同盟が結ばれるまでの経緯
永禄3年（1560年）、桶狭間の戦いで今川義元が織田信長によって討たれると、それまで今川氏に従属していた徳川家康（当時は松平元康）は、岡崎城下の大樹寺で切腹を図ろうとしたと伝わる。その際、寺の住職より泰平の世を築くべく生きよと諭された家康は切腹を思いとどまり、今川家から自立を図ったとされる。また、この岡崎城は家康の父祖伝来の居城であり、その後今川軍に抑えられていたが、桶狭間の敗戦を聞いた今川軍は城を放棄して駿河方面に撤退していた。
三河の支配権を取り戻すべく空き城となった岡崎城を取り戻した家康はその後、今川氏と同族の吉良氏などの三河における親今川勢力を攻撃しはじめる（善明堤の戦い及び藤波畷の戦い）。これに怒った今川義元の子・氏真は、永禄4年（1561年）に家臣の吉田城代小原（大原）肥前守鎮実に命じ、松平（徳川）側の人質を城下の龍拈寺口で殺した。一説には串刺しと言う。だが、家康の正室・築山殿及び彼女との間に産まれた嫡男・松平信康(当時は幼名の「竹千代」)や長女・亀姫は助命されて岡崎へ帰された。
東の駿河国の今川家と敵対関係となった家康は、西の隣国である尾張国織田家との接近を考え、当時は家康の片腕であった石川数正を交渉役として、織田信長との同盟を模索する。
一方の信長も、美濃の斎藤氏と交戦している経緯から家康との同盟を考えており、織田氏と先に同盟（織水同盟）を結んでいた家康の母方の伯父に当たる水野信元が家康を説いた。
しかし、両家は織田信秀（信長の父）と松平清康（家康の祖父）・広忠（清康の嫡男にして家康の父）が宿敵関係で戦っていた経緯から、両家の家臣団の間での遺恨も強く、同盟はなかなかまとまらなかった。桶狭間の戦いから1年後の永禄4年（1561年）には石ヶ瀬において両者の間で小競り合いが起きている。
同盟後
桶狭間の戦いから2年後、家康が清洲城を訪問し、信長との会見を経て同盟が結ばれた。
その後、家康は対今川戦や対武田戦において信長からの支持を経ている。また、信長の要請に応じ、金ヶ崎の戦いや姉川の戦いにおいて自ら援軍に赴いている。
同盟から年月が経過していくにつれ、織田家の国力が徳川家を圧倒するようになったため、途中からは徳川家が事実上織田家に従属するようになっている。
本能寺の変後
信長が本能寺の変で横死した後に台頭してきた羽柴秀吉（後の豊臣秀吉）と対立した織田信雄（信長の次男）は家康に対秀吉のための共闘を呼びかけ、家康はこれを承諾し、小牧・長久手の戦いにおいて羽柴軍の池田恒興・元助や森長可を討ち取る。だが羽柴軍が信雄の領土へ侵攻したため、信雄は秀吉と単独講和。これによって家康も対羽柴戦の大義名分を失ったために講和し、のちに秀吉に従属した。信雄も秀吉に従属したため、信雄は（共に秀吉の家臣となったものの）家康の同盟者ではなくなり、清洲同盟は自然消滅した。
その後
秀吉の死後、関ヶ原の戦いが勃発し、家康は東軍の総大将として参戦し、織田有楽斎（信長の弟）も東軍として参戦した。一方、織田秀信（信長の嫡孫）、織田秀雄（信雄の嫡男）と織田信包（信長の弟）は西軍として参戦。結果、東軍が勝利したため、秀信と秀雄は改易された（信包の所領は安堵された）。
備考
家康は、清洲同盟を一度だけ破棄しようとしたことがある。武田勝頼が徳川領へと侵攻し、堅城・高天神城などを奪還し、長篠城を包囲した。その際、信長は家康に援軍を送ろうとしなかった。このとき家康は、「もし織田家が援軍を送らない場合、我ら徳川家は清洲同盟を破棄して遠江を武田家に割譲し降伏し、その代わりとして武田軍の先鋒となり織田領・尾張へと侵攻する。」という旨のことを家臣を通して信長の家臣に伝えさせた。慌てた信長は自らが家康の援軍へと赴いて、長篠の戦いにて武田軍に対して勝利し、同盟は保たれた。
