概要
神樹には地上（大地）のあらゆる伝承が概念的な記録として蓄積されており、その記録にアクセス、抽出することで具現化された存在が精霊である。その多くは妖怪がモチーフとなっているが、稀に歴史上の人物も含まれている。
勇者システム自体が西暦と神世紀で仕様に違いがあるように、精霊も時代ごとにそれぞれ性質が異なるものの、勇者を何らかの形でサポートする存在である点は共通している。基本的に勇者には忠実で、例え勇者同士の内輪揉めが起きようとも勇者の行動に直接干渉する事はない。
西暦
『乃木若葉は勇者である』（西暦2018年）に勇者の「切り札」として登場。勇者本人が意識を集中させることで、神樹内にある概念データに接続して戦況に合わせ自ら選び出し、具現化する。召喚した精霊は勇者の肉体に憑依することでその力を顕現させ、その特徴を必殺技のように行使できる。
シャーマニズム、イタコ、ユタ、審心者など、降霊・憑依という現象は人類文化の中でははるか昔から存在し、この時代に使用された精霊も、人身に人外の存在を宿すという意味では一種の降霊術に近い。
しかし、これらにはどれも危険が伴い、犬神憑きや狐憑きなどに至っては呪いのようなものである。人と人ならざる者との境界は時として曖昧になり、「切り札」はその境界の先に半身を浸すようなものである。
このように、精霊を身体の中に入れる行為を続けてしまうと、体内に穢れが溜まり、精神に悪影響を及ぼすというデメリットが存在する。具体的には、不安感、不信感、攻撃性の増加、自制心の低下、マイナス思考や破滅的思考への系統などで、精神が不安定となって危険な行動を取りやすくなる。一方で、勇者が自分の精神力の強さでそれらを跳ね除けることも可能であり、作中では高嶋友奈がそれをやってのけた。
これらの性質は伊予島杏が生前に遺した研究結果を書き留めたノートによって判明し、神世紀にも語り継がれている。
なお、西暦の精霊は具体的な容姿が作中で描かれることはなかったが、『花結いのきらめき』では勇者システムが最新式に統一された関係で、これらの精霊が実体化して存在できるようになり、ゆるキャラのようにデフォルメされた容姿が明かされている。ただ、ストーリーには全く絡まない。
義経（よしつね）
乃木若葉の1体目の精霊。様々な剣技と伝承に伝わる八艘飛びをはじめとした身軽な動きが可能となる。
『花結いのきらめき』で明かされた容姿は、義輝に似た人型（喋る事もできるかどうかは不明）。
大天狗（だいてんぐ）
乃木若葉の2体目の精霊。巨大な翼を有し一面を破壊する。
一目連（いちもくれん）
高嶋友奈の1体目の精霊（イラスト右上）。対象者の速度を大幅に上げる。
『花結いのきらめき』にて明かされた容姿は、隻眼の怪獣のようなもの。
酒呑童子（しゅてんどうじ）
高嶋友奈の2体目の精霊。通常時は歯が立たない十二星座バーテックスをも圧倒する凄まじい攻撃力をその身に宿す。
その一方で自身への反動も大きく、普通にパンチを繰り出しただけで腕から血が出るレベル。万全の状態でなかった際は殴りかかろうとしただけで気絶してしまうほど。そのため、大社でも切り札中の切り札として使用を禁じていたが、ある人物の死による怒りで封印を解かれる事になる。
宿した際の姿は、他の勇者のものと違って角のような装飾が付き、ごつごつした拳と相まって禍々しく見える。
『花結いのきらめき』にて明かされた容姿は、凶悪な能力に反して意外とかわいい。
七人御先（しちにんみさき）
郡千景の精霊（イラスト奥）。対象者が7人に分身し、7人全てが同時に消滅しない限り即時に、そして何度でも復活する強力な能力である。
だが、獅子座型（レオ・バーテックス）の火炎球攻撃を受けた際、一気に6人が消滅して1人がギリギリで回避し、危うく全滅しかけたことがある。
輪入道（わにゅうどう）
土居球子の精霊。切り札として憑依させる事で旋刃盤が巨大化し、ワイヤーなしでも操れるようになるほか、人を乗せて移動させる事も可能になる。
雪女郎（ゆきじょろう）
伊予島杏の精霊。対象者に氷雪系の攻撃を可能とさせる。
神世紀
『鷲尾須美は勇者である』（神世紀298年）に登場する勇者システムは当初、精霊を使役することができない仕様になっていた。しかし、三ノ輪銀の戦死という事態を重く見た大赦によって、前述の杏が遺した研究結果を基にアップデートが行われ、精霊の使役が可能となった。2年後の『結城友奈は勇者である』（神世紀300年）に登場する勇者システムも、これとほぼ同じ仕様である。
西暦時代の反省を踏まえて、神世紀の精霊は勇者の肉体には憑依させず、外側に具現化し、勇者のパートナーとして戦闘をサポートする。実体化した精霊はいずれもデフォルメされたゆるキャラのような外見で、体のどこかに勇者の姿に連動した花のマークがあるのが特徴。精霊は任意で自分の姿を現したり消したりでき、主人の意思に反して勝手に動き回るものもいる。また、牛鬼が他の精霊に噛みつくため、他の精霊は日常では極力出ないようにしている。なお、精霊が外に現れない時代から来たひなたは精霊を見て感激していた。
精霊を連れ歩く事で攻撃の補助（扱う武器に対応）や新たな能力が勇者に付加され、さらに致命傷となり得る攻撃から自動的に防御する「精霊バリア」の発動が可能になっており、西暦時代の勇者に比べて攻撃力・防御力の脆弱さが解決されている。
一方で、勇者自身が行う自傷行為に対しても発動するため、勇者は「お役目」に就いている間、自殺（服毒なども含む）しようとしても精霊に必ず阻止されることになる。東郷は『結城友奈の章』第9話・第10話で行った実験から、精霊が勇者の意思とは関係なく動いており、勇者を守るだけでなく、死なせずに「お役目」に縛り付けるための存在であると考察している。
また、この「精霊バリア」は天の神のタタリの前では無効化されてしまうようで、『勇者の章』では犬神が防御したにもかかわらず、タタリの影響で発生した交通事故によって風が負傷してしまった。
また、東郷が友奈の神婚を止めようとした際は6人の精霊全てが集まり精霊バリアで一度阻止していた事から、神樹からの命令があればそちらを優先するようだ。
「満開」を行った勇者には、回数に応じて1体の精霊が追加される。東郷が初変身の時点で3体の精霊を所有していたのも、鷲尾須美であった当時に2回の「満開」を経験しているからであり、園子に至っては21体の精霊を所有している。
一時的なバーテックスの全滅に伴い、媒体となる端末ごと大赦に回収されたが、残党の存在が確認されたことで再度勇者部のもとに端末ごと戻される。『結城友奈の章』最終話で、精霊たちは花びらと散って一度は姿を消した（牛鬼のみ満開の際に姿を消している）。
『勇者の章』第2話で園子が大赦から再び勇者システムを借り受けたことで、牛鬼、青坊主、犬神、木霊、義輝が再び友奈たちの前に姿を現している。満開の代償（散華）がなくなった代わりに精霊バリアに回数制限が付いた。また精霊は最初の1体のみに制限された模様。満開ゲージがなくなっても精霊がいなくなることはなく、日常的な小間使い程度なら普通にこなしてくれる。
牛鬼（ぎゅうき）
結城友奈の1体目の精霊。羽根の生えた牛のような姿で、腰の左右にピンクの花模様がある。牛の精霊であるにもかかわらず、ビーフジャーキーが好物。とにかく食いしん坊で勝手に出現して他の精霊に噛みつく癖があるため（夏凜登場後は主に義輝がそのターゲットにされている）、友奈も手に余している。『結城友奈の章』第4話ではお菓子を全部平らげてしまったほど。勇者パンチの発動に関与している。
ちなみに、『花結いのきらめき』ローディング画面上で任意の場所をタップすると、そこに牛鬼が動いていくようになっていて、画面上のそこかしこに落ちているビーフジャーキーを食べさせると隠されたキャラ紹介が読めるようになっている。
『勇者の章』にも引き続き登場しており、寝ているときも端末の外にいる。詳細不明だが、最終話の描写を見る限り、他の精霊とは一線を画する存在であるらしく、ある人物がその正体ではないか、という考察もある。
青坊主（あおぼうず）
青坊主「対象は睡眠中。侵入可能であります。」
東郷「了解。その場で待機せよ。」
東郷「中に侵入し、鍵を開けなさい。」
青坊主「了解であります。」
（『勇者の章』第4話の字幕）
東郷美森の1体目の精霊（イラスト右）。東郷が鷲尾須美だった頃からのパートナー。割れ目から目と手を覗かせた卵のような姿で、殻の左側に青い花模様がある。狙撃銃に関与している。
『結城友奈の章』と『勇者の章』にも引き続き登場するが、東郷が友奈の部屋にこっそり忍び込む際にハンドサインで意志疎通を図り窓のロックを外したり（内容は字幕で表示されるようになっているのだが、上述のように主人が主人だけにやけに軍人くさい。後に園子と共に再度忍び込む際にも窓のロックを外していた）、（前述した自傷行為からも守る事と矛盾するにも関わらず）切腹を試みる東郷をカッターナイフで介錯しようとしたり、東郷の部屋でプロジェクターを操作したりと、主人の手足として働く。中の人達もその働きぶりを「ドローン」と評していたファンからのお便りを紹介したほど。
刑部狸（ぎょうぶだぬき）
東郷美森の2体目または3体目の精霊（イラスト中央）。『鷲尾須美の章』終盤の「瀬戸大橋跡地の合戦」で満開したことにより新たに加わった。目隠しをした狸のような姿で、複数の青い花模様のついた服を着ている。短銃に関与している。
不知火（しらぬい）
東郷美森の2体目または3体目の精霊（イラスト左）。『鷲尾須美の章』終盤の「瀬戸大橋跡地の合戦」で満開したことにより新たに加わった。燭台に燃える青い炎のような姿で、下部の軸に青い花模様がある。散弾銃に関与している。
犬神（いぬがみ）
犬吠埼風の1体目の精霊。青い犬のような姿で、背中に黄色い花模様がある。大剣の能力に関与している。風に与えられたドッグフードを食べる描写がある。
『勇者の章』にも引き続き登場する。第3話では天の神のタタリによって発生した交通事故の衝撃から風を守り切れず、結果として風が（重傷こそ免れたが）負傷してしまう。
木霊（こだま）
犬吠埼樹の1体目の精霊。緑の毛玉に葉のような触覚を生やしている（左側の葉に白い鳴子百合の花模様がある）。ワイヤーの能力に関与している。
『勇者の章』にも引き続き登場する。
義輝（よしてる）
三好夏凜の精霊。赤い甲冑（鎧兜）をまとった武士のような姿で、左側に赤い花模様がある烏帽子を被っている。刀剣による一撃をサポートするほか、出陣の際に法螺貝を吹くこともある。
各シリーズに登場する精霊の中で唯一明確な人の言葉を発するが、しゃべる言葉は「諸行無常…」「外道め！」「出陣！」のみ。牛鬼にかじられて涙目になるなど、かなり表情豊か。
『勇者の章』にも引き続き登場する。
声を担当した肝付氏は2016年10月20日に死去しているが、『勇者の章』ではライブラリ出演という形で続投し喋っている。一方で、『花結いのきらめき』では義輝の台詞に字幕が表示されるものの、肝付氏の声は充てられておらず無音である。
名前の由来は室町幕府第13代征夷大将軍・足利義輝。剣豪将軍として有名で、三好長慶ら三好一族とは幾度となく戦い、最終的に三好三人衆と松永久秀に襲撃され暗殺された。
烏天狗（からすてんぐ）
乃木園子の1体目の精霊。『鷲尾須美の章』から登場。着物を着たカラスのような姿。呼んでもいないのに勝手に端末から出てきてしまう癖がある。園子からは「セバスチャン」というあだ名（ミドルネーム）をつけられた。勝手に出てきているところを人に見られたこともあり、その際須美は「アルファ波で浮いてます」とごまかした（2年後と同じジェスチャーで）。
『勇者の章』にも引き続き登場するが、その挙動はかなりオッサンくさい。牛鬼と一緒にいる事が多いが噛まれている様子はない。
火車（かしゃ）
結城友奈の2体目の精霊（イラスト右上）。『結城友奈の章』中盤の戦闘で満開したことにより加わった。火炎を纏った猫のような姿で、腰の背中側に赤い花模様がある。勇者キックの発動に関与している。
川蛍（かわぼたる）
東郷美森の4体目の精霊（イラスト左上）。『結城友奈の章』中盤の戦闘で満開したことにより加わった。蛍の光に瞳のついたような外見を持つ（後部に青い花模様がある）。遠隔誘導攻撃端末に関与している。
鎌鼬（かまいたち）
犬吠埼風の2体目の精霊（イラスト中央下）。『結城友奈の章』中盤の戦闘で満開したことにより加わった。その名の通り鼬のような姿で、腰の背中側に黄色い花模様がある。『結城友奈の章』第8話で3本の小刀を放ち、バーテックスの動きを止める。
雲外鏡（うんがいきょう）
犬吠埼樹の2体目の精霊（イラスト右下）。『結城友奈の章』中盤の戦闘で満開したことにより加わった。鏡から植物の茎が生えたような外見で、鏡の中に白い鳴子百合の花模様がある。雲外鏡自身を模した巨大な緑色半透明の円型シールドを発生させ、敵の攻撃をはね返す能力を持つ。
『結城友奈の章』第11話では星屑の樹海への侵入を防ぐ場面も見られたが、東郷による砲撃は防ぎ切れなかった。
両面宿儺（りょうめんすくな）
乃木園子の精霊。『鷲尾須美の章』終盤の「瀬戸大橋跡地の決戦」にて20回にも及ぶ満開を繰り返した結果加わった精霊のうちの1体。『追憶の園子』にのみ登場。
大太法師（だいだらぼっち）
乃木園子の精霊の1体。『鷲尾須美の章』終盤の「瀬戸大橋跡地の決戦」にて20回にも及ぶ満開を繰り返した結果加わった精霊のうちの1体。『追憶の園子』にのみ登場。
がしゃ髑髏（がしゃどくろ）
乃木園子の精霊の1体。『鷲尾須美の章』終盤の「瀬戸大橋跡地の決戦」にて20回にも及ぶ満開を繰り返した結果加わった精霊のうちの1体。『追憶の園子』にのみ登場。
獏（ばく）
乃木園子の精霊の1体。『鷲尾須美の章』終盤の「瀬戸大橋跡地の決戦」にて20回にも及ぶ満開を繰り返した結果加わった精霊のうちの1体。『その後の園子』にて存在が語られたのみ。
枕返し（まくらがえし）
乃木園子の精霊の1体。『鷲尾須美の章』終盤の「瀬戸大橋跡地の決戦」にて20回にも及ぶ満開を繰り返した結果加わった精霊のうちの1体。『その後の園子』にて存在が語られたのみ。
花結いのきらめき
本作では西暦・神世紀の勇者が集結し、勇者システムが最新式に統一されているため、本来は精霊を使役していなかった勇者にもそれぞれパートナーの精霊が設定されている。また、西暦の時代に登場した精霊は、容姿が初めて明らかとなっている。
このほか、パートナーが設定されていない本作オリジナルの精霊がいくつか登場する。
鈴鹿御前（すずかごぜん）
三ノ輪銀の精霊。
覚（さとり）
白鳥歌野の精霊。
桂蔵坊（けいぞうぼう）
秋原雪花の精霊。
水虎（すいこ）
古波蔵棗の精霊。
陰摩羅鬼（おんもらき）
木魚達磨（もくぎょだるま）
角盥漱（つのはんぞう）
手形傘（てがたがさ）
鉄鼠（てっそ）
乃木園子（小学生）の精霊。そのため「瀬戸大橋跡地の決戦」にて20回にも及ぶ満開を繰り返した結果加わった精霊のうちの1体である可能性がある。
