絵と呼ばれない傾向にある。これには例えば大きすぎる目、濃すぎる化粧、長過ぎる腕や脚、長過ぎる顎、悪い方向に崩れた絵、萌えないキャラなどがある。特に萌える女主人公に絡む萌えない男キャラは問題であり、萌え絵では男キャラの代わりにマスコットを採用したり（伺かなど）、男キャラをオミットしたり（ラブライブ!など）するのが一般的となっていった。
また多様な服も元々は少女漫画や少女漫画原作アニメの領域であり、昔の男性向けだけでなく昔の萌え絵でも服は特徴的なトレードマークの役割服（制服・体操着・水着・変身服等）のみが多く、マスコット感の強いものとなっていた（例：もえたんや伺か）。しかしながらファッションに凝った苺ましまろや魔法先生ネギま!などの作品の登場により、萌え絵でも現実寄りの多様な服が着せられるようになっていった。また旧世代のギャルゲ絵のエロゲーでは脱衣が中心となっていた（野球拳や脱衣麻雀等）が、新世代の萌え絵のエロゲーでは萌え要素を付けた着エロが基本となっており、萌え要素を切り替えられる着せ替えエロFlashゲームまで登場するようになった。
少女趣味も元々は少女漫画の領域であり、萌え絵の領域からは少し外れていた感がある（アリス風を除く）が、ローゼンメイデンや東方やデレマスのブームを通じて萌え絵がだんだん少女趣味へと近づいていった流れが存在する。しかしながらそんな流れがあっても東方の新参ホイホイと言われたキャラはうさみみ+ブレザーのうどんげであり、デレマスの新参ホイホイと言われたキャラは制服のしぶりんであるため、一般人にとって少女趣味には何らかの障壁があるだろうことが推察できる。
化粧も昔の男性はネガティブに見ることが多かったが、女装ブームや朝おんブームなどを経て、現在は好意的に見られることが多くなっていると思われる。
絵柄としての萌え絵
もともとゲームの萌えるCG画像は「萌え画像」と呼ばれており、「萌え絵」は手描き絵を指すことが多かった。またその絵柄も当初は定まっておらず、例えば2ちゃんねるのR-18版姉妹サイトPINKちゃんねるの二次元全般を担当する半角二次元板ではセクシー系のこいずみまりの4コマ漫画の扉絵などが萌え絵と呼ばれていた。
一方、萌え.jpの萌え絵板では最萌トーナメント流行の背景もありアニメ系やゲーム系や日常系のデフォルメ絵が中心となっていた。現在の萌え絵の絵柄の定義は一般的にこちら側となっている。
また2000年代後半頃より海外絵師を中心に顔の一部を写実的にしたCGゲーム寄りの画風が台頭し（DeviantArt等）、日本にも逆輸入されている。
萌え絵の要素とその由来
萌え絵は様々な萌え要素から作られている。例えば代表的な萌え要素として猫耳があるが、猫耳は1960-1970年代の少女漫画に由来し、1980年前後には現実のファッションでも流行し、パソコン通信時代には草の根BBSの「CAT-CGNET」（DLsiteの前身）で80年代当時風の猫耳絵が流行し、80年代後半の少女漫画でも猫耳になるトゥインクルきゃっとが登場するなど、古くから人気の萌え要素となっている。
また萌え絵では大きな目も特徴的となっているが、この大きな目は少女漫画に由来すると思われる。ただし萌え絵の目の大きさは三大少女漫画誌（りぼん・なかよし・ちゃお）の少女漫画絵に比べると小さい傾向にある。これは少女漫画の地味主人公が主役感の記号として目の大きさを使う一方、萌え絵の萌え主人公では萌え要素（ヘアピンクロス等）で主役感を出せるからと思われる。また萌え絵では少女漫画に比べて目のハイライトが控えめな傾向にあるが、これも目の大きさと同様の理由によるものであろう。
そのほか萌え絵では主役に目立つ多様な髪色を採用するのが一般的となっている。もともと昔の少女漫画では心情を表すために多様な髪色を使用していたが、戦隊モノに影響を受けたセーラームーン以降は多様な髪色をキャラ毎に固定するようになり、それが萌え絵の多様な髪色の源流の一つとなったと思われる。またその他にも少年漫画方面ではらんま1/2などが、ゲーム方面ではロボの色に髪色を合わせたツインビーなどが萌え絵の多様な髪色の源流として存在したが、例えば人外キャラの髪色が緑のような記号色はもっと昔から存在していた（「萌え絵の歴史」で後述）。
一方、今に続く萌え絵の鍵とも言える楕円形の赤丸ほっぺ（及びそれに類する物）とマスコット感は比較的新しい萌え要素と言えよう。赤丸ほっぺは元々世界名作劇場やスタジオジブリの映画作品が主要キャラの区別のために採用していたが、90年代にNHKのおばけのホーリーや任天堂の星のカービィやプレイステーションの井上トロが採用するようになるとマスコット感が強くなっていき、2000年代以降は感情移入先の記号とマスコット感の記号が重複した状態となっている。
この赤丸ほっぺの記号の重複は萌え絵ブームの大きな引き金になったと言えるはずである。
萌え絵の後継
女性向けでは上下のまつげを強調して目をキラキラさせたコテキャ絵が萌え絵の後継となりつつある。コテキャ絵はポケットランド辺りのアバター絵の影響を受けていると思われるが、ポケットランドの元となったセルフィのアバターは魔界戦記ディスガイアのイラストレーターが基本デザインを行っていた。
また最近は濃い赤丸ほっぺに代わって「目の中の星型ハイライト」（目に星）が新たな感情移入先の記号となりつつある。この近年の流行はプリパラ続編のアイドルタイムプリパラで新主人公の記号として目に星が使われるようになったことが始まりだが、その後のサンリオアニメのミュークルドリーミーでも濃い赤丸ほっぺをマスコット側に使い、主要キャラの区別（感情移入先の記号）を目に星で行っていた。この主要キャラの目に星を付けるのは男性人気だけでなく女性人気も高い魔王城でおやすみや推しの子や放課後ひみつクラブ、VTuberのサロメ嬢でも行われており、既に市民権を得たものとなっている。
萌え絵の起源
萌え絵の起源は定期的に話題となるが、萌え絵は基本的に新世代の流行絵に当たるため、新世代に人気のある様々な作品の影響を受けている。その中でも特に90年代のゲームや夕方アニメの影響が大きいと言えよう。それらの中には当然少女漫画原作アニメも含まれている。
影響を受けた作品の中でも特に、落ちものパズルブームと共に流行したぷよぷよの漫才デモや、カードキャプターさくらの主人公・木之本桜とマスコット・ケロちゃんの掛け合いは萌え絵界に大きな影響を与えており、個人ホームページにおける萌えキャラ同士の掛け合い解説の流行（今のゆっくり解説の前身）や、萌え絵の掛け合いデスクトップマスコットである伺か（旧名：偽ペルソナウェア with "偽春菜"）の流行に繋がっている。
萌え絵とエロゲ絵の関係
萌え絵がエロゲ絵やギャルゲ絵に由来するという風説もあるが、旧世代のギャルゲ絵は80年代の影響が強い一方、萌え絵は90年代の影響が強いため、萌え絵と旧世代のギャルゲ絵は明確に異なっている。例えば人気ギャルゲーの公式絵であるいたる絵が批判されがちなのもその証拠の一つと言えよう。これは、いたる氏がエルフのエロゲー 同級生(ゲーム)をきっかけに業界に入り、そのキャラデザである竹井正樹（元アニメーター）を通して別系統の絵柄の影響を受けたためと思われる。
また分かりやすいのが前述の萌え文化のデスクトップマスコット「偽ペルソナウェア with "偽春菜"」とギャルゲ文化のデスクトップマスコット「ペルソナウェア with 春菜」の対立であろう。
しかしながら萌え絵が絵柄以外のギャルゲ側の要素を取り入れたり（わはーなど）、また逆にギャルゲが萌え絵側に寄せたりして、相互に影響しあっていたのは確かである。
萌え絵と少女漫画絵の関係
萌え絵は少女漫画絵と多少オーバーラップしており、萌え要素の薄い萌え絵と萌え要素の強い少女漫画絵は区別が難しくなっている。分かりやすいものには例えばコゲどんぼ氏のデ・ジ・キャラットがある。また2005年頃にはメイド喫茶を通じて萌えブームが一般人へと広がり、少女漫画でも少年メイドや萌えキュン!のようなメイドショタ萌えモノが登場している。
また萌え絵はゲーム絵からの影響が大きいが、ゲーム絵は少女漫画絵からも影響を受けている。分かりやすいものでは星のカービィ3（1998年）のアドが少女漫画の小さな恋のものがたりのチッチから影響を受けて赤丸ほっぺを採用しており、これが萌え絵における赤丸ほっぺ（及びそれに類する物）の源流の一つとなっている（他の源流にはフォーチュン・クエストのルーミィや魔法陣グルグルのククリちゃんが居る）。
また1990年代には少女漫画のゲーム化がたくさん行われており、例えばきんぎょ注意報!を基にしたスーファミ向けゲーム「きんぎょ注意報!とびだせ!ゲーム学園」（1994年）は萌え絵のキャラデザとなっていた。
しかしながら絵柄は少女漫画絵と萌え絵で異なる傾向にある。特に髪の毛の絵柄の違いは大きく、萌え絵では髪の毛を大まかな束として描いてフィクション感を出す一方、少女漫画絵では髪の毛を細かく描き現実感を出す傾向にある。また、フィクション感を出さず髪の毛を細かく描く青年漫画絵系の萌え絵では清楚の記号であるダークブラウン〜黒髪の地毛風が多い（明日ちゃんのセーラー服など）のに対し、少女漫画絵では清楚でも明るい髪色が多くなっている（大人になっても黒髪のままの人にヤバい人が多いから？それとも女児アニの影響で暗いとモブに見える？）。
萌え絵と女児アニメの関係
萌え絵は女児アニメからも影響を受けているものの、萌え絵と女児アニメで大きく異なるのが赤丸ほっぺの扱いであろう。萌え絵では感情移入先の記号として赤丸ほっぺ（及びそれに類する物）を使う一方、女児アニメでは幼さの記号として赤丸ほっぺを使用している。
そのため萌えオタクが女児アニメの子育て回を見ると赤ちゃん側に感情移入してしまうことになり、例えばプリパラ3期では幼児退行することで「らぁらママァ…」という感情が生まれ、それがバブみブームの源流の一つとなったと思われる。
萌え絵とロリコン漫画の関係
70年代に少女漫画の耽美な少年愛ブームから同人でやおい漫画が、80年代に少年アニメブームから同人でアニパロ漫画がブームとなり、その延長として少女アニメのエロパロを行うロリコン漫画も登場したが、それがパソコンゲームのエロゲーへも影響を与えており（ロリ主人公ではPSKのALICEなど）、それが一般向けのパソコンゲームへも影響を与えていたとは思われる。そのため、萌え絵の源流の一つである魔導物語→ぷよぷよもその流れにあるとは言えよう。
また萌え絵の源流の一つである少女漫画のバトルヒロイン物でもセーラームーンのようにロリコン漫画から影響を受けたと明言しているものが存在する。
しかしながらロリコンブームではエロが中心である（例えば戦隊やバトルヒロインのピンチシーンにより始まるヒロピン曇らせの影響も受けていたりする）のに対し、萌えブームでは健気が中心となっているため、その内容は大きく異なっている。これは健気萌えブームの起きた当時に平成不況が重なっており、現実の女子中高生がブランドブーム継続のためにブルセラや援助交際へと走ったため、虚構でも健気な小学生（※エロゲーでは18歳以上です）が求められたという時代背景がある。当初萌えオタクに処女厨が多かったのもこれに由来し、萌え絵のエロも微エロが主流であり（パンチラやおしっこ）、エロゲーでは泣きゲーにエロは要らないとまで言われ、アニメの女主人公が男キャラにファーストキスを奪われた際は「ヒロインが中古にされた」として大炎上した。
その後、彼らは男キャラへの耐性を失うことで美少女動物園しか見れない体へとなっていき、更には自分の姿へも耐えられなくなることで自然と女装するようになっていき（2009年の女装ブーム）、現在はVRChat辺りに生息するようになっているであろう。（なお萌え世代より前のロリコン世代とヒロピン曇らせ世代、萌え世代より後の淫夢世代とNTR世代？は別の考えを持っていたと思われる。）
萌え絵の歴史
前史前半（RPGブームからゲーム漫画へ）
1983年、家庭用ゲーム機 ファミリーコンピュータ（ファミコン）が登場して大ブームとなり、1986年にはファミコン向けに国民的RPGゲームドラゴンクエスト（ドラクエ）が登場してRPGブームが起こった。1988年には主人公およびパーティーの職業、性別等を自由に選べるドラクエ3が登場し最終的に380万本のヒットとなり、その発売元であるエニックスが自社でその攻略本を出版するようになる。
また、1986年にはゲーム会社 コンパイルの会報誌 コンパイルクラブが、1988年にはコンパイルクラブの姉妹誌 コンパイルクラブ地下版が登場し、1989年にコンパイルの少女主人公のRPGゲーム 魔導物語が登場すると、コンパイルクラブでもそれが取り上げられるようになる。（魔導物語とメイドの関係については後述）
1990年、エニックス出版局によってパロディ4コマ誌 4コママンガ劇場が、翌1991年、双葉社によってパロディ4コマ誌 4コマまんが王国が登場し、ゲーム4コマブームが起きる。ゲーム4コマは後述のガンガン系漫画やまちカドまぞくなどに影響を与えている。
同1991年、エニックス出版局によってゲーム世代向け漫画誌「月刊少年ガンガン」が登場する。少年ガンガンでは前述の「4コママンガ劇場」出身の漫画家を採用しており、翌1992年にはゲーム風漫画「魔法陣グルグル」の連載が開始される。
前史後半（落ち物パズルブームとファンタジーアニメブーム）
1988年、日本でテトリスが発売され、落ち物パズルブームが起きる。1992年にはアーケードゲームより前述の魔導物語のキャラクターを使った落ち物パズル ぷよぷよが登場して人気となり、翌1993年にはスーパーファミコンよりす〜ぱ〜ぷよぷよが登場して最終的に170万本の大ヒットを記録し、魔導物語およびぷよぷよの女主人公 アルル・ナジャが人気となる。ただしアルルはプレイヤー（主観）キャラであり、他のキャラクターは敵であるため、客観視しながら好きになれるキャラクターはまだ不在となっていた。
1994年、少女漫画の赤ずきんチャチャと前述の魔法陣グルグルが夕方アニメ化され、それぞれの主人公の健気で一途なパートナーであるしいねちゃんとククリちゃんが人気キャラとなる。赤ずきんチャチャは最高世帯視聴率15.8%、魔法陣グルグルは最高世帯視聴率13.9%に達して、今のアニメでは考えられないほど高い視聴率となっており、この二人のキャラは後のオタク側と一般人側を巻き込んだ純愛ブームに多かれ少なかれ影響を与えたと思われる。また1994年の魔法陣グルグルのアニメでは原作より先にデビルククリが登場しており、萌え系における悪魔系ヒロインの源流の一つと言えよう。そのほか1995年にはしいねちゃんの人気によって同人イベントショタケットが開始される。
これら作品によって可愛いキャラクターのブームが起きていたものの、これらの世界観はまだ殺伐としており、視聴者は萌えを感じる余裕が少ない状態にあったと思われる。当時流行していたゲーム4コマ漫画でもそれに引きづられてか殺伐としたネタが多かったものの、絵柄としての萌え絵は既に芽生え始めている。例えば「ぷよぷよ4コマギャグバトル」（1995年）での佐々木亮氏、内村かなめ氏、奥谷かひろ氏らはそれに近く、彼女らは後のギャルゲーのアンソロ4コマなども手掛けるようになる。
もう一つの前史
暴力系ヒロインから強い美少女ヒロインへ
1960年代の日本でのウーマンリブ運動と1970年代のかわい子ちゃん歌手ブームの影響を受けた男性少女漫画家の弓月光氏は1970年代に少女漫画誌で女性上位社会における弱者男性と性転換コメディを発明する。
1985年、ネクラに対するいじめ問題が多発する中で、正義のスケバンが主人公の少女漫画 スケバン刑事がテレビドラマ化され人気となり、スケバンブームが起きる。なお、こちらも作者は男性少女漫画家となっている（和田慎二）。
1987年、弓月光氏の影響を受けた女性少年漫画家の高橋留美子氏が少年サンデーで性転換バトルコメディのらんま1/2を開始し、そこでぶりっ子を武器とする女体化主人公の女らんまや、猫系中華娘のシャンプーを導入する。らんま1/2は後のゆんゆん☆パラダイスなどに影響を与えたと思われる。
1989年4月、らんま1/2がアニメ化され人気となるが、そのキャラクターデザインを中嶋敦子氏が行う。中嶋敦子絵は萌え絵の源流の一つと言えよう。彼女は後に六門天外モンコレナイトなどのキャラクターデザインも手掛けている。またらんま1/2のアニメによってやおいや少女漫画方面でもぶりっ子表現が増え（例えば少女漫画誌ミッシィで「きゃるん」が使われている？）、それが萌え系方面にも影響した可能性があるものの未調査・要研究。
1990年、富士見ファンタジア文庫で自称美少女天才魔道士リナ＝インバースが主人公のファンタジーノベル スレイヤーズが登場し人気となる。
1993年、ジュブナイルポルノより中華風仔猫娘 ゆんゆんが主人公のゆんゆん☆パラダイスが登場する。ゆんゆん☆パラダイスは官能小説の影響も受けていた。
同1993年、黒田洋介、倉田英之らはスタジオオルフェを設立しOVAの天地無用!の脚本を引き継ぐが、スタジオオルフェはその後ゆんゆん☆パラダイスのOVA化、天地無用!スピンオフのOVAおよびオリジナル夕方アニメ 魔法少女プリティサミー、エクセル・サーガの夕方アニメ化とそのスピンオフOVA ぷにぷに☆ぽえみぃなどに関与していく。
女性向け4コマ〜少女漫画方面
1980年代前半に（非萌えの）4コマまんが誌が登場して男性サラリーマンに人気となり、1990年代前半にはOLのオヤジ向け店舗への進出（おやじギャルの登場）に合わせてOL向け4コマ雑誌まんがハイムとまんがタイムスペシャルが登場した。まんがハイムでは胡桃ちの氏がなにわOLマチコちゃんを連載していたが、胡桃ちの氏は同時期に大阪日本橋のPCショップ PRIME阪神商会でPC萌えキャラの源流に当たる看板娘 阪神商子ちゃん（と謎生物）を手掛けるようになる（参考1、参考2）。
1989年、ファミリー4コマ誌のまんがタイムファミリーでOLルームシェア物として丹沢恵氏のごめんあそばせが登場する。この漫画はOLルームシェア系4コマの嚆矢であり、後のこいずみまりのレイとルリのスイートライフなどにも影響を与えた可能性がある。ただしOLルームシェア系4コマでは男好きの女キャラが多く百合要素を避ける傾向にあるなど新世代の萌え4コマとは異なっている。
1992年前半、特撮ドラマ 美少女仮面ポワトリンの影響を受けて、メディアミックスの美少女戦士セーラームーンが少女漫画誌 なかよしと夕方アニメに登場する。セーラームーンではボイ×フェムの百合（百合界のカリスマ）が登場し、やおい同人を手掛けていた女性同人作家もそのセーラームーンの同人誌を手掛けるようになる。
1992年7月、アニメ誌増刊の少女漫画誌コミックPockeでオタク少女を題材とした4コマ漫画 花咲きKomachi-Girlsが登場する。当漫画ではセーラームーンの影響を受けてかボイ好きのフェムも登場する。この花咲きKomachi-Girlsの作者は奥谷かひろ氏であり、彼女は後にゲーム4コマなどでも活躍するようになる。
しかしながら萌え絵において主流のフェム好きのフェムが流行るのは多分CCさくら以降と思われる？未調査。
女神からAIへ
1978年9月、高橋留美子氏は少年サンデーでうる星やつらの連載を開始するが、そこでは「だっちゃ」の口癖で有名な緑髪宇宙人の鬼娘のラムちゃんが元々のメインヒロインを超えて人気となり、ボーイ・ミーツ・ガールにおける女ドラえもん物の嚆矢となる。1981年10月にはアニメ化も行われ、1986年3月まで放送される。
1986年12月にはファミコンにおいて緑髪の光の女神パルテナの登場する任天堂のゲームソフト 光神話 パルテナの鏡が発売され、同年にはそれをデフォルメした「ファミコン冒険ゲームブック 光神話パルテナの鏡」も出版される。
1988年には青年漫画誌アフタヌーンで青い衣装の女神ベルダンディーの登場する女ドラえもん系漫画 ああっ女神さまっが登場する。ああっ女神さまっは後のガンガン系漫画のまもって守護月天!へと影響を与えた可能性がある。
1992年7月、PC向け18禁ナンパゲームきゃんきゃんバニーの第4作としてきゃんきゃんバニープルミエールが登場するが、今作では新ナビゲーターキャラとして緑髪で七福神の弁財天で「きゃる〜ん☆」が口癖のスワティが登場し、それがなんとメインヒロインとなっていた。当時のエロゲーはまだ知名度が低いものの、これは萌え口癖の嚆矢の一つと言えよう。
同1992年12月にはライトノベルより人気のファンタジーノベル スレイヤーズシリーズの次作としてSF物のロスト・ユニバースが登場し、そこに遺失宇宙船（ロスト・シップ）のAIオペレータキャラで緑髪のキャナル=ヴォルフィード（旧デザイン）が登場する。
1994年には週刊少年マガジンに金髪のAIキャラ 難波サーティをメインヒロインとするラブコメ漫画「A・Iが止まらない!」（AI止ま）が登場したが、AI止まは題材こそ新しいもののキャラやストーリーは旧来のラブコメのテンプレ感が強く、特にストーリーは電影少女からの流れにあるものとなっていた。翌1995年2月にはPC-98向け18禁恋愛アドベンチャーゲームから緑髪のAIキャラ プリシア との会話を行うバーチャコールが登場する。
ただしこれらはまだ萌え絵流行期における萌え絵の絵柄とはなっていなかった。
メイドキャラの登場
萌え要素の定番にはメイド服があるが、メイド服の元となるエプロンドレスは不思議の国のアリスなどの童話の影響でインターネット時代より前から流行していた（PSKのALICEやぜんまいちゃんのファンアートなど）ものの、いわゆる萌えよりも素朴萌えの強いものとなっていた。一方、80年代には中華服の上にエプロンドレスを着た格闘看板娘として前述のらんま1/2のサブヒロイン シャンプーも人気となっていた。
1990年には敵としてメイド風モンスター メイドさんの登場するアダルトダンジョンRPG Rance IIが登場する。
1994年7月には敵としてメイド服の掃除の妖精 キキーモラの登場するPC-98向けダンジョンRPG 魔導物語 道草異聞が登場し、翌1995年7月にはキキーモラをプレイヤーキャラとするPC-98向けアクションゲーム キキーモラのおそうじ大作戦が登場した。翌1996年12月にはキキーモラがぷよぷよ本編のぷよぷよSUNに登場し、その対戦モード（ふたりでぷよぷよ）においてプレイアブルとなる。キキーモラは後の戦闘メイドの嚆矢と言えよう。
しかしながらこれらゲームは前述の通り殺伐としており萌えからは離れたものとなっていた。なお敵としてのメイドキャラはその後も東方Projectなどに受け継がれている（東方メイド隊）。
機械耳付きアンドロイドの登場
女性型アンドロイドの概念は大昔から存在し、二次元でも鉄腕アトムのウランちゃんやDr.スランプのアラレちゃんを始め、膨大な作品が存在していた。またポンコツロボットも藤子・F・不二雄の作品を始めとして昔からの定番となっていた。
1987年には短編漫画 BOOBY TRAPを元にした機械耳付きのアンドロイドの登場するOVA ブラックマジック M-66が登場する。
1989年には週刊少年サンデー Specialにドジっ子アンドロイド ミソッカス90Fの登場する電化製品に乾杯!が登場する。これは後のToHeartのマルチに影響を与えた可能性がある（質問→返答）。
巫女キャラの登場
萌え要素の定番には巫女服もあるが、巫女はメイドと異なり初期から主役側の属性となっていた。
1970年代には前述のうる星やつらに巫女が本職の養護教諭 サクラ先生が登場する。
1986年には巫女の小夜ちゃんが妖怪を退治するアーケードゲーム 奇々怪界が登場して人気となり、それがその後、様々な機種に移植されていく。このゲームは後の東方Projectにも大きな影響を与えている。
1991年には週刊少年サンデーにおいて巫女装束のおキヌちゃんをサブヒロインに据えたGS美神 極楽大作戦!!が登場し、1993年にアニメ化される。また1992年より始まるセーラームーンでも家の手伝いで巫女の仕事をする火野レイが登場する。
萌えの登場
萌えの登場の背景として、まず1990年代後半にヒーリングを含むスピリチュアルブームが起き、また癒し系女優も台頭し、社会が癒やしを求めていたことがある。ただし癒やしと萌えは明白に異なる。また1995年11月には日本語版Windows 95が発売され、一般人にパソコンとインターネットが普及し、オタク趣味のホームページが増加していったのも一因である。
1996年秋、夕方アニメに機動戦艦ナデシコが登場し、エヴァ終了後の受け皿だったこともあって最高視聴率7.8%の人気を得る。機動戦艦ナデシコでは「バカばっか」で有名なサブヒロインの天才少女ホシノ・ルリ（ルリルリ）が人気となり、特に第19話のルリルリが歌う回はキングレコードの電話回線がパンクしたほどであった。電子の妖精ルリルリはSFの髪型にツインテールを印象付け、後のボーカロイドの初音ミクやディズニーのファイアボールへも影響を与えたと思われる。
1997年春、夕方アニメ層がバトル物のポケモンアニメにハマる中、平和な青春学園物の18禁ビジュアルノベルTo Heartが登場し、ドジっ娘キャラのHMX-12“マルチ”が萌えるとしてオタク人気を得る。なおTo Heartが影響を与えた作家には氷川へきる（ぱにぽにの作者・参考）、あずまきよひこ（あずまんが大王の作者）、ねことうふ（お兄ちゃんはおしまい!の作者・参考）、ZUN（東方Projectの作者・参考→東方夢時空のま○ち）が居る。ただしまだ萌え絵という言葉は登場していなかった。
1998年春には夕方アニメにおいてファンタジーヒロイン物のスレイヤーズのアニメ化の後継として同作者のSF物のロスト・ユニバース（前述）がアニメ化され、最高視聴率6.2%の人気を得るも、ロスト・ユニバースは突貫スケジュールにより大きな作画崩壊を起こし話題となる（ヤシガニ）。しかしながら登場した宇宙船AIキャラのキャナル=ヴォルフィードは今風のデザインに改訂されたこともあって人気となる。
また同1998年春よりはバトルヒロイン物の少女漫画 カードキャプターさくら（CCさくら）も夕方アニメ化され、口癖のはにゃーんやほえー、主人公のさくらちゃんとマスコットのケロちゃんの掛け合い、献身的な知世ちゃんが人気となる。CCさくらは後述の伺か、竜騎士07（ひぐらしのなく頃に）、ぷにぷに☆ぽえみぃなどに影響を与えてる。
またノストラダムスの大予言による「1999年7の月人類滅亡の日」が迫りくる中で、1998年5月、「永遠は、あるよ」 で有名な18禁ビジュアルノベル ONE 〜輝く季節へ〜 が登場して最終的に5万本を超え、泣きゲーブームが起こる。ONEが影響を与えた作家には奈須きのこ（月姫とFateの作者）が居る。
なお当時の夕方アニメは視聴者数が多く、携帯ゲームもプレイヤー数が多かった（非オタク側）一方、当時の深夜アニメは視聴者数が少なく、エロゲも売上本数がそこまで高くなく、貸し借りや割れ (Warez) を含めても直接知ってる人は少なかったと思われる（オタク側）。また夕方アニメも直接見るリアタイ世代（習い事で見れない曜日が出る）と録画して見るアニメオタク世代（ネットやアニメ誌に影響される）では見ているものが多少異なっており、視聴率はリアタイ世代の方を反映していた。
ゆる感からの合流
また一般向けでは癒やしブームから「ゆる感」がブームとなり、それが「萌え感」と繋がっていく。
一般向けのグッズ方面では「ゆる感」が中心であり、例えば1998年にはたれぱんだのグッズが、2003年にはリラックマのグッズが登場し、また同じ頃にはゆるキャラの概念も登場していくものの、これらキャラは萌え感の無いものとなっていた。
一方、1998年末よりは萌え感の強いGAMERSの看板娘デ・ジ・キャラットのアニメCMが夕方に放送され、翌1999年には東北電力からもキャンペーンキャラクターとして萌え感の強いえここ（アイスちゃん）が登場し、これら萌えキャラはネット人気を得ていく。この頃に個人ホームページでも看板娘が流行する？それ以前から？要調査。
翌2000年には関西私鉄系磁気カードのスルッとKANSAIよりスルットちゃんが登場するも、翌2001年の2ちゃんねるの鉄道板では「微妙に・・・」「もう少し萌えるキャラデザインだったら」「せめて、でんこちゃんを越えて欲しい」などとの烙印を押され、スレ住人によってスルットちゃんの萌え化が行われる。
またファッションでは1998年にユニクロのフリースブームが、1999年にアームウォーマーブームが起こり、またそのころの女子学生にはベージュのダボッとしたカーディガンが流行し、現実でも萌え感のある萌え袖が拡大していった。これにより現実寄りの学園漫画でも萌え感が増していったと思われるが未調査。
萌えのさらなる拡大
また1998年末には、かわいい白魔道士シロマが初登場するプレステ向け3DダンジョンRPG「チョコボの不思議なダンジョン2」が、翌1999年3月にはそのスピンオフとしてプレステ向けレーシングゲーム「チョコボレーシング 〜幻界へのロード〜」が登場する。同年5月には無料の3DモデリングソフトMetasequoiaが登場し、萌え絵では萌えるローポリ3Dも人気となっていく。
また1999年2月にはオリジナル魔法少女アニメのおジャ魔女どれみが登場して大人気となり、1999年11月よりぷに絵専門のぷにケットが開催されるようになる。おジャ魔女どれみは最終的に最高視聴率13.9%に達している。
また1999年3月にはTo Heartがプレイステーション用として全年齢向け移植され、同年春にはそれがアニメ化される。同年6月には泣きゲーのKanonが登場し、月宮あゆのうぐぅがオタクに流行する。同年7月にはアニメ雑誌アニメディアの増刊として美少女キャラクター誌メガミマガジンが登場する。
また同1999年5月には大規模文字掲示板の2ちゃんねるが開設され、同年12月にはその2ちゃんねるにエロゲー板が設置される。このエロゲー板は三次元系R-18板の廃止もあって2ちゃんねる唯一のR-18板となる。2ちゃんねるではアスキーアート (AA) が流行し、いつからか2ちゃんねる内外では人間キャラと定番AAキャラの融合キャラが誕生したり（月宮あゆ+モナー→あゆモナーなど）、また逆にAA擬人化が行われるようになったり（擬人化しぃなど）など、AA文化と萌え絵文化が交差するようになっていった。これは後の擬人化文化や、初期きらら系の長寿漫画のねこきっさなどに影響を与えたと思われる。
1999年10月にはプレイステーション向けのローポリ3DのアクションRPG デュープリズム が登場する。デュープリズムのミント様は傍若無人ながらも魅力的で、スレイヤーズのリナ=インバースを彷彿とさせ、また動きのコミカルさも相まって、萌え絵においても人気となる。
また1998年末には電撃系漫画誌からオリジナル日常系漫画のあずまんが大王が登場し、2000年2月にはそれが単行本化されて2ちゃんねるの漫画板で人気となる。
同2000年5月、萌えデスクトップマスコットソフトウェアの「偽ペルソナウェア with "偽春菜"」（後のあれ以外の何か→何か。(仮)→何か→伺かと任意たん→御影さくら）が登場する。2001年にはペルソナウェアからの警告問題が起こり、2001年8月5日には何かの新デフォルトゴーストとして双葉が登場しこちらもこちらで人気となるものの、同年11月にはさくらへと戻される。萌え絵では個人ホームページにおいて伺かのキャラを作ることが流行し、そのうち積極的に開発されたせりこ、まゆら、奈留、理夢は人気となって四大天使（任意四天）と呼ばれるようになる。任意たんの口癖「えんいー」、奈留の口癖「うっへり」などはネットスラングとして広く使われるようになる。
2001年2月、バーチャルネットアイドルのちゆ12歳が誕生し、バーチャルネットアイドルがブームとなる（今のバーチャルYouTuberの前身）。また前述の2ちゃんねるではキャラへのなりきりがブームとなり、同年7月にはなりきりを隔離するためにキャラネタ板が誕生する。
2002年1月、2ちゃんねるのR-18版姉妹サイトPINKちゃんねるにおいて二次元関係を扱う半角二次元板が開設され、半角二次元板では特に萌え擬人化が活発となる。同年3月にはビスケたんが誕生し、同年6月には兵器擬人化を行う制服兵器兵站局の前身スレが開始される。これは後のびんちょうタンや艦これに影響を与えたと思われる。
読者参加型企画とシチュエーションCDの登場
また1999年にはGAME美少女キャラクター専門誌 電撃G'sマガジンで妹萌え物の読者参加型企画 シスター・プリンセス（シスプリ）が開始され、翌2000年には同誌でその小説の連載が開始され、翌2001年春にはそれが深夜アニメ化される。この読者参加型企画から小説を経てアニメ化するフォーマットはその後の百合物のストロベリー・パニックやラブライブにも使われていく。
2001年10月にはシスプリのラジオ番組 シスター・プリンセス〜お兄ちゃんといっしょが開始されるが、その番組では添い寝の語り掛けラジオドラマが展開され、翌2002年にはそのラジオドラマをまとめたボイスCD「VOICE CD Sister Princess〜お兄ちゃん大好き♥〜」が発売される。このボイスCDは後のシチュエーションCD（妄想ボイスCDや眠れないCDシリーズ）とその後継のASMRの源流に当たる。
このようにシスプリはオタク界の大きな源流となっているものの、シスプリ自体は深夜アニメが注目される前の作品であるため、知名度は高くなかったと思われる？未検証。
メイド萌えからダメイドへ
前述の通り、メイド服キャラでは1996年12月のぷよぷよSUNにキキーモラが登場していた。
1997年春、前述のTo Heartで健気でドジっ子なメイドロボット HMX-12“マルチ”が登場し、萌えるとしてオタクに人気となる。マルチ自体は制服の印象が強いものの、ギャグ漫画では「オタクの好むドジっ子メイド」のネタが登場するようになり、それがドジっ子メイドを初めとするダメイドブームの元となるが、時系列は未検証。
また1990年にアメリカの素朴な家庭料理店 アンナミラーズが日本の東京都心へと進出して衣装が洗練され、1996年7月にその店の影響を受けた18禁恋愛アドベンチャーゲーム Piaキャロットへようこそ!!が登場するが、1997年10月に登場したその続編 Piaキャロットへようこそ!!2では制服にメイド服風（メイドタイプ）が採用される。この作品は翌1998年のキャラクターショップ ゲーマーズのマスコットキャラクター デ・ジ・キャラットへと影響を与えたと思われる。
1998年、東京キャラクターショー1998のPiaキャロットブースにおいてPiaキャロットのコスプレ喫茶が、1999年にキャラクターショップ ゲーマーズの店舗内においてPiaキャロレストランが登場し、そのレストランが後のコスプレ喫茶 Cafe de COSPA→メイド喫茶 Cure Maid Cafeとなり、コスプレ喫茶やメイド喫茶の源流となる。また学校の文化祭においても萌え系に限らずメイド喫茶が一般的となっていくが時系列は未調査。
一方、夕方アニメでは1998年春にメイド服を着た宇宙船AIとして前述のロスト・ユニバースのキャナル=ヴォルフィード（新デザイン）が登場し人気となる。キャナルはメイドでは無いものの掃除をしたり武装好きとなっているため、武装メイドの源流の一つと言えるかもしれない。
1999年2月には漫画誌 コミックガムに戦闘用アンドロイド 安藤まほろがメイドを務める漫画 まほろまてぃっくが登場する。まほろさんのセリフ「えっちなのはいけないと思います!」はネットスラングとして広く使われるようになる。
2000年9月、週刊ヤングマガジンにパソコンが人型の世界で男主人公が少女型パソコン ちぃを拾う青年漫画 ちょびっツが登場し、その作品内にフレンチメイド型パソコンが登場する。2001年には月刊コミック電撃大王にメイド用ロボット ゆいを愛玩用として購入する電撃系漫画 こはるびよりが登場し、2002年にはそのこはるびよりも移籍する新しい電撃系萌え雑誌 電撃萌王が創刊される。同2002年にはガンガン系よりこれが私の御主人様も登場する。これらは後の小林さんちのメイドラゴンにも影響を与えたと思われる。
2004年4月よりはふたば☆ちゃんねるでめどいさんを初めとする虹裏メイドが流行し、これによりドジっ子以外のダメイドが生まれていく。これは後の東方二次創作の十六夜咲夜のダメイド化などにも影響を与えたと思われ、萌えるキャラとダメイドのペアが定番となっていく（東方のレミ咲、うちのメイドがウザすぎる!など）。
最萌トーナメントから萌えの定着
またピーチ姫とゼルダ姫とアイスクライマーの参戦した大乱闘スマッシュブラザーズDX (2001年11月) の前情報の影響を受けてか受けずか、2001年10月には2ちゃんねるの葉鍵板で最萌な葉鍵キャラを決める葉鍵板最萌トーナメントが開催される（なおLeafには元々同人格ゲーもあった）。翌2002年には伺か界隈で最萌な伺かキャラを決める伺か最萌トーナメント（後の伺かゴースト運動会）が開催され、また2ちゃんねるのアニメ板でも同様のアニメ板最萌トーナメントが開催され（後に2ちゃんねる全板でのアニメ最萌トーナメントとなる）、2ちゃんねるのギャルゲー板でも同様のギャルゲー板最萌トーナメントが開催され、2ちゃんねるのFFDQ板でも同様のFFDQ板最萌トーナメントが開催される。これらの最萌トーナメントにより、キャラの萌えを競いながら画像（ファンアート）やSS（ショートストーリー）を投下して界隈を盛り上げることが一般化していく。
また2002年5月にはドキドキ☆ビジュアル4コマ誌まんがタイムきらら（初期の代表作：トリコロ、スーパーメイドちるみさん、ねこきっさ）が登場した。また同月には画像掲示板の萌え.jpも開設される。同年11月には萌え絵の実用書（萌え本）の萌える法律読本が登場し、その後も萌える英単語 もえたんのような萌え本が続々と登場していく。
2003年1月、きらら派生誌のまんがタイムきららキャラット（初期の代表作：ひだまりスケッチ）が登場する。同月、日本一ソフトウェアよりPS2向けゲーム 魔界戦記ディスガイアがリリースされる。同2003年4月にはデ・ジ・キャラットが朝アニメ化され、それと同時に季刊デ・ジ・キャラットが登場する。同年6月にはニューエイジ4コマ誌まんがライフMOMO（代表作：せんせいのお時間・ポヨポヨ観察日記）も登場する。
同2003年10月、泣きゲーや難病恋愛小説（セカチュー）のブームの中でライトノベルからも難病恋愛物の半分の月がのぼる空が登場し、翌2004年4月には泣きゲー「CLANNAD」が登場する。
同2004年5月、きらら派生誌のまんがタイムきららMAX（初期の代表作：ワンダフルデイズ）が登場する。同年夏にはなごみ系4コマ誌もえよん（代表作：ぽてまよ）とぷに萌え誌COMICぎゅっと!（代表作：GA芸術科アートデザインクラス）が登場するも、こちらの2誌は短期に終わる。しかしながら幾つかの連載は他誌に引き継がれ、その中にはアニメ化を果たしたものもある。
2005年4月、2ちゃんねるに萌えニュース+板が新設される。同年12月には萌えが一般人に浸透し流行語大賞に選ばれる。
萌えカオスや萌えホラーの登場
アニメにおいてカオスギャグが登場したのは1997年夏からの児童文学原作の夕方アニメはれときどきぶたに遡る。その監督のワタナベシンイチはその後も1999年冬の夕方アニメエクセル♥サーガをカオスアニメにし、それらアニメは監督の名前を取ってナベシンアニメと呼ばれるようになっていった。しかしながら、これらはまだ萌え絵を採用しては居なかった。
1999年6月、Kanonの同人パロディゲームである『Kanoso 〜思い出を壊す物語〜』が登場する。1999年11月、萌え絵のデ・ジ・キャラットがカオスギャグ物として深夜アニメ化される。また2000年秋にはFLASHアニメの別府鉄輪地獄変が登場し、同年冬には少年ガンガン系の漫画にぱにぽにが登場する。
カオスギャグの魔法少女物も多数登場した。2001年春にはエクセル♥サーガの派生として魔法少女物のOVAカオスアニメぷにぷに☆ぽえみぃが登場するものの、それが注目されるのは後の動画共有サイトでの再発見を待ってからのことであった。一方、2002年に登場した邪道魔法少女シリーズのOVAアニメ『ナースウィッチ小麦ちゃんマジカルて』は2ちゃんねるのアスキーアート (AA) 文化をパロディしたことで注目され、何故か技術系サイト「ミケネコ研究所」でも取り上げられるなど広く話題となった。また2001年夏にはぱにぽにの連載に「愛と正義の新感覚癒し系魔法少女」ベホイミちゃんが登場した。
また2002年1月には伺かでマスコット付きラジオ配信の任意ラヂヲが登場した（今のVTuberライブ配信の前身）ものの、任意ラヂヲは製作がエロゲ方面の同人サークルであり、内容もその方面のコアでカオスなネタが中心となってた（放送5回目の番組内でも偏りが指摘されている）。
一方、ホラーでは1999年にTo Heart二次創作の同人ホラーゲームである既知街が登場し、2002年にはオリジナルの同人ホラーゲームであるひぐらしのなく頃にが登場した。この頃の萌えキャラでは任意ラヂヲの萌え担当ねここやひぐらしのなく頃にの古手神社の一人娘 古手梨花のように「なのですよー」が口癖のキャラが台頭したと言えよう。
また2001年には転送量問題から2ちゃんねる閉鎖騒動が起き、同年8月30日にはその避難所としてふたば☆ちゃんねるが登場した。ふたば☆ちゃんねるでは画像掲示板が設置され、2002年には自作絵を投稿するための新板である落書き＠ふたばも登場し、カオス系が流行していった。
三大少年誌における萌えの拡大
1998年にはAI止まの作者である赤松健が週刊少年マガジンでギャルゲー的ラブコメの ラブひな を開始する。一方、同じ頃に週刊少年サンデーでは久米田康治が下ネタギャグのかってに改蔵を開始し、だんだん時事ネタやオタクネタを増やしていく。
1999年、魔法使い物のイギリス児童小説 ハリー・ポッターと賢者の石の日本語版が登場して人気となり、また2000年に学園日常物のあずまんが大王の単行本の登場が登場して人気となると、2003年には赤松健がそれらを組み合わせて規模を更に拡大した魔法先生ネギま!の連載を開始し、かってに改蔵の久米田康治に『そこまでやられたら、もう何も言えません』と言わしめる。
しかしながら萌えの影響を受けたラブひなやネギま!でもまだメインヒロインの成瀬川なるや神楽坂明日菜は80年代（らんま1/2）から続く暴力系ヒロインとなっており、萌え系ヒロインの前原しのぶや綾瀬夕映や宮崎のどかはサブヒロインに留まっていた。
なお、久米田康治も2005年には学園物の『さよなら絶望先生』を開始するが、内容はかってに改蔵の延長であるため割愛。
電撃文庫における厨二感の流行
ライトノベルでは世紀末のセカイ系の延長からか現代ファンタジーが強くなっていき、2002年11月に灼眼のシャナが、翌2003年6月に涼宮ハルヒの憂鬱が登場し人気となっていくが、それらのイラストはギャルゲー出身のいとうのいぢ氏が担当しており、エロゲ絵の影響を強く受けたものとなっていた。例えば絵柄の分かりやすいところでは目が四角寄りで黒目が大きいという特徴がある（ドット絵の影響？）。電撃文庫は萌え文化の影響を受けながらも世界観やヒロインが厨二感の強いものとなっていた。また涼宮ハルヒの憂鬱は謎部活物ブームの嚆矢となり、後のゆるゆりのごらく部などにも影響を与えたと思われる。
なお、そんな電撃文庫も妹萌えな作品などが増えてだんだん丸目となっていくことになるが未調査のため割愛。
PC方面における萌え擬人化の流行
元々PC方面ではPCショップの看板娘として前述の阪神商子ちゃんが存在していた。
2003年5月、美少女ゲームを家庭用ゲーム機へと移植していたアルケミストが備長炭の萌え擬人化であるびんちょうタンを看板娘として採用し話題となり、同年6月には台湾のPC部品メーカーGIGABYTEが日本向けの新宣伝キャラクターとして中華娘のギガバイ子を採用する。
同2003年8月、ふたば☆ちゃんねるの二次元裏板でポンコツなWindows Meを擬人化したアホの子（ポンコツ娘）のMeたんが誕生し人気となり、OS擬人化のとらぶるうぃんどうず（OS娘）が流行する。2005年6月、Linuxディストリビューションの一つUbuntuでも日本語化チームによってOS擬人化のUbuntuたんが誕生するもいまいち流行せず。
その後もPC関係では公式による萌え擬人化キャラクターが増加していくこととなる（PC萌えキャラ）。
FLASH黄金時代から電波ソングMVへ
2001年4月、海外の空耳Flash動画 Hatten ar dinが日本にも伝来し（Flash動画関連年表）、同年9月には伝説の空耳Flash動画 DoRaeMooooooooooooN!!が登場し、これらが日本におけるカオスな空耳Flash動画の流行の嚆矢となる。また同年8月には2ちゃんねるにおいてトラフィック量の増加による8月危機（2ちゃんねる閉鎖騒動）が起きるも住人らの協力によって回避され、その顛末をまとめたFlash動画 ある騒動の記録が登場し、これが日本における感動系Flash動画の流行の嚆矢となる。これらFlash動画の流行は後にFLASH黄金時代と呼ばれる時代を形作っていく。
2002年1月には2ちゃんねるにFLASH・動画板が設置され、同年5月には前述のビスケたんの誕生を描いた感動系Flash動画 La Biscuit（ビスケたんフラッシュ）が登場する。2002年12月頃にはふたば☆ちゃんねるにもFLASH＠ふたば板が設置される。
また2002年春には前述のあずまんが大王が深夜アニメ化されてそのオープニングソング 空耳ケーキが2ちゃんねるのアニソン等板で注目され、2003年2月にはそのオープニングのパロディFlash動画 2ちゃんねる大王が登場する。また2003年5月には18禁恋愛アドベンチャーゲーム 巫女みこナースが登場してその主題歌が注目され、2ちゃんねるのガイドライン板を中心に電波ソングブームが起き、同5月にはその曲をFlash動画化した擬古ギコナースが登場する。ただしこれらは萌え絵ではなく2ちゃんねるのアスキーアート (AA) やAAキャラが中心となっていた。
2004年4月、ふたば☆ちゃんねるにおいて電波ソング さくらんぼキッスの曲を使ったとらぶるうぃんどうずのオープニング風Flash動画が登場し話題となる。2005年10月にはあずまんが大王OP再現Flashも登場する。当時のインターネットではFlash以外の動画は容量の関係から流通しにくいものとなっていた。
2006年にはIOSYSの東方アレンジ電波ソングの公式Flash MVが登場して人気となる。このMVは後に登場するニコニコ動画のキラーコンテンツとなる（後述）。
アニメ再興と落書きからWeb漫画へ
2000年代に入って夕方アニメが下火となるなか、2003年春、機動戦艦ナデシコの監督の新作SFアニメとして深夜に宇宙のステルヴィアが登場し、これまで夕方アニメを見ていた層からも注目を集め、深夜アニメブームの嚆矢となる。2ちゃんねるやふたば☆ちゃんねるではその女主人公のしーぽんが大人気となるも、途中で男キャラにファーストキスを奪われると「しーぽんが中古にされた」として大荒れとなる（しーぽん中古騒動/小唄氏ね祭り）。
そんな商業アニメへの不満が募るなかで、ふたば☆ちゃんねるの落書き＠ふたばではドラえもんの萌えパロ漫画 ドラえもが登場して人気となる。また、2004年10月には朝目新聞でポケットモンスターの萌えパロ漫画 サト×ピカも登場して人気となっていく。
コスプレと女装の拡大
1994年よりブロッコリーはディスコでコスプレダンスパーティー（コスパ）を開催し、1995年5月にはそこからコスプレ系アパレルメーカーのコスチュームパラダイス（後のコスパ）が誕生する。コスパではときめきメモリアルのきらめき高校女子制服を初めとする公式コスプレ衣装を展開していく（コスパティオブランド）。
コスパは対戦格闘ゲームのKOF98のブームの時にそのコスチュームを、ギャルゲーの葉鍵ブームの時にそのコスチュームを提供し、だんだん萌えブームへと合流していく。コスパでは大きめのサイズも用意したことから女装コスプレも広まっていき、コスプレではギャラクシーエンジェルのような女装レイヤーの多いジャンルも登場していく（後にはローゼンメイデン、東方など）。
なお女装ネタ自体は当時の少年向けコンテンツにおいて一般的となっており、単発の女装ネタだけでなく女装ネタを多用するものも登場していた。これには1996年より週刊少年チャンピオンで連載のオヤマ!菊之助、1997年より発売のメダロットの天領イッキ、1997年より学年誌で連載の少女少年などがある。
カプ論争の過激化と恋に恋する女の子がテーマの作品の登場
元々、前述の魔法陣グルグルやカードキャプターさくらなどによって恋する女の子の人気は高いものとなっていた。
2002年10月、週刊少年マガジンに女性主人公だったラブコメ漫画 スクールランブルが登場し、2004年秋から2005年冬にかけて夕方アニメ化される。スクールランブルでは複雑な関係性からカプ厨が大量発生し、2ちゃんねるのスレなどで暴れまわって殺伐となる。なお同時期には萌え系以外でもカプ論争が流行り始めており、例えば2002年10月より放送された夕方アニメ 機動戦士ガンダムSEEDでも、2004年8月に2ちゃんねるの新シャア専用板でカプ論争スレが立って、盛んにカプ論争が行われるようになっていた。このカプ論争が後の萌え絵にどう影響したかは未調査（カプ論争を嫌う層が俺嫁→みんなの嫁志向になった？）。
2005年夏、深夜アニメにおいて素朴なスタジオジブリに萌えを足したようなアニメ版かみちゅ!が登場して人気となり、文化庁メディア芸術祭アニメーション部門優秀賞を受賞する。なお2006年1月には新漫画誌 ComicREX が登場し、その中で同じく現世に居る神様を扱ったかんなぎが連載され人気となっていくものの、かんなぎの方は男主人公となっていた。またアニメ版かみちゅ!が影響を与えた作家には博（百合物の明日ちゃんのセーラー服の作者）が居る。
2006年春、オリジナル深夜アニメより錬金3級 まじかる?ぽか〜ん（まじぽか）が、同年11月、ファミリー4コマ誌 まんがタイムより恋愛ラボが、2007年、男性向け少女漫画誌 コミックハイ!より柊小学校恋愛くらぶが登場するが、これらの作品はどれも相手が居ないけど恋愛したい女の子たち同士の物語となっていた。
このように少女漫画やOL4コマだけでなく萌え系からも彼氏の欲しい女の子が主人公の作品が増えていくものの、この系譜は後の百合ブームによって主流から外れていくこととなる（2013年夏の恋愛ラボアニメ化時の阿鼻叫喚など）。
コスプレチックから少女趣味へ
2004年冬、女学園物の少女小説 マリア様がみてる（マリみて）がアニメ化され人気となる。
2004年夏、軽量かつ描き味を追求したペイントツールSAIのテスト版（無料）が登場し、このSAIによって綺麗な線が引けるようになったことで、萌え絵では綺麗な線に頼った絵柄が増えていくこととなった。
2004年秋、アンティークドール物の漫画ローゼンメイデンが深夜アニメ化されるが、そのドラマCDがカオスであったことからネタ絵化され、前述のふたば☆ちゃんねるの二次元裏板を中心に大ブームとなり、萌え絵においても少女趣味が増加していく。またツンデレキャラの翠星石も人気となっていく。
2005年1月、女装主人公の女学園物のギャルゲー 処女はお姉さまに恋してる（おとボク）が登場する。
また2005年夏にはぱにぽにがぱにぽにだっしゅ!として実験的な形で深夜アニメ化され、この時の演出が話題となってアニメ会社シャフトの確立した作風（シャフト風）となる。また金髪の陰色にピンク色を用いたことも話題となり、萌え絵でも陰色の色相ずらしが流行していく。
同2005年秋にはうるさいうるさいうるさいで有名なライトノベル 灼眼のシャナ が深夜アニメ化され、釘宮病が蔓延しツンデレブームが拡大する。同じ頃2ちゃんねるのVIP板では縦ロールなツンデレAAキャラのツン ξﾟ⊿ﾟ)ξ が誕生する。翌2006年夏には「このバカ犬ぅぅぅーッ!!!」で有名なライトノベル ゼロの使い魔 が深夜アニメ化され、釘宮病が継続する。このツンデレブームはとらドラ!などに影響を与えたと思われる。
また2006年春にはライトノベル涼宮ハルヒの憂鬱が深夜アニメ化され、そのダンス（ハルヒダンス）やバンドの楽曲と動きのクオリティの高さが注目を集め、アニメ会社京都アニメーションの評判を確立する。同年6月には涼宮ハルヒの憂鬱のパロディ にょろーんちゅるやさんが話題となり人気となる。
同2006年12月にはYouTubeなどの動画をコメント付きで再生するサービスニコニコ動画が登場し、翌2007年1月にはハルヒダンスのフルバージョンが登場してニコニコ動画でハルヒダンスのブームが起こり、これがキャラクターダンスブームの始まりとなる。しかしながら2007年2月にはニコニコ動画がYouTubeからブロックを受ける。
同2007年3月6日、ニコニコ動画がリニューアルして動画投稿サイトとなり、同日、そこでアイドルマスターの3DMV エージェント夜を往く のMAD動画「とかちラーメン大盛り ～望みの限りに～」が投稿され、その空耳からとかちつくちてのブームが起きた。翌7日にはMV動画「relations 亜美 とかち ロリ演歌」も人気となった。これは後のボーカロイドの鏡音リン人気にも繋がっている。
また初日の3月6日には百合物の東方アレンジMV「魔理沙は大変なものを盗んでいきました」も大ブームとなり、同月15日には知世ちゃんを過激化したようなガチレズキャラの登場するOVAカオスアニメぷにぷに☆ぽえみぃの再発見も行われる。
翌4月にはオタク系4コマ漫画のらき☆すたが京都アニメーションによってアニメ化され大ブームとなり、ニコニコ動画ではらき☆すたの百合タグである「ゆり☆すた」が登場した。またらき☆すたブームの影響によって初期のTwitterやその対抗SNSのTimelogではらき☆すたアイコンのユーザーが多くなっていたとされる。初期Twitterの「〇〇なう」「ゆるぼ」「よるほー」などの柔らかい文化もその影響下に有ったと思われる。またらき☆すたは後のgdgd妖精sなどにも影響を与えている。
そのほかニコニコ動画では手描き動画のブームも起きた。手描き動画ではコメントによるツッコミが前提の作品が多く生まれていった。このブームでは『組曲「ニコニコ動画」』による更なる知名度の上昇もあって、らき☆すたの後継として東方が人気となっていった。分かりやすいところではらき☆すた二次創作の「へんたいかがみさん」から東方二次創作の「へんたい東方」への流れがある。東方では単体萌え以上にカプ萌えが強くなっていき、カップル専用のタグも数多く誕生した。このときの特徴としてはタグに「俺」や「僕」の含まれるものがあることである（マリアリが俺のジャスティス、大チルが俺のアイシクルフォール、僕の見つけた真実はレイマリなど）。一方、それらを含まれないタグも存在していた（メイフラは希望の虹、てるもこは永遠の輝きなど）。
児童文庫の萌え絵化
元々、学年誌（小学○年生）や三大少女漫画誌（りぼん・なかよし・ちゃお）では萌え絵に近いデフォルメ絵柄が存在しており（とっても!ぷよぷよやぱにょぱにょデ・ジ・キャラットなど）、またテレビ絵本では夕方アニメから魔法陣グルグルやカードキャプターさくらやおジャ魔女どれみなどが絵本化されていたものの、児童文庫では古臭い絵柄が多くなっていた。
しかしながらその後、2003年4月に講談社青い鳥文庫で若おかみは小学生!が、2004年3月にフォア文庫で妖界ナビ・ルナが、2005年9月に講談社青い鳥文庫で黒魔女さんが通る!!が登場して子供に人気となると、児童文庫でも今風寄りの絵柄が増えていった。
2009年3月、角川は児童文庫レーベルの角川つばさ文庫を創設し、同月にスレイヤーズの角川つばさ文庫版を、同年6月に涼宮ハルヒの憂鬱の角川つばさ文庫版を出版する。また角川つばさ文庫ではより萌え絵に近いイラストを採用して人気となっていった。
萌え絵の派生化
元々、萌え絵の流行時には純粋な萌えだけでなく、シリアスな泣きゲーや難病物（前述）、シリアスなファンタジー系のライトノベル（キノの旅や灼眼のシャナなど）も人気となっていた。また2006年にはギャルゲーの皮を被ったホラー同人ゲームひぐらしのなく頃にがアニメ化され、ニコニコ動画ではその恐怖を紛らわせるためかギャグ寄りのMAD（ひぐらしMAD）が大流行した。ニコニコ動画を中心とする東方二次創作では原作の「幻想郷は全てを受け入れるのよ。それはそれは残酷な話ですわ。」や「この幻想郷では常識に囚われてはいけないのですね!」というセリフに基づき何でもありとなっており、萌えだけでなく、シリアス、ホラー（本当は怖い幻想郷）、カオスなど、何でもござれとなっていた。
2008年2月、3DダンスソフトのMikuMikuDance (MMD) が登場し、ニコニコ動画ではこの頃より3DCG動画が爆発的に増え始め、手描き動画を追い抜いていく。
2009年、学習参考書などを手掛ける中経出版が角川グループホールディングスに買収され、翌2010年より涼宮ハルヒの憂鬱やらき☆すたなどのアニメとのコラボ参考書を出版していく。
2010年9月、アイドルマスター2の発表会において男アイドルを登場させる9・18事件が起き、ネット上で大荒れする。ニコニコ動画では「総統閣下がアイドルマスター２についてお怒りのようです」が投稿され、「恋愛描写がなければいいという話じゃない、可能性を生み出しただけでアウトなんだよ!!」という名言が誕生する。これは後のラブライブにおける男キャラ排除にも繋がったと思われる（ラブライブ!男性キャラ参照）。
2011年冬、オリジナルアニメから萌え絵に影響を受けたシリアス物の魔法少女まどか☆マギカが登場してブームとなり、二次創作では変態ほむらさんが人気のネタとなった。また同年夏には不憫萌え（＼ｱｯｶﾘ～ﾝ/）な緩い百合漫画ゆるゆりがアニメ化されブームとなり、翌2012年にはTwitterであかり大好きbotが誕生した。また同2012年から2013年にかけては萌え絵に影響を受けた不条理系ギャグ漫画のてーきゅうやあいまいみーもアニメ化されている。
また2011年5月にはComicStudioやIllustStudioの後継ペイントソフトとしてCLIP PAINT Labが試験公開され、2012年5月にはそれがCLIP STUDIO（クリスタ）として販売されはじめる。クリスタでは3Dデッサン人形機能が標準搭載となっており、萌え絵ではこの頃から崩し絵よりも整った絵が増え始めた、かもしれない？未調査。
ギャル萌えと天才肌のニート萌えの登場
オタクは元より健気を好んでいたためか、昔より「ギャルゲーにギャルは出てこない」と言われていた（例外はある）。2007年、アイドルマスターのXbox 360版において金髪の星井美希が登場した際も、覚醒すると茶髪に戻るという仕組みになっており、その説が補強されうる。
しかしながら2008年、ライトノベルよりギャルと妹萌えのギャップを使った俺の妹がこんなに可愛いわけがないが登場して人気となる。2011年11月には携帯向けSNSの一つMobageのソーシャルゲームとして羅生門オンラインこと「アイドルマスター シンデレラガールズ」（以下モバマス）が登場し、モバマスではギャル姉妹の城ヶ崎姉妹が登場して人気となる。
天才肌のニート萌えではふたば☆ちゃんねる方面でコラネタの働きたくないでござるが流行し、それが東方方面で蓬莱ニートネタに使われるようになり拡大していくが、時系列未調査。2012年2月にはモバマス初のコンプガチャイベントとしてニートアイドルこと双葉杏が登場し、大金をつぎ込む人が続出して話題となり、モバマスの知名度を上げる。同年5月、消費者庁はコンプガチャがカード合わせに当たるとの見解を示し、同年7月より規制される。2013年にはヤンジャン系漫画より干物妹!うまるちゃんが、電撃系漫画よりガヴリールドロップアウトが登場する。
また2012年7月、モバマスでは第1回シンデレラガール選抜総選挙が開催され、最萌トーナメントと同様にファンアートで盛り上がる。
萌え寸劇からVTuberへ
2011年にらき☆すたやけいおん!の影響を受けた3DCG萌え寸劇アニメのgdgd妖精sが登場する。
3DCG萌え寸劇はその後、2013年の直球表題ロボットアニメとてさぐれ!部活もの、2014年のみならいディーバ、2016年夏の魔法少女?なりあ☆がーるずと続いて、2016年11月のキズナアイから始まるVTuberブームへと繋がることとなる。
TSF、CJD、あさおんから「おっさん趣味を女の子にやらせる作品」の流行へ
2008年9月に実用書『オトコの娘のための変身ガイド』が登場し、2009年12月には大手新聞社が女装ブームを報道するまでに至ったが、東方界隈では元より女装レイヤーが多いと言われており、2010年には東方同人でCJD（コスプレ女装男子）の概念が登場し始める。なおこの頃にニコニコ動画ではネカマJKによるエロイプ釣り動画が流行り、その投稿主が後に告発系YouTuberとして有名になるコレコレであったりするが、萌え絵への影響は未調査。
また2009年2月にはpixivにおいて東方の入れ替わり二次創作の東方心更迭が開始される。東方心更迭の作者はTSF第一人者の三日月ネコ氏。
2009年春、京都アニメーションによってきらら系4コマの軽音楽物であるけいおん!がアニメ化されて大人気となるが、2010年2月にはpixivにおいてそのタイトルをもじったあさおん（朝おん、朝起きたら女の子になっていた）の概念が登場する。
2012年12月、ニコニコ静画においてオリジナルTSF物の 女子小学生はじめました が登場し大人気となる。また2013年7月にはまんがライフSTORIAにおいてTSF物の「ボクの女子力はあの娘のパンツに詰まっている。」が登場する。前者は女体化、後者は男体化となっている。
また同2013年4月にはブラウザ向けソーシャルゲームで艦これが登場して東方絵師の艦これへの流出が起き、翌2014年にはTwitterでCJD（コスプレ女装男子）の島風くんの概念が誕生して同人において人気となる。一方2013年冬には美少女アイドル物のラブライブ!のスポ根アニメ化が行われてオタク人気と女性人気を集め、年内にはそれがスマホ向けソーシャルゲーム化されて人気となる。
同2013年冬にはゆるふわ登山物のヤマノススメがアニメ化されて人気なり、この頃からいわゆる「おっさん趣味を女の子にやらせる作品」のアニメが増えていくこととなる。また同2013年1月にはきらら系からゲーム会社に勤める社畜の擬人化漫画 NEW GAME! が登場して人気となり、翌2014年2月には朝にTwitterで「今日も一日がんばるぞい!」の画像を貼ることが流行する。また同2014年春にはきらら系の喫茶店お仕事漫画「ご注文はうさぎですか?」もアニメ化され人気となった。
百合要素の伸張と表現規制派との対立
同2014年4月にはボイスロイドから琴葉姉妹が登場し、ニコニコ動画のゲーム実況で使われるようになる。琴葉姉妹では東方の古明地姉妹からの延長で百合ネタが盛り上がる。
同2014年夏、女児向けアイドルアニメのプリパラが登場し、その出来の良さから大きいお友達にも大人気となる。しかしながらプリパラでは途中で回転アイキャッチ（立体感）が廃止となったり、EDが差し替えられたりするなど、不可解な動きが起きる。回転アイキャッチの方は真相不明だったものの、EDの差し替えはBPOへ苦情が原因と推察されており、この自粛を受けてアニメ視聴者は表現規制によりコンテンツがねじ曲げることに対する怒りを表明した。なおプリパラはきらら系のおちこぼれフルーツタルトへと影響を与えている。
翌2015年冬、萌え擬人化とシリアスの両立に失敗して艦これアニメが炎上する。同年春、きんいろモザイクのアニメ2期が放送され、朝にTwitterで原作コラの「皆さん今日は仕事デース？ 私は休みデース！」の画像を貼ることが流行する。
また同2015年9月にはアイドルマスター シンデレラガールズを元にしたスマホ向け音楽ゲームのデレステが登場して人気となる。デレステではP×ドル要素の強いモバマスよりも百合成分が強くなっていると言われていたが、例えばモバマスでは2013年11月に城ヶ崎美嘉がみりあちゃんにふひひ★発言をしており、デレステ以後はみかみりあのおねロリ二次創作が盛り上がる。みかみりあを描いていた作者にはねことうふ（お兄ちゃんはおしまい!の作者・参考）が居る。
2016年春、くまみこがアニメ化されるもアニオリのシリアスと結末の酷さで炎上し、原作者が苦言を呈するまでに至り、「アニメにシリアスはいらない」と言う言説が補強される。そんななか同年夏に百合要素の強いNEW GAME!がアニメ化されて人気を博す。
2017年9月、デレステ2周年で5日間の10連無料とSSR出現率2倍のキャンペーンが行われ、Twitter上にシュガミンとインディヴィジュアルズのSSR絵が大量にツイートされる。
2018年秋、女性向け文脈の百合漫画「やがて君になる」がアニメ化される。また同秋には特撮派生のヒーロー物オリジナルアニメSSSS.GRIDMANが登場して人気となり、そこで二次百合創作（百合ッドマン）が人気となる。
2018年10月、絵本・児童書の"萌え絵"論争が起こるが、専門家は大人より子どもの方が流行に敏感なため売れてる絵柄が子供に人気の絵柄であるという見解を出す。
2019年冬、おねロリ物の私に天使が舞い降りた!（わたてん）がアニメ化される。ネット上では前期アニメSSSS.GRIDMANの新条アカネとわたてんの星野みやこの共通性から同一人物説がネタとなって盛り上がる（私に巨人が舞い降りた!）。
2020年冬、きらら系から百合アイドル物のおちこぼれフルーツタルトがアニメ化され武蔵小金井市とのコラボを行うも、そのコラボが市民団体「女性と人権を考える会」に抗議され、アニメ視聴者が圧力団体への反発を強める切っ掛けとなる。
百合シリアスの再興
2020年秋にはSF学園バトルアニメのアサルトリリィBouquetが登場して人気となり、2022年夏にはエージェントバディ物のリコリス・リコイルが登場して人気となる。
2022年秋には「陰キャならロックをやれ」で有名なバンド物のぼっち・ざ・ろっく!が登場して人気となり、Twitter上で承認欲求モンスターが大バズりし、また「my new gear」もミームとなる。
新時代
2023年冬、TSFモノのPixiv漫画 お兄ちゃんはおしまい!がアニメ化される。同2023年、短文SNSではTwitterがイーロン・マスクに買収されてシステムの改悪が続いていき（Twitter#日本での歴史）、日本ではその代替として国産SNS Misskeyが注目される。Misskeyでは「Twitterはおしまい!」（絵文字版は「:twitter:は:oshimai:」）ネタが流行する（例1・例2・他多数）も、同年7月には実際にTwitterがおしまいとなってXとなる。
まだ書きかけ（東方→ゆっくり→ボイロ→ずんだもん、バンドリ→アサリリ、とじみこ・ゆゆゆ方面、魔法少女の敵になる系）。
Pixivにおいて
オタクの間で、萌え絵に当てはまっていない絵に「萌えた」といった感想を付けるのや、萌え絵に当てはまっている絵に「他の絵柄と同じ感覚で見ている」「自分の好みではないので見ない」といった感想を付けるのはありふれた光景になっている。
このようになるのは、視覚で感じる「萌え」と心の目で感じる「萌え」とその両方を兼ねたものが存在する為である。
萌え絵と呼ばれるイラストにこのタグが用いられる場合もあるが、萌え絵という概念そのものがあまりにも漠然としているためタグ付けとしては適切とはいえない。もし、あなたが萌え絵を見たければ萌え要素をタグ検索してみるといいだろう。
ちなみに萌えを狙ったイラストなのに萌えを感じないようなイラストの場合「萌えね絵」と呼ばれる事になる。
その他ギャラリー
関連サイト
萌え.jp - 画像掲示板であり、萌え絵板が存在した。
萌え連 - 後発の画像および動画掲示板。
表記ゆれ
関連タグ
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外部リンク
こげどんぼ先生の"女性の萌え絵師は幼少期からのカワイイの方向性を突き詰めていったら勝手に萌え絵師にカテゴライズされたのでは？"というお話
