その正体は、かつてハイラルを救った時の勇者の成れの果て。
簡潔に言えば、『時のオカリナ』や『ムジュラの仮面』の主人公として登場したリンクその人である。

「勇者として生まれながら後世に名を残せなかった」のも、『時のオカリナ』のエンディング後、子供時代に戻った彼はゼルダと共にガノンドロフの野望を事前に阻止し、「勇者と魔王の戦い」が起こらない世界をつくった為、「時の勇者伝説」が存在しない本作の世界観と一致する。
（逆に大人時代の世界では「時の勇者伝説」が存在し、その未来の世界では伝承として語り継がれている）

元の時代に帰還したリンクだが、その運命は悲哀に満ちたものであった。
父と母を失い、コキリ族として育ちながらハイラルを救う勇者としての宿命も背負わされ、7年後の大人時代でガノンドロフを倒しハイラルを救った後、7年前の元の時代に帰還。
しかしハイリア人であるため、大人に成長してしまうが故に第2の故郷であるコキリの森へ帰ることはできず、初めてゼルダ姫に出会った時間軸に帰還したため、冒険の中で知り合った人々とも初対面の関係になってしまい、ダルニア達ゴロン族にはキョーダイと呼ばれず、ルト姫にも好意を抱かれない。

ナビィとも別れた後の『ムジュラの仮面』では、時のオカリナを持ってハイラルから遠ざかるようゼルダ姫に言われたためにハイラルを去る事になり、異世界のタルミナでも危機を救った後も、スタルキッド達に別れを告げただけで、人知れず元の世界へ帰ってしまう。
そのタルミナですら、ムジュラの仮面の魔力によって、スタルキッドの記憶と妄想が生み出した幻の世界であり、エンディング後に世界そのものが消滅していた事が『ハイラル百科』で明かされている。

結局、時の勇者としてのリンクの活躍を覚えている者はほとんど皆無であり、勇者として名を残せないどころか、自分の存在を誰一人として知る者がいない世界に取り残されるという、孤独と悲しみに押しつぶされそうになるほどの不憫な末路をたどっていたのである。
これでは死後に未練が残り亡霊になるのも仕方ないだろう。

『トワイライトプリンセス』のリンクのことを「勇者の血を引く者」と呼ぶが、『ハイラル・ヒストリア』で『トワイライトプリンセス』のリンクは古の勇者（時の勇者）の子孫であることが判明している。
勇者として名は残せなかったが、奥義を子孫に受け渡し、自分が生きた証を立てる事が出来たことが彼にとって最大の救済なのかもしれない。

漫画版

姫川明先生の漫画版ではかつて「時の勇者」であったことを明言しており、キーキャラクターのひとりとして活躍している。

死後は制限はあるものの時間・空間・次元を渡る力を得て、金色の狼の姿で影の世界を見張っていた。ミドナとは金色の狼の姿での交流があり、王女として気の休まる時がなかった彼女にとって数少ない理解者となっていた（ただしミドナは彼が死者であることを含めて、正体までは知らなかった）。
また主人公のリンクが過去に故郷もろとも影の世界に引きずり込まれそうになった時、骸骨の剣士の姿でリンクだけを辛うじて光の世界に戻したが、リンクは「死神に引きずり込まれそうになった」と勘違いし、故郷を失ったショックもありトラウマになっていた。
世界の異変の後は技量・精神共にまだまだ未熟なリンクを叱咤激励しながら鍛えつつ、リンクやミドナの旅を助け支えている。

時が巻き戻された事で「時の勇者と魔王の戦い」は現在の世界にとってなかったことになった（なお自身が去った後に起こった７年後のハイラルの末路を認知しているかどうかは不明）が、トライフォースを通じて次元を超えた記憶と因縁が現在のゼルダやガノンドロフにも受け継がれてしまい、リンクを巻き込む事となってしまった事を語った。

余談

Pixivでは半壊したオカリナを持つものがあり、上記の理由から時のオカリナを生涯持ち続けた可能性があるのであながち間違いでは無いだろうが、死に際に持っていたという設定は無いので、あくまでも二次創作の範疇を超えないものである。
『時のオカリナ』『ムジュラの仮面』でディレクターを務めた青沼英二は本作も担当しており、当時のインタビューで「僕自身は、ゲームの中に「これがオレだ」というのを入れたいところがあって（中略）今回は彼が僕の分身なんです（笑）」と答えている。
なお、「リンクが先代マスターソードの使い手の亡霊と手合わせをする」という展開は、かぢばあたる版「神々のトライフォース」にて描かれている。この作品では、リンクがご先祖様の霊魂と手合わせを行ったり、ピンチのところを助けられたりしている。また「勇者に必要な勇気と力」という心構えも説いている。