1年目の新人ガチャは1・2回目ともにパッとせず3回目へ。転生選手や内気な性格はいないものの☆合計580平均96とやや高めの数字に着地することができた。事前の予定ではござやよバッテリーにするつもりだったらしいが、ガチャ結果を受けてござやよはWエースに、キャッチャーはミラン・ケストレルに設定。ついでにマネージャーは健屋花那に務めてもらうことに。

夏大会二回戦では弾道2ミートFパワーFの一年生ンゴがまさかの3ランホームランを放って勝利する一幕もあったが、準決勝で敗退。夏合宿ではやよが緩急〇と真っスラを修得したもののミランはキャッチャー+2の機会を2度逃し、ンゴは先輩ピッチャーの肩をマッサージで破壊した。バレンタインにはやよ・ミラン・ンゴに彼女ができた。

2年目。スカウト組は173・173・195・211と粒揃い。新入り投手2人は平凡だが何故かどちらもスローカーブ使いで、新3年の堀口・新2年のござと合わせて投手5人中4人がスローカーブを覚えていることに（やよだけはパワーカーブ）。5月には1年オリバーと2年ござに彼女ができた。公式大会は夏・秋ともに初戦敗退となってしまったが、合宿は夏・冬ともにかなり多くの青特に恵まれ、ミランはキャッチャーBに到達。特訓でもござが勝ち運を獲得。バレンタインにはルイス・緑仙・弦月に彼女ができた。この時点で投手陣は全員が彼女持ちというリア充集団になっている。

3年目。スカウトで☆203と転生☆199が加入。新入り投手はそれぞれスラーブとドロップカーブを持つカーブ高校となった。加えてオリジナル変化球としてちゅぼぼぼーるを開発して臨んだ最後の夏大会では県大会優勝。しかし甲子園は残念ながら初戦敗退となった。

帝国立ふれんず学園高校♡

監督：フレン・E・ルスタリオ

地域：沖縄

概要

女騎士がにじ甲に初参戦。

ドラフト指名では同期のイブラヒムを英雄アカデミーに譲るも、先輩の戌亥とこを1位指名。次いでアンジュ・カトリーナを指名するなど、メンバーの大半が女性キャラとなった。

新入生ガチャでは「奪三振」投手や「ムード○」外野を引くなど、優秀な青特を抱えた生徒を獲得する。

1年目夏は惜しくも決勝で敗れるが、準決勝で名門に勝利し、にじ甲最速となる中堅への昇格を果たす。難易度が上昇した本作において、評価Aの高校に1年目で勝つのは異例中の異例である。その後は秋地区大会で敗北しそこそこに落ちるも、2年目の夏で再び中堅に返り咲く。

私立願ヶ丘高校

監督：叶

地域：京都

英雄アカデミー

監督：エクス・アルビオ

地域：鳥取

概要

前年度HR王を獲得した英雄が監督初参戦。ドラフト1位で1位でイブラヒムをふれんずとの競合の末獲得すると、その後は関わりの深いローレン・イロアスとアルス・アルマル、ウェーバー制でOriens全員を順番に獲得する等「異世界の英雄」モチーフの指名を行う。その後のルーレットでもその流れに沿ったメンバーを続々と引き当てて行き、最終的に前年度所属校の監督だったニュイ・ソシエールまで引き当ててしまう。また、メンバーの大多数が声量クソデカメンバーで構成されており、主催の舞元をして「うるせえやつら」とお墨付き。

新入生ガチャでは最終3回目まで追い込まれるがそこで森翔平の転生を引いた上に「キャッチャーB」の姿が。森をイブラヒム、キャッチャーBをローレンとして育成を開始した。

また、この時3年生の控えピッチャーとして空星きらめを抜擢しているが、これによってにじさんじ甲子園開始初年度から皆勤して出場しているライバーが全員2年生か3年生枠をやった事となった。（※正確には椎名唯華はまだであるが、そもそも椎名は全部監督しかやってない為選手として参加していない）

1年目は公式戦未勝利に終わるものの、練習試合を全6戦組んで4勝する事で評価を「そこそこ」に持ち込む。

2年目新入生では「威圧感」持ち外野手だけでなく丸佳浩を引き当てる豪運を発揮。夏大会こそ1回戦評価B前年度甲子園出場校、2回戦評価Aの死のブロックにぶち当たってしまって2回戦敗退に終わるものの、秋大会では怒涛の連勝。にじさんじ甲子園2024では初となる秋神宮大会、そして春甲子園出場を確定させる。神宮、そして春甲子園では共に1勝。春甲子園2回戦敗退の結果中堅に戻されてしまったものの、神宮1回戦勝利で評価は「強豪」に到達。数ヶ月程度の期間とは言え黒土での練習を積める事となった。

3年目新入生では今作からの新システムであるスカウトに出て来る転生選手で引いた転生OB土井正博が確定ではなかったが来てくれる。「プルヒッター」の上位金特「引っ張り屋」、「パワーヒッター」を併せ持つ大砲であり、打線の厚みが爆増する事に。夏の県大会も勝ち上がり秋春夏の3期連続甲子園出場を達成、3回戦まで突破し「名門」の地位にまで辿り着くものの、準々決勝の相手エースが☆616、162km総変16の化け物だった為成す術なく完封負け。

チームの特色

エースとなるイブラヒムは元となる転生森が青特を何も持っていなかったにもかかわらず最終的に9個の青特を所持し、158km/hスタミナS(94)総変11と非常に高いステータスを誇る。そしてその割にコントロールは「被打率はCまで上げても大差ない」と割り切った監督の育成からほぼいじらずにDで止めている為「対エース○」が発動しないと言う強みも抱えている。

投手陣は他に左アンダーから変化量最大のカットボールを投げ込む抑えのエース空星を始め全員が一点特化の武器を持つ投手で固められている。

野手も「キャッチャーB」のローレン、足守備共にBのニュイ、緋八マナの二遊間等基本的に安定した守備力と高いミート力を持った繋ぐ野球にまとめられているが、そこに転生丸を宿すKPニキこと赤城ウェン、今大会最強スラッガーの転生土井こと立伝都々が加わる事で全チームでも最強レベルの攻撃力も併せ持つ事となった。

参加高校（Bリーグ）

にじさんじ高校

監督：椎名唯華

地域：秋田

概要

全ての始まり、“にじさんじ甲子園の母”が連覇を狙いに今年も参戦。

ドラフト指名では社築を1位指名。レインボールとの競合を制し、やししぃの愛を示す。同期では魔界ノりりむを2位指名し、他はマスコット枠や海外勢が中心となる。

前年は岩手で大谷翔平を引いた椎名監督。秋田には落合博満や山田久志といった強力な転生を抱えているため、今年も豪運を発揮……と言いたかったが、残念ながら初年度で引くことは無かった。特に1回目では「山田」投手が来るも、久志とは何の関係もない☆38のモブであり、前年の佐々木投手（☆65）に続き「配信○」な側面も見せた。

代わりに、3回目で「キャッチャーB」の捕手を引き、リセマラの中で最善の結果を手にした。捕手枠には社築が選ばれた。

ギラギラホスト高校

監督：不破湊

地域：滋賀

概要

前年度準優勝チームのエースだったホストが初参戦。

ドラフトでは1位に「以前エースとしてくれたから」と葛葉を狙うも叶との競合に敗れ、外れ1位で同じくエースとして起用していた舞元を指名。

その後指名枠7名の内残り6名全員を男性かつ若いイケメン枠で固める指名を行った事で「全員男性では？」との声も上がるものの、ルーレット枠は一転女性を多く引いた事により、最終的には20名中の男女比率はちょうど50:50に落ち着いた。

地域ドラフトでは最初に宮崎を選ぶもクジを外し、外れで選んだのは栄冠を多く遊んでいる主催陣の頭にもなかった滋賀。

実はそこそこ転生の粒がそろっている上に難易度も高すぎず、評判を中堅まで上げれば今作強転生の豊作地である京都、兵庫、大阪をスカウトで回れると言う渋い選択肢である。

初年度スカウトは1回目で☆合計615とかなり高数値を引くも転生がいない事から勝負のリセットを選択。すると2回目に滋賀で最高の☆評価を持つ転生則本、さらに野良キャッチャーがまさかのキャッチャーA持ち、他も粒が揃っており初期☆合計は前年のにじさんじ高校の☆787に次ぐ2位である☆745。

また、性格も内気が2人いると優秀、付けるのに苦労しなくてよい初期キャッチャーA、☆トップを除く5人平均が2023にじさんじ高校が72.6に対して95.8かつ最低でも82とバランス良く高い事も合わさって、実質的に歴代最高の初年度の引きではないかとすら言われる事に。

チームの特色

転生則本の魂を宿すエースの舞元啓介は今大会最多の☆576を誇る絶対的エースとして君臨しているし、投手陣は140半ばの速球と変化量MAXのスプリットを駆使するルカ・カネシロ等5番手までワンポイント以上ならばこなせる選手陣でまとめられている。

そして特に野手には転生今宮渡会雲雀、転生浅村飛鳥ひな、転生若松梢桃音の3枚を揃え、全員強転生の転生4枚と言うにじさんじ甲子園史上歴代最高の新入生の引きを利用したマシンガン打線が最大の武器。

パワー面もミートパワー共にBまで伸ばしたソフィア・ヴァレンタインが控えているし、何よりも「別に問題ないステータスの新入生なので育てる→強転生が来たのではじき出される」を数度繰り返しているチーム状況の為代打を中心として非常に重厚な選手層が最大の武器となっている。

しかしエース舞元は「合宿や特訓の度に旅行に行っている」とまで言われる程そもそも対象に選ばれて失敗する以前に特訓対象候補3名にすら全く入らない事が続いていた結果転生則本の評価において「ここを消せれば強い」とされる「スロースターター」、「対ランナー×」の2種の赤特がそのままになっているのが痛い。

とにかく不安定な立ち上がりをしのげるか、が最大の焦点となっている。

銀河立超チャイカ高校

監督：花畑チャイカ

地域：岩手

概要

この星、銀河すべてを、野球による統一を開始する！

トラックに轢かれて記憶を失ったエルフが、銀河立（ギャラクシリツ）超チャイカ高校にて人生初の野球監督に挑む。

ドラフトでは、最愛の妹であるリゼ・ヘルエスタの1位単独指名に成功、2位指名で重複した加賀美ハヤトも物真似をしながら無事獲得、3位は石神のぞみを単独指名と、入札制の範囲において欲しい選手を全員獲得することに成功。また地域においても岩手で重複はなかった。

しかし新入生ガチャでは3回とも有力な選手を引けず、3回目の☆は合計478平均79.7に留まった。「強い奴いたら普通にはいリゼ～だったんですけど！」とぼやきつつ、☆96で球持ち〇・対強打者〇の投手をリゼに、☆104捕手のキャッチャーD無能力者を加賀美に、新入生6人の中で最低値の☆50一塁手を石神に定めた。

「入学式！　嗚呼、友達できるかな……リゼ、ちゃんと友達つくって来るんだぞ！」

1年目。初の公式戦では惨敗するも、合宿ではリゼが打球反応〇、リリース〇、真っスラと立て続けに青特を修得。他でも加賀美がプルヒッターや対ストレート〇、夜見も粘り打ちを修得するなど、順調に地力を伸ばしていく。公式戦は秋も惜敗するが、練習試合で勝ち星を重ね、冬の合宿では加賀美がキャッチャーBに成長、その後も控え投手のヒスイがノビBになる、リゼがカーブを覚えるなど、実りある一年となった。

「王道変化球覚えた。えらいぞリゼ～♪　ちゃんと応えてくれる、リゼは。育てると。スポンジボブ。」

2年目。前年のスカウトの甲斐あって☆131のキレ〇投手クレアや☆175の外野手竜胆を獲得。不足気味だった内野手もリリやえま★が補完。夏には初の公式戦勝利を飾り弱小校を脱却、一回戦勝利のみとは言え結果を出した。しかし夏合宿は目立った成果を得られず、秋大会では9回裏に逆転されて初戦敗退。一方、敗北の裏でリゼはノビをEからCまで改善、カーブの変化量を5まで伸ばし、さらに冬合宿でキレ〇も修得。また特訓で石神が広角打法を修得するなど、引き続き地道な成長を重ねていく。

「いや、付く。付くわ。だってリゼは大谷なんだから。なぁ。俺の妹だぞ？　なぁ、付くに決まってるだろ？　だって、うちのエースはリゼなんだから。付く。付く。絶対に付く。絶対に付くに決まってる。頼む。お願いします。お前を最強の投手にしたい。リゼ、頼む！　リゼ！　握力を！　そうだ！　俺の骨を砕くぐらい！　強く握れ！　握れ！　握れ！」

3年目。新入生は☆120以上が5人と悪くはない顔ぶれだったが、ついに最後まで転生などの強キャラクターを引けなかった。クレアや竜胆の成長もあったが、夏の公式戦では接戦の末に惜敗。初戦敗退で育成を終えることとなった。

全体を通じて、新入生ガチャにさほど恵まれず、合宿・特訓・試合いずれも青特の修得数が控えめで、本などのアイテム類も獲得できなかったため、大きく成長したにもかかわらず他校ほどの爆発的な強さを手にすることができずに終わってしまった。

「ジャイアントキリングがある、このゲームは。常勝無敗のチームなど在り得ない。ブッ壊す！　俺たち銀河立超チャイカ高校が！　にじさんじ甲子園を、ブッ壊してやる！　いくぞお前ら、俺たちの戦いはこれからだ！」