またDMV導入に合わせて牟岐線の阿波海南駅〜海部駅間の1区間が阿佐海岸鉄道へ移管・編入された。阿波海南駅〜甲浦駅間は鉄道路線として、阿波海南文化村〜阿波海南駅間と甲浦駅〜宍喰温泉・室戸岬方面(室戸岬方面は土・休日のみ設定)間はバス路線として、阿佐海岸鉄道による一体的な運行が行われる。牟岐線列車との接続は阿波海南駅で行う。

運行形態

現行ダイヤ

後述の駅・停留所一覧のルートを走行する。DMVに立つスペースは無く座席数にも限りがあるため、各便定員を超えると乗車できない。

室戸岬方面の「海南室戸線」は土・休日ダイヤで1日1往復運転(こちらは要予約)。また「海南宍喰線」のほうは夜間の運転はない。

気動車時代

2019年3月時点で平日、土・休日共に全線16往復体制が確保され、大多数の列車が海部駅にて牟岐線列車と接続するダイヤが組まれていた。宍喰駅に車両基地があるために宍喰折り返しの区間列車も設定されていた。
2019年3月改正まで朝の2往復はJR四国牟岐駅まで相互乗り入れを行っていたが、この運転は同改正で中止となった。かつては特急「うずしお」が乗入れていた時期もあり、その時期は特急料金も設定されていた。

歴代車両

通常タイプの気動車

ASA101「しおかぜ」:オリジナル車両。土佐くろしお鉄道TKT8000形をベースに製造された。車内は転換クロスシートを備えたセミクロスシート。運用終了後は海部駅にて静態保存。
ASA201「あさしお」:阿佐鉄開業時にASA101号車と同時に導入。「宝くじ号」。車内はソファーを備えていた。2008年に衝突・脱線事故を起こし廃車となった。
ASA301「たかちほ」:もと高千穂鉄道のTR201号車。ASA201号車の代替用として高千穂鉄道廃線後の2009年に無償譲渡を受け導入した。車内はボックスシート。運用終了後は宍喰駅付近にある車庫で静態保存。

DMV車両

鉄道区間は「気動車」。JR北海道の試作車「DMV911」「DMV921」に続く形で、量産車は「DMV93形」、車種はトヨタ・コースター（4代目、2018年6月マイナーチェンジモデル）。

「徳島230 あ〇〇〇」は徳島県版図柄入りナンバープレートに記載されている希望ナンバー。

DMV931：徳島230 あ 931。車体色は青(水色)。「未来への波乗り」をコンセプトにした。
DMV932：徳島230 あ 932。車体色は緑(黄緑)。「すだちの風」をコンセプトにした。
DMV933：徳島230 あ 933。車体色は赤(橙)。「阿佐海岸維新」をコンセプトにした。

駅・停留所一覧

運行系統「海南宍喰線」

番号	名称	備考
	阿波海南文化村停留所
M27	阿波海南停留所	JR四国牟岐線乗り換え・「バス停」で乗降取扱い
	(阿波海南信号場)	鉄道・バス切り替え地点
AK28	海部駅
AK29	宍喰駅	本社所在地で有人駅。駅長は2匹の伊勢海老
	(甲浦信号場)	旧・甲浦駅のホームの位置に設けられた、鉄道・バス切り替え地点
AK30	甲浦停留所	DMV化に伴い旧駅から移転・「バス停」で乗降取扱い
	道の駅東洋町停留所
	道の駅宍喰温泉停留所

運行系統「海南室戸線」

※土・休日のみ設定

番号	名称	備考
	阿波海南文化村停留所
M27	阿波海南停留所
	(阿波海南信号場)
AK28	海部駅
AK29	宍喰駅
	(甲浦信号場)
AK30	甲浦停留所
	道の駅東洋町停留所
	むろと廃校水族館停留所
	室戸世界ジオパークセンター停留所
	室戸岬停留所
	海の駅とろむ停留所