元々文字スクロール系統の記事コピペ動画（含む漫画動画）を掃討しており、ゆっくりシリーズもその亜種と考えられている。
ニコニコ動画に投稿している場合に限るが、ただの転載動画だと判断されている為。
動画のテンプレートがある程度決まっていて、それを多くの投稿者が使用しており尚且つ大多数を占めている為。
そもそもゆっくりボイスであるSoftalkが合成音声ソフトであり、上記のテンプレートと一緒に、Botが大量に動画を生成し投稿しているとYouTube側が判断している。

いずれにしても、YouTubeが収益化を決めており（それも恐らくAIのような自動識別ソフト）尚且つどこまでがセーフなのか、現状ではわからないのでアルゴリズムを予想して対策を施す以外に手はない。

（具体的には背景を動画にする。キャラクターを霊夢、魔理沙以外にするか、増やす等）

また、動画の最初の数十秒だけを見て判断しているという説もあり、実際にもぺもぺが子供向け動画に勝手に設定されたり、ゲーム実況者ののばまんゲームス氏が収益化を剥奪される(のばまんゲームスは動画の最初、手書きのキャラを使った紙芝居方式の茶番が入る。恐らくこれが”繰り返しの多いコンテンツ”と判断された。)などの事例が数多く存在する。

それ以外の諸問題は、YouTuberの項目を参照。

ブロック機能の不十分さ

YouTubeのブロック機能はブロックした相手とのやり取りを解除するまで完全に遮断する他のネットサービスと異なり、ブロックした相手は自分の動画のコメント欄にコメントを投稿出来ないようになるのみであり、相手の動画やコメントを見れないようにするわけではない。（つまり動画の視聴や自分以外の動画のコメント欄でのやり取り自体は可能）

一応、問題だと思ったアカウントを運営に対して違反報告をする機能はあるものの必ずしもそれで運営が対処するとは限らないため、不十分さを感じ不満に思うユーザーは少なくないのが現状であり、尚且つ不適切な動画の投稿やコメント欄での荒らしに対処しきれない一因であると指摘する声もある。

表示される悪質な広告

近年、YouTubeでは動画が再生される前に高確率で流されるようになっているのだが、その起源は2006年9月にまで遡る。

このYouTubeは同年にみなさんご存じgoogleによって16.5億ドル(日本円にすると約1885億円)で買収され、YouTubeは買収額の分を何としても回収しなければならなくなった。これがYouTubeの広告の起源とされており、現在もなお続いている。

それからと言うものの、YouTubeは適度に健全な広告を挟みつつ、利用者に動画視聴のサービスを提供し続けていた......2018年頃までは。

前述した時期は定かではないが、この時期を境に広告のクオリティが一気に下落することとなる。

手始めに出回るようになったのは当時かなりの人気を誇っていたバーチャルYouTuber...の一端が脱毛剤などの商品をかなりの早口で紹介する広告である。お世辞にも信ぴょう性は高いとは言えず、胡散臭さと不快感をばら撒く広告となった。しかし、バーチャルYouTuberのブームが過ぎれば不快な広告も自然消滅すると一部では期待されていたが、そうは問屋が卸さなかった。

次に蔓延るようになったのは中途半端に翻訳された日本語、話していることと妙に嚙み合っていない字幕、習いたてと言われてもおかしくないレベルの不自然な日本語の発音、小学生でも解けるようなパズルやミッションをわざと間違えるガバガバなプレイング、極めつけは、広告と実際のゲームの内容がまるで違うという中国のゲーム会社が提供する詐欺広告である。中でも魔剣伝説は上述の問題点に加え、出現頻度も他とは比べ物にならないレベルで高く、ある意味本当に伝説の広告となった。そして、早口の要素は基本的に据え置きなだけでなく、見た目のインパクト及び不快感が強化されているのがこの中国製詐欺広告最大の特徴である。広告は種類こそあれど視聴者に決定権は無い為、嫌なら見るなが通用しない。こうなった原因としてよく挙げられるのが、この頃がちょうどCOVID-19が流行し始めた時期であり、不況の煽りを受けてYouTubeが人員の削減及び代わりとなるAIを導入したことである。しかし、その導入したAIが本当に大手企業が使っているものなのかを疑うレベルのポンコツであり、不適切な広告の通過を許し続けていた。その為、サービス利用者は、広告がスキップできるようになるまどの5秒間を繰り返し待つという苦行を押し付けられていたのである。

この類の広告も時間が経つとともに少しずつ落ち着きだし、ようやくYouTubeにも平和が訪れた......と思っていたのも束の間、とうとう運営側が見過ごせないレベルで調子に乗り始めた。

まず、YouTube Premiumというサービスを開始。これは、毎月1180円を支払うことで広告を非表示にし、バックグラウンド再生を可能にするというものであり、勘の良い人なら気づいていると思うが、YouTubeはただでさえ不快だった広告を減らすどころかむしろ更に増やし、広告の量に痺れを切らした利用者から順にお金を巻き上げるというあまりにも卑劣な手法を取り始めたのである。

広告も予算を絞り尽くし用済みと見なした中国のゲーム会社を次々と切り捨て、今度はアカウントの年齢設定をガン無視してR-18のマッチングアプリの会社と結託し、不適切な広告を何度も垂れ流すようになった。...あの年齢設定はひょっとしたらただの飾りだったのかもしれない。

それだけでなく、広告が始まった5秒後にスキップができるようになる機能を廃止したうえで、2本目の広告を強制的に見せるという、Premiumに入らない利用者への嫌がらせのような運用を今なお続けている。噂によると3本目を見せてくる報告もチラホラ...正直図に乗るのも大概にしてほしい。

さらには2022年11月20日前後を境に、それまで「スキップ不可能な6秒広告かスキップ可能な15秒広告か」だったものが「スキップ不可能な15秒の広告を2本連続で流すことが常態化」するようになり、2023年5月に30秒のスキップ不可広告を導入すると発表されてしまう。

2013年2月20日前後からは「スキップできる広告であっても即動画へ戻るのではなく次の広告へスキップさせて結局広告を見せる」という現象も発生。

2023年9月頃からは生放送中にも広告が流れるという悪化の一途を辿っている。

このような有様なのに、広告ブロッカーを有効にしているユーザーに対して警告を表示して動画を再生できなくし、Premiumへの加入を誘導するという措置まで取り始めた。もっとも、広告ブロッカーを導入するようなユーザーがPremiumに対して購買意欲を持つとは考えにくく、そもそも不適切な広告を野放しにしたり上記のように広告の仕様を改悪している運営側に落ち度がないとは言い切れないのだが。

動作が重くなったり読み込みが遅くなる

配信中に読み込めない状態の時、画面の中央に現れる回転する丸のマークから通称「ぐるぐる」「ぐるった」で配信が困難になると一旦配信を終了して新たに枠を設ける必要もある。

ネットの環境にもよるが、アーカイブに残る時は一部分がぶつ切りになってしまう恐れもある。

YouTubeは使用機種やアプリによって更新されて仕様が変わる事もあるが更新によってさらに動作が重くなる可能性もあるため配信者にとっては悩みの種となっている。

センシティブ判定の厳しさ

2022年6月にASMR関連で特に話題となったが、配信中過度なセンシティブな画が続くと強制的に配信が終了されて最悪アカウントがBANされる可能性が出てきだしたのである。

年々、こういったYouTubeの規制が厳しくなっている件については視聴者から「YouTubeくんは思春期」「BANという名の照れ隠しをするむっつりスケベ」など皮肉たっぷりのコメントをされる事も多い。そりゃそうだ。

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これまでの視聴履歴をもとにYouTube側から動画をお勧めされる事もあるが基本的に世間一般からはありがた迷惑な機能と認識されており、特定のジャンルの動画をよく視聴している場合は見たくない動画がおすすめで表示される事がしばしばある。

一応、Googleの設定などでフィードバックを操作しておすすめで表示されないようにする事も可能だが100％有効な手段とは言えないため見たくない動画が表示されたら該当チャンネルをブロックした方が手っ取り早い。

コメント欄での粘着や誹謗中傷

YouTubeに限らずSNS全般にも言える事だが、チャンネルを持っている特定の人物やコメントするリスナーに対して粘着や誹謗中傷を繰り返す荒らしが絶えず出没している。

下手に構ったら荒らしの思うツボなので相手にせず報告やブロックをするのが望ましいが、必ずしも荒らしのコメントが削除されたりアカウントが停止されるとは限らないため今もなおYouTubeにおいて特に大きな問題のひとつとなっている。

アクセス権の売買

pixivFANBOXを使い、「限定公開の動画や配信をFANBOXの有料会員のみ」に見せる配信者が多い。YouTubeの規約ではアクセス権売買が禁止されているのだが、規約の文章がとても煩雑なためかスルーしている者が少なくない。

古いブラウザ環境で視聴する方法

現在、YouTubeはHTML5で動画を再生する方式に変更されており、非対応のブラウザでは通常視聴が出来ない。

ピクシブ百科事典では専用の記法を用いることで埋め込み動画をFLASHに変換する機能があるが、2020年12月をもってFLASH自体がサポートを完全終了し、今後の実行もブロックされるため、古いブラウザでの閲覧は事実上不可能となった。また、YouTubeはInternet Explorerのサポートも終了しているため、今後は素直にGoogle ChromeやMicrosoft Edgeなどのブラウザの最新版を使用することが推奨される。

その他

YouTubeにはプレミア公開というものがあり、主に配信者にとって特に重要視している動画を流す際に使用される事が多い。

また、開始前にプレミア公開専用のカウントダウンが流れるがこの時のBGMの音量がやたら大きいためプレミア公開をリアルタイムで視聴する場合はあらかじめ音量を下げておく事を勧める。

近年のTikTokの流行により若い世代を中心に短尺動画が好まれるようになったことを受け、2020年にYoutubeショート（Youtube Shorts）という短尺動画をアップロードできる機能が登場した。Youtubeショートとしてアップロードされた動画は普通の動画よりも再生回数が伸びる傾向にあるが、得られる広告収入はごくわずかであると言われている。また、Youtubeショートの特性上、チャンネル登録者数に関わらず再生されるため、今まで日の目を見ることのなかったYouTuberがTikTokやYoutubeショートをきっかけに有名になる例がみられる。

2022年11月14日にYoutubeでハンドルが追加され、検索しやすくなっている。

2023年6月にはYouTube上で相次ぐ誹謗中傷に対し、note・UUUM・ANY COLOR・カバー株式会社と連携し、クリエイターエコノミー協会が設置した「誹謗中傷対策検討会」に参画している。