概要
これらは法令上の根拠があるものではなく、関係者の任意によって設けられたものであり、専任の神職は存在しない。
神社と呼ばれてはいるものの
陸の神社と比べ規模は小さく、潜水艦や駆逐艦などの小型艦艇になると、大きい神棚程度のものとされている。
大体は艦長室付近や食堂付近などの人の集まる所に設置される。日本海軍時代には天皇の御真影・勅諭とともに安置された。 伊勢神宮より皇大神宮別大麻を奉斎する例もある。
艦内神社と関連する神社から神主が当該軍艦に派遣され祭祀をおこなったり艦長や乗組員が参拝するなどの交流があった。艦内生活においても、四大節では艦長以下乗組員が正装で礼拝するなど、
艦艇および乗組員の氏神としての性格を持つ
日本では古くから海上交通の安全を祈願するため、船霊を祭るという信仰が伝えられてきており、艦内神社もその延長線上に存在するとされるものの、
艦内神社自体の成立が日清戦争後から日露戦争前にかけてとする証言もあり、船霊との関連は明らかではない。
船霊
海の民が航海の安全を願う神。船玉とも表記する。
フナダマサン、フナダンサン、オフナサマなど、様々な異名がある。
日本では女性の神とされる。海上に女性を連れて行ったり、女性が一人で船に乗ると、凶事があるとして忌む傾向がある。元来は巫女が入ったもので、
その女性を指して「オフナサマ」といったためにこのようなタブーができたと考えられる。
勧請する神社。
日本海軍はその誕生以来、艦名は旧国名、山、河川、気象などで名前を付けていた。
その間とかかわりのあるところの神社が主な対象。
・薩摩型戦艦2番艦「安芸」は艦内に安芸國一之宮である厳島神社を勧請しており、
これは当時の安芸艦長であった矢島純吉海軍大佐の発案であったという
・長門型戦艦1番艦「長門」であれば長門國一之宮である住吉神社のように、
戦艦にはその國の一之宮が祭られる傾向があったという。
・扶桑型戦艦1番艦「扶桑」の場合、当初は男山八幡（石清水八幡宮）を祀っていたが1932年（昭和7年）に伊勢神宮を合祀した
・大和型戦艦1番艦「大和」の場合、戦艦であれば旧国名であるが、大和神社が艦内に祀られていた。
また、重巡洋艦、巡洋戦艦などは山岳名が艦名に用いられているが、金剛型戦艦3番艦「榛名」（竣工時は巡洋戦艦）は榛名神社、
艦名と同じ神社を祀る場合も多い。 高雄型重巡洋艦1番艦「高雄」は、高雄山（京都市）に縁がある京都護王神社より御分霊を奉祀した。
・古鷹型重巡洋艦1番艦「古鷹」は艦橋に艦内神社をもうけていたが 勧請元は不明という事例もある。
軽巡洋艦などは、艦名と由来のある神社から奉斎している。
・長良型軽巡洋艦4番艦「由良」の艦内神社は由良川河口の由良神社。
同型6番艦「阿武隈」の艦内神社は白河市の白河鹿島神社で、同社は阿武隈川の流域に位置する。
駆逐艦の場合、艦名と祭神は基本的に一致しない。
1932年（昭和7年）を機会に伊勢神宮は特別の小型大麻を用意することになった。
吹雪型駆逐艦「電」のように「電神社」が存在した事は記録に残るが勧請先については不明である。・秋月型駆逐艦「涼月」の事例では、坊ノ岬沖海戦で大破した際に艦内神社（涼月神社）を炎上喪失、内地帰投後に改めて伊勢神宮で御神体を拝領したという
・河内型戦艦2番艦「摂津」は、大阪市長（当時）植村俊平を通じて
住吉大社（摂津国一宮）の縮小模型が寄贈された(その他にも模型を寄贈される例はあったようだ)
・空母「加賀」（加賀型戦艦1番艦）は、白山比め神社（加賀国一宮）より社殿を寄贈された。
・高雄型重巡洋艦3番艦「鳥海」は、鳥海山大物忌神社より宮殿を寄贈された。
・最上型重巡洋艦4番艦「熊野」には、和歌山県知事を通じて熊野本宮大社縮小神殿寄贈の申し入れがあった。
・球磨型軽巡洋艦2番艦「多摩」は大國魂神社（武蔵国総社）より金属製社殿の寄贈を受けた。
・千歳型水上機母艦1番艦「千歳」は、艦名が瑞祥名称から採用されていたが、筑後川の古名が「千歳川」であったため、進水式後に当時の久留米市長から地元の水天宮と高良大社を艦内神社として推薦があって奉祀されることとなった。
該当事項
基本的には義務ではないため政教分離に触れない。勧請する神社も同じことが多いが異なる事もある
・夕張型一番艦「夕張」(旧帝国軍)とゆうばり(海上自衛隊)の場合同じ夕張神社だが金剛型一番艦「金剛」がに建水分神社が祀られていたのに対して
護衛艦「こんごう」では金剛山山頂に鎮座する「葛木神社」を祀っているというような違いがある。
・主な艦内神社
皇大神宮・・・伊勢神宮こと神宮(本来はこっちが正式)の事。
駆逐艦のほとんど、そのほかの巡洋艦にも勧請された。
伊勢国の一宮は椿大社（つばきのおおやしろ）である
住吉神社・・・全国に多い神社の一つ。
戦艦「長門」や戦艦「摂津」より。どちらも名前元の旧国名で一宮であることから。
岩木山神社・・・長門型戦艦2番艦「陸奥」より。
ただし、陸奥国が小さくなったのは明治以降の事でそれ以前は青森から福島までを指していた。
そのため、前後で区別するために津軽国と名目上はしておいて津軽一宮とした。
石清水八幡宮・・・戦艦「扶桑」と姉妹艦の「山城」より。有名だが一宮ではない。
扶桑は伊勢神宮も合祀している。
後で日向は一宮・都農神社（つの）を合祀しているとされている。ただし、次代である護衛艦「ひゅうが」はちゃんと都農神社から勧請されている。
氷川神社・・・大和型戦艦「武蔵」より。武蔵一宮。
大和神社・・・大和国一宮大神神社を合祀した様子はなく最後の出撃前に撤去されている。
大和と矢矧の乗組員の慰霊碑がある。
榛名山にある神社で火の神や土の神など多くの神をまつる神社。
