対戦ルールは3VS3のシングルバトルのみ
- 当時ダブルバトルは存在していない。
お互いに「ひんし」になった場合、判定により相手の勝ちとする
オフラインではプレイ不能
- 元々モバイル用の施設である。このためVC版では事実上閉鎖されている。
レベル制限によるクラス分けがある
- レベル10ルームから10刻みでレベル100までの計10個のクラスが用意されている。更にそれぞれの制限に対してルームが15用意され、合計150個対戦部屋がある。部屋を選んだらデータをダウンロードして挑戦することになる。
禁止級・幻のポケモンが出場可能
- レベル70、80、90、100のクラスでのみ。
- 第3～第7世代『SM』まで全面的に禁止されることになった。
7人勝ち抜き式
- 第3～第5世代までのバトル施設が7人勝ち抜き式なのは、この時代にそうだったからである。
- ちなみに出てくるトレーナーは全て全国から集った猛者達で、能力や技構成も一級品のものが揃う。更に、翌日になると前日の成績優秀者は7人目に、そうでないトレーナーは1～6人目に配置される。つまり前日挑戦した部屋に行くと、引き次第では自分VS自分なんてことも起きる。
  - ここでいう「成績」とは、いかに短いターンで手持ちの瀕死が少ない状態でクリアしたかを指す。つまり速攻でないと7人目を取れないということになる。
BPが存在しない
- これは次世代『エメラルド』から導入されている。
公式大会の開催
- 何とこのバトルタワーを用いて2001年に公式大会まで開かれている。任天堂側が用意したトレーナーを倒し、この好成績者が全国大会に進めるというもの。
- 全国大会のレポート記事はこちらを参照されたい。なお、このような形式での公式大会は後にも先にもこの大会だけである。

第3世代（『ルビー・サファイア』）

殿堂入り後、センリからもらえる「ふねのチケット」を使うことでバトルタワーのある島に行けるようになる。

（『エメラルド』ではここが「バトルフロンティア」になっている）

現在ではおなじみのBP（バトルポイント）はまだ存在しない

この世代独自の特徴として、

対戦ルールは3VS3のシングルバトルのみ
- 当時ダブルバトルは存在していたが、『ルビー・サファイア』ではバトル施設で行うことができない。ダブルバトルで対戦できるのは次作『エメラルド』からとなる。
特別なポケモン（禁止級と幻のポケモン）は出場できない
ラティオスとラティアスは出場できるが、こころのしずくは持たせても効果がない
お互いに「ひんし」になった場合、判定により相手の勝ちとする
Lv.50戦とLv.100戦の2つがある
- Lv.50戦の場合、レベル51以上のポケモンはそもそも出場ができない。このため強制的にLv.100戦で戦うことになる。
7戦勝ち抜き式
- 前述の通り。またこのせいでリボン獲得に必要な連勝は50連勝ではなく56連勝になる。ぎんのたて、きんのたてはそれぞれ50連勝、100連勝すれば次戦で負けても貰える。
7連勝するごとにBPの代わりにアイテムがもらえる。
- 35連勝までは、きそポイントを上げる薬、42連勝以降はポケモンに持たせる道具をランダムで1つ。
- そのため、物理型の前提としたいこだわりハチマキの入手すら険しい道のりである。
ボストレーナーに相当する人物がいない
- こちらも登場は次作『エメラルド』からとなる。
相手のポケモンは「ホウエンずかん」のポケモンのみ
- 『エメラルド』との最大の相違点。登場するポケモンは当時386種類中200種類未満。最終進化形のみに絞るとかなり少ない。このため要対策ポケモンがそこまでいない。
- 当然こちらはホウエン以外の地方のポケモンを通信で送ることができる。ただし通信でレコードを混ぜた他プレイヤーが登場し、そのプレイヤーの手持ちにホウエン以外のポケモンを所持していた場合は繰り出してくることもあるので、完全に登場しないわけではない。また、タワータイクーンもいないので、ここでのみ手に入るリボンを狙う場合『エメラルド』よりも『ルビー・サファイア』のバトルタワーに挑むとよい、という裏技がある。
- ただしタマゴ技は無関係に使ってくる。例：ゴルダックのクロスチョップ(遺伝経路のマンキーもドーブルもホウエンずかんには登場しない)
『ファイアレッド・リーフグリーン』以降の教え技についてはAIが想定していないようで、例えば「みがわり」を使えば面白いように勝てる。
手持ちの順番を入れ替えることができない

第4世代（『ダイヤモンド・パール』）

殿堂入りしシンオウ図鑑を完成させた後、「ふねのチケット」を使うことでファイトエリアに行くことができ、その場所の奥にバトルタワーが立っている。

（『プラチナ』ではここが「バトルフロンティア」になっている）

この世代独自の特徴として、

対戦ルールはシングル・ダブル・マルチの3種がある
- シングルは3VS3、ダブルは4VS4、マルチは2×2VS2×2となる。
特別なポケモン（禁止級と幻のポケモン）は出場できない
ラティオスとラティアスは出場できるが、こころのしずくは持たせても効果がない
お互いに「ひんし」になった場合、判定により相手の勝ちとする
7戦勝ち抜き式
- 前述の通り。
Wi-Fiタワーがある
- Wi-Fiを用いて全国の猛者達の使用ポケモンデータをダウンロードすることで挑戦できる。
- 10までのランクがあり、1つのランクごとに50個の部屋が用意されている。ランク1からスタートして勝ち上がるごとにランクが上がっていく。
- なお現在は同作品のWi-Fiが終了しているため遊ぶことはできない。
ボストレーナーがシングルバトルにのみ登場
- 登場するのはクロツグ。肩書はタワータイクーン。『Pt』以降にもフロンティアブレーンとして登場。だが何故かダブルバトルやマルチバトルには登場していない。このためBP稼ぎはシングルバトルの方が楽になっている。
肝心の難易度はというと、ぶっちゃけ努力値と性格さえ押さえておけば非厳選個体でも、時間は掛かるがいつかはシングルの本気クロツグを倒して49連勝を達成することが可能。
手持ちの順番を入れ替えることができない

ブリリアントダイヤモンド・シャイニングパール

また、リメイク版にあたる『ブリリアントダイヤモンド・シャイニングパール』（第8世代）にて、以下の調整がなされている。

マルチバトル、マルチつうしんバトル、Wi-Fiバトルは廃止。シングルバトルとダブルバトルの2種類となった。
初期から挑戦できる通常クラスとマスタークラスが存在。通常クラスで49連勝するとマスタークラスが解禁される。シングル/ダブルのどちらで連勝しても、マスタークラスは両方解禁される。
通常クラスの序盤は進化前のポケモンが登場するため、旅パでも十分勝機はある。シングルのみ3周目と7周目のボスとしてクロツグが登場。8周目以降は1周目の弱いトレーナーからループする。
マスタークラスは『剣盾』のランクバトルやバトルタワーのように、1～10のランクが設けられており、1周勝ち抜くごとにランクが上がる。シングル/ダブルのいずれも、周の最後のバトルは強敵トレーナーが用意されている。
マスタークラスのダブルバトルは敵トレーナーのみが2人のマルチバトルのため、プレイヤーが有利。モミやマイが登場するなど、原作のマルチルールの要素も兼ねている。
1周勝ち抜き・初めて上のランクに到達・一定の累計勝利数で報酬が貰える。サンのみ等も累計勝利数景品のため、原作より入手が簡単になった。
- ただしトレーナーカードの★付与条件は100連勝のまま。

第8世代（『剣盾』）

元々本作の黒幕であるローズが所有していた施設「ローズタワー」を、ローズ失脚後新たにオーナーとなったダンデが作り替えたものである。

（賠償や罪滅ぼしのカタに接収して手に入れたのか、ローズ本人に譲られたのかは明言されておらず不明。ロゴもローズ個人のシンボルマークからタワー自体をモチーフにしたものに差し替えられている）

この世代独自の特徴として、

対戦ルールは3VS3のシングルバトル、または4VS4のダブルバトルである
同種類のポケモンを使うこと、及び同種類のどうぐを持たせることはできない
特別なポケモン（禁止級・幻のポケモン）が出場可能
手持ちの順番を入れ替えられる（1戦ごとに続けて挑むか選べる）
対戦中トレーナーは道具を使えない
お互いに「ひんし」になった場合、後に「ひんし」になった方を勝ちとする
ランクの境目及びマスターボール級の10戦目ではボストレーナーとしてオーナーのダンデが登場する
ダイマックス・キョダイマックスが使用可能
挑戦前の自動レポートが消滅。リセットしても挑戦無効（連勝数リセット）とならず、再開が可能

また、前作のバトルツリーの難易度があまりにも高すぎると批判された反省からか、本作ではライトユーザーでもプレイしやすいよう以下の配慮がなされている。

ランクに関わらず特別なポケモンが制限なく使用可能となった。
対戦形式は前作のバトルツリーから引き続き1戦完結式となっているため、1戦ごとに手持ちを入れ替えることも事実上可能となった。
節目で登場してくるダンデを除くと所持しているポケモンをダイマックスさせてくることは稀で、基本的に先手を取ってダイマックスさせてダイマックス技を放っていれば非常に有利に戦える。
対戦用のポケモンが満足に育成できていないストーリークリア直後からも周回できるようにという配慮からか、レンタルチームが用意されている。
- お勧めはシングルであれば「すなおぐみ」、ダブルであれば「あめぐみ」。それぞれのチームの使い方・動かし方がある程度わかってくれば、これらのレンタルチームを駆使しているだけで比較的手軽に周回が行える。ネット上では効率重視のレンタルチームも公開されているため、Wi-Fi環境があればさらに手軽に勝ち進める。

これらの要素から、過去作に比べ攻略難易度がかなり低くなっており、周回もより効率的に行えるようになった。一戦ごとにセーブでき、自分の好きなタイミングでバトルを切り上げることができるので、所謂フロンティアクオリティに悩まされにくくなった点も大きいだろう。

ポケモンの世界観目線では、比較的田舎であるアローラ地方のバトルツリーが世界中から猛者を集めているのに比べ、大都会のバトルタワーであるにもかかわらずボスがダンデぐらいしかいないところがツッコミどころと言える。

といっても飽くまでも出てくるポケモン達や相手の思考ルーチンなどは今までの対戦施設と同じ所謂ガチ仕様であるため、経験者でなければ勝ち上がることは難しいかもしれない。

また、貰えるバトルポイントが歴代に比べてしょっぱい割に限定アイテムが多くのBPを必要とするのも難点。

更に、BP稼ぎ自体はDLCストーリーの最後に解禁される「しばり組手」の方が縛り要素はあるものの効率が良かったりする。

他にもレベル49以下がそのままのレベルで反映されるなど、一部のルールがランクバトルと異なることから、通信対戦のルールでは新たに「バトルタワールール」が新設されている。

また、施設自体とは関係ないが今作のバトルタワーのBGMをUndertale等で有名であるトビー・フォックス氏が担当したことが一部で話題となった。