前述した通り何らかの変異を遂げたモンスターの俗称である。
亜種としては扱われないのだが、立場的には近いものがある。
MHFに似たような名前の特異個体が存在するが、それとはまったく関係ない。
かつては表面上区別されていなかったが、MH4Gでアイコンが変わるようになったり、MHW:I以降ではクエスト情報でも特殊個体が区別された表記が成されるようになっている。

これまでに確認された特殊個体は以下の通り。

錆びたクシャルダオラ

最初に登場した特殊個体である。別名「風翔龍」
通常種が白銀のような鋼鉄の外殻を持っている。が特殊個体は何と錆びている。
何故錆びているかというと、実はこの個体、クシャルダオラが脱皮する直前の姿なのである。そしてやたらと攻撃的になっている。脱皮寸前なので古い表皮が新しい表皮に食い込んでいるらしく、その痛みが高い攻撃力を生み出しているらしい。
MH2とMH4Gでは、専用素材が存在する。

ヒプノック繁殖期

繁殖期に入って飾り羽がきれいな色になったヒプノック。別名「蒼眠鳥」
飾り羽の色が変わったのは求愛のためだとか。
繁殖期が終わったら元に戻るのかは不明だが、あくまで繁殖期なので亜種ではない(立場的には亜種みたいなものなのだが)。

傷ついたイャンガルルガ

頭部に深手を負ったイャンガルルガ。要するに頭部の部位破壊が一段階済んでいる。
頭部に受けた傷は様々な死線を潜り抜けた証である。このせいなのか怒り状態になる行動が特殊で、他のモンスターよりも怒りやすくなっており、非常に手強い。手負いの獣は怖いといったところか。
なお、傷ついたイャンガルルガが特殊個体扱いになっているのは、MHP2GとMHW:Iのみで、それ以外の作品では傷ついた個体しか登場しておらず、通常個体扱いとなっている。MHXでは、傷無し個体が存在するが、傷ついた個体は登場していない。
MHFでも一切傷のない個体が登場するが、こちらは特異個体として扱われている。
MHW:Iでは傷が付いていない個体が通常個体、傷が付いている個体は歴戦の個体として扱われるが、特殊個体でもあることからハンターノートの項目もそれぞれ分かれている。

激昂したラージャン

本来尻尾に多大なる深手を負うと怒ることが出来なくなる筈のラージャンが、何故か尻尾が破壊されているにもかかわらず怒っている個体。しかもただの常時怒り状態の個体ではなく、更にもう一段階怒り状態があり、原種よりもとてつもない攻撃力を誇る。しかし最初から怒っているという設定上落とし穴は最初から効く。
初登場はMHP2Gだが、MH3世代はラージャン自体が登場しなかったため、復活はMH4と少し空いた。
システムの変更により初期状態では落とし穴が効かなくなっている他、新技の岩石飛ばしを使ってきたり、更には腕の筋肉を硬質化させる闘気硬化を原種ともども引っさげて復活した。挙句、MH3より導入されたスタミナの概念が存在しない。

怒り喰らうイビルジョー

本来短命であるイビルジョーが、長い年月を生きたことにより元々の食欲の制御が効かなくなり、凄まじい空腹感に耐え切れず暴走が始まったイビルジョー。
元から生態系を崩しかねないと言われたイビルジョーが、前述した通り長い年月を生きたことで自分の中の食欲を抑えきれず暴走したイビルジョーがこの個体である。
姿は通常個体が怒り状態になった姿が通常で、ダメージを与え続けると、頭部から背中近くまで赤黒いエネルギーが出現し、体が黒ずみもはや魔物としかいいようのない姿になる。
前述した赤黒いエネルギーの正体はイビルジョーが元から持つ龍エネルギーで、常に空腹状態の上、ダメージを受けた事により、体内の龍エネルギーが行き場を失い頭部から吹き出ているらしい。常に空腹状態であるがために拘束攻撃も盛んになり、激昂すると頭から尻尾まですべてが拘束攻撃の判定が出る。ラージャンの項目で説明した通り、MH4にて、この怒り喰らうイビルジョーと激昂したラージャンを逃げ場の無い闘技場で狩猟するクエストが存在する。
MHW:Iのマスターランクでのイビルジョーは狩猟出来る全ての個体がコレである。

ラヴィエンテ狂暴期･猛狂期

MHFフォワード1にて登場したのが狂暴期。前述したイビルジョーと同じくこちらも極限の飢餓により狂暴になったラヴィエンテで、全身が白く染まっているため、「白き絶島主」とも呼ばれる。
MHF-G9より登場したラヴィエンテ猛狂期は地上に出る前の個体のようで、狂暴期と同じく空腹状態にある。
ラヴィエンテ猛狂期は通常期、狂暴期とも異なる黒ずんだ体色に、肉厚な牙をしており、その姿で狂い猛しく暴れまわる事から猛狂期という名前が与えられた。
狂暴期はHR100から、猛狂期はGR1から挑戦可能となる

渾沌に呻くゴア・マガラ

MH4GのG★3クエストに登場する特殊な個体。成体であるシャガルマガラへの脱皮に失敗してしまった個体とされ、右半身の一部がシャガルマガラの外殻のようになっている。
その見た目に違わず、ゴア・マガラの攻撃モーションだけでなく、不完全ながらもシャガルマガラの攻撃モーション（巨大狂竜ブレス、地雷設置、バックジャンプ狂竜ブレスなど）を使用してくる。また、狂竜化への移行も通常の個体と違いがみられる。
BGMも通常個体のものとは異なり、ゴア・マガラとシャガルマガラのBGMが混ざったような曲になっている。
なお、MH4Gの集会所G級クエストに出現する個体は「モンスターハンター」に登場するものを除けばすべてこの特殊個体であり、通常の個体と戦闘するには探索・ギルドクエスト・イベントクエストのいずれかを利用しなければならない。

猛り爆ぜるブラキディオス

MH4Gでラスボス撃破後の古文書クエストに登場する、ブラキディオスの特殊個体。
全身が眩く光って見えるほどに全身の粘菌が活性化しているのが特徴。さらに、攻撃を加えるごとに粘菌が活性化していき、最終的に爆発、攻撃を加えてきた外敵を爆砕するという厄介な特性を持っている。
一方で、通常の個体と比べて動きが若干鈍い。
MH4G以外ではMHXXとMHW:Iでも登場し、MHW:Iでは専用BGMもある。

ミララース（俗称）

MH4Gでラスボス撃破後の古文書クエストに登場するミラバルカン。
姿が上位個体とは大きく異なり、攻撃方法も強化されているため、G級個体ではなく特殊個体であると思われる。
…ミラバルカンはミラボレアスの亜種なのでミラボレアス亜種特殊個体というややこしい事になってしまっている。
こちらも上位までとは異なる専用BGMを持っている。
近年、ミラボレアスやその亜種、アルバトリオン、グラン・ミラオスら禁忌のモンスターの情報が遂に解禁されたが、何故かこの特殊個体だけハブられた。