発売当初はハードのグラフィックなどの関係で開発期間中に過去作に登場した全妖怪のモデリングが間に合わなかったようで全妖怪は登場させられず、総数は新妖怪を含めて計109体（その内10体はNPC用で仲間に出来ないので厳密には99体）にまで絞られていたが、後日配信されるアップデートで新妖怪も含んだ多くの妖怪が追加される。

7月では連動で影オロチ、アンドロイド山田と友達になれるイベントが追加されている。

影オロチは元から実装されていたが、アンドロイド山田はアップデートで追加された。

更に今作では進化と合成は廃止（これによって進化前のゆきおんなと進化後のふぶき姫が完全に独立している）。

また、シャドウサイドの姿を持つ同一人物(ジバニャン、メラメライオン、ふぶき姫など)がいる妖怪の場合は、システム上はケータの世界とナツメの世界で個別として扱われ、名前が同じなだけの赤の他人(コマさん、オロチ、キュウビなど)も同じ扱いとなる。

シャドウサイド化

ナツメの世界に住む妖怪が持つ戦闘形態。

基本的な効果はグレート化と同じだが、こちらは姿も変わり攻撃性能も大きく変わる。

シャドウサイド化で名前が変わる妖怪も多数おり、中には属性耐性や使用技が一新する妖怪もいる。

シャドウサイド化とは若干仕様が異なるが、ウォッチャーのナツメとトウマも特定のタイミング以降に変身可能であり、猫又、河童、座敷童子の3体は専用の御鏡を装備させる事でより強力なゴッドサイドへの変身が可能となる。

魂カツ

今作では妖怪の入手の仕方も一新。

ウォッチャーが敵妖怪から「魂スイトール」をする事で「魂」が手に入り、手に入れた魂を魂サルの元へ持って行く事で魂サルから友達妖怪を紹介してもらえる。

なお同じ妖怪でも性格やレベルが異なるためポケモンで言うところの「厳選」も出来るが、その分だけ対価は張るので自分の所持金や所持魂とじっくり相談するべし。

また、妖怪によっては魂だけでなく戦利品も必要な場合がある。

例えばキュンシーの場合は魂の他に「キュンシーのかみどめ」が必要。

妖怪の入手の他にも装備の作成や強化もここで行う事が出来、ここでも魂を使用する。

妖怪ガシャ

今作でも妖怪ガシャは健在であり、異なる世界に違う形の妖怪ガシャが設置された事で過去最多種のバリエーションとなっている。

一方でガシャコインは通常コインは一纏めになってしまったが、スペシャルコイン、5つ星コインなどのレアコインは健在。

なお、過去作のようなゲーム機本体の連動やQRコード読み取りでのコインの取得が廃止されているため、実質的にアーク連動とゲーム内でのアイテムとしてのみ、コインの取得が可能となっている。(詳しくは後述の玩具の連動を参考)

今作はゲーム内でのガシャコインの入手方法は非常に限られているため、アークを持っていないプレイヤーは最悪古びたコインでしかガシャを回せなくなる可能性があったが、ver1,3のアップデートでいくつか救済処置が取り入れられた。

コラボ

映画での競演の仲か、鬼太郎&目玉おやじのゲスト出演が決定した。

また、レベルファイブがデザインした福岡県のマスコットキャラクター『ジャー坊』も妖怪として登場する。

発売に合わせてヒカキンによるゲームプレイ動画も公開された。

余談

キャラ音声

「3」で主役だったイナウサも登場するが、USAピョンの声を演じていた重本ことり氏が芸能界を引退している為、佐藤はな氏が声を担当している。

基本的に続投妖怪はボイスが一新されているが、何故かブリー隊長だけは過去作からの流用となっている（新規のように聞こえるボイスは流用ボイスを編集したもの）。

あの歌を歌っているのは？

PV「だんだんふえてくる」で歌っている人は、何とVOCALOIDでお馴染みの鏡音リンであり、初めてボーカロイドが使われた歌となっている。

玩具の連動

過去作とは違い現時点(2019年7月16日)では妖怪ウォッチアーク関連(アーク及び妖聖剣、幻獣ディスク)、及びYSPウォッチ関連(妖怪Yメダル)のみ連動が可能となっている。

また妖気などいった物が存在しない為、純粋にアーク単体のみでの連動となっている。なおアークにはQRコードが存在せずNFCで読み取るため、実物が無いと利用が不可能な点に注意。

取扱は1データで1アーク1回まで連動可能。ただし、一部のアーク（妖聖剣など）はこれらの制限を受けずに一日一回のみではあるが何度でも読み取り可能。

Yメダルは星5メダルのみ制限なく一日に何度でも読み取り可能。

また、DX妖怪ウォッチエルダ及びDX YSPウォッチで召喚し、友達化したアーク等であれば読み取り時にボーナスとして入手できるアイテムが増える。

余談だが、過去の妖怪メダルのようなQRコードが勝手に読み取られて利用不可能になることや妖気が勝手に使われてなくなっているなどといった不慮の事故が起きなくなっている。そのため玩具の取り扱いは過去作と比べてかなり気軽な方となった。

NSCリーダーを持たないPS4版では、NSCリーダーを持つスマホに専用アプリを入れる事で連動可能となる。

不具合

このゲームは熱暴走でフリーズやエラーによる強制終了が起こりやすい。

信号のイベントバトル、霊剣林などの規模の広いマップなどでは高確率でフリーズしやすく、連戦続きのイベントでは高確率でエラーによる強制終了が起こりやすいため、このような場所に行き着いたらまずゲーム機本体をスリープ状態にしてクールダウンさせる事をお勧めする。妖怪大相撲は中断ポイントで必ず中断セーブするのを推奨。

PS4版ではこのような不具合が起きることは全く無いため、単にNintendo Switchのスペック不足だと考えられる。

過去作より売れてない？

全盛期と言われる2と比べられ「全然売れてない」とよく言われる今作だが、実際は販売状況がかなり異なる。

・販売機種が3DSからSwitch(PS4)に(最新機種に変わった)

・セーブデータの記録先がソフトからアカウントに(ゲーム機1個につきソフトも1個で済むように)

・バージョン数が初代と同じ1つに(2のように複数個買う理由がなくなった)

など同じシリーズでありながらかなり違っている。

ここまで違うと比べるには無理があるので比べてる人が居たらスルーするのが一番といえる。

前作の伏線

前作妖怪ウォッチ3で貼られていた伏線。

ネタバレ注意

妖怪ウォッチ3スキヤキ版限定クエスト「3つの妖怪ウォッチ」で、パラレルワールドのミーフー(フミちゃん)を元の世界に戻す為に、エンマ大王と暗黒神エンマが協力して異世界同士を繋ぐ扉を開いた。

その後、ぬらりひょんに「扉を閉じなくても良いのですか？」と聞かれたエンマ大王は「またヤツらの世話になるかもしれない」と言う。

その結果、世界のトビラは開いたままとなり、妖怪ウォッチ4の冒頭に繋がる。

(ケータたちが世界のトビラで過去に行き、イツキ(エンマ)を助けたので、「また世話になる」と発言している。)

アップデート歴

太文字はかなり重要な変更点

Ver 1,2
- 影オロチやアンドロイド山田と友達になれるイベントが追加された（ただし限定アーク連動が必要）。
- ウキウキペディアで各妖怪のアクション及びボイスが再生出来るようになった。
- うすらぬら「Yチューバー神隠し事件」の日ノ神がボス仕様になった。
Ver 1,3
- 「妖怪大相撲」が実装された。
- エンマとぬらりひょんと友達になれるイベントが追加された。
- 新妖怪を含めて、妖怪が18体追加された。
- ガシャランドにツチノコが出現し、コイン交換が出来るようになった。
- さくら元町公園に「ひっぺがし美都子」が出現し、妖気汚染のひっぺがし数に応じてガシャコインなどのご褒美が貰えるようになった。
- 魂スイトールで金魂が手に入る確率が上昇した。
- 魂カツでウィスパーを指名する際、入手不可能な赤魂が不要になった。
- さくら元町の満月の夜にて謎の神輿が通るようになった。
- カイラ武闘会で入手出来る経験値が大幅に低下し、ゴッドサイド妖怪を倒してもゴッド魂を落とさなくなった。
- 戦闘突入直後にフリーズする不具合が修正された。但し『4++』時点で霊剣林でのフリーズは残っており、フリーズしなくても1分以上待ち続けないと戦闘開始しない場合がある。本体ホームボタンでホーム画面に移ると復帰する場合がある。

4++(及び有料アップデート)
- バスターズモード「ぷらぷらバスターズ」実装。
- 新クエストやぷらぷらバスターズを中心に新妖怪、新アイテム追加。
- 大妖魔の扉(ボス妖怪再戦)に「極」を超える難度「炎極」追加。大まかな強さは『月兎組』のブシ王(極)と同等の即死級で、死ななきゃ安いダメージは当たり前。ストーリークリア後の特定クエストで炎極ミツマタノヅチ撃破が出現条件(後述のレベル限界突破も同じ)。挑戦には極ボス撃破時に落とす事がある挑戦用アイテム「炎極玉」が一定数必要。
- 大妖魔の扉で極ボス撃破後のアイテムでボス魂が殆ど出なくなった。(「炎極玉」に確率が大部分割り振られた為)。
- レベル限界突破で120まで上げられるようになった。
- 妖怪大相撲に限界突破レベルに対応した本場所追加。これらの難易度表示は「極」だが、おすすめレベル110以上の実際の難度は「炎極」相当(通常戦闘のボス妖怪に追加された新たな難度とほぼ同等)である。
- 新エリアとして団々坂と釜茹で地獄実装。前者は『初代』から『3』まで登場していた舞台の復活。