列車名としてのはやぶさは、時期により以下に分けられる。
寝台特急「はやぶさ」
「はやぶさ」のルーツと呼べる鹿児島行きの優等列車は、1942年の関門トンネル開通に伴い設定された「7・8列車」といわれている。実はこの列車は、関門トンネル開業前まで列車番号は3・4列車、愛称名は「櫻」であったのだが、この当時は戦時下だったこともあって特急から名前のない急行に変更されてしまった。もう一つの理由としては長崎行きの「富士」とダブるのを防ぐためだったとも言われている。この7･8列車は戦局の悪化によって1945年に運転を中止した。
戦後
戦後、このルートを運行する急行列車として1950年に「きりしま」「筑紫」が登場。きりしまは1956年に漢字表記の「霧島」となったほか、「筑紫」も新設の東京 - 博多間夜行にその名を譲り、新たに「さつま」という列車名に変更となった。
1958年にこの「さつま」を特急に格上げする形で「はやぶさ」が誕生した。九州へ直通する特急列車としては日本で3番目であった。
1960年には「走るホテル」とも言われた20系客車での運行を開始している。
また、この年の年末には臨時の「はやぶさ」が東京-熊本間で運行された。この臨時はやぶさは翌年に不定期の列車として分離され「みずほ」の愛称が与えられることとなる。
1962年には「みずほ」が定期列車となり、その翌年には20系化がなされた。
1964年にはこの「みずほ」のうちの大分発着の列車を「富士」として分離させている。
その後の「みずほ」「富士」の変遷についてはみずほ、富士の項目も参照されたい。
ともあれ、「はやぶさ」「みずほ」「富士」は姉妹列車といえる関係だったのである。
ちなみに「富士」と「はやぶさ」の違いは、「富士」が日豊本線、「はやぶさ」が鹿児島本線方面への特急であったことである。一時期「富士」が鹿児島まで乗り入れていたことがあったため、日豊本線ルートだった「富士」が「はやぶさ」より長い距離を走っていた。だが1980年のダイヤ改正で「富士」は宮崎発着になったので、「はやぶさ」が九州ブルトレを含む日本の最長運行距離列車の座に返り咲いたのである。
さて、東京発の下り「はやぶさ」は博多駅に到着すると編成の一部を切り離して、短編成で鹿児島駅を目指していたが、1968年にこの切り離した編成を長崎に向かわせることで効率化を図ろうとした。「長崎行きはやぶさ」の誕生である。
1975年からは車両が24系に変更となり、同時に長崎行きは「みずほ」に変更された。翌年には東京発ブルトレでは初の2段式B寝台を投入してサービスの向上を図った。また1985年には編成中にロビーカーが連結されるようになった。編成両数増に対応して、本州内の牽引機にEF66が起用されている。
JR化後
しかし1990年ごろから、徐々にブルートレインの斜陽化が進み始め「はやぶさ」の利用客も減少を始めた。まず、食堂車が売店営業になり、1993年には当時最新の鹿児島本線の電車特急「つばめ」に途中で追い抜かれてしまうようになった。このため鹿児島に行く乗客のほとんどが途中で「つばめ」に乗り換えてしまいさらに利用客が減った。1994年には姉妹列車の「みずほ」が廃止、熊本-鹿児島間も「つばめ」にすっかり客をとられてしまったため1997年には運転区間を東京-熊本間に短縮されてしまう。
さらに1999年には合理化のために九州ブルートレインの名門である「さくら」と併結されるようになった。このとき「さくら」の使用車両は14系15形だったが「はやぶさ」のほうは24系25形だったため、「24系編成+14系編成」という前例のない組み合わせが誕生したことで鉄道ファンの話題をさらった。
2004年には九州新幹線開通に先駆けて西鹿児島駅が「鹿児島中央」駅に変更されたのに伴い、上りのみのイベント列車としてではあるが「はやぶさ」が単独で運転された。しかし、その九州新幹線の開通が九州ブルートレインの利用客低迷を更に加速させ、2005年のダイヤ改正で「さくら」が廃止されたのに伴い、同じく利用者が低迷していた「富士」と併結することとなった。これに合わせて車両も14系15形に変更された。
末期には全盛期の半分にも満たない6両編成での運行（「富士」との併結時は12両）となったが、これだけの縮小をもってしても利用客減少に歯止めはかからず、2009年3月13日をもって、寝台特急としての「はやぶさ」は「富士」と共に廃止となった。これで九州ブルートレインは消滅し、東京を発着する寝台特急は電車特急の「サンライズ瀬戸」「サンライズ出雲」のみとなってしまった。
東北新幹線・北海道新幹線「はやぶさ」
JR東日本が東北新幹線において、2011年3月5日からE5系の運用を開始するにあたり、同車を使用する列車に新たに付与した愛称である。
愛称は公募で選出とされたが、結果は得票数1位の「はつかり」ではなく、7位だった「はやぶさ」が採用されたことに対して、元々は九州のイメージが強い事もあり、反発の声が多数上がった。尚、この公募ではE5系のカラーリングが似ていることから「はつね」なる候補があり、なんと得票数2位を獲得している（当然ながら採用されず、JR東日本も話題作りとしてあえて放置していた節がある）。
それまでの東北新幹線最速列車であるE2系「はやて」「やまびこ」の275km/hを上回る、国内最速の最高速度320km/hでの営業運転（当初は300km/h）を行っている。東北新幹線に新たに設定された最速達種別の列車として位置付けられる。
しかし、デビュー間もない3月11日に発生した東日本大震災により東北新幹線は運休となった。その後復旧工事が進んだことで4月29日より速度を落とした臨時ダイヤで運行を再開。7月8日からは一部区間で徐行運転が解除された。その後9月23日より約半年ぶりに通常ダイヤに復帰、300km/hによる運転を再開した。2013年3月16日には単独運転を行う列車の最高速度が320km/hに引き上げられ、2014年3月15日には「こまち」を連結する列車を含む全ての「はやぶさ」が最高速度320km/hに引き上げられた。
2016年3月26日に北海道新幹線が開業。一部の新青森発着列車が新函館北斗発着へ延長された。開業当初は青函トンネル内の運転速度の制約があり東京～新函館北斗間が4時間超えとなっていたが、2019年3月16日より青函トンネル内の運転速度を140km/hから160km/hに変更し、最速3時間58分で運転できるようになった。
更に2021年3月のダイヤ改正で、上野～大宮間の最高速度が110km/hから130km/hに変更され、東京～新函館北斗間が最速3時間57分で運転できるようになった。
停車駅
以下のパターンが存在する。
典型的なパターン（新青森駅または新函館北斗駅発着）
東京駅 - 上野駅 - 大宮駅 - 仙台駅 - 盛岡駅 - いわて沼宮内駅 - 二戸駅 - 八戸駅 - 七戸十和田駅 - 新青森駅 - 奥津軽いまべつ駅 - 木古内駅 - 新函館北斗駅
東海道・山陽新幹線ののぞみ、山陽・九州新幹線のみずほ、北陸新幹線のかがやきに相当する速達パターンである。
東京駅、大宮駅、仙台駅、盛岡駅、新青森駅、新函館北斗駅には全列車が停車する。上野駅および八戸駅にはほとんどの列車が停車するが、最速達列車は通過する。
盛岡～新函館北斗間は各駅停車になるものや、一部の駅（いわて沼宮内駅、奥津軽いまべつ駅）を通過するもの、主要駅（八戸駅、新青森駅）のみに停車するものなどがある。
一部列車は一ノ関駅にも停車する。大宮～仙台間の途中駅（小山駅、宇都宮駅、那須塩原駅、新白河駅、郡山駅、福島駅、白石蔵王駅）は全列車が通過する。
また、ほとんどの列車が東京～盛岡間で秋田新幹線こまちを連結している。
仙台駅・盛岡駅発着
東京駅 - 上野駅 - 大宮駅 - 仙台駅 - 古川駅 - くりこま高原駅 - 一ノ関駅 - 水沢江刺駅 - 北上駅 - 新花巻駅 - 盛岡駅
仙台～盛岡間は各駅停車となる。かつての"スーパーやまびこ"やはやてから格上げされたものが多い。E6系を連結しているものも多く、その場合はE6系側も「はやぶさ」表示となる。
区間運転
仙台駅～新青森駅間の各駅と新函館北斗駅に停車する。北海道新幹線区間の奥津軽いまべつ駅・木古内駅は通過する。現在、1日あたり1往復のみ運行されている。
使用車両・編成
基本的にE5系・H5系が使用される。ほとんどの列車がこまちで使用されるE6系を連結しているが、仙台駅・盛岡駅発着の列車はE6系もはやぶさとして運行される。
2021年11月8日からは、はやぶさ15号が7両編成に減車され、E6系単独のはやぶさが誕生することになった。
余談
「はやぶさ」は公募で7位で、1位の「はつかり」、2位の「はつね」、3位の「みちのく」、5位の「はやて」などがあったが、これらを抑え、「親しみやすさとスピード感がある」ことから「はやぶさ」が採用された。
関連タグ
はやぶさ：JAXAの探査機「はやぶさ」についてはこちらを参照されたい。タグとしては両者が混淆している。
E5系・H5系・E6系：「はやぶさ」に使用される新幹線電車。
