さらには町の人達がメガレンジャーのせいだと抗議デモを開始する。久保田は必死に5人をかばうが、そこにDr.ヒネラーがメガレンジャーと最後の決着をつけるべく怪人態となり襲いかかってきたが、すぐに元に戻ってしまう。それでもメガレンジャーと決着をつけるためにヒネラーはデスネジロと融合。最終兵器グランネジロスとなった。

同時にボイジャーマシンの救出が完了するが、裕作は瓦礫に埋もれたときのダメージにより出力は70％程しか出せないと告げる。しかし健太は「残りの120%を自分達で補う」と告げ、ボイジャーマシンを出撃させる。それを見届けるとメガウインガーは機能停止した。そして裕作は「死ぬなよ、皆…」とつぶやく。

メガボイジャーに乗って最後の決戦に挑むメガレンジャー。グランネジロスの猛攻に負けじとボイジャースパルタンを放ち右腕を破壊するが、すぐに再生してしまう。

ヒネラーは自分が鮫島博士と言われていた頃に行った人体実験で娘を死なせ、世間からの非難を浴びたこと、鮫島が「人間の弱さもろさに何の手も食わず、ただスーツで守ろうとしただけの浅はかな理論」と見下していた久保田のメガスーツ理論が脚光を浴びたことが許せずネジレジアに行ったこと、久保田博士の技術でメガレンジャーになって、守ってきた人間達から迫害されて幸せかと問いかける。

その頃、学校では卒業式の中止が告げられ、避難するよう指示されるが、恵理奈は皆に今戦ってるのは健太達だと説得する。

メガボイジャーもグランネジロスの猛攻で左腕を切断され、剣で胴体を貫かれ変身も解除されるほど圧倒されるメガレンジャーだが、ヒネラーも体が捻じれる現象に苛まれお互いなかなか決着がつけられない。そんな中、恵理奈の説得を受けたクラスメイト達がメガレンジャーを応援する横断幕を掲げ、そこに戻ってきたシンタロウが応援するのを見て奮起したメガレンジャーはグランネジロスにカウンターパンチを食らわせ、奪った剣でコックピットを破壊、ヒネラーを追い詰める。

そしてヒネラーの肉体も限界に達し、もはやこれまでと察したヒネラーはグランネジロスの自爆装置を作動。メガレンジャーは皆を巻き込まないようメガボイジャーを上昇させるが、メガレンジャーは凄まじいGで変身することもできない。

ヒネラーは自らの勝利を確信し「久保田！今度こそ俺はお前に勝つ！それが今分かる…！見ろ！シボレナ！ユガンデ！メガレンジャーの最期だ！はははははは！」と高笑いと共に自爆した。

健太達が死んだと悲痛な叫びをあげる久保田、意気消沈するクラスメイト。一度は生徒や教師を見捨てて自分だけ逃げた高寅校長も複雑な表情となる。

そして卒業式が予定通り執り行われた。「ここに来ることができなかった生徒」として健太の名前を読み上げると、「はーい！」と言う挨拶と共にサイバースライダーに乗ったメガレンジャーが駆けつけた。

壇上で名乗りを決めるメガレンジャー。グランネジロスの自爆寸前に再変身し、サイバースライダーで地球に帰還していたのだった。

健太達の追放を扇動したことを泣いて謝るシンタロウ。それに対しもういいというみく。大岩先生によって渡された卒業証書には名前の横にメガレンジャーと「地球の平和を守ったことをここに表します」と書き加えられていた。

そして全員で記念写真を撮るのだった。