バトル方法はタクティクスメダルボードに変更されおくが深くなった。（一部では同社の某RPGのバトルに似ていると言われている）
妖怪ウォッチはルーレット方式で妖怪を召喚する妖怪ウォッチドリーム、更新機能がついた妖怪ウォッチUが登場する。またドリーム専用のドリームメダルも登場する。
また、今作でもソフトごとに登場する妖怪が一部異なる。（一部の妖怪はバージョンアップで追加されたクエストで入手可能となった）
こちらがソフトごとに違う妖怪の表である

スシ限定	テンプラ限定	スキヤキ限定
KKブラザーズ※5	トムニャン※5	コアラニャン
スカイシャリマン※4	サキちゃん※4	ワルノリン
バニー・ミント※4	スピーディーW※4	Uロボニャン
ハンゾウ※4	ゼロ博士※4	ガランドゥ
オリジン※4	ザ・シャーク※4	さきのばし
D-レックス※4	バッド坊や※4	ヨドム
家ーイ	レインボーン	ひとりよがり
あっけら艦	ポン骨	日ノ神
シレイ艦	リボーン	夜行
オトナカイ	決めて魔王	ミーフー
コンたん	おきラクーン	-
アカマル※1	妖怪ガッツK※1	-
おにぎり侍	うらや飯	-
焼きおに斬り	プライ丼	-
ヤミキュウビ※4	ヒカリオロチ※4	-
乙姫	あしゅら	難陀竜王
スシジバ	天コマ	USA豆腐
Tコマさん	Tジバニャン	-
ぷにニャン※2	ぷにコマ※2	卵の君※2
-	-	フユニャン曹操※3
-	-	黒鬼呂布※3
-	-	ウィスパー孔明※3

※1　ようかいの輪での解放条件にバージョン限定妖怪が含まれている為。
※2　妖怪ウォッチぷにぷにとの連動必須。
※3　妖怪三国志との連動必須。
※4　スキヤキ版ではワルノリンの質問による二択入手。引継プレイの場合は引継元のバージョンの妖怪に強制決定。
※5　大型更新でバージョン限定ではなく、入手順番の違いに変更。スキヤキ版では最初から両方入手可能だが、序盤の質問で入手順番が決まる。

視聴覚室

妖怪ウォッチ3・プロモーションビデオ

余談

前作とは大きく異なるストーリーのため、桜町や昔のケマモト村には行けないと思われていたが、実はマップデータだけは存在していることが判明した。恐らく元々のデータを流用してイベントを作る予定だったと思われる(しかし3DSの容量的に入りきらず没データになった可能性が高い)。後に大型更新3.0でケマモトとナギサキへ行けるようになった。
他にもグラフィックが欠けている平釜平原や妖魔特急、ムゲン地獄などのデータが存在する模様。
　