※このゲームが発売された当時は第3世代であったため、フェアリータイプは存在しない。以降、第5シリーズ「ポケモン超不思議のダンジョン」が出るまでは他の作品でも同じことが言える。

チーム○○のダンジョンはED後に登場する。以前に出会った凄腕救助隊の4チームと戦える。

きゅうじょたいのまは青限定ダンジョン。
赤と通信することで「チームをひきとる」を選べ、実行すると赤のパーティ(最大4人)がこのダンジョンに出てくる。両ソフト+ゲーム機が必須である。

第4世代とゴンベ

救助基地には特定の条件をクリアすることでポケモンの人形や像が設置される。
該当するのは映画「ミュウと波導の勇者ルカリオ」に登場したルカリオ、ウソハチ、マネネ、マニューラ。このうちルカリオに関しては救助隊の最高位ランクやフーディンの言及などでも登場することはある(本人は登場しない)。

また、ポケモンひろばにはゴンベが出現することがある。
これはかつやくのあとにも残るイベントであり、複数のパターンがある。彼に食糧を渡す、もしくは彼が落としたりんごを拾ってあげるとレアな道具である「ゴンベのはらまき」がもらえる。

これらのポケモンは、本編に先駆け登場した第4世代のポケモン達であり、いわばサプライズゲストである。
㈱ゲームフリークの粋な計らいである。

探検隊シリーズ(時・闇 ・空)

トレジャータウン

プクリンのギルド

主人公達が過ごすギルド。救助依頼やお尋ね者の依頼はここで受注できる。
また、その他にもドゴームやダグトリオらとともに足跡でポケモンを見つけるバイトや、グレッグルのトレード店などもある。
卒業後も訪れることはできるが、かつて過ごしていた弟子たちの部屋で休む(セーブする)ことはできなくなる。

ヨマワルぎんこう

ヨマワルが営む銀行。機能は前作までとほとんど同じ。

エレキブルれんけつてん

エレキブルが営む技の専門店。前作同様技の連結や分解、並べ替えや思い出しができるようになっている。

ラッキーのそだてやさん

ラッキーが依頼でもらったタマゴを育ててくれる店。一部のポケモンは特殊な道具と一緒に生まれてくることもある。

カクレオンしょうてん / せんもんてん

前作と同様にダンジョン内で使うアイテムを販売している。

ガルーラのそうこ

前作同様アイテムを預けることができるが、預けられるアイテムは1つずつ(投てきアイテムは最大99個までで1つの扱い)になり、救助ランクアップで最大1000個まで預けられるようになった。一部ダンジョンでガルーラ像からアイテムの出し入れが可能なのは同様。

ネイティオかんていじょ

ネイティオの営む宝箱の鑑定所。宝箱1つにつき150Pを払うと中身を鑑定してくれる。宝箱の中身は通常のアイテムや装備品の他に、専用道具や特別なアイテムが入っていることもある。

ガラガラどうじょう

ガラガラが営む道場。前作同様タイプ別のダンジョンになっているが、ボス部屋のような場所はない。メインストーリークリア後には追加ダンジョンが現れる。

サメハダいわ

ギルドの街の外れにあるサメハダーの形をした岩場。パートナーの家があり、ギルドを卒業した後は主人公達の第2の拠点となる。時々ダグトリオが来ることもある。

海岸

ギルドの南側にある海岸。主人公とパートナーの出会いの地であり、さらに進むとダンジョンの1つ「かいがんのどうくつ」に繋がっている。
ストーリーが進むとラプラスやマナフィなども関わってくる。

ダンジョン

メインストーリー(再突入可能)

かいがんのどうくつ
しめったいわば
トゲトゲやま
たきつぼのどうくつ
りんごのもり
えんがんのいわば
ツノやま
のうむのもり
ねっすいのどうくつ
エレキへいげん
きたのさばく
りゅうさのどうくつ
すいしょうのどうくつ
だいすいしょうのみち
キザキのもり
いそのどうくつ
まぼろしのだいち
じげんのとう

ED後(再突入可能)

しんぴのもり
ふぶきのしま
とざされたうみ
きせきのうみ
ばんにんのどうくつ
かくされたいせき
しゅぎょうのやま
そらのさけめ
やみのかこう
うみのリゾート
ゼロのしま(とうぶ・せいぶ・ほくぶ・なんぶ)

再突入不可能ダンジョン

ちいさなよこあな(えんがんのいわば)
いわのよこあな(ツノやま)
もりのよこみち(のうむのもり)
くうかんのどうくつ
くらやみのおか
ふういんのいわば
くろのもり
もりのたかだい
あくむのなか

隠しダンジョン

オレンのもり
ちいさなはらっぱ
みどりのそうげん
しずかなかわ
コロコロどうくつ
かがやきのおか
しあわせみさき
かぜのれいほう
あんやのもり
はてのみずうみ

配信限定ダンジョン

めいきゅうのどうくつ
7つの秘宝ダンジョン
- かげろうのさばく
- きょだいかざん
- なだれやま
- そこなしうみ
- ミステリージャングル
- てんくうのかいだん
- せかいのおおあな

ガラガラどうじょう

ノーマル　ひこうのま
あく　ほのおのま
いわ　みずのま
くさのま
でんき　はがねのま
こおり　じめんのま
かくとう　エスパーのま
どく　むしのま
ドラゴンのま
ゴーストのま
たんけんたいのま(通信)
さいごのま(ギルド卒業後)

その他

おんせん
ひかりのいずみ

追加ダンジョン(空の探検隊)

ゼロのしまちゅうおうぶ
うんめいのとう
ぼうきゃくのもり
まのかいいき
なんとうしょとう
れっかのどうくつ
ほしのどうくつ

スペシャルエピソードのダンジョン(空の探検隊)

スペシャルエピソード1(ビッパのねがいごと)
- ほしのどうくつ
スペシャルエピソード2(てんさいププリン)
- アンコクのもり
- ひがしのほらあな
- ざいほうのいわば
スペシャルエピソード3(ほんじつのきゃー)
- げんせんのどうくつ
スペシャルエピソード4(チャームズさんじょう！)
- みなみのジャングル
- きょだいがんせきぐん
- ひだりがわのほらあな
- みぎがわのほらあな
- だいしょうにゅうどう
スペシャルエピソード5(あんこくのみらいで)
- こかつのたに
- くらがりのこうや
- じげんのとう
- くろのもり
- くうかんのがんぺき
- くらやみひょうざん
- ひょうちゅうのもり
- だいひょうざん