第31話で晴人が魔法を使用できなくなった(=自分に魔力を供給できなくなった)ことを受け、晴人のことを思って面影堂から姿を消す。晴人と初めて出会った海岸で佇んでいるところを発見され、晴人に「魔法がなくてもみんなの希望になれる。だから自分が消えることも悲しまないで」という言葉を投げかけた。その後、魔力切れで倒れてしまうが、最終的に晴人が魔力を取り戻したことで再び魔力の供給を受けて蘇生された。

以下、物語の核心に迫るネタバレなので注意！！

彼女の正体と結末(重大なネタバレ注意！)

第43話でウィザードが訪れた西園寺のアンダーワールドは、10年前に西園寺とコヨミが出会った場所だった。スフィンクスを倒し一段落したウィザードは、コヨミが笛木奏=白い魔法使いを父と呼ぶのを目撃する。しかし晴人はこの真実を面影堂の面々に告げることができなかった。

第44話で右手の甲にひび割れのような傷が現れ、さらに魔力切れで倒れてしまうが、魔力を供給しても傷は治らなかった。

第46話、グレムリンが傷のことについて何か知っているのではという晴人と輪島の会話を聞き、晴人に迷惑をかけないためにも自分一人で何とかしようと、グレムリンに会いに行く。グレムリンに連れ去られそうになった所に晴人が助けに来るが人質に取られて手出しができず、コヨミは気絶させられてしまう。そこに助けに来たのは白い魔法使いだった。

第48話、笛木の館に連れて来られた彼女は父の日記を見つけて読み、自身の正体と過去を知る。それによるとコヨミは不治の病にかかって死亡してしまった、笛木の娘・笛木暦であり、賢者の石を体に埋め込まれた「人形」だった。なお、「コヨミ」と「暦」の人格は別である。

第50話ではなおも「暦」の復活を諦めきれない父に対し、自身の復活で多くの人が犠牲になることを拒み「もうやめてほしい」と懇願するが聞き入れられず、笛木が保管していたインフィニティーウィザードリングを取り戻して逃げるも湖の畔で力つきる。かけつけた晴人にリングを渡して白い魔法使いとの勝負を助け、彼に「賢者の石」を守るよう伝え面影堂の皆に感謝を述べつつ「死んだ人を蘇らせてはいけない」「このまま静かに眠らせてほしい」と伝える。その後、笛木を不意打ちで倒したグレムリンに斬られて賢者の石を取り出されて消滅してしまう……。そして最終回では…

『天下分け目の戦国MOVIE大合戦』では、黒幕の手によって白い魔法使いとして蘇り晴人と戦った。

余談

『仮面ライダーエグゼイド』で「魔法少女コヨミinマジックランド」という作品のポスターが登場する。「大好評稼働中」との表記があるためアーケードゲーム作品と思われる。

ちなみに『仮面ライダーゼロワン』の時点ではアニメ化計画が進行しているとの事。

この時点では単なるライター繋がりのお遊びだったと思われるが、後に『ゼロワン』の世界を舞台としたクロスオーバー作品である『仮面ライダーゲンムズ』『仮面ライダーアウトサイダーズ』が後日談として開始されるに至り、「世界観のクロスオーバーはこの時点で既に始まっていたのでは？」という考察材料となっている。