『仮面ライダーアギト』では3人の仮面ライダーを主軸に物語が展開される。
美杉家
「既に仮面ライダーである過去のない男」。本作の主人公。記憶を失って倒れていたところを保護され、美杉家に居候している。人柄は良いが、天然ボケ気味。料理が得意。
- 風谷真魚（かざやまな）
本作のヒロインである女子高校生。両親を亡くしており、美杉家に居候させてもらっている。サイコメトリー能力の持ち主。
- 美杉義彦（みすぎよしひこ）
太一の父親で真魚の叔父。城北大学心理学教授。
- 美杉太一（みすぎたいち）
美杉家の長男で10歳。翔一や真魚とはまるで姉弟のように接している。
警視庁
警視庁未確認生命体対策班・G3ユニット
「仮面ライダーになろうとする現在に生きる男」。手先・性格共に不器用だが、アンノウン相手にひるまず立ち向かう熱血漢。
- 小沢澄子（おざわすみこ）
「G3ユニット」の班長であり設計者。氷川の上司にあたる。
- 尾室隆弘（おむろたかひろ）
オペレーター。小沢曰く「究極の凡人」。
捜査一課
- 北條透（ほうじょうとおる）
警視庁捜査一課の警部補で、本庁きってのエリート。小沢とは犬猿の仲。
プライドが高く嫌味な性格だが、熱い信念と誇りを内に秘めている。
- 河野浩司（こうのこうじ）
北條とコンビを組むベテラン刑事で、北條の良き理解者。
葦原涼の関係者
「仮面ライダーになってしまった未来を失った男」。荒っぽいが、根は優しい性格。城北大学水泳部所属の大学生だったが、バイク事故をきっかけに「ギルス」となり、不運の人生を送ることになる。
- 両野耕一（りょうのこういち）
涼の水泳部のコーチ。突然退部した涼に親身になろうとするが……。
- 片平真由美（かたひらまゆみ）
涼の元恋人。涼がギルスに変貌する様を目の当たりにしてしまう。
- 水原リサ（みずはらりさ）
ぶっきらぼうな女性ライダー。涼に惹かれていく。
「あかつき号事件」生存者グループ
- 木野薫（きのかおる）／仮面ライダーアナザーアギト
生存者グループのリーダー格にして、後半から登場する第4のライダー。元外科医。自分以外の「アギト」の存在を否定している。
- 真島浩二（まじまこうじ）
生存者の中でも最年少であり、木野を頼りにしている。
- 榊亜紀（さかきあき）
家政婦を装って美杉家に潜入し翔一の動向を探る。
- 関谷真澄（せきやますみ）
常に自室に引きこもっており身内にしか心を開かない。彼女の部屋が生存者たちの活動拠点となっている。
謎の青年、およびその使徒
- 沢木哲也（さわきてつや）
闇の力の使徒。本名は津上翔一だが、ある事情により別の名を名乗っている。
闇の力と同じ姿をしているが、白い服を着ている。闇の力と対立する存在である。
レストラン「Mar」
- 倉本（くらもと）
店主。翔一を料理人としてスカウトする。
- 岡村可奈（おかむらかな）
シェフ見習い。根性はあるが不器用で不愛想。
その他
- 雪菜（ゆきな）
翔一の夢に現れる女性。
呼称表
| が\に | 翔一 | 氷川 | 涼 | 真魚 | 小沢 | 北條 | 木野 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 翔一 | 俺 | 氷川さん | 葦原さん | 真魚ちゃん | 小沢さん | 北條さん | 木野さん |
| 氷川 | 津上さん | 僕/私 | 葦原さん | 真魚さん | 小沢さん | 北條さん | 木野さん |
| 涼 | 津上 | 氷川 | 俺 | 君 | ? | お前 | 木野 |
| 真魚 | 翔一君 | 氷川さん | 葦原さん | 私 | ? | 北條さん | あの人 |
| 小沢 | 津上君 | 氷川君 | ? | ? | 私 | 北條君 | あなた |
| 北條 | 津上さん | 氷川さん | ? | 真魚さん | 小沢さん | 私 | 木野薫 |
| 木野 | 津上 | あなた/君 | 葦原さん | ? | ? | ? | 俺/私 |
