その一方で長らく土曜深夜にTBS製作の木曜深夜アニメ枠の作品を放送していたが、2021年春以降は放送されないことがある。また、JNN加盟28局で放送された「けいおん!!」と「花野井くんと恋の病」、TBSが製作参加したもののTBS系列で放送されなかった「Fate/stay night」と「もっとTo LOVEる」は、BS-TBSで放送されたことがない（そもそも「花野井くんと恋の病」は地上波のみの放送だった）。

ただし、「Fate/stay night」は2010年1月17日に特別編集版がBS-TBSで、「もっとTo LOVEる」はAT-Xで放送されている。「けいおん!」「けいおん!!」「もっとTo LOVEる」はCS局のTBSチャンネル1やTBSチャンネル2で放送されたこともある。

またTBS系列局製作の作品は放送されないことが多く、スーパーアニメイズム枠の作品の放送は｢ハイキュー!!TO THE TOP」第1部（ただし“再放送”に近いスタンスでの放送）と｢彼女、お借りします｣のシーズン2くらいであり、その後継枠であるスーパーアニメイズムTURBO枠作品やアガルアニメ作品に関しては放送実績・放送予定共にない。

2022年10月からは独立局作品の｢悪役令嬢なのでラスボスを飼ってみました｣が放送されたが、（兵庫県地区では毎日放送で放送されているとは言え）本局が独立局作品を放送するのは極めて異例。

なお、BS-TBSホームページの『アニメ→終了した番組』では、2016年以降の毎日放送の作品は省略されている。

2009年10月期に放送の「けんぷファー」と「にゃんこい!」以降TBSアニメの「地上波はデジタル放送でも映像の両側をカットしたバージョンが放送され、BSだとフルサイズで放送される」という特徴が無くなった。

TBS製作アニメはノンスポンサーでネットされるため、提供画面にはBS-TBSとスポンサー名の代わりにロゴが表示される。

深夜以外の時間帯でもアニメを放送することがある。2020年6月から月1回、日曜10時30分－11時の時間帯に夏木マリがナビゲートする「むかしばなしのおへや～伝えたい日本昔話～」なる作品を放送している。また、2019年7月と8月に、平日朝7時台に「新幹線変形ロボ_シンカリオン_THE_ANIMATION」を放送したことがあるが、いずれも定期番組とは言い難く、定期番組となると、2009年9月27日に放送されたMBS製作の『機動戦士ガンダム00｣（地上波では土6枠で放送）の最終回が深夜以外の時間帯に定期放送された最後の作品だったりする。

日曜9時30分に放送された「MUSASHI -GUN道-」は海外発注により作画崩壊と設定破綻が起こり、「RGBアドベンチャー」は制作アニメスタジオの事情で途中で放送中止を余儀なくされてしまった。