宇宙が割れる事件の真相は真のジュダが操る怪獣戦艦の特殊装備BH砲によるものだった。戦力の不十分さからトリプルワープでエープ星系にたどり着くが、グア軍団の侵攻は此処まで及んでいた。ウルフの親友エルパの案内でアンドロ族の祖先がエープ星に残した『アンドロ艇』が登場するも、星は破壊され、エルパも洗脳を施された上に命を散らす。

定期報告の為にメロスはウルフらと別れたものの、地球に派遣された数十人のウルトラ警備隊員は次々抹殺されていく。

地球にコスモテクター以上の最終兵器が隠されている事を知ったモルドはギナを地球に派遣。事件の元凶である事を美雪ケイに知られる。ウルフとマルスは南極に現れた探査用怪獣戦艦を倒したが、軍団長の戦艦には太刀打ち出来ずに窮地に陥る。

だが、南極にも現れ、ウルフとマルスを救ったケイの正体は最終兵器を守るアンドロフロルだった。

最終兵器の正体は超巨大化できるアンドロ族だけが身に着けられるコスモテクター、グランテクターであった。超巨大化してグランテクターとアンドロ艇を身に付けたマルスによってグアは倒される。

第3部『ウルトラ超伝説アンドロ超戦士Ⅱ』

グア亡き後もバルタン星人軍団を始めとする再生怪獣軍団の活動が続いていた。

グアの再来を目指す、星のエネルギーを吸収して強大化していく宇宙大怪獣イドの存在が原因だった。

地球の生命エネルギーを吸収し第二のグアとならんとするイド。

地球の生命エネルギーであるアズ・アースとフロルの弟でアンドロ族の王子であるトランが登場して地球での決戦が始まるものの、大量の再生怪獣軍団に瞬く間に追い詰められた上に、地球は消滅してしまう。

だが、アンドロ艇、グランテクター、黄道の剣　三つの神器が揃った事で巨大ロボット戦士が誕生し、破壊される前の地球へ時間移動し決戦に望む。

真のアンドロ超戦士として覚醒したトランはイドを倒すものの、そのままメロス達と別れ、遥かな時間の流れに乗って再び宇宙の恒久平和の為に旅立った。

第4部『ウルトラ超伝説プロメテウス伝説』

古代のウルトラの国が舞台、コスモテクター開発者プロメテウスとその息子トランが主役の物語。

第5部『ウルトラ超伝説　すすめ！タロウ』

コスモミラクル光線でグランドキングを倒したタロウは宇宙竜巻に巻き込まれて記憶を失う。とある星でバルタンに強いたげられた住民を救う行動を開始。

時空の狭間に飛ばされたタロウは次第に記憶を取り戻していく。ジュダの最終目的は未来の地球から出立し、BH砲の標的にされた宇宙船アース号の脱出用ライフ・ポッド12基のコンピューターを集約し、地軸を操る神に成らんと画策。ポットが置かれていた各惑星の住民はウルトラの星のウルトラ族と同様にその子孫で、タロウを竜巻で消息を不明にし、彼に化けたバルタンを使い、ウルトラの星にあるNo.3の在りか探す為だった。

時空の果に飛ばされたタロウを助けたスペース・ナイトの正体は12000年の間に平和の維持とウルトラ戦士を探す旅を続けながらジュダの端末と戦い敗れた後、アズ・アースの力で蘇ったトランであった。

トランは不死身のジュダを完全に葬る為、共に時空の狭間へと消えていく。