概要
日本における、一番最初に設立された独立リーグは1947年から2年間だけ存在した国民野球連盟。それ以降しばらくは独立リーグは存在しなかったが、2004年に起こったプロ野球再編問題の影響から独立リーグ設立構想が持ち上がった。その構想の多くは金銭的な問題、人材的な問題で頓挫したが、2012年現在では3つの独立リーグが活動している。
また2010年から日本で活動するプロ野球独立リーグ団体の取り纏め機関『独立リーグ連絡協議会』が発足、2014年に一般社団法人『日本独立リーグ野球機構』に引き継がれたがBASEBALL FIRST LEAGUE（現：関西独立リーグ）・北海道ベースボールリーグは参加していない。
現在活動している独立リーグ（2021年現在）
四国アイランドリーグplus
2005年設立。3つの中では一番最初に設立された。四国・九州アイランドリーグとも。
現在の参加チーム
- 愛媛マンダリンパイレーツ…愛媛県が保護地域のチーム。主なOBは西川雅人、梶本達哉(共に元オリックス・バファローズ)など。
- 香川オリーブガイナーズ…香川県が保護地域のチーム。主なOBは三輪正義(東京ヤクルトスワローズ)、福田岳洋(横浜DeNAベイスターズ)など。
- 徳島インディゴソックス…徳島県が保護地域のチーム。主なOBは荒張裕司(北海道日本ハムファイターズ)、弦本悠希(広島東洋カープ)など。
- 高知ファイティングドッグス…高知県が保護地域のチーム。主なOBは角中勝也(千葉ロッテマリーンズ)。
かつて所属したチーム、準加盟チーム
- 長崎セインツ…2008年に加盟、2010年に脱退。東北楽天ゴールデンイーグルスに育成選手として指名された松井宏次が唯一のNPB指名者になった。
- 三重スリーアローズ…2009年はジャパン・フューチャーズベースボールリーグに所属。2011年の1シーズンのみ参加、終了後に解散。
- 福岡レッドワーブラーズ…2008年に加盟、2010年からは準加盟。主なOBは金無英(福岡ソフトバンクホークス)。
- 宮崎球団…現在は準備中の段階。
ベースボール・チャレンジリーグ
BCリーグ、北信越BCリーグとも。2007年設立。
現在の参加チーム
- 群馬ダイヤモンドペガサス…2008年加入。群馬県が保護地域のチーム。主なOBはフランシスコ・カラバイヨ(元オリックス・バファローズ)。
- 新潟アルビレックス・ベースボール・クラブ…新潟県が保護地域のチーム。チーム名はサッカー・Jリーグのアルビレックス新潟から。主なOBは雨宮敬、渡辺貴洋(共に読売ジャイアンツ)。
- 信濃グランセローズ…長野県が保護地域のチーム。主なOBは星野真澄(読売ジャイアンツ)。
- 福井ワイルドラプターズ……2008年加入。福井県が保護地域のチーム。主なOBは柳川洋平(元福岡ソフトバンクホークス)、前田祐二(オリックスバファローズ)。
- 富山GRNサンダーバーズ…富山県が保護地域のチーム。主なOBは野原祐也(元阪神タイガース)。
- 石川ミリオンスターズ…石川県が保護地域のチーム。主なOBは内村賢介(横浜DeNAベイスターズ)
- 埼玉武蔵ヒートベアーズ…2014年に加盟。…埼玉県北地域が保護地域のチーム。
- 福島レッドホープス…2014年に加盟。…福島県が保護地域のチーム。
- オセアン滋賀ブラックス…2017年に加盟…滋賀県が保護地域のチーム。参加1年目から山本祐大（横浜DeNAベイスターズ）を輩出。
- 栃木ゴールデンブレーブス…2017年に加盟…栃木県が保護地域のチーム。
- 茨城アストロプラネッツ…2019年に加盟…茨城県が保護地域のチーム。
- 神奈川フューチャードリームス…2020年に加盟…神奈川県が保護地域のチーム。
※2021年シーズン終了後、富山・石川・福井・滋賀の4球団はBCリーグから離脱、別の独立リーグ「日本海オセアンリーグ」が設立され同リーグへ加盟する。「ルートインBCリーグ」（BCリーグ）は2022年シーズンより8球団体制へ移行。
BASEBALL FIRST LEAGUE⇒関西独立リーグ
2014年から開催されている新リーグ。略称「BFL」。
関西独立リーグ（初代、後述）に参加していた兵庫ブルーサンダーズと06BULLSに新球団「姫路GoToWORLD」を加えた3球団で開幕。
2018年12月から『関西独立リーグ』（二代目）に変更。
現在の参加チーム
- 神戸三田ブレイバーズ…2021年に「兵庫ブルーサンダーズ」から改名。
- 06BULLS
- 和歌山ファイティングバーズ…2017年から参加。
- 堺シュライクス…2019年から参加。
かつて所属したチーム
- 姫路GoToWORLD…2014～2016年まで参加、現在は活動休止。
日本独立リーグ野球機構非加盟の為、所属選手はNPBのドラフト指名は高校卒業及び大学中退者は3年間・大学卒業者は2年間指名できないルール（社会人野球と同じルール）を適応するが、2016年に初めて兵庫の向谷拓巳が楽天に、山川和大が巨人に育成選手枠で指名される。
北海道ベースボールリーグ
2020年よりリーグ戦を実施。初年度は2チームで参加。選手はシーズン中も球団の地元で就労しながら練習・試合をおこない、チームに監督を置かないなど既存の独立リーグとは異なる方針を採用する予定。日本独立リーグ野球機構非加盟。
現在の参加チーム
- 富良野ブルーリッジ…2020年は「レラハンクス富良野BC」として活動。2021年から現名称に変更。
- 美唄レッドダイヤモンズ…創設時から参加、2021年に脱退表明。
- 石狩レッドフェニックス…2021年から参加、1シーズンで脱退表明。
- 士別サムライブレイズ…2021年から参加、1シーズンで脱退表明。
- すながわリバーズ…2022年から参加を目指し準備中。旧名「砂川ドリームリバーズ」。
- 滝川プレインウィンズ…2022年から参加を目指し準備中。
※2021年、日本独立リーグ野球機構の早期加盟を求めて美唄・石狩・士別の3球団が脱退、「北海道フロンティアリーグ」発足を発表。
九州アジアリーグ
（発足当初は九州独立プロ野球リーグ）
2021年より活動の九州を活動地域とするプロ野球独立リーグ。
一般社団法人九州アジアプロ野球機構（旧：九州独立プロ野球機構）が運営。
初年度は2チームで参加36試合開催を予定。他に琉球ブルーオーシャンズ、福岡ソフトバンクホークス三軍、四国アイランドリーグplusのチームと交流戦を行い計80試合を予定している。
2021年、日本独立リーグ野球機構に加盟が承認。
- 大分B-リングス…初代監督に元巨人投手の広田浩章氏が就任。
- 火の国サラマンダーズ…社会人野球・熊本ゴールデンラークスが母体。初代監督に元埼玉西武・福岡ソフトバンク・オリックスの捕手・細川亨氏が就任。
リーグ非加盟チーム
2020年度より始動。独立リーグには加盟せず、NPBが参入枠を拡大した場合に加盟することを目標としてNPBのファームや上記の独立リーグのチームのほか、中華職業棒球大聯盟のチームとの交流戦を実施する意向。2020年、日本独立リーグ野球機構に単独で加盟。
かつて存在していたリーグ
新日本専門リーグ
1936年の1年のみ活動。
参加していたチーム
セントラルシチー中京は中京野球クラブに改称するも解散。関係者は後に結城ブレーブスに関与。岐阜イースタンは途中からセントラルシチー中京からの離脱者を受け入れイースタン東海に改称。後に関西コーモラント改称後解散。関西コーモラントは神戸野球倶楽部を引き入れ活動を継続するつもりだったとされる。(参考１,参考2,参考3)
国民野球連盟
1947年の1年のみ活動。
参加していたチーム
- 宇高レッドソックス…兵庫県尼崎市に本拠地を置くチーム。
- 結城ブレーブス…茨城県結城市に本拠地を置くチーム。
- 大塚アスレチックス…千葉県松戸市に本拠地を置くチーム。
- 唐崎クラウン…滋賀県大津市に本拠地を置くチーム。
このほか熊谷組（熊谷ゴールデンカイツ）、京都団の参入が予定されていたが前者は宇高レッドソックスを買収する。大塚アスレチックスは後に金星スターズを逆さ合併する。
関西独立リーグ（初代）
2009年に設立。2010年からの愛称はKANDOK（カンドク）。2013年限りで活動停止。
参加していたチーム
- 紀州レンジャーズ…和歌山県和歌山市に本拠地を置くチーム。
- 兵庫ブルーサンダーズ…兵庫県三田市に本拠地を置くチーム。
- 06BULLS…大阪府東大阪市に本拠地を置くチーム。
- 大和侍レッズ…奈良県全域に本拠地を置いていたチーム。
- 神戸サンズ…兵庫県神戸市と淡路島に本拠地を置いていたチーム。
- 明石レッドソルジャーズ…兵庫県明石市に本拠地を置いていたチーム。OBに現オリックス・バファローズの深江真登がいる。
- ソウル・ヘチ…韓国のチーム。和歌山市に本拠地を置いていたチーム。
- 大阪ホークスドリーム…大阪府全域に本拠地を置いていたチーム。
- 大阪ゴールドビリケーンズ…大阪市に本拠地を置いていたチーム。
- 神戸9クルーズ…2008年から2010年まで活動した神戸市に本拠地を置いていたチーム。OBに元読売ジャイアンツの福泉敬大(現福井ミラクルエレファンツ)がいる。
このうち兵庫ブルーサンダーズと06BULLSは上記の通り現在はBASEBALL FIRST LEAGUEに参加、大阪ホークスドリームは「大阪HDベースボールクラブ」として現在は社会人野球に参加。
それ以外は解散ないしは活動停止している。特に大阪ゴールドビリケーンズは後に下記のジャパン・フューチャーベースボールリーグに参加したが野球賭博に選手8人が関わる不祥事を起こし、その影響もあって解散している。
また神戸9クルーズは活動休止後に選手は兵庫ブルーサンダーズに、リーグ参加権は神戸サンズが引き継ぐ。
ジャパン・フューチャーベースボールリーグ
2010年の1年のみ活動。
- 大阪ゴールドビリケーンズ…2009年は関西独立リーグに参加。
- 三重スリーアローズ…三重県に本拠地を置いていたチーム。
現在は両チームとも解散している。
女子プロ野球
正式名称は日本女子プロ野球機構。
1950年から1951年までは、これとは別に日本女子野球連盟という団体で行われており、1952年以降ノンプロ(社会人)化して1971年まで存続していた。
2010年～2012年までの参加チーム
- 京都アストドリームス…京都府に本拠地を置くチーム。創立初年度(2010年)から参加。
- 兵庫スイングスマイリーズ…兵庫県に本拠地を置くチーム。京都と同じく創立初年度から参加。
- 大阪ブレイビーハニーズ…大阪府に本拠地を置くチーム。2012年のみ参加。
2013年以降の参加チーム
2013年以降はリーグの構造が大きく変わり、英語表記も「Japan Women's Baseball League」(略称JWBL)と改めた。
その後新型コロナウイルスの影響もあって2021年に活動休止。
