歴代の神聖ローマ皇帝は、「ローマ帝国」という名目のためにかつてのローマ帝国の帝都のイタリア・ローマ支配権を唱え度々侵攻した。当初神聖ローマ皇帝は教皇権に対して優勢であり皇帝たちは度々教皇庁に介入していたが、教会改革運動が進展すると皇帝と教皇との対立が引き起こされ11世紀後半から12世紀にかけての叙任権闘争は皇帝側の敗北に終わった。

大空位時代

この間に諸侯の特権が拡大して領邦支配が確立されている。1254年にホーエンシュタウフェン朝が断絶すると20年近くも王権の影響力が空洞化する大空位時代となり、諸侯への分権化がより一層進んだ。

14世紀のカール4世による金印勅書以降、皇帝は有力な7人の封建領主（選帝侯）による選挙で選ばれるようになりさらに選帝侯には裁判権、貨幣鋳造権等の大幅な自治権が与えられた。この間異なる家門の皇帝が続く跳躍選挙の時代が続いたが、1438年に即位したアルブレヒト2世以降はハプスブルク家が帝位をほぼ独占するようになった。

ハプスブルグ家ローマ帝国時代

マクシミリアン1世（大帝/通称最期の騎士）治世の1495年から帝国改造が行われ、神聖ローマ帝国は諸侯の連合体として新たな歴史を歩むこととなる。（連邦的帝国といわれる）

16世紀、カール5世(※メイン画像)の治世に始まった宗教改革によって神聖ローマはカトリック勢力とプロテスタント（ルター派）勢力に分裂し、宗教紛争は最終的に皇帝（カトリック）側の敗北に終わり、アウクスブルクの和議によりプロテスタント信仰が容認されるとともに領邦の独立性が更に強化されることになった。

宗教対立は収まらず、1618年に三十年戦争が勃発してドイツ各地が甚大な被害を受けた。1648年のヴェストファーレン条約が締結されて戦争は終結し、全諸侯に独自の外交権を含む大幅な領邦高権（主権）が認められる一方、平和的な紛争解決手段が整えられ諸侯の協力による神聖ローマ帝国の集団防衛という神聖ローマ帝国独特の制度が確立することとなった。

三十年戦争後は、安定した中で北ドイツで徐々にハノーファーとブランデンブルク(プロイセン)が力を付けていく。そして、ハプスブルク家の男系が絶えたことで起きたオーストリア継承戦争によって、プロイセンが飛躍する。その後七年戦争で神聖ローマ帝国の宿敵とも言えるフランスと手を結んだことと、バイエルン継承戦争での拙劣な自領拡大策により、ハプスブルク家の求心力が落ちる。北部のプロテスタント諸侯はハノーファーとブランデンブルク(英普同盟)を頼みとするようになるなど諸侯とのバランスが大きくかわり、諸侯の集合体としての神聖ローマ帝国は機能不全になった。

解体

19世紀初頭には、フランス皇帝ナポレオン・ボナパルトの侵攻を受け、多くの諸侯領がフランスに併合された。残る諸侯も、ホーエンツォレルン家とハプスブルク家以外は帝国から脱退して、フランス帝国に従属するライン同盟（国家）を結成した。既に「オーストリア皇帝フランツ1世」を称していた神聖ローマ皇帝フランツ2世は退位し帝国は完全に解体されて終焉を迎えた。