ジオン残党軍
一年戦争後、降伏して連邦の傀儡となったジオン共和国に帰順する事を良しとしない旧ジオン公国軍の残存勢力。
アクシズ（ネオ・ジオン）
ジオン残党軍最大勢力。主にドズル派で構成されるが、他の雑多な派閥も受け入れている。
小惑星帯のアクシズにて戦力を蓄え、0087年のグリプス戦役に乗じて地球圏に帰還、組織名をネオ・ジオンに改称して0088年に第1次ネオ・ジオン抗争を引き起こす。
新生ネオ・ジオン
0090年〜0093年にかけて、シャア・アズナブルが再編したネオ・ジオン。エグムやNSPなどの反連邦組織を取り込んでいる。
連邦政府高官らを買収して小惑星アクシズを手に入れ、それを地球に落下させようとするが、作戦は失敗。戦力を擦り減らして敗走した。（第2次ネオ・ジオン抗争）
袖付き
0094年頃から新生ネオ・ジオン残党を母体として、旧ネオ・ジオンや公国軍残党を取り込んだ寄り合い所帯。
0096年のラプラス事変でロンド・ベルと対峙するも戦力の多くを損耗して事実上壊滅。
レガシィ
0110年代に活性化したネオ・ジオン残党。
旧ネオ・ジオン将校であったライン・ドラグンが、10年をかけて袖付き壊滅後のネオ・ジオン残存艦隊を束ね上げた勢力。火星独立ジオン軍とは、旧ネオ・ジオン時代からの伝手か同盟関係にある。
0116年、地球圏のオールズモビルとして地球連邦軍と交戦、各地の反連邦組織と共謀して連邦軍を翻弄するも、志半ばで敗れる。
デラーズ・フリート
アクシズ行きを拒んだ将兵らが、エギーユ・デラーズ大佐（後にアクシズの承認を受けて中将に昇級）のもとに集って興った地球圏最大のジオン残党勢力。アクシズや地球圏各地のジオン残党とは協力関係にある。
星の屑作戦を実行して連邦宇宙軍の約2/3を壊滅させる大戦果を上げるも、壊滅する。（デラーズ紛争）
シーマ艦隊
シーマ・ガラハウ中佐率いる海兵隊が母体。アサクラ大佐に全責任を押し付けられてアクシズ行きを拒まれ、地球圏で宙賊活動をしていた。
デラーズ中将からデラーズ・フリート参加を誘われ、ジオンへの復讐のために（デラーズらからしたらいい迷惑だが）地球連邦軍と内通、地球の永住権を条件に土壇場でデラーズ・フリート中枢を占拠、主力部隊も連邦軍と合流してデラーズ・フリートと敵対した。
火星独立ジオン軍（ジオンマーズ）
一年戦争後、いち早く火星に逃れてサイドA〝アルカディアシティ〟を制圧・実効支配したキシリア・ザビ配下の突撃機動軍残存勢力。キシリアの息子（作中でも存在しないものと扱われ、おそらくジオンマーズのでっち上げ）を君主とし、強大な武力を背景としたキシリア派の高官らによる火星支配を実現している。アクシズ（ネオ・ジオン）と協力関係にあり、火星の高い生産力を活かしてアクシズ製MSのバリエーション機を多数生産、一部はアクシズ戦力拡充のために譲ったりもしていたらしい。
第1次ネオ・ジオン抗争ではネオ・ジオン支援のために主力艦隊を地球圏に派遣するが、その隙を突かれてレジオンに火星の支配権を奪われ（レジオン建国戦争）、0091年の輝ける星作戦でレジオンを打倒するまで雌伏の時を過ごした。
0120年、火星圏のオールズモビルとして地球連邦に攻撃を開始するも、最終的に切り札であったオリンポス・キャノンの自壊によって基地や戦力が巻き込まれて、ほぼ自滅同然に壊滅。（第一次オールズモビル戦役）
0122年には地球圏に脱出していた残党が蜂起するも、クロスボーン・バンガードに利用される形で全滅することとなった。（第二次オールズモビル戦役）
地球圏各地のジオン残党
月面や地上をはじめ、暗礁宙域などにも無名のジオン残党部隊が多く存在する。
その中でも名前が明らかなものは、旧サイド4宙域の『ファラク』、ゼブラゾーン宙域の『アムブロシア基地』や『ヴァールシカ基地』、連邦政府高官と手を組んでいる『キマイラ隊残党』、地球圏を彷徨うムサイ級『メイルメル』、0084年にジオン共和国にテロを仕掛けた『狼の鉄槌』、中東最大のジオン残党『ヘルズゲート』、アフリカのジオン残党一大拠点『キンバライド基地』、同じくアフリカで活動する『ロンメル隊』、オセアニア地域で活動する『カークス隊』など。
エゥーゴ
連邦軍内部の反ティターンズ派閥ではあるが、ジオン残党兵も多く参戦している。
グリプス戦役後はティターンズ打倒のために集まった勢力であることが災いして離脱者が続出、第1次ネオ・ジオン抗争終結後には連邦軍に取り込まれ、ロンド・ベルのベースとなった。
エグム
連邦に取り込まれることに反発したエゥーゴ残党。主にシャア・ダイクン派で構成される。
0116年、レガシィに呼応して蜂起し壊滅。
ヌーベルエグム
0116年、レガシィに呼応して月面のイプシロン市の核融合発電所を占拠している。
エグムとの関係性は不明。ムーンクライシスにおけるヌーベルエゥーゴのオマージュであると考えられる。
カラバ
地球の地上で活動する反連邦活動家のネットワーク。その性質上、ジオン残党も多い。
エゥーゴとは協力関係にある。
ティターンズ残党
ニューディサイズ
アフリカ民族解放戦線
連邦による支配をかつて白人がアフリカを侵略した事に重ねてアフリカの独立を叫ぶ組織。
汎アフリカ解放同盟
アフリカ民族解放戦線に、ジオン残党、ティターンズ残党、カラバ右派が合流して成立。
0116年、レガシィに呼応して蜂起した。
NSP（ニュー・サマー・プロジェクト）
小規模なジオン残党やその他の反連邦活動家が集まって連携することで成り立っている、私設軍隊養成組織。
0090年にカラード崩壊によって一度解散して新生ネオ・ジオンに合流するが、後に復活している。
0116年、レガシィに呼応して蜂起した。
カラード
NSP最大のテロリスト部隊。穏健派と強硬派で対立し、強硬派が新生ネオ・ジオンに合流する。
共和国解放戦線
0100年のジオン共和国自治権放棄に際して、武装解除を拒否して脱走した共和国軍兵士らによる反連邦組織。
0116年、レガシィに呼応して蜂起した。
黄金の鷲
共和国解放戦線とは直接的な関係はないが、ジオン共和国政治家であるモナハン・バハロが仕立てたテロ組織。袖付きなどに関わっていたらしいが、壊滅後は麻薬や奴隷の取引を行う組織に成り下がっている。
スポンサー（おそらくレガシィ）からクィン・マンサのレプリカ機などを譲り受けるなどの支援を受けている。
0115年、FF隊によって壊滅。
マフティー・ナビーユ・エリン
グウィネズ義勇軍
上記の『袖付き』壊滅後に分派したグレミー派で構成された組織とされており、サイド3のコロニー『グウィネズ』に駐留する連邦軍の退去を要求して、サイド3から月面にかけてテロ活動を行っていた。
しかし0098年～0112年の14年間に渡る活動を経て突如として活動停止を宣言。
更に構成メンバーの多くが0112年以降に素性を隠してアナハイム社の別部署に配属されていることから、実際にはアナハイム社の破壊工作部隊であったという説も出ている。
