コンテナ輸送に特化した貨物船。外航の大型コンテナ船ではコンテナターミナルからコンテナターミナルへの輸送となるため、自船に荷役設備を備えず、港のガントリークレーンによってコンテナの積み下ろしを行うものが多い。一方内航船では、コンテナターミナルを備えない港でも荷役を行う必要があるので、自船に荷役用の巨大なガントリークレーンを備えるものもある。

ばら積み船

バルクキャリア(Bulk Carrier)、バルカー(Bulker)とも。　鉱石、セメント、穀物、石炭、木材チップなどの梱包されない貨物を扱う船。貨物の特性に合わせた設計がなされるが、多種類をばら積みする多目的バルクキャリアもある。

鉱石輸送船

鉄鉱石やセメント、ボーキサイトなど各種鉱石の運搬に用いられる。これらの貨物は単体が重く比重が極端に大きいため、船体に対して船倉がかなり狭く作られている。

チップ専用船

製紙用の木材チップを専門に輸送する船。木材チップは鉱石とは逆に貨物の比重が極端に小さいため、船体に対して船倉がかなり大きく作られる。

RORO船

Roll-On Roll-Off Shipの略。トレーラーやトラックごと貨物を輸送する船。積み下ろしのためのランプウェイや車両甲板を備え、貨物となるトレーラーやトラックは船倉内を自走して積み下ろしされる。よって純粋な輸送効率ではトレーラー等の分コンテナ船に譲るものの、積み下ろしの際ガントリークレーンが不要で迅速な荷役が可能であり、短距離輸送で威力を発揮する。

　フェリーに似るが、RORO船はあくまで貨物船であるため、基本的に客室を備えない、あるいは法律上定められた数のみ備える。岸壁とトレーラー搭載の場合動力部さえあれば大型車両でも迅速に陸揚げできるという特徴から、軍用輸送船としても多用される。

自動車運搬船

自動車専用船( Pure Car Carrier )とも。自動車の運搬に特化した船であり、効率的に搭載するため、搭載車両の車高に合わせて甲板が上下させうることが可能となっている。搭載される自動車は船倉内を自走して搭載されるためRORO船に似るが、RORO船が「貨物を積載車両ごと輸送する船」であるのに対し、自動車専用船は車両自体が輸送すべき貨物である。

重量物運搬船

鉄道車両や海上掘削リグ、船舶など、通常の貨物船では搭載できない重量物、巨大貨物を輸送するための輸送船。

FOFO船

Float-On Float-Off Shipの略。バラストタンクに注水することで甲板を水没させることができ、石油掘削リグや他の船舶など、水に浮く貨物を迅速に搭載することができる。現状では海上掘削リグ、具体的には石油プラットフォームが主な貨物であるが、外洋航行能力に乏しい船舶を渡洋輸送する際にも用いられる。

現在世界最大のFOFO船はオランダのドックワイズ社所有の「ブルーマーリン」であり、同船はイエメンで発生した米艦コール襲撃事件により損傷した米海軍の駆逐艦をイエメンのアデンから本国まで輸送した他、2012年にはスペインにて建造されたオーストラリア海軍最大の強襲揚陸艦「キャンベラ」をまるごと一隻、スペインから喜望峰回りでオーストラリアまで輸送している。