分離が可能で、最大の必殺技はグレートブースターのように敵にぶつける「オレオールブースターG」。発動時には雷雲を呼び出し雷を受けた後に超高速飛行に移行。その後に敵に向かって射出し叩きつける（電撃を受けたブースターを敵に叩きつける演出は、『真マジンガーZERO VS 暗黒大将軍』でグレートマジンガーが使用した雷をまとったグレートブースターが元になっている）。なお、分離してもグレートマジンガー同様スクランブルダッシュを内蔵しているため、飛行に支障は生じない。また、トドメ演出ではマジンエンペラーGの元に帰還していく姿が見え、使い捨てではないことがわかる。

※ただし、グレートマジンガーと同じ弱点(スクランブルダッシュ収納部への攻撃をされると全機能が一瞬麻痺)がある事は否定出来ない。

グレートブラスター

ブレストバーンと同じく胸から放射される超高熱線。

グレートマジンカイザーと同名称の武装である。

発射の際は胸部放熱板が変形する。

スパロボでは「命を燃やす時が来た！」の掛け声で発射する。

サンダーボルトブレーカー

サンダーブレークと同じく雷を放つ必殺技であるが、雷を圧縮したビーム状の電撃での攻撃となった。

技名が髑髏の魔神皇帝と似通っている。

原点であるグレートマジンガーでお馴染みの口上も「超必殺パワー！」にパワーアップしている。

魔神双皇撃

『スーパーロボット大戦X』で追加された、マジンカイザー(オリジナル)との合体攻撃。マジンエンペラーGのサンダーボルトブレーカーとマジンカイザーの光子力ビームを同時斉射する。「真マジンガーZERO対暗黒大将軍」の最終決戦でZとグレートがZEROを倒した際の攻撃が元ネタ。

ダブルバーニングファイヤー

『DD』で使用。OVA版カイザーとの合体攻撃。ファイヤーブラスターとグレートブラスターの同時攻撃。

開発経緯

※スーパーロボット大戦Vの重大なネタバレを含みます！

初出の『V』では、マジンガーZがマジンガーZEROに至るまでに、抑止力となるグレートマジンガーがその役目を果たせなくなった緊急事態に備えて、ZEROへのカウンターとなるマジンガーとして開発された。起動が果たせずその事態に間に合わなかったが、早乙女博士の協力で真ドラゴンのゲッター線を注ぐことで起動に成功した。

グレートマジンガーをベースに、早乙女研究所から提供されたゲッター線技術を含めた、科学技術の粋を注ぎ込んだ機体である。あのマジンガーZEROに匹敵する力を持ち、そのマジンガーZEROに破壊されていないだけでなくダブルマジンガーを認められた唯一のマジンガーである。

ゲーム中はグレートマジンガーの改造を引き継ぐ。登場と同時にマジンガーZEROの相手をすることになるので、グレートマジンガーに手を入れておくとデビュー戦が楽になる。逆にDLCのシナリオではケドラに操られた鉄也の乗るマジンエンペラーGを相手にすることになる。このときのマジンエンペラーGは、エンペラーブレード、エンペラーソード、サンダーボルトブレーカーがオミットされている。

『X』では、マジンガーZEROによって因果地平の彼方へと飛ばされた兜甲児と剣鉄也が、サイコフレームとヴィルキスの力によって開かれた「可能性の光」の彼方から、ゼウス神の導きを受けマジンカイザーと共に呼び出した物。全てが終わった後はマジンカイザーと共に元の世界へと返されている。

性能はグレートマジンガーの完全上位互換で、カイザーと同等。改造は今回もグレートのものが引き継がれる。今回はグレートが残留するため鉄也が乗り換えられるが、瞬間火力と継戦能力という違いのあるZとカイザーと違い、全ての能力でグレートの方が見劣りする。わざわざエンペラーを使わずにグレートを使用するのははっきり言えば縛りプレイか趣味の領域。

『V』の頃と違ってオレオールブースターGが最強武器になるためか、エンペラーソードとサンダーボルトブレーカーの消費ENが下がり、使いやすくなっている。シークレットシナリオを通ることで魔神双皇撃が早期に使えるようになるのだが、そうでない場合はオレオールブースターGと共に追加され、武装の性能が上がる（魔神双皇撃を追加している場合、魔神双皇撃は性能が上がらない）。それまではエンペラーソードとサンダーボルトブレーカーが主力となるだろう。また、マジンガーZEROを使用する場合は魔神双皇撃が使えなくなるため、最大火力が落ちる。とは言っても、オレオールブースターGと魔神双皇撃の威力はさほど大きな違いはなく、ファイナルブレストノヴァも派手な演出の割に威力はカイザーノヴァとあまり差はないため、相方のカイザーとZEROのどちらを投入するかは好みで決めても問題ない。

『マジンカイザー(OVA)』設定の『DD』ではメインストーリー2章の第81話「魔神死すべし」から登場。

突如第1世界の各地に出現した謎の敵・ワイバーンの対応に追われるディバイン・ドゥアーズの隙を突き光子力研究所にもワイバーンが出現。怪我を負ったシローのために輸血をし、体調が万全でない甲児が同じくオーバーホールが終わっておらず本調子でないマジンカイザーで出撃。鋼鉄ジーグと共に迎撃に出るが、その直後に赤色をした別個体のワイバーンが出現。鋼鉄ジーグを戦闘不能に陥らせ、マジンカイザーを絶体絶命の危機に追い込む。

そこに、怪我を推して鉄也がグレートマジンガーで出撃するが、それでも赤いワイバーンを止められない。誰もが絶望したその時、光子力研究所に向かう高エネルギー源が出現。そのエネルギー源こそがマジンエンペラーGだったのだ。

しかしコックピットには誰も乗っておらず、マジンエンペラーGは無人のまま動き出していた。それを知ってすかさず鉄也が飛び乗り、機体を掌握。圧倒的な力を持って赤いワイバーンを撃退する事に成功するのだった。なお、掌握直前に無人のグレートマジンガーが赤いワイバーンの攻撃からマジンエンペラーGを守るような行動を取ったが、これに関してはスクランブルダッシュが誤作動を起こしたと推測される。しかし、鉄也はグレートマジンガーが自分達を守ってくれた思う事にしている。

戦闘終了後に詳しい解析が行われ、マジンエンペラーGもまた、兜十蔵博士が作り上げた機体で、制作された時期はマジンカイザーより後で、グレートマジンガーが完成した直後である事が判明。

そして弓教授と3博士は、光子力研究所から少しの距離にある施設にエンペラーコンドル共々封印されていた理由も含めて、マジンカイザーが危機に陥った際に起動するプログラムが施され、特定のパイロットを想定しておらず直ぐに使えるように設定された、マジンカイザーの僚機、もしくは守護者ではないかと考察している。