概要
トランスフォーマー達が基本の形態であるロボットモードとは別の変形形態を得る前の姿。その姿は基本的に統一されたデザインであり、このボディを基盤として何らかの機械あるいは別種の生命体の形態・性質をスキャン・インストールして組み込む事で個性のある肉体を得る。つまり素体（プロト）の形態（フォーム）である。いずれの作品も様々な形へ変化させられる流体金属をイメージしてか銀色をベースであるのも特徴。
各作品においての設定
ビーストウォーズシリーズ
初登場した作品。地球歴2010年以降に900万年以上続いたセイバートロン戦争が正式に終戦を迎え、サイバトロン（オートボット）とデストロン(ディセプティコン)のG1トランスフォーマーが和平を結んだ後、セイバートロン星にプロトフォームを製造する工場が出現した。G1トランスフォーマー達は有機生命体の遺伝子を組み込んで完全なトランスフォーマーとして誕生するのを待っている存在だと突き止めそれを施すDNAスキャナーと誕生までプロトフォームを守るポッドという装備を開発。こうして工場マトリクスから生み出され従来のオートボットに近い気質を持つマクシマル、もう一つの工場ピットから生み出されディセプティコンに近い気質を持つプレダコンという新種のトランスフォーマーが誕生する様になった(日本語版は新旧種族両方サイバトロン・デストロンで統一されている)。
プロトフォームは製造されたそのままの姿では極限まで簡略されたボディ（顔すらない）とトランスフォーマーの生命の源スパークが組み込まれただけの人格がなく単体では可動不能なただのロボットのボディに過ぎない。
これらを解決するためDNAスキャナーとプロトフォームを保護・搬送可能とする「ステイシス・ポッド(プロトフォームの命の保護に不可欠なため日本語名は「救命ポッド」と呼称されている)」という装置に搭載された上で有機生命体が存在する星で他者が操作・或いはポッドの自己管理プログラムがスキャナーを起動し、一定範囲内に存在する有機生命体のDNAをスキャン(生体である必要はなく何千万年も前の化石からも採取できる)し、選択した生物の外観・性質をボディに反映・ポッドに搭載された様々なデータをインストールされることにより、肉体・人格共に独立し、一個体として行動可能なトランスフォーマーと化す。
こうして生み出されるトランスフォーマーはサイズは2m前後と比較的小柄な種族で有機物を含んだ機械ナナイトがスキャンしたDNAから形質を模す事でサイズの再現はモデル事の差が生じるものの外観・質感共にモデルの生物を完全再現したビーストモードの姿を得る（誕生直後は生物の姿をしたモードの方を取る）。現地の環境への免疫もつくので探査に適しており、他の知的生命体に近い外観かつ体格となるため彼らと距離感を縮めやすく必然的に有機生命体がいる星を探すことになる彼らプロトフォーム・トランスフォーマーはG1トランスフォーマーから宇宙探索の使命を授けられている(幾らかしてセイバートロン星でマシンのデータを組み込んだり、特にスキャンモデルがなくとも一個体として起動させられる技術も誕生している)。
この状態では無防備なので無人地帯では生命に関わる状況に陥りやすいのは勿論、プログラミングに齟齬が生じると人格・頭脳面に生物の本能の影響を受ける恐れがある。またマクシマルとプレダコンの境界は曖昧らしく再プログラミングや変形の音声コードの再インストールで簡単に自分の陣営に引き込めてしまう。飛行機能が無い者や合体能力を持つ者がG1世代よりも少なかったり（後者に至っては日本オリジナル作品でしか確認されてない）、体内の有機体が変質してしまうのか溶岩に落下し死亡する描写があるなど欠陥やトラブル要素がG1トランスフォーマーよりも目立つ。加えて時折スパークを宿し損ねて仕上がるボディが存在する。こうなるとただボディがあるだけの存在でしかないが劇中では移植用のボディとして既存のスパークを組み込まれるという応用するという稀有な有効活用に成功している（地球人でいえば脳の移植のようなもの）。
上記の通りこの段階では肉体と生命があるだけの存在で人物ではなく、いわゆる人権が与えられているとは扱われないようで巻き込まれるのを考慮されずに銃撃戦が行われたり、人体実験の素材として扱われる事もあるなどその生命が軽視される場合が見られる（チータス曰く「未完成の命」。地球人でいえば受精卵から胎児をどこまで人間と扱うかという問題を取り扱う事になるのだろう。）
劇中ではビーストコンボイ率いる宇宙調査船アクサロンに補充要員の役割で大量に搭載される形で登場した（一体別の事情があるのがいたが）。反逆者として古代の地球エネルゴアへとタイムワープして逃亡したビーストメガトロンの一味の戦艦テラクラッシャーを追跡後、相打ちして墜落する中プロトフォーム状態の船員の命を守るため惑星の軌道上に射出しそこに留める事に成功。エネルゴア全域に広がっていたトランスフォーマーに有害なエネルゴンのエネルギー波から免れる事ができた（ただしこれにより墜落直後は人数でメガトロン側が勝ることとなった）。以後惑星の軌道上を周回するが時々何らかのアクシデントで地上に墜落し、その都度両軍は新たな仲間が増えるか敵が増えるかを懸けて奪い合いとなっている。
日本オリジナル作品のビーストウォーズⅡにおいてオートローラーズが工作用のマシンをスキャンする前の姿は銀色のヒューマノイドの姿をしていたが完全に同じ外観でなかった事や彼らは本編登場以前から一トランスフォーマーとして生きてきたことからプロトフォームに当てはまらないと思われる。
トランスフォーマーカーロボット
数千年前に地球に墜落していた宇宙船内部でサイバトロンの船員達が休眠状態となっていた。ポッドをデストロンガーが持ち出し、軍事マシンのデータとギガトロンが悪の心を注ぎ込み自らの部隊コンバットロンに仕立て上げてしまった。なので本来はサイバトロンの味方だったと思われたが実際の所サイバトロン時代は過激派の政治犯でデストロンガーに着く前から悪党寄りの一行であり、反省を促すためプロトフォーム化されて地球に眠るガイアエネルギーを管理されるという建前の元追放されていたのである。
スキャン時にエネルギーが注ぎ込まれ過ぎたためサイバトロン時代の記憶を失っていたがこうした気質のため後に記憶が戻っても両軍を出し抜き反旗を翻そうとした（失敗してより強固な洗脳をかけられる破目となった）。
実写TF
母星サイバトロン星でのトランスフォーマーの生まれながらの姿。従来とは異なりこの姿でも自立行動・戦闘は可能。隕石を模して大気圏外から突入するエントリーモードへと変形可能（逆に宇宙に出ていく能力はない様でそれを行う者は飛行能力を有するか宇宙船に搭乗する）。小説版では簡易にビークルモードを再現、切替も可能とされている。
この姿から機械の姿・性質を自力でスキャンし外装を模し、ビークルモード時に新しくモデルをスキャンする事も可能。この性質上プロトフォームに戻るのも難しくないと思われる。
ロストエイジに登場するジョシュア・ジョイスによるとこのボディはレアメタルがベースの金属であり、分子構造が不安定故容易に形状を変わるのだと分析している。不安定故に形が変わって新たな形へと変わるが同時に不安定故金属でありながら自ら一定の状態へと戻せるようになっており有機生命体の細胞同様自己再生が可能なのだと思われる。
潜伏の必要性を感じない者は必ずしも地球のマシンをわざわざスキャンしてはおらず、終始この姿のまま戦場に参加する兵士も大勢存在している。一定の規格で生み出されているためディセプティコンは同型の個体が多数で何種も存在する（絶対的に地球に来た生き残りが少ないだけでオートボットも同様とは思われるが詳細は不明）。
なお、各作品の劇中で登場した個体群の内、ディセプティコン陣営の個体は一貫して様々な方法で倒されている兵隊として扱われている。
アニメイテッド
本編の数百万年前サイバトロン星の戦争にてオートボットが重要戦力が敗れた場合の予備兵として用意されていたもの。しかし番人を務めていたヨケトロンが裏切られた弟子の襲撃を受けて殆どが奪われてしまった。
終戦後の本編ではディセプティコンの戦艦ネメシスに大量に搭載されており、放棄されたこの船を拠点としたスタースクリームが利用、メガトロンを葬りディセプティコンを乗っ取るのを企てたスタースクリームは自身のクローンを作り出す。最初に作った2体は爆弾でオートボット共々始末しようとして爆破され、他に製作していた内の5体を起動させ自身の性格の断片が色濃く反映されたジェットロン(日本語版ではイケメンズと付けられている)を製作。胴体を失い頭部だけになったのをやはりプロトフォームから複製した体と接続し復活したが残りのクローンはメガトロンに全て破壊された。メガトロンはもっと強力な戦力を作る事を考え上記の戦力のコピーが3体作り出される。
3体が使用されることなく残されており、メガトロン捕縛後オートボットが事後処理として回収、サイバトロン星に持ち帰った。
それらとは別に経緯不明ながら地球人の手元にやってきた1体があり、有機生命体をスキャンして地球の住人と思い込んで暮らしていた個体が存在していた。
今作のプロトフォームは単体でのスキャン機能を模し、既存のトランスフォーマーをスキャンし、複製した外装を纏わせることでトランスフォーマーのクローンを生み出せる（通常のトランスフォーマーより一回り小さいが金属の体積が増えることで外装のサイズに合わさる）。ただしそのままではスパークを宿していないただのボディに過ぎず、スタースクリームやメガトロンは入手していたオールスパークの欠片を組み込むことでスパークを宿らせた。
プライム
地球に墜落していた輸送船ハーベンジャーに物質の一つとして積まれていた。ディセプティコンから離反し単独行動していたスタースクリームがたどり着いて拠点とした中で見つけ出した。メガトロンを討ち取りディセプティコンを牛耳ろうと考えていた彼は兵力として利用する事にし、自らから抽出したエネルゴンとそこに含まれるCNA（Cyber Nuclear Acid。ロボット生命体にとってのDNA。）を注入し、自身のクローン軍団を作り出した。誕生したクローン達はオリジナルの外観・能力・記憶を全て、人格もほぼ同等のものを再現しており、当時オリジナルが喪失していたトランスフォームコグも普通に有していてオリジナルが不能となっていた変形・飛行能力で難なくメガトロンの元へと向かった。しかしどういうわけか クローンの痛覚がオリジナルにも伝わる ようになっており、潜入したクローン達は色々なトラブルで5体中4体が倒される。逃げ帰った残り1体もオリジナルを殺そうとしていたのを見抜かれていて始末され、その止めも含めてオリジナルはクローン達がどうなっていたのかもはっきり分からない中散々痛みに悶える破目となった。
関連
セイバートロンモード（サイバトロンモード）
プロトフォームが登場しない作品において他所の星のものを変形モデルにしていない母星であるセイバートロン星（サイバトロン星）での姿。こう呼ばれる場合はいずれも変形するのは乗り物であるビークルモードであり、有機生命体が存在しないセイバートロン星ではビーストモードを持つ者は存在しないか呼称されていない（複数の個体が合体するモードなどどちらでもないモードを持つ（あるいは両立する）者が存在しないという事ではない）。
