概要
鎌倉時代以来この地は蘆名氏の領地であったが伊達政宗によって滅ぼされ、小田原征伐後は蒲生氏郷、氏郷の死後は上杉景勝がこの地を領した。関ヶ原の戦いの後氏郷の長男である秀行、秀行の没後は加藤嘉明が領したが、その子・明成の時にお家騒動によって除封され、1643年に将軍徳川家光の異母弟保科正之が入部してからは保科(松平)氏が9代にわたり藩主をつとめた。
藩校の日新館の方針は厳しかった。完全な実力主義で、成績が良ければ飛び級のようにどんどん先に進めたのに対し、成績が悪いと20年以上経っても卒業させてもらえなかった。心得の中にある「ならぬものはならぬ」という文言は有名。
前述の経緯から江戸幕府と一蓮托生ともいうべき間柄の藩で、幕末の1862年、９代藩主松平容保は京都守護職に就任し、佐幕派として活躍した。戊辰戦争では奥羽越列藩同盟の中核となって新政府軍と戦い、会津戦争で老人や白虎隊などの若年兵、斎藤一達新撰組、娘子軍の中野竹子や川崎八重のような女性までも動員して新政府軍に徹底抗戦するも敗北した。
改易の後、1869年に陸奥斗南(青森県の下北半島)3万石に移り再興したが、本州最北端での生活が苦しかったことは言うまでもない。なお、明治政府に下北半島での再興を命じられたわけではなく旧会津藩士の間で自らこの地を選んだ。そちらへは行かずに会津に残った藩士もいる。
なお、上記の白虎隊や新選組、娘子軍らのエピソードや後世の人間たちによる判官贔屓もあって、現在では「江戸幕府に最後まで殉じた悲劇の藩」と目されていることが多い会津藩だが、それらはほとんどが藩士や武士といった当時の支配者層たちの物語（後年の創作や誇張も含む）であり、被支配者層であった領民（庶民）たちから見ると、決して「悲劇」ばかりとは言い切れない。
詳しくは割愛するが、会津藩は江戸幕府との関係が深かったが故に出費も多く、戊辰戦争勃発以前から領民は重税と武士至上主義の旧態依然とした藩の体制に苦しめられていたことが判明していた。会津戦争の際にはそんな藩に愛想を尽かし、敵である新政府軍を「圧政からの解放軍」と見做して寝返った領民も数多くいたことが分かっている（「会津世直し一揆」の項目も参照）。
また、これが当時会津攻めの司令官だった板垣退助がのち自由民権運動に身を投じたきっかけの一つになったという。
このように現在では会津藩に対しての否定的な側面が語られることも多くなっており、それ自体は決して間違ってはいないものの、このような喧伝が多いのは戊辰戦争の勝者である薩長土肥主体の新政府(要は大日本帝国とその係累)の過剰な正当化のために敗者である奥羽列藩同盟及び賊軍とされた側の負の側面の強調や冷遇の正当化というのも否定できないものでもある。明治政府による賊軍となった地域への冷遇は否定できるものではなく、会津藩もとい会津若松市に限らず多く散見されている(薩長土肥内の明治維新に否定的だった勢力に対して冷遇もあり、新政府成立以降にも勝ち組とされる長州や薩摩ですら反乱が起こっている)。明治政府の傲慢かつ強引なやり方が禍根を残し、それは現在に至るまで軋轢は残るものである。
余談になるが、会津藩の近くに位置する庄内藩（現在の山形県鶴岡市）も同様に旧幕府軍として会津藩と共に新政府軍と激戦を繰り広げ、会津藩敗北後も最後の最後まで頑強に抵抗した藩である。
こちらの藩は「領民を手厚く保護する」藩政を代々行っており、藩主および藩士と領民の仲が良く結束が非常に固かったため、これが間接的に戊辰戦争における善戦へとつながった（多くの領民が率先して庄内藩の兵士に志願しており、新政府軍への寝返りがほとんど無かった）と考えられており「新政府へ恭順するまで、城どころか自領内への新政府軍の侵入を一度たりとも許さなかった」逸話など、会津藩の知名度に隠れがちではあるものの、その精強さや結束力の固さは会津藩と並んで後世に伝えられるべき事柄であろう。
そしてあまり知られていないが、最後の会津藩主となったのが明治政府により庄内を没収され、転封された酒井氏だった。ただし下北半島で過酷な生活を余儀なくされた旧松平氏家臣団と違い、酒井氏は陸奥平を経て庄内へ復帰することができた。
とはいっても、庄内藩ですら藩論を佐幕派に統一するまでに公武合体派を苛烈に粛清した丁卯の大獄が行われており、それらは長らくタブーとされ、公武合体派有力者の大山庄太夫が真っ当に埋葬されたのが1943年であり、藩主及び大山の子孫が出席しての大山の墓銘継承の法要が行われたのは1974年と根深い禍根があったことを忘れてはいけない。
歴代藩主
蒲生家：外様60万石
- 蒲生秀行：蒲生氏郷の長男。下野宇都宮18万石より加増移封。
- 蒲生忠郷：秀行の長男。嫡男なく没したため、秀行次男の忠知（出羽上山藩4万石）が継ぎ、伊予松山24万石へ移封。
加藤家：外様40万石
- 加藤嘉明：伊予松山20万石より加増移封。
- 加藤明成：嘉明の長男。所領返上を願い出たため、長男・明友が石見吉永1万石へ減移封。
会津松平（保科）家：親藩23万石
- 保科正之：徳川秀忠の四男。出羽山形20万石より加増移封。
- 保科正経：正之の四男。
- 松平正容：正経の異母弟。正之の六男。松平賜姓。
- 松平容貞：正容の三男。
- 松平容頌：容貞の長男
- 松平容住：正容の九男・容章の孫。
- 松平容衆：容住の次男。
- 松平容敬：公式は容衆の異母弟、実は常陸水戸藩主・徳川治保の次男・松平義和（尾張高須藩主）の隠し子。
- 松平容保：義和の次男・義建の七男。
- 松平喜徳：治保の孫・斉昭の十九男。
- 松平容大：容保の長男。陸奥斗南3万石へ減移封。
