プラズマ団の拠点でダークトリニティを倒すがさすがにゲーチスのキュレム相手には叶わず自らのレンタルポケモン達が倒れてしまう。しかし、イワンコがボールから飛び出して自らの指示を無視してキュレムに立ち向かう。だが、そのイワンコの諦めない姿に自身の野望を阻止しようとする彼・彼女らと重ね激昂したゲーチスがキュレムに攻撃を指示した直後、何故かイワンコが姿を消してしまう。

イワンコがキュレムの攻撃によって消し飛ばされたのではないか、そして過去にミニリュウを悪人に盗られた事やゲーチス達への怒りから、フーパが「ときはなたれしフーパ」へと変貌。ときはなたれしフーパが呼び出したゼルネアス・イベルタル・ジガルデ(50%フォルム)を使い、プラズマ団を撃退する。

「奪われる悲しみを終わらせる」為、彼は「最後の悪」になる事をリッカに告げ、ときはなたれしフーパと共にどこかへと行ってしまう。

悪の組織・最終章

ブレイク団を従え、他の悪の組織に対して行きすぎた正義を執行。しかし、彼はブレイク団を利用しているに過ぎず、パシオにいる全ての悪の組織を滅ぼした後は「最後の悪」として主人公達に討たれる事を望んでいた。

ロケット団と全面抗争にまで発展するが、フーパは本能のままに暴走している状態である為にミュウツーすら手懐けるサカキがフーパを手懐けてしまったうえに、ブレイク団にも手のひらを返されてロケット団へと付いていってしまう。その結果、フーパとフーパが呼び出す伝説のポケモンを利用してロケット団がパシオを侵略し、ジムリーダーやチャンピオン達すら苦戦する事態にまで悪化する。

ポケモンセンターで失意と後悔に暮れていたが、オーキド博士やリッカの説得・叱咤を受けた事、実はフーパによって逃されて生きていたイワンコと再会(それでも重傷であったらしく、サクサから「もう少し処置が遅れていたら大変だった」との事)し、リッカがアクロマから貰ったという｢機械｣を持ってフーパを止めるべく立ち上がる。

途中でロケット団の幹部やしたっぱの妨害に遭うも、アオギリやマツブサを初めとする他の組織の面々（イワンコに酷い目に遭わせたゲーチスはプライド的にサカキを許せないというアレがあるものの）がロケット団と対立し、サカキのもとへと辿り着き、主人公・リッカと共にサカキとの決戦に挑む。

　確かに自分は……　

　｢つながり｣の強さを……理屈だけで無理矢理信じようとしていた……　

　けど今は違う　

　たくさん間違えて……　弱い自分を受け入れて　ようやく気づけたんだ　

　どんなときでも自分に手を伸ばしてくれた……　

　みんなの温かさを……　｢つながり｣が持つ強さを！　

　リッカや主人公……　グリーンさんにチェレンさん　ハンサムさんに　オーキド博士　アクロマさんに　フーパ…… そしてイワンコ！他にもたくさん！　

　気づいていなかっただけで…… 自分はたくさんの仲間たちの優しさとつながっていたんだ　

　今の自分にはちゃんとみえる……　

　｢心のつながり｣が！　

その瞬間、キリヤの想いに応えるかのようにイワンコがルガルガン（たそがれのすがた）へと進化。

ダイマックスするサカキのニドキングに対し、同じくダイマックスして対抗。

主人公のポケモン達が追撃し、その隙にリッカとブースターがアクロマの機械を使った事で、フーパの救出に成功。

ロケット団の計画を阻止する事に成功する。

事件後、キリヤはこれまで悪の組織から様々な事を学んでいた事もあり、その知識を活かして｢弱きを守り悪を守る為｣にハンサムの保護観察のもと、国際警察で働く事となった。（もちろん、ハンサムを初め、リラやクチナシが上層部に無理を言って通し、マチエール曰く、すごく怒られていた模様）

ネタバレ関連タグ

闇堕ち　国際警察

悪の組織(ポケモン)/悪の組織ボス(ポケモン)：一部の面々除いて大体こいつらのせい。

グリーン：初代・FRLGをプレイした人ならご存じだろうが、強さに拘っていた時期がある初代ライバル。実際、メインストーリーでもキリヤを止めようとしたり、祖父であるオーキドも彼を説得する際には初代時代のグリーンを思い浮かべていた。

チェレン：当初は典型的な上昇志向で「強さこそ全て」という考えをもち、主人公に負け続けていくうちに自身の強さに葛藤し苦悩するようになるも最終的にポケモンバトルは勝敗だけではないと改心し、自分の弱さを素直に受け入れるようになる。ただし、漫画版ポケットモンスターSPECIALではNのような圧倒的な強さが欲しいと願っていた事を実感して冷徹に振る舞う様になり、最初のポケモンでパートナーであるはずのツタージャも育てなくなるという闇堕ちに近しい状態になった事がある。